genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  203  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64128276--64128502	49	4.6	49	85	3	310	29	27	18	25	1.98
64128276--64128500	101	2.3	98	86	2	306	29	27	18	24	1.98
64134710--64134847	51	2.7	50	84	1	177	23	21	26	28	1.99
64140383--64140553	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
64140375--64140555	46	3.9	46	80	9	224	28	29	20	20	1.98
64145333--64145413	27	3.0	28	87	7	96	37	19	22	20	1.95
64153117--64153227	27	4.1	27	89	3	143	36	19	22	20	1.95
64157406--64157581	46	3.8	46	81	10	223	20	22	29	27	1.98
64157402--64157573	93	1.8	93	94	0	308	20	22	30	26	1.98
64161790--64161874	27	3.1	27	73	9	84	23	18	18	38	1.93
64164573--64164714	27	5.3	27	87	2	180	22	21	20	35	1.96
64170852--64170920	28	2.5	28	92	2	113	17	11	27	43	1.83
64173091--64173403	27	11.6	27	85	0	374	39	20	8	30	1.83
64173091--64173457	81	4.5	81	82	4	391	39	20	8	30	1.84
64173091--64173457	27	13.6	27	78	6	273	39	20	8	30	1.84
64173497--64173744	27	9.2	27	89	2	365	34	18	20	25	1.96
64173504--64173771	27	10.0	27	85	5	346	33	18	21	25	1.96
64174199--64174263	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
64174989--64175022	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
64175010--64175201	6	32.3	6	69	15	123	47	16	17	18	1.83
64175031--64175174	65	2.2	65	100	0	288	46	16	18	18	1.84
64175319--64175398	26	3.0	26	81	3	79	38	22	21	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64175708--64175790	27	3.1	26	87	5	112	34	21	24	19	1.96
64176017--64176261	27	9.1	27	85	3	296	26	21	18	33	1.96
64176002--64176115	54	2.1	54	80	3	122	28	19	21	29	1.98
64176268--64176656	27	14.4	27	83	3	451	40	10	21	26	1.86
64176268--64176656	108	3.6	108	89	0	546	40	10	21	26	1.86
64176645--64176775	27	4.9	27	78	5	131	30	8	22	38	1.83
64176635--64176775	54	2.6	54	81	8	169	29	8	21	39	1.83
64176703--64176784	27	3.1	25	76	11	83	29	7	24	39	1.82
64177674--64177727	27	2.0	26	92	3	90	18	24	22	35	1.96
64177686--64177753	27	2.5	26	85	4	82	25	25	16	33	1.95
64177890--64178041	6	24.3	6	66	19	71	21	16	13	48	1.80
64177890--64178032	31	4.5	31	86	0	169	20	16	13	48	1.80
64185151--64185267	45	2.6	45	81	11	134	24	27	23	24	2.00
64185590--64185765	43	4.1	43	94	1	284	29	33	23	13	1.93
64185737--64185819	38	2.2	37	86	2	121	31	27	20	20	1.97
64194471--64194512	17	2.5	17	88	0	57	11	40	33	14	1.82
64197346--64197377	13	2.5	13	94	0	55	50	12	28	9	1.71
64201012--64201051	21	1.9	21	89	0	62	47	0	17	35	1.48
64202904--64202932	15	1.9	15	100	0	58	41	0	13	44	1.44
64203032--64204062	515	2.0	515	99	0	2044	34	8	19	37	1.82
64207060--64207241	85	2.1	85	96	0	337	24	18	25	31	1.97
64207036--64207219	41	4.3	44	77	10	204	25	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64209554--64209705	40	3.8	39	77	15	161	29	22	21	26	1.99
64209552--64209701	80	1.9	80	88	4	232	28	23	21	27	1.99
64209723--64209872	40	3.7	40	86	4	178	26	24	18	31	1.98
64209593--64209835	133	1.8	132	86	2	353	27	22	20	30	1.98
64210084--64210135	7	7.3	7	79	12	61	17	0	32	50	1.47
64210099--64210206	22	5.0	22	74	7	78	20	0	36	43	1.52
64210098--64210195	7	13.7	7	73	8	63	19	0	37	42	1.51
64212985--64213031	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
64213372--64213467	43	2.3	43	98	1	185	35	9	14	40	1.78
64215292--64215518	42	5.4	42	84	3	240	21	19	27	31	1.98
64215292--64215518	85	2.7	84	80	6	235	21	19	27	31	1.98
64222481--64222664	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
64222521--64222709	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
64230599--64230782	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
64230639--64230827	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
64234939--64234980	20	2.1	20	100	0	84	66	4	0	28	1.12
64238465--64238737	27	9.8	27	77	10	156	28	23	7	39	1.82
64238465--64238737	54	4.9	54	73	14	214	28	23	7	39	1.82
64238544--64238665	64	1.9	64	83	6	160	27	27	5	38	1.79
64238506--64238746	116	2.1	115	81	4	270	30	23	7	38	1.83
64238716--64238975	27	9.6	27	75	10	149	39	20	9	30	1.85
64238718--64238910	54	3.6	54	81	6	237	40	22	8	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64238606--64238764	81	2.0	81	82	2	194	32	20	8	38	1.82
64238716--64238910	81	2.4	79	79	10	232	40	22	8	28	1.83
64239025--64239116	27	3.4	27	89	3	123	34	19	26	19	1.96
64240708--64240871	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64240708--64240905	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
64248289--64248452	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64248289--64248486	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
64250672--64250748	9	7.9	9	70	16	55	33	9	22	35	1.85
64250681--64250752	11	7.1	11	67	17	57	34	12	20	31	1.90
64250670--64250752	20	4.2	20	93	0	148	34	12	20	32	1.89
64250806--64250995	24	8.0	24	89	3	269	29	23	21	26	1.99
64250806--64250974	47	3.6	47	91	1	284	30	23	20	26	1.98
64250805--64250995	71	2.7	71	87	5	269	29	23	20	26	1.99
64251189--64251252	31	2.1	31	84	0	83	37	15	23	23	1.93
64255548--64255629	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
64262555--64262636	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
64264112--64264164	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
64270250--64270286	20	1.9	18	89	10	56	48	8	5	37	1.56
64273499--64273543	18	2.5	19	85	7	58	57	0	28	13	1.36
64277089--64277421	131	2.6	129	87	2	438	28	18	18	34	1.94
64280244--64280487	122	2.0	122	94	0	425	24	15	18	41	1.89
64283534--64283571	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64283770--64283920	9	16.7	9	73	13	60	65	3	1	29	1.17
64283800--64283947	19	8.2	17	69	21	65	62	3	0	33	1.12
64283770--64283873	9	11.8	9	71	14	74	66	2	1	28	1.17
64283814--64283932	9	12.8	9	74	19	70	62	4	0	33	1.15
64284221--64284264	16	2.8	15	86	6	52	45	4	4	45	1.44
64288915--64289128	79	2.7	78	82	5	250	19	29	18	32	1.96
64291339--64291384	23	2.0	23	100	0	92	47	17	8	26	1.76
64295381--64295432	20	2.7	20	81	3	61	38	0	3	57	1.17
64295351--64295486	68	2.0	68	83	1	173	40	3	4	51	1.40
64300272--64300481	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
64308406--64308615	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
64311699--64311879	40	4.5	40	93	1	292	22	23	28	25	1.99
64311699--64311900	40	5.1	40	91	2	291	22	23	28	25	1.99
64316884--64317020	46	3.0	46	84	0	175	25	30	8	35	1.86
64317034--64317373	47	7.2	47	93	0	581	25	28	11	35	1.91
64320548--64320582	18	1.9	18	94	0	61	51	14	0	34	1.42
64320547--64320585	18	2.3	16	80	16	51	53	12	0	33	1.39
64328575--64328757	27	6.8	27	85	0	231	33	14	14	37	1.87
64328576--64328757	54	3.4	54	83	0	256	32	14	14	37	1.87
64328575--64328757	81	2.3	81	87	0	258	33	14	14	37	1.87
64328845--64328894	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
64333279--64333303	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64334517--64334759	24	10.1	24	97	0	432	20	17	25	36	1.94
64342528--64342770	24	10.1	24	97	0	432	20	17	25	36	1.94
64347089--64347120	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
64348692--64348749	20	2.9	20	81	0	71	15	13	36	34	1.87
64350601--64350635	18	1.9	18	94	0	61	51	14	0	34	1.42
64350600--64350638	18	2.3	16	80	16	51	53	12	0	33	1.39
64353380--64353437	29	2.0	29	100	0	116	31	24	6	37	1.82
64355109--64355158	18	2.7	19	75	9	50	44	16	32	8	1.76
64357207--64357280	27	2.7	26	85	8	103	36	20	17	25	1.94
64358916--64358979	30	2.2	29	94	2	110	34	21	17	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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