genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  4  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1069180--1069224	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
1070560--1070970	211	1.9	209	83	3	529	37	20	15	26	1.93
1072662--1073026	124	3.0	122	81	5	414	38	17	13	30	1.88
1072894--1073461	154	3.6	151	77	12	501	41	17	10	30	1.83
1073313--1073370	4	14.5	4	100	0	116	50	24	0	25	1.50
1073062--1073344	143	2.0	142	83	5	356	41	17	10	30	1.83
1074471--1074507	20	2.0	20	84	10	51	40	2	2	54	1.29
1078109--1078142	16	2.1	16	88	0	50	29	0	0	70	0.87
1078591--1078647	11	4.9	11	74	19	53	42	0	1	56	1.10
1081857--1081892	18	2.0	18	88	0	54	38	0	5	55	1.23
1084251--1084292	20	2.1	20	86	8	59	14	9	4	71	1.28
1093735--1093766	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1095537--1095568	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1098637--1098671	16	2.2	16	89	0	52	51	14	2	31	1.57
1102902--1103107	83	2.5	84	85	1	270	33	10	19	36	1.86
1113614--1113731	31	3.8	31	91	0	191	27	19	27	24	1.99
1113756--1113878	47	2.7	46	85	2	165	29	16	25	29	1.96
1113853--1113947	42	2.3	42	88	3	138	31	14	26	27	1.95
1120975--1121014	20	2.0	20	95	0	71	15	27	10	47	1.77
1122458--1122495	20	1.9	20	84	10	51	39	10	2	47	1.52
1123038--1123078	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
1124586--1124674	13	6.5	14	71	21	55	56	6	1	35	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1124603--1124671	21	3.4	20	75	16	79	56	7	0	36	1.27
1124598--1124674	40	1.9	40	91	0	127	57	6	0	36	1.25
1134071--1134099	13	2.2	13	100	0	58	13	51	13	20	1.75
1139429--1139505	36	2.1	36	95	0	136	41	12	22	23	1.88
1146115--1146151	4	9.8	4	88	11	60	24	0	24	51	1.49
1153688--1153955	46	5.8	46	75	15	264	28	29	20	20	1.98
1153696--1153959	93	2.8	93	94	0	465	28	29	21	20	1.98
1153742--1153908	47	3.6	47	81	11	234	28	30	20	20	1.98
1157696--1157767	30	2.6	28	85	12	87	50	8	5	36	1.56
1171354--1171383	13	2.3	13	94	0	51	40	0	0	60	0.97
1173304--1173351	22	2.1	22	81	11	53	58	0	6	35	1.23
1175077--1175125	23	2.1	23	84	0	62	63	6	6	24	1.41
1175152--1175216	3	20.7	3	73	14	51	63	3	3	30	1.25
1175130--1175214	28	3.1	28	73	20	81	60	3	5	30	1.38
1177919--1178047	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
1184041--1184169	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
1188497--1188544	19	2.5	20	80	13	55	45	2	4	47	1.33
1191611--1191662	24	2.2	24	83	13	63	44	21	7	26	1.79
1202120--1202166	20	2.4	20	89	3	69	61	6	0	31	1.21
1203634--1203701	34	2.0	34	100	0	136	29	5	29	35	1.81
1207221--1207289	31	2.2	31	89	0	102	42	8	13	36	1.75
1207643--1207711	31	2.2	31	92	0	111	42	7	13	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1207063--1207911	422	2.0	423	98	0	1630	31	12	13	42	1.82
1209314--1209367	17	3.4	17	66	23	53	37	18	9	35	1.83
1209302--1209367	31	2.1	31	100	0	132	36	16	9	37	1.81
1210209--1210287	39	2.0	39	82	0	95	54	11	10	24	1.66
1217118--1217142	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
1219711--1219751	18	2.2	19	87	12	59	68	4	0	26	1.10
1219766--1219808	22	2.0	22	90	0	68	60	4	9	25	1.47
1219807--1219853	22	2.1	22	84	0	58	70	10	14	4	1.31
1224555--1224813	131	2.0	131	98	1	504	43	3	8	45	1.50
1227921--1227973	19	2.7	19	79	2	61	7	1	9	81	0.96
1228583--1228624	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1231943--1231975	17	2.0	17	94	5	59	24	6	18	51	1.68
1233428--1233600	93	1.9	93	92	0	292	27	29	20	21	1.98
1233421--1233596	46	3.8	46	76	10	187	28	28	20	21	1.98
1235907--1235965	22	2.7	22	78	0	64	69	10	15	5	1.33
1237645--1237672	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1242590--1242626	19	1.9	19	100	0	74	43	21	5	29	1.75
1244129--1244190	30	2.1	30	100	0	124	38	8	9	43	1.67
1246033--1246060	13	2.2	13	100	0	56	32	39	0	28	1.57
1250103--1250172	33	2.1	33	97	0	131	58	7	10	24	1.55
1250821--1250900	13	6.5	13	68	18	55	60	0	7	32	1.25
1250872--1250924	20	2.8	18	78	16	63	62	0	1	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1250821--1250924	37	2.8	38	79	13	103	59	0	5	34	1.21
1250874--1250932	23	2.6	24	84	10	79	59	0	3	37	1.14
1250875--1250937	25	2.4	27	77	15	69	60	0	3	36	1.13
1253291--1253431	70	2.0	70	92	0	237	39	6	14	39	1.72
1255974--1256020	14	3.4	14	79	5	51	72	4	0	23	1.02
1255980--1256020	19	2.2	19	86	8	57	73	2	0	24	0.96
1258316--1258371	20	2.8	20	81	5	69	57	7	1	33	1.37
1260635--1261106	130	3.6	130	80	4	393	35	18	19	26	1.95
1260760--1261125	130	2.8	130	85	0	455	34	18	18	28	1.95
1261841--1261871	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1264198--1264728	132	4.0	132	91	0	776	28	24	18	28	1.98
1276554--1276899	130	2.7	129	83	4	412	34	17	19	28	1.94
1278413--1278450	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
1287581--1287618	20	1.9	20	100	0	76	10	31	36	21	1.87
1288414--1288552	52	2.7	52	80	3	136	27	22	20	30	1.98
1298764--1298867	47	2.3	44	79	8	104	28	25	13	32	1.93
1298790--1298915	47	2.7	47	81	4	139	30	26	15	27	1.96
1298939--1299109	31	5.5	31	89	2	254	25	27	19	28	1.99
1299087--1299263	50	3.5	50	87	0	237	27	21	15	35	1.94
1304013--1304053	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
1312031--1312070	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
1315317--1315398	43	1.9	43	92	0	137	35	6	12	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1320526--1320647	61	2.0	61	98	0	235	32	17	18	31	1.94
1324816--1324889	26	3.1	24	81	14	82	59	5	5	29	1.42
1326063--1326100	18	2.2	16	90	9	58	81	0	5	13	0.85
1326061--1326103	9	4.8	9	80	8	52	83	0	4	11	0.78
1326840--1327274	44	9.7	44	71	7	277	26	22	19	31	1.98
1326987--1327285	133	2.2	133	84	1	384	27	24	18	29	1.98
1341232--1341258	14	1.9	14	100	0	54	44	3	14	37	1.63
1345008--1345066	26	2.2	26	81	6	64	61	3	5	30	1.34
1345023--1345078	26	2.1	28	86	6	80	62	0	5	32	1.18
1345152--1345218	24	2.7	25	78	17	77	59	5	5	28	1.45
1345175--1345226	22	2.3	21	83	9	59	59	1	7	30	1.36
1347459--1347496	19	2.1	18	85	9	51	42	34	7	15	1.76
1356999--1357044	24	2.0	23	83	12	58	34	10	13	41	1.79
1358318--1358363	18	2.4	18	82	7	56	36	0	2	60	1.09
1358657--1358698	21	2.0	21	81	9	50	19	9	0	71	1.13
1363314--1363338	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1363739--1363799	3	19.7	3	80	12	70	63	1	0	34	1.04
1363986--1364275	3	95.7	3	68	17	129	59	3	5	31	1.37
1364020--1364071	22	2.3	22	86	3	68	59	3	5	30	1.39
1364300--1364334	16	2.3	15	90	5	52	68	0	0	31	0.90
1364324--1364376	24	2.2	24	74	12	56	54	5	7	32	1.52
1365202--1365238	16	2.4	16	95	4	67	18	5	16	59	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1366903--1366958	28	2.0	28	100	0	112	14	28	14	42	1.84
1377191--1377375	43	4.3	43	89	1	291	24	30	22	22	1.99
1377191--1377375	85	2.2	86	89	2	291	24	30	22	22	1.99
1377639--1377685	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
1377924--1378149	23	9.9	23	78	8	219	40	22	4	32	1.74
1381731--1381834	41	2.5	40	82	3	118	25	14	14	45	1.83
1381980--1382026	7	6.7	7	95	0	85	27	0	0	72	0.85
1381972--1382027	21	2.6	21	85	5	76	25	0	1	73	0.93
1381979--1382052	7	9.2	8	76	16	57	28	1	2	67	1.12
1382582--1382647	21	3.1	21	80	2	69	45	36	1	16	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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