genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  143  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44087361--44087420	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
44089033--44089217	92	2.0	92	100	0	370	43	6	8	41	1.61
44097976--44098050	37	2.0	37	97	0	141	18	17	16	48	1.82
44102265--44102485	40	5.6	40	80	3	241	24	25	24	25	2.00
44106150--44106357	40	5.2	40	85	0	227	25	22	25	25	2.00
44106151--44106357	80	2.6	80	84	3	256	25	22	26	26	2.00
44114195--44114430	40	6.2	40	78	12	190	25	23	25	25	2.00
44114321--44114385	31	2.1	31	97	0	121	26	24	21	27	1.99
44114281--44114415	71	1.9	71	90	0	216	25	25	25	23	2.00
44121657--44121837	40	4.6	40	83	2	222	23	26	24	24	2.00
44121657--44121837	81	2.3	79	86	2	238	23	26	24	24	2.00
44124204--44124261	29	1.9	30	93	6	100	36	0	5	58	1.20
44124455--44124640	40	4.6	40	79	5	194	26	13	24	34	1.93
44131630--44131793	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
44139143--44139306	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
44144416--44144579	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
44151983--44152146	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
44151983--44152180	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
44164668--44164701	13	2.6	13	100	0	68	0	32	32	35	1.58
44168027--44168125	50	1.9	52	93	4	175	39	12	15	33	1.84
44169859--44169895	18	2.1	18	89	0	56	5	24	2	67	1.25
44170009--44170054	12	3.5	13	82	14	58	8	19	0	71	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44170936--44170985	20	2.5	20	93	3	84	26	16	0	58	1.38
44175377--44175508	50	2.6	51	86	3	194	34	15	12	37	1.85
44177031--44177149	50	2.3	52	91	2	188	36	13	16	32	1.88
44178442--44178529	30	2.9	30	82	0	86	22	31	28	17	1.96
44180546--44180866	48	6.7	48	76	8	223	28	19	28	24	1.98
44188378--44188507	50	2.6	50	83	8	160	26	19	28	25	1.99
44190169--44190287	62	1.9	62	98	0	229	33	27	5	33	1.79
44190777--44190803	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
44193347--44193394	20	2.4	20	77	19	55	72	0	0	27	0.84
44201270--44201313	21	2.1	21	95	0	79	34	13	25	27	1.93
44202187--44202223	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
44205752--44205791	21	2.0	21	90	5	64	55	0	5	40	1.22
44207681--44207722	21	2.0	21	90	0	66	26	7	0	66	1.17
44212089--44212118	11	2.8	11	95	5	53	46	0	0	53	1.00
44212531--44212559	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
44213029--44213053	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
44214267--44214297	12	2.5	12	94	5	53	48	0	16	35	1.46
44214264--44214322	26	2.3	25	80	8	66	50	1	20	27	1.57
44221928--44222028	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
44221957--44222028	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
44229601--44229701	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
44229630--44229701	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44233576--44233676	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
44233605--44233676	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
44243379--44243410	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
44248019--44248169	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
44248055--44248185	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
44256029--44256179	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	1.99
44256065--44256195	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
44262789--44262943	43	3.6	44	79	10	142	29	17	25	28	1.97
44275523--44275592	34	2.1	34	97	0	131	30	14	24	31	1.94
44280466--44280574	43	2.5	43	78	8	123	27	16	27	28	1.97
44285150--44285189	18	2.3	18	86	4	55	25	25	2	47	1.64
44287742--44288027	27	10.7	27	90	3	425	37	16	13	32	1.88
44287742--44288024	107	2.6	107	89	3	419	37	16	12	32	1.87
44287742--44288027	134	2.1	134	92	0	464	37	16	13	32	1.88
44295158--44295191	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
44306338--44306464	43	3.0	42	76	6	139	32	16	23	27	1.96
44314971--44315039	28	2.5	28	90	2	113	18	10	26	44	1.81
44315660--44315721	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
44315704--44315828	27	4.6	27	85	2	171	30	7	20	42	1.78
44315677--44315828	54	2.8	54	86	2	162	29	9	19	41	1.83
44315675--44315828	81	1.9	81	86	5	222	30	9	19	40	1.82
44319736--44319797	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44319753--44319903	54	2.8	54	86	3	162	29	8	19	41	1.81
44319751--44319903	81	1.9	80	85	6	211	30	8	19	41	1.81
44319780--44319903	27	4.6	27	84	3	162	30	6	20	42	1.77
44332694--44332820	54	2.3	55	80	1	139	29	29	24	16	1.97
44339260--44339327	24	2.8	25	86	4	86	35	19	25	20	1.96
44348217--44348409	39	4.9	39	88	0	233	24	31	20	23	1.98
44348247--44348409	39	4.2	39	91	0	245	25	31	19	23	1.98
44350716--44350773	22	2.5	23	83	10	66	56	5	13	24	1.57
44350803--44350829	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
44350870--44350924	22	2.3	23	75	12	58	50	3	1	43	1.30
44351097--44351144	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
44351248--44351287	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
44351762--44351795	11	3.1	11	87	12	52	47	0	52	0	1.00
44351863--44351905	12	3.6	12	93	0	77	13	2	6	76	1.08
44352282--44352352	35	2.0	35	94	0	124	25	9	46	18	1.79
44353154--44354208	72	13.8	72	72	15	703	33	19	17	29	1.95
44353412--44353440	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
44353266--44355070	163	11.5	163	88	6	2469	33	20	17	28	1.95
44353575--44353603	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
44354032--44354060	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
44353071--44355068	621	3.2	622	97	1	3696	33	19	17	29	1.95
44354207--44354830	72	8.2	73	79	13	599	33	20	17	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44354654--44354682	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
44354817--44354844	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
44354774--44355066	87	3.4	87	66	18	263	32	20	18	27	1.96
44354983--44355011	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
44363621--44363812	39	4.9	40	88	1	239	23	31	20	23	1.98
44363651--44363812	39	4.2	39	91	2	254	24	32	19	23	1.98
44363651--44363801	77	1.9	79	93	2	261	23	31	20	23	1.98
44369696--44369846	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
44369732--44369862	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
44375315--44375463	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44375356--44375463	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44381780--44381941	39	4.2	39	92	1	254	23	20	31	24	1.98
44381780--44381971	39	4.9	39	89	1	242	23	21	31	23	1.98
44387442--44387609	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
44387458--44387607	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
44393149--44393293	40	3.6	39	79	3	137	24	24	28	22	2.00
44393150--44393338	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
44398757--44398924	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
44398773--44398922	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
44399316--44399343	14	2.0	14	100	0	56	7	57	0	35	1.26
44400129--44400180	26	2.0	26	96	0	95	51	15	9	23	1.72
44401322--44401369	25	2.0	24	84	12	62	33	6	2	58	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44401329--44401382	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
44409542--44409674	67	2.0	67	93	0	230	29	22	9	39	1.85
44414520--44414645	39	3.2	39	95	0	216	21	21	30	26	1.98
44414520--44414683	39	4.2	39	88	2	206	21	22	29	26	1.99
44414520--44414710	78	2.5	78	82	5	201	20	22	29	27	1.98
44414538--44414715	39	4.6	38	81	6	148	20	22	29	27	1.99
44422400--44422515	39	3.0	39	92	0	196	22	20	29	27	1.99
44423482--44423548	24	2.8	23	80	8	71	37	16	23	22	1.94
44428812--44429017	53	3.8	54	76	3	202	20	24	17	37	1.94
44436280--44436485	54	3.8	54	75	5	193	21	23	17	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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