genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  202  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63830669--63830931	140	1.9	141	82	7	338	30	19	26	23	1.98
63834942--63835156	49	4.4	49	95	0	394	33	8	26	31	1.86
63835239--63835309	37	1.9	37	100	0	142	21	22	33	22	1.97
63837181--63837570	40	9.8	40	91	0	519	26	19	25	27	1.99
63840251--63840423	47	3.7	47	78	16	191	21	21	28	28	1.98
63840251--63840420	92	1.8	93	94	1	306	21	21	29	28	1.98
63842677--63842725	22	2.2	21	86	10	71	32	32	20	14	1.92
63842688--63842729	22	1.9	22	100	0	84	30	35	19	14	1.91
63845122--63845182	24	2.5	24	77	12	63	50	21	14	13	1.76
63845122--63845188	16	4.2	16	77	7	55	52	22	13	11	1.73
63845423--63845490	28	2.4	28	85	7	93	35	16	23	25	1.95
63848272--63848384	49	2.3	49	96	3	212	30	27	7	34	1.84
63857391--63857464	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
63857448--63857523	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
63857391--63857523	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
63859258--63859326	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
63860955--63860992	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
63867261--63867329	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
63868958--63868995	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
63880379--63880481	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
63888322--63888424	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
63903434--63903651	40	5.5	40	88	4	291	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63910222--63910311	28	3.2	28	93	0	144	33	20	23	23	1.97
63910197--63910312	28	4.2	28	84	2	110	35	18	23	22	1.96
63915256--63915638	49	7.7	50	80	2	448	26	19	25	28	1.98
63915264--63915651	100	3.9	98	81	2	425	27	19	25	28	1.98
63915256--63915651	150	2.6	150	95	0	711	27	19	25	28	1.99
63921099--63921330	49	4.7	49	79	7	279	26	18	24	30	1.98
63925572--63925719	29	5.2	29	76	10	135	27	14	31	27	1.95
63928519--63928620	53	1.9	53	91	0	168	17	24	16	41	1.90
63933791--63933927	40	3.4	40	79	7	145	27	23	24	24	2.00
63941725--63941826	36	2.7	40	85	13	160	23	22	27	26	2.00
63941725--63941857	36	3.5	38	84	11	157	24	23	26	25	2.00
63951289--63951424	40	3.4	40	82	6	161	26	22	25	25	2.00
63951289--63951401	39	2.8	40	86	2	147	26	22	25	25	2.00
63951289--63951464	79	2.2	79	80	7	180	27	22	25	24	2.00
63953020--63953055	17	2.1	17	100	0	72	13	41	33	11	1.80
63959238--63959354	40	2.9	40	90	0	180	26	21	25	26	1.99
63959238--63959391	80	1.9	80	81	5	186	27	22	25	24	2.00
63959238--63959377	40	3.5	40	85	3	160	26	22	25	25	2.00
63959236--63959417	80	2.3	80	78	6	183	28	21	25	25	1.99
63963543--63963644	29	3.6	29	87	1	143	25	31	15	27	1.96
63963514--63963644	58	2.3	58	79	1	147	25	32	16	25	1.96
63971278--63971380	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63979232--63979334	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
63982262--63982453	47	4.1	47	92	1	287	33	10	29	26	1.90
63982289--63982363	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
63982427--63982609	46	4.0	46	91	0	258	36	9	30	24	1.87
63991025--63991067	22	2.0	22	90	0	68	27	2	2	67	1.15
63993170--63993225	19	3.1	17	79	18	60	42	3	3	50	1.37
63993607--63993640	5	6.8	5	100	0	68	61	0	17	20	1.34
63994427--63994508	14	5.8	14	72	18	71	52	1	0	46	1.08
63994430--63994555	57	2.2	59	88	7	188	48	0	0	50	1.12
64000140--64000279	40	3.5	40	84	4	142	22	27	25	25	2.00
64000148--64000332	79	2.3	81	82	7	218	24	27	23	24	2.00
64002810--64002901	27	3.4	27	92	0	148	35	19	20	23	1.95
64003042--64003154	27	4.2	26	74	9	93	23	20	17	38	1.93
64008065--64008348	40	7.1	40	94	1	455	21	24	28	25	1.99
64010412--64010543	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
64010382--64010543	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
64010412--64010543	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
64017969--64018096	29	4.5	29	96	2	226	36	14	25	23	1.93
64017969--64018096	56	2.3	57	94	4	224	36	14	25	23	1.93
64021148--64021328	76	2.3	79	84	9	237	24	22	27	25	2.00
64021147--64021328	40	4.7	40	85	9	234	24	21	26	26	2.00
64025823--64026298	48	10.0	48	90	1	735	34	6	27	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64025834--64026298	142	3.3	143	94	0	763	34	6	27	31	1.82
64026351--64026470	37	3.2	37	96	0	222	25	20	31	22	1.98
64028160--64028508	49	7.4	49	89	8	526	29	32	9	28	1.89
64028160--64028495	135	2.4	136	89	6	478	29	32	9	28	1.89
64028326--64028400	37	2.0	38	97	2	143	32	30	10	26	1.90
64031548--64031596	26	1.9	25	84	12	64	36	6	2	55	1.37
64031776--64031835	11	5.2	11	75	16	50	33	3	3	60	1.30
64031777--64031840	25	2.6	25	76	11	69	34	3	3	59	1.29
64031868--64031909	23	1.9	23	85	9	61	35	9	2	52	1.47
64033374--64033475	28	3.6	28	90	0	159	23	14	35	26	1.94
64033374--64033493	28	4.2	28	87	3	98	25	15	34	25	1.94
64035680--64035828	74	2.0	75	94	1	264	40	18	8	33	1.80
64044099--64044207	43	2.5	43	83	7	132	27	18	24	29	1.98
64046121--64046226	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
64058922--64059008	37	2.3	36	92	5	138	26	33	18	21	1.96
64059078--64059572	49	10.1	49	96	0	864	29	27	9	33	1.88
64062558--64062746	29	6.5	29	85	3	238	26	16	30	25	1.97
64069040--64069206	40	4.2	40	77	5	160	27	22	26	23	2.00
64078866--64079053	29	6.5	29	85	4	238	27	16	30	26	1.97
64082167--64082315	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
64082208--64082315	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
64085452--64085638	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64085475--64085638	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64085475--64085672	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
64088973--64089159	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
64088996--64089159	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64088996--64089193	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
64096548--64096696	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
64096589--64096696	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
64102401--64102459	30	2.0	30	89	0	91	32	13	25	28	1.94
64102795--64102925	47	2.8	48	85	11	173	27	17	32	22	1.97
64114465--64114827	178	2.0	178	91	2	595	32	17	19	31	1.94
64118305--64118490	26	7.0	27	84	6	211	29	22	8	39	1.83
64118305--64118463	78	2.0	79	92	3	268	28	22	8	39	1.84
64118305--64118497	105	1.8	105	84	5	255	29	21	8	40	1.82
64118496--64118651	54	2.9	54	83	3	172	41	17	10	30	1.84
64118529--64118651	27	4.6	27	92	2	194	43	20	8	28	1.80
64118645--64118740	26	3.6	27	77	17	101	40	15	9	34	1.80
64118794--64118853	26	2.3	26	80	8	68	36	15	25	23	1.93
64119662--64119730	24	2.8	24	89	8	104	23	26	24	26	2.00
64119662--64119730	25	2.8	25	89	8	106	23	26	24	26	2.00
64119661--64119743	24	3.4	24	82	11	98	26	22	24	26	2.00
64119884--64120007	42	3.0	42	95	3	225	31	15	18	34	1.92
64120031--64120113	30	2.7	31	90	5	134	27	16	26	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64122352--64122542	27	7.1	27	89	1	249	28	24	8	38	1.84
64122352--64122542	81	2.4	81	88	1	276	28	24	8	38	1.84
64122581--64122697	27	4.5	26	82	7	123	43	18	8	29	1.80
64122553--64122675	53	2.3	53	79	10	135	40	20	11	27	1.86
64122712--64122762	27	1.9	26	88	11	77	41	11	11	35	1.78
64123689--64123758	25	2.8	24	86	4	86	24	27	24	24	2.00
64123933--64123959	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
64123992--64124105	31	3.7	31	91	3	178	28	16	26	28	1.97
64123992--64124105	61	1.9	60	90	1	183	28	16	26	28	1.97
64125752--64125824	29	2.5	29	88	4	103	26	28	16	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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