genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  241  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75062330--75062355	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
75063730--75063974	40	6.2	40	90	1	368	23	23	26	26	2.00
75066933--75066989	30	1.9	30	88	0	87	35	14	22	28	1.93
75068219--75068340	55	2.2	55	86	1	165	22	18	28	31	1.97
75071066--75071136	23	3.0	23	97	2	133	4	49	12	33	1.60
75073092--75073259	46	3.6	46	77	13	191	20	20	29	29	1.98
75073089--75073260	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
75080616--75080791	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
75080613--75080784	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
75087182--75087349	46	3.6	45	77	13	180	20	20	29	29	1.97
75087179--75087350	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	29	1.97
75091508--75091611	53	2.0	53	96	0	190	37	0	38	24	1.56
75093450--75093519	27	2.5	28	90	2	115	28	12	27	31	1.93
75093474--75093531	27	2.1	27	81	6	64	31	13	22	32	1.93
75097734--75097791	6	9.7	6	87	7	82	65	3	0	31	1.09
75097734--75097791	19	3.2	17	86	11	80	65	3	0	31	1.09
75097731--75097822	6	15.3	6	80	4	51	69	3	3	23	1.18
75097759--75097840	35	2.4	35	78	13	89	69	2	6	21	1.22
75101258--75101299	18	2.3	18	76	8	50	19	35	26	19	1.95
75107417--75107449	15	2.1	17	88	11	52	6	9	15	69	1.34
75109945--75110061	43	2.7	43	80	5	130	29	15	23	32	1.95
75112192--75112337	37	3.9	37	94	0	238	26	30	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75112479--75112767	48	6.0	48	95	0	497	30	26	6	36	1.82
75118014--75118061	22	2.1	22	85	14	62	45	10	20	22	1.81
75121933--75122003	35	2.0	35	94	5	126	40	11	25	22	1.87
75125141--75125318	40	4.5	40	88	6	247	24	23	27	24	2.00
75126466--75126589	59	2.1	59	100	0	248	29	11	25	33	1.90
75133338--75133512	40	4.5	40	87	6	236	22	23	28	25	1.99
75133338--75133512	79	2.2	78	86	7	239	22	23	28	25	1.99
75139392--75139569	40	4.5	40	87	3	236	23	24	27	24	2.00
75141416--75141588	43	4.1	43	74	7	147	25	15	26	32	1.95
75144525--75144678	43	3.7	41	82	9	177	29	16	23	30	1.96
75146648--75146760	39	2.8	39	78	7	113	26	22	28	23	1.99
75146609--75146793	79	2.3	80	81	7	207	24	23	27	24	2.00
75146610--75146801	40	4.8	40	78	6	167	24	23	28	23	2.00
75146609--75146826	79	2.7	79	77	6	174	24	22	27	24	2.00
75153110--75153602	45	11.0	45	89	1	706	24	19	26	28	1.99
75161605--75161673	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
75163460--75163503	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
75165866--75165934	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
75167724--75167767	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
75177694--75177940	96	2.6	96	80	7	263	29	23	12	34	1.92
75177719--75178016	96	3.1	96	78	8	240	26	23	14	35	1.93
75180891--75180937	24	2.0	24	91	0	76	12	29	36	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75180888--75180941	12	4.5	12	83	0	63	14	29	33	22	1.94
75185736--75185791	26	2.2	26	83	0	67	23	28	23	25	1.99
75195427--75195496	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
75195427--75195508	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
75203421--75203490	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
75203421--75203502	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
75204708--75204912	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
75204706--75204912	40	5.2	40	80	4	188	25	23	26	24	2.00
75211701--75211826	40	3.2	40	88	0	189	23	23	27	24	2.00
75211663--75211826	80	2.0	80	83	4	206	23	24	28	23	2.00
75223234--75223417	40	4.6	40	82	2	235	25	23	26	25	2.00
75232567--75232776	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75240631--75240840	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75242365--75242516	27	5.6	27	91	1	225	39	21	9	30	1.84
75242365--75242589	81	2.8	81	83	1	263	39	21	9	30	1.85
75242365--75242625	27	9.7	26	80	5	198	38	22	8	29	1.85
75242609--75242963	27	13.3	27	87	2	493	34	19	20	25	1.96
75242609--75242945	134	2.5	135	90	4	531	34	19	20	25	1.96
75243390--75243445	22	2.5	22	75	11	60	21	23	19	35	1.96
75243612--75243714	27	3.8	27	81	12	95	21	22	19	36	1.95
75243851--75244031	6	29.8	6	74	14	158	20	18	13	48	1.81
75243876--75244031	30	5.4	30	82	10	207	20	17	13	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75243851--75244014	73	2.2	73	85	8	210	20	18	13	47	1.82
75245156--75245339	40	4.6	40	81	5	219	25	22	26	25	2.00
75245156--75245375	80	2.8	79	83	4	248	25	22	26	25	2.00
75251403--75251464	32	1.9	32	100	0	124	58	9	0	32	1.31
75254798--75254829	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
75254852--75255010	84	1.9	84	84	0	210	28	17	26	27	1.98
75254936--75255060	50	2.5	50	88	0	187	28	14	27	30	1.95
75255624--75255979	180	2.0	180	85	1	489	37	9	18	34	1.83
75262432--75262480	14	3.4	14	91	2	71	73	0	20	6	1.04
75262439--75262487	14	3.3	15	88	5	64	71	0	20	8	1.11
75268171--75268206	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
75270174--75270356	39	4.7	39	93	0	312	22	29	21	26	1.99
75270146--75270356	78	2.7	78	90	0	314	23	29	21	25	1.99
75272985--75273015	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
75277490--75277528	21	1.9	20	84	5	51	28	23	33	15	1.95
75279223--75279386	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
75279223--75279420	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
75286797--75286960	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
75286797--75286994	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
75296986--75297103	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
75296954--75297117	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
75302526--75302772	50	4.9	50	78	3	262	26	17	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75306350--75306500	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
75306387--75306516	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
75318520--75318569	20	2.5	20	90	3	73	36	10	0	54	1.34
75331415--75331572	47	3.4	47	95	0	280	27	30	8	33	1.86
75331465--75331543	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
75331490--75331565	22	3.3	22	69	16	73	25	30	11	32	1.91
75331613--75331652	19	2.1	19	85	0	53	50	22	2	25	1.62
75332968--75333010	20	2.2	18	84	12	50	34	16	11	37	1.85
75336323--75336366	20	2.2	20	91	0	70	45	4	20	29	1.71
75345848--75346070	46	4.8	45	76	14	195	25	29	17	27	1.98
75350232--75350438	40	5.2	40	85	4	231	26	21	27	24	1.99
75358217--75358424	40	5.2	40	85	3	240	25	22	27	24	2.00
75361028--75361067	21	1.9	21	100	0	80	22	20	27	30	1.98
75363552--75363591	20	1.9	22	85	10	57	42	10	0	47	1.37
75365341--75365595	55	4.8	53	81	7	261	35	16	25	21	1.95
75365348--75365548	108	1.8	110	88	2	307	34	16	25	23	1.95
75365664--75365711	23	2.0	24	88	4	71	43	10	25	20	1.83
75365787--75365817	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
75369326--75369550	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
75369545--75369674	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
75369507--75369674	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
75377587--75377716	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75377549--75377716	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
75387501--75387724	123	1.8	123	85	1	315	30	11	23	34	1.90
75387719--75387848	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
75387681--75387848	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
75388637--75388765	40	3.2	40	81	5	156	23	24	28	24	1.99
75396432--75396656	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
75396651--75396780	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
75396613--75396780	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
75399996--75400052	26	2.4	22	76	23	69	15	24	21	38	1.92
75406619--75406802	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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