genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  57  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16147393--16147607	45	4.9	45	85	4	262	27	28	19	24	1.99
16148072--16148101	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
16154955--16155082	65	2.0	65	95	0	229	31	14	12	41	1.83
16158249--16158384	52	2.7	52	90	5	208	26	22	21	30	1.99
16158249--16158384	26	5.3	26	84	4	172	26	22	21	30	1.99
16158440--16158498	9	6.1	9	75	14	55	35	20	6	37	1.79
16158434--16158528	20	4.8	20	92	5	142	34	18	8	37	1.82
16158451--16158509	11	5.7	11	76	15	72	33	20	10	35	1.86
16161081--16161120	13	3.1	13	96	0	71	20	25	32	22	1.98
16182921--16182954	14	2.4	14	90	9	52	85	0	0	14	0.60
16186854--16186886	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
16189205--16189409	40	5.2	40	93	2	317	23	22	27	25	2.00
16197473--16197702	40	5.8	40	95	2	383	23	22	27	26	1.99
16204025--16204088	5	12.2	5	78	21	69	18	3	0	78	0.89
16204027--16204107	6	13.7	6	75	12	69	14	4	1	79	0.97
16204028--16204098	16	4.6	16	83	11	85	15	5	0	78	0.92
16206994--16207028	2	18.5	2	88	11	56	54	0	0	45	0.99
16221832--16221994	83	2.0	82	98	1	317	19	22	26	31	1.98
16222127--16222267	27	5.2	27	84	11	191	34	23	24	17	1.95
16222127--16222267	54	2.6	54	94	2	248	34	23	24	17	1.95
16223886--16223967	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
16228441--16228490	21	2.4	21	93	0	82	12	36	26	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16232907--16232951	10	4.5	10	100	0	90	0	26	20	53	1.46
16244354--16244507	27	5.5	27	82	4	173	28	15	25	30	1.96
16244404--16244507	55	1.9	55	97	0	199	26	14	24	34	1.94
16248032--16248096	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
16248212--16248290	27	2.8	27	86	5	104	22	25	18	32	1.97
16248203--16248316	55	2.1	56	82	11	137	20	23	21	35	1.96
16249358--16249391	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
16255879--16255942	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
16256047--16256136	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
16256047--16256161	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
16259602--16259810	40	5.2	40	81	3	226	25	22	26	25	2.00
16268507--16268681	46	3.8	46	76	13	187	29	28	20	21	1.98
16268514--16268685	93	1.8	93	93	0	299	28	28	20	22	1.99
16268556--16268694	47	3.0	46	73	16	126	30	28	18	23	1.98
16272714--16272778	20	3.3	19	85	10	78	67	4	1	26	1.18
16272745--16272797	18	2.8	18	82	5	52	64	5	0	30	1.17
16274825--16274897	31	2.4	31	85	0	101	31	9	13	45	1.76
16280832--16280900	8	7.9	8	75	16	57	56	2	0	40	1.14
16280832--16280939	27	4.1	27	81	8	109	50	1	0	47	1.11
16280832--16280906	18	4.2	18	76	11	82	54	2	0	42	1.14
16281101--16281142	16	2.6	16	78	17	50	45	7	0	47	1.30
16284627--16284668	22	1.9	22	90	0	66	35	0	7	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16284870--16284898	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
16285774--16285864	27	3.4	27	89	0	137	20	26	38	14	1.91
16292375--16292440	26	2.5	25	82	7	69	54	13	4	27	1.58
16294179--16294328	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	22	1.96
16294203--16294386	67	2.8	64	77	10	187	29	17	29	23	1.97
16296009--16296046	19	2.0	19	100	0	76	42	15	21	21	1.89
16296418--16296470	26	2.0	26	85	0	70	43	18	18	18	1.88
16296760--16296815	27	2.1	27	86	0	76	28	7	23	41	1.80
16297025--16297058	17	1.9	18	88	5	52	20	41	26	11	1.87
16303964--16304155	101	1.9	101	94	0	339	29	27	16	27	1.97
16305713--16305744	13	2.3	15	89	10	50	43	6	3	46	1.44
16310823--16310881	29	2.0	29	90	0	91	37	5	1	55	1.32
16310823--16310888	29	2.2	29	86	2	78	39	4	3	53	1.37
16310912--16310951	12	3.4	12	82	6	55	52	0	0	47	1.00
16310907--16310976	22	3.1	22	74	14	54	51	1	2	44	1.25
16316261--16316420	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
16316261--16316420	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
16324073--16324232	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
16324073--16324232	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
16330365--16330454	27	3.4	26	76	4	92	33	28	21	16	1.95
16331133--16331165	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
16339741--16339855	42	2.8	42	84	6	139	15	20	14	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16340449--16340493	23	2.0	23	95	0	81	62	2	4	31	1.27
16349648--16349980	166	2.0	166	98	0	639	30	24	9	36	1.86
16360769--16360966	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
16360835--16360952	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
16360803--16360966	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
16368337--16368534	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
16368403--16368520	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
16368371--16368534	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
16377280--16377454	49	3.6	49	79	3	167	28	20	28	23	1.99
16383451--16383571	40	3.0	41	92	2	194	22	23	27	26	2.00
16383555--16383588	17	2.0	17	100	0	68	23	17	23	35	1.95
16383515--16383626	57	2.0	57	98	0	215	24	19	26	29	1.98
16383490--16383668	97	1.8	97	92	2	306	24	22	27	26	2.00
16383574--16383685	40	2.8	40	86	4	147	26	21	27	24	1.99
16386581--16386618	20	2.0	18	90	10	58	18	0	13	68	1.21
16402434--16402481	6	8.0	6	100	0	96	16	0	0	83	0.65
16403114--16403190	40	1.9	40	100	0	154	45	5	16	32	1.70
16413920--16413951	16	2.0	16	100	0	64	62	18	0	18	1.33
16416254--16416376	55	2.2	55	95	0	219	21	23	34	20	1.97
16416254--16416412	55	2.9	54	87	3	185	22	23	35	19	1.96
16419994--16420062	34	2.0	34	100	0	138	34	17	26	21	1.95
16435450--16435491	21	2.0	21	100	0	84	42	4	19	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16437218--16437259	20	2.1	20	86	0	57	71	0	2	26	0.98
16437226--16437265	18	2.2	18	86	4	53	70	0	0	30	0.88
16439081--16439108	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
16441408--16441548	25	5.6	25	93	0	228	29	29	13	28	1.94
16450772--16450820	9	5.3	9	78	4	53	42	2	2	53	1.24
16453215--16453298	41	2.0	41	100	0	168	42	7	21	28	1.79
16457879--16457966	37	2.4	37	88	0	131	29	6	12	51	1.65
16467755--16467985	116	2.0	116	94	0	408	31	19	9	39	1.84
16469578--16469602	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16474387--16474434	24	2.0	24	83	0	60	22	12	18	45	1.83
16477342--16477502	25	6.4	25	70	16	91	33	21	26	19	1.97
16481269--16481294	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
16482678--16482827	42	3.5	42	84	1	192	31	16	22	30	1.95
16490129--16490240	43	2.6	42	83	2	152	29	16	25	28	1.97
16492501--16492604	37	2.8	37	75	5	93	19	14	25	40	1.89
16494860--16495081	46	4.8	46	77	11	188	27	18	30	23	1.98
16496287--16496361	21	3.6	21	94	0	123	13	33	29	24	1.93
16501788--16501967	35	5.1	35	88	0	243	20	13	28	37	1.91
16503190--16503240	10	5.0	10	79	9	50	58	19	19	1	1.48
16504259--16504291	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
16504387--16504432	24	1.9	24	100	0	92	26	26	28	19	1.99
16505731--16505948	40	5.5	40	88	2	298	25	27	23	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16507703--16507780	28	2.7	29	78	9	79	42	15	3	38	1.65
16513126--16513171	6	7.5	6	87	4	65	13	4	0	82	0.81
16513121--16513166	13	3.5	13	88	8	67	13	4	0	82	0.81
16516050--16516078	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
16516977--16517015	18	2.2	19	90	9	64	17	46	25	10	1.80
16541510--16541623	42	2.7	43	82	2	133	30	25	14	28	1.95
16547881--16547925	23	2.0	23	100	0	90	31	28	8	31	1.88
16548234--16548503	95	2.8	95	82	7	267	24	28	18	28	1.98
16548235--16548506	50	5.6	50	77	6	209	23	29	18	28	1.98
16549895--16550045	77	2.0	77	100	0	302	39	12	19	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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