genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  181  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56927404--56927633	50	4.6	50	77	7	216	30	27	18	23	1.98
56929447--56929510	31	2.1	31	85	2	85	54	10	3	31	1.51
56929447--56929528	29	2.7	30	81	9	96	51	10	4	32	1.58
56932671--56932802	39	3.4	39	91	0	192	31	24	15	28	1.96
56935749--56935774	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
56938799--56938851	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
56945009--56945048	20	2.0	20	100	0	80	40	20	0	40	1.52
56946063--56946101	19	2.1	19	100	0	78	20	5	5	69	1.28
56948495--56948554	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
56956629--56956658	15	2.0	15	100	0	60	13	13	33	40	1.83
56958063--56958095	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
56958381--56958698	137	2.3	138	86	1	431	21	22	15	40	1.90
56958381--56958699	46	7.0	46	90	0	424	21	22	15	40	1.90
56972519--56972668	48	3.1	48	77	3	142	23	26	23	27	2.00
56986504--56986690	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
56986527--56986690	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
56986527--56986724	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
56994073--56994259	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
56994096--56994259	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
56994096--56994293	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
56995787--56995821	18	1.9	18	88	11	54	51	28	11	8	1.67
56996872--56996918	23	2.0	23	91	0	76	25	34	8	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57002067--57002198	29	4.6	29	94	0	219	25	32	15	26	1.95
57002038--57002198	58	2.8	58	88	0	187	25	33	15	25	1.95
57002038--57002198	87	1.9	87	85	0	223	25	33	15	25	1.95
57004768--57005180	49	8.4	49	92	2	594	31	8	29	30	1.87
57004979--57005068	31	3.2	31	60	31	74	27	8	33	30	1.87
57004781--57005202	151	2.8	150	90	1	645	31	9	30	29	1.88
57005251--57005337	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
57007724--57007781	20	3.2	18	79	13	57	5	15	1	77	1.02
57009999--57010182	48	3.8	48	79	4	219	25	31	20	23	1.98
57013296--57013480	40	4.5	40	76	10	144	22	27	23	25	2.00
57021959--57021984	8	3.2	8	100	0	52	38	34	0	26	1.57
57022454--57022510	28	2.0	28	96	0	105	21	29	14	35	1.92
57024821--57024982	35	4.6	34	70	13	114	26	23	20	29	1.99
57027752--57027853	50	2.1	49	90	1	159	32	7	10	49	1.67
57029665--57029699	17	2.1	17	88	0	52	60	5	11	22	1.52
57040462--57040668	67	3.2	64	76	9	186	31	16	28	22	1.96
57044084--57044124	21	1.9	22	85	5	57	19	14	17	48	1.81
57054185--57054261	25	3.1	25	100	0	154	23	28	12	35	1.92
57059193--57059217	6	4.2	6	100	0	50	48	16	16	20	1.82
57063757--57063862	43	2.5	43	84	6	135	24	26	19	29	1.99
57065596--57065628	14	2.3	15	89	5	50	33	12	6	48	1.65
57068765--57068804	15	2.7	15	100	0	80	35	22	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57069435--57069459	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
57070801--57070945	70	2.1	70	98	0	281	53	8	11	26	1.65
57071303--57071344	17	2.5	17	80	7	50	69	4	2	23	1.20
57073318--57073353	18	1.9	19	88	5	56	41	2	0	55	1.14
57076271--57076295	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
57079660--57080213	279	2.0	279	85	2	763	33	18	14	34	1.91
57082889--57082918	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
57082918--57082947	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
57085814--57085838	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
57086288--57086326	12	3.1	12	85	10	51	41	0	0	58	0.98
57087851--57087940	31	2.9	31	80	6	94	42	6	1	50	1.36
57089528--57089604	29	2.6	29	84	10	102	41	9	29	19	1.82
57089587--57089842	30	8.6	30	78	6	243	38	11	25	24	1.89
57089561--57089752	60	3.2	59	78	8	201	37	11	26	24	1.90
57089561--57089841	90	3.1	88	79	4	285	38	11	25	24	1.89
57089733--57089808	29	2.6	29	79	10	91	43	10	25	21	1.84
57089854--57089909	28	2.0	29	85	3	78	41	10	25	23	1.86
57095230--57095269	15	2.6	16	88	7	57	32	5	0	62	1.17
57095756--57095805	23	2.1	24	85	3	66	44	14	12	30	1.81
57099440--57099555	43	2.7	43	89	1	171	24	29	21	25	1.99
57099445--57099596	43	3.5	46	81	10	135	25	28	21	24	1.99
57099440--57099596	86	1.8	85	80	9	185	24	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57104659--57104696	17	2.3	17	90	4	60	50	0	15	34	1.45
57105282--57105383	40	2.5	40	82	6	109	34	20	11	33	1.89
57113406--57113679	46	6.0	46	87	0	343	21	24	13	40	1.90
57113411--57113679	138	1.9	138	87	0	385	21	24	13	40	1.89
57114083--57114121	18	2.2	18	100	0	78	53	5	5	35	1.45
57115510--57115557	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
57116293--57116336	20	2.2	20	100	0	88	29	4	15	50	1.64
57118696--57118729	13	2.6	13	100	0	68	29	26	26	17	1.98
57120574--57120675	51	2.0	51	100	0	204	27	27	17	27	1.98
57120652--57120771	43	2.8	42	82	2	150	27	24	18	30	1.98
57124982--57125018	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
57126086--57126138	27	1.9	28	85	11	74	33	16	1	47	1.58
57126086--57126145	27	2.2	27	82	8	68	36	18	1	43	1.60
57126616--57126680	3	22.0	3	87	9	98	64	1	1	32	1.12
57133867--57133891	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
57133891--57133940	10	5.2	10	80	7	59	68	2	2	28	1.12
57133889--57133934	19	2.4	18	92	7	74	69	2	0	28	1.00
57134232--57134284	19	2.8	19	86	8	65	28	1	3	66	1.20
57134242--57134298	27	2.0	29	90	6	91	35	1	3	59	1.25
57134252--57134309	27	2.1	27	84	6	73	36	1	3	58	1.25
57138896--57138934	20	1.9	20	84	5	51	33	12	15	38	1.85
57141958--57142000	21	2.0	21	86	9	59	39	6	2	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57142427--57142508	36	2.3	36	100	0	164	31	18	23	26	1.97
57147134--57147158	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
57155804--57155902	35	2.8	34	80	6	117	31	9	17	42	1.80
57156980--57157006	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
57159520--57159713	24	8.1	24	90	0	282	28	19	21	30	1.97
57159764--57159829	20	3.3	20	89	0	105	31	21	10	36	1.87
57171141--57171330	77	2.5	77	94	0	335	21	32	22	24	1.98
57171141--57171329	38	4.9	39	94	3	319	21	31	22	24	1.98
57179124--57179311	76	2.5	76	92	3	315	21	31	21	24	1.98
57179124--57179310	37	4.9	39	92	5	301	21	31	21	24	1.98
57182202--57182395	24	8.1	24	91	0	309	28	21	21	28	1.98
57182446--57182511	20	3.3	20	89	0	105	31	21	10	36	1.87
57185818--57185872	12	4.5	12	84	4	65	40	0	0	60	0.97
57185798--57185872	37	2.0	37	92	0	123	38	0	1	60	1.06
57187545--57187712	40	4.2	40	78	6	146	24	27	20	26	1.99
57189648--57189815	40	4.2	40	84	6	191	26	28	20	24	1.99
57189648--57189815	80	2.1	80	84	6	216	26	28	20	24	1.99
57201418--57201602	40	4.7	40	93	1	282	24	28	24	22	2.00
57201418--57201602	79	2.3	80	90	0	282	24	28	24	22	2.00
57201418--57201641	40	5.6	39	84	8	226	24	28	24	23	2.00
57205433--57205623	40	4.8	40	78	7	185	23	27	24	24	2.00
57205440--57205623	79	2.3	81	82	8	218	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57210412--57210542	47	2.8	48	88	1	183	21	14	29	34	1.93
57217089--57217158	34	2.1	34	100	0	140	25	54	17	2	1.57
57221856--57221914	20	3.0	20	80	11	68	38	5	0	55	1.22
57221900--57222016	62	1.9	59	87	5	171	42	4	2	50	1.35
57224489--57224546	18	3.2	18	73	9	64	67	3	1	27	1.17
57228137--57228193	30	1.9	30	85	7	80	40	0	38	21	1.53
57232106--57232145	18	2.2	18	86	8	55	67	0	0	32	0.91
57232149--57232180	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
57233120--57233214	24	3.8	24	70	20	68	29	2	5	63	1.28
57235004--57235364	47	7.7	46	73	11	218	27	18	29	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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