genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.361.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  361  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113424886--113425033	55	2.7	55	93	2	244	27	30	27	15	1.96
113426575--113426747	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
113426572--113426742	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
113434142--113434266	46	2.7	46	88	0	187	21	20	27	31	1.98
113439846--113440110	105	2.5	105	91	0	431	33	23	13	29	1.93
113439852--113440110	35	7.4	35	83	4	308	34	23	13	28	1.92
113445204--113445241	19	2.0	19	100	0	76	36	10	10	42	1.74
113446052--113446088	17	2.3	17	90	9	60	56	0	2	40	1.13
113448411--113448494	24	3.5	24	91	1	125	28	13	16	41	1.86
113448406--113448475	12	5.8	12	70	14	54	31	14	14	40	1.86
113456648--113456838	55	3.7	52	78	10	176	37	16	24	21	1.94
113464036--113464122	41	2.1	41	97	0	165	33	16	27	22	1.95
113464186--113464289	53	2.0	53	84	3	138	36	18	27	17	1.93
113464875--113464947	35	2.1	35	94	0	128	17	20	21	39	1.92
113471991--113472065	34	2.2	33	80	4	87	64	4	5	26	1.33
113472762--113472799	18	2.1	18	100	0	76	44	15	15	23	1.85
113473866--113473965	49	2.0	49	96	0	182	33	3	27	37	1.72
113475565--113475622	8	6.9	8	74	18	55	60	5	1	32	1.29
113478065--113478132	34	2.0	34	94	0	118	41	26	11	20	1.87
113480234--113480274	19	2.1	20	86	13	59	9	24	0	65	1.22
113483062--113483110	17	2.9	17	93	3	82	69	0	30	0	0.89
113483065--113483117	12	4.2	12	77	15	54	69	0	30	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113483629--113483701	16	4.5	16	72	6	67	71	4	5	19	1.22
113483631--113483700	32	2.2	32	84	5	88	71	4	5	18	1.23
113483735--113484213	150	3.2	148	86	5	657	58	7	6	27	1.49
113484182--113484216	13	2.7	13	90	0	52	80	2	0	17	0.84
113484089--113484322	121	1.9	121	92	1	398	56	8	6	28	1.54
113486997--113487136	26	5.1	26	70	21	115	48	11	2	37	1.51
113486997--113487136	56	2.5	55	91	2	235	48	11	2	37	1.51
113487020--113487120	30	3.5	29	79	15	129	49	8	2	38	1.49
113492038--113492210	38	4.5	38	85	4	222	19	19	27	34	1.96
113500128--113500259	38	3.4	38	89	2	183	18	19	27	34	1.96
113502284--113502316	16	2.1	16	100	0	66	63	12	0	24	1.28
113502309--113502368	25	2.3	26	91	2	95	48	5	5	41	1.47
113502209--113502345	45	3.3	45	76	15	154	51	10	3	33	1.54
113502641--113502683	19	2.5	17	85	11	52	9	6	2	81	0.95
113504262--113504304	16	2.6	17	81	7	52	46	0	0	53	1.00
113504430--113504497	32	2.2	31	86	5	100	29	1	2	66	1.15
113504431--113504474	23	2.0	22	86	4	61	34	0	2	63	1.07
113504500--113504537	20	1.9	20	84	10	51	47	0	0	52	1.00
113509002--113509109	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
113516025--113516132	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
113520397--113520452	24	2.3	24	90	0	94	30	28	10	30	1.91
113531647--113531675	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113537336--113537602	48	5.6	48	73	13	171	24	28	17	28	1.98
113541342--113541460	48	2.6	45	82	7	141	25	28	18	27	1.98
113549456--113549550	42	2.3	42	96	0	181	24	31	24	20	1.98
113551757--113551815	29	2.0	29	100	0	118	38	6	6	47	1.57
113558577--113558607	16	1.9	16	100	0	62	58	0	35	6	1.24
113563626--113563655	6	5.0	6	100	0	60	33	0	16	50	1.46
113563775--113564197	48	8.9	48	74	6	333	28	18	25	27	1.98
113563775--113564138	144	2.5	144	88	0	523	28	18	25	27	1.98
113564808--113564850	22	2.0	22	100	0	86	41	18	11	27	1.85
113570793--113570821	7	4.1	7	100	0	58	55	0	0	44	0.99
113582743--113582783	21	2.0	20	85	4	55	34	0	19	46	1.50
113583332--113583495	43	3.8	43	83	4	163	29	16	23	29	1.96
113589491--113589698	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
113589491--113589696	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
113592755--113592898	43	3.4	42	83	10	150	29	25	21	23	1.99
113592755--113592898	42	3.3	40	80	12	137	29	25	21	23	1.99
113593310--113593342	17	2.0	16	94	5	57	63	18	0	18	1.31
113593308--113593341	8	4.1	8	88	3	50	61	20	0	17	1.34
113595241--113595301	31	2.0	31	96	3	115	34	13	16	36	1.87
113596017--113596091	22	3.6	21	76	15	66	41	17	6	34	1.76
113596052--113596139	19	4.8	19	90	8	146	36	15	11	36	1.84
113596052--113596139	35	2.4	37	88	9	135	36	15	11	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113596066--113596121	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
113596490--113596763	45	6.1	45	77	10	281	25	27	15	31	1.96
113596504--113596762	89	2.9	90	82	7	294	26	27	15	30	1.96
113596530--113596868	88	3.8	87	78	9	264	25	26	17	30	1.97
113596641--113596899	88	2.9	87	77	10	231	27	23	18	30	1.98
113596940--113597411	87	5.4	87	90	1	748	31	25	15	27	1.95
113596726--113597112	213	1.8	214	80	6	471	29	23	17	29	1.97
113597376--113597542	44	3.8	44	90	0	246	26	29	15	28	1.96
113598512--113598548	13	2.9	12	92	8	56	0	10	0	89	0.49
113598512--113598548	14	2.7	14	91	4	58	0	10	0	89	0.49
113604544--113604587	20	2.2	20	100	0	88	40	15	13	29	1.86
113605296--113605371	22	3.7	21	76	15	68	39	17	7	35	1.78
113605332--113605422	35	2.5	37	89	8	141	36	16	10	36	1.84
113605346--113605401	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
113605332--113605422	19	4.9	19	89	8	152	36	16	10	36	1.84
113605541--113605580	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
113619067--113619435	204	1.8	204	94	0	657	34	20	8	36	1.83
113620801--113620844	22	2.0	23	86	4	63	79	6	4	9	1.04
113624889--113624940	18	2.9	18	76	15	54	75	15	0	9	1.05
113624895--113624951	11	4.9	11	76	19	53	78	12	0	8	0.95
113626616--113626657	3	14.0	3	80	9	50	64	4	2	28	1.26
113626616--113626657	15	2.8	15	86	13	68	64	4	2	28	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113630551--113630586	13	2.8	12	84	15	54	66	0	11	22	1.22
113633764--113633861	3	34.7	3	70	17	50	66	3	2	28	1.18
113633764--113633810	18	2.7	17	83	3	58	68	4	2	25	1.19
113633794--113633861	28	2.5	27	76	19	70	67	1	1	29	1.08
113637589--113637634	13	3.3	14	81	6	58	71	0	2	26	0.97
113637598--113637640	21	2.0	22	86	13	63	69	0	2	27	1.00
113637592--113637641	12	4.5	11	80	19	59	68	0	2	30	1.01
113637589--113637639	27	1.9	27	88	11	79	70	0	1	27	0.98
113637589--113637652	26	2.4	28	84	7	80	68	1	1	28	1.07
113641608--113641811	40	5.1	40	84	5	243	24	21	29	25	1.99
113641604--113641811	80	2.6	80	86	0	299	24	21	28	25	1.99
113649622--113649825	40	5.1	40	84	5	252	23	21	29	25	1.99
113649618--113649825	80	2.6	80	87	1	301	23	21	29	25	1.99
113661490--113661617	25	5.2	24	72	10	71	37	21	25	16	1.93
113666476--113666687	62	3.4	62	75	5	189	26	23	26	23	2.00
113666485--113666739	62	4.1	62	74	8	162	26	22	27	23	2.00
113668903--113669014	27	4.1	27	85	3	127	16	24	23	35	1.95
113668903--113669014	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
113674910--113675128	62	3.5	61	81	3	233	27	24	27	20	1.99
113677994--113678051	26	2.2	27	78	9	66	24	8	0	67	1.18
113681979--113682021	18	2.5	17	78	10	52	13	4	6	74	1.19
113681987--113682022	18	2.0	18	88	0	54	13	2	8	75	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113682072--113682282	41	5.1	41	87	2	230	33	22	23	20	1.97
113682103--113682282	82	2.2	82	87	5	256	32	22	25	20	1.98
113682321--113682390	36	1.9	36	88	0	104	48	30	1	20	1.58
113682825--113682893	15	4.7	15	72	13	54	18	1	43	36	1.60
113683004--113683047	16	2.6	17	82	7	54	52	2	2	43	1.26
113683016--113683065	26	1.9	26	87	0	73	50	4	4	42	1.40
113687406--113687717	48	6.5	48	96	0	579	33	7	29	30	1.85
113687887--113688026	37	3.8	37	96	0	244	23	19	32	24	1.97
113692035--113692260	43	5.3	43	81	4	262	25	19	25	30	1.98
113692555--113692620	29	2.2	29	82	10	80	30	19	0	50	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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