genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  191  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60011186--60011348	39	4.2	39	89	2	229	23	19	31	25	1.98
60018793--60018903	39	2.8	39	91	1	168	22	20	32	24	1.98
60031560--60031710	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
60031597--60031726	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
60038462--60038523	24	2.5	24	92	2	106	41	19	17	20	1.90
60044565--60044687	50	2.4	49	81	10	140	32	14	13	39	1.86
60048876--60048940	31	2.1	31	88	0	94	20	1	24	53	1.54
60050464--60050518	28	1.9	29	88	3	85	32	29	12	25	1.93
60052060--60052088	14	2.1	14	100	0	58	48	0	6	44	1.29
60053055--60053155	28	3.6	29	77	4	107	27	27	18	25	1.98
60053227--60053260	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
60054870--60054900	16	1.9	16	93	0	53	9	6	32	51	1.60
60061486--60061653	40	4.2	40	80	4	160	25	26	21	26	1.99
60066171--60066492	46	6.8	48	68	19	185	22	28	20	27	1.99
60070182--60070206	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
60085453--60085581	27	4.8	27	83	0	150	33	18	20	27	1.96
60085453--60085579	54	2.4	54	89	0	191	33	18	20	26	1.96
60086944--60087111	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
60086960--60087109	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
60087652--60087707	27	2.1	27	100	0	112	51	19	3	25	1.62
60093992--60094159	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
60094008--60094157	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60094839--60094909	27	2.6	27	93	0	115	30	22	22	23	1.99
60095047--60095146	27	3.8	27	80	4	105	21	22	20	37	1.95
60095321--60095419	33	3.0	33	85	4	110	23	21	27	28	1.99
60097003--60097062	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
60110302--60110334	18	1.9	17	88	11	50	48	12	3	36	1.56
60110590--60110808	43	5.1	43	86	4	298	29	26	17	26	1.97
60117591--60117813	43	5.2	43	86	4	297	30	26	16	26	1.97
60120246--60120358	42	2.7	43	81	5	140	30	26	16	25	1.97
60123705--60123869	40	4.2	40	89	3	237	22	21	28	27	1.99
60123705--60123869	79	2.1	79	87	4	235	22	21	28	27	1.99
60131605--60131770	40	4.2	40	87	2	228	22	21	28	27	1.99
60142694--60142757	30	2.1	30	94	0	110	53	14	3	29	1.56
60145679--60145798	43	2.8	42	81	7	170	32	24	18	25	1.97
60151202--60151470	46	5.8	46	76	7	249	28	28	20	22	1.99
60151256--60151424	47	3.6	47	77	10	202	27	28	20	23	1.99
60151209--60151474	93	2.9	93	93	0	442	27	28	21	22	1.99
60153864--60153926	15	4.1	16	78	12	69	57	12	17	12	1.66
60156787--60156955	46	3.7	45	79	8	198	28	29	20	20	1.98
60156795--60156964	93	1.8	91	92	2	286	28	30	21	20	1.98
60156926--60157037	34	3.1	37	76	20	110	32	28	19	19	1.97
60159436--60159470	15	2.3	15	100	0	70	62	11	14	11	1.54
60160456--60160502	23	2.0	23	100	0	94	27	21	4	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60162421--60162560	75	1.9	75	93	0	244	28	30	18	22	1.97
60166002--60166056	18	3.1	18	94	0	101	16	38	5	40	1.72
60168024--60168061	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
60168113--60168150	12	2.9	13	81	14	51	60	0	5	34	1.19
60168106--60168219	14	9.1	12	70	24	67	64	0	6	28	1.24
60168175--60168207	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
60168332--60168370	12	3.1	12	85	10	51	69	0	0	30	0.89
60168332--60168394	30	2.2	30	86	10	89	65	0	1	33	1.03
60168347--60168397	17	2.7	19	77	17	54	62	0	1	35	1.06
60168332--60168402	30	2.5	29	80	14	87	66	0	1	32	1.01
60168307--60168397	22	3.6	25	71	21	57	63	2	2	31	1.18
60169384--60169426	21	2.1	21	86	4	61	25	13	34	25	1.93
60170019--60170296	44	6.4	44	79	7	214	28	26	16	29	1.97
60170064--60170310	127	1.9	129	83	6	324	27	26	17	29	1.97
60172983--60173166	48	3.9	48	95	1	334	33	5	29	30	1.81
60172986--60173166	95	1.9	95	96	0	335	34	6	29	29	1.82
60173005--60173201	95	2.1	94	86	5	272	34	6	28	30	1.83
60174617--60174892	40	6.9	40	93	1	448	19	23	30	26	1.98
60174902--60175056	28	5.5	28	74	9	125	21	18	29	30	1.97
60174898--60175077	57	3.2	57	86	2	247	22	18	30	29	1.97
60174930--60175031	29	3.6	29	76	7	100	22	16	31	29	1.96
60178556--60178749	48	4.0	48	96	0	352	32	6	29	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60185529--60185699	93	1.8	93	89	2	272	29	29	20	20	1.98
60185521--60185695	46	3.8	44	77	10	181	30	29	20	20	1.97
60185526--60185715	46	4.1	46	70	20	128	30	28	20	21	1.98
60188753--60188884	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
60188752--60188884	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
60196446--60196474	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
60196508--60196639	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
60196507--60196639	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
60199211--60199266	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
60202219--60202388	46	3.7	46	78	7	191	30	30	19	20	1.97
60202227--60202397	93	1.8	93	92	0	288	28	29	20	21	1.98
60208299--60208422	24	5.2	24	94	1	214	33	4	41	20	1.71
60208299--60208422	47	2.6	48	93	2	214	33	4	41	20	1.71
60209881--60209963	27	3.1	27	74	8	89	18	22	19	39	1.92
60213380--60213417	19	2.1	18	85	9	51	55	5	0	39	1.23
60214152--60214221	26	2.8	25	82	16	76	68	1	5	24	1.19
60214159--60214268	49	2.3	48	82	7	125	66	1	5	26	1.23
60214363--60214425	30	2.2	29	83	10	78	65	0	3	31	1.09
60214380--60214438	30	1.9	30	89	6	91	61	0	3	35	1.13
60219301--60219335	8	4.4	8	88	0	52	45	25	20	8	1.79
60219306--60219339	16	2.1	16	100	0	68	41	29	23	5	1.78
60219558--60219625	29	2.3	29	94	0	118	26	13	30	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60232189--60232365	50	3.6	47	76	12	144	24	29	18	28	1.98
60241058--60241089	15	2.1	15	94	0	55	37	12	21	28	1.90
60247225--60247322	28	3.5	28	86	5	119	30	27	14	27	1.95
60255152--60255221	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
60260337--60260393	26	2.2	26	83	3	69	28	17	19	35	1.94
60262615--60262653	17	2.3	17	86	0	51	76	5	2	15	1.06
60264020--60264075	24	2.3	25	87	3	78	37	26	14	21	1.92
60279351--60279453	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
60282642--60282759	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60282610--60282773	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60290221--60290338	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60290189--60290352	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60297776--60297878	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
60301966--60302169	46	4.3	47	79	10	184	29	19	27	23	1.98
60301966--60302179	49	4.5	48	80	7	204	29	19	28	22	1.98
60304981--60305021	20	2.0	20	100	0	82	43	9	9	36	1.71
60311174--60311206	17	2.0	16	94	5	57	0	15	0	84	0.61
60316838--60317087	46	5.3	48	76	10	207	27	20	30	22	1.98
60327439--60327608	46	3.7	46	77	8	184	22	21	27	28	1.99
60331902--60332066	42	3.9	42	81	7	192	28	25	16	29	1.97
60343600--60343785	40	4.7	40	88	5	252	24	21	26	26	1.99
60343600--60343808	80	2.6	79	82	10	230	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60351737--60351922	40	4.7	40	86	5	234	24	19	26	28	1.99
60355282--60355465	78	2.3	82	83	8	229	23	27	24	24	2.00
60355275--60355465	40	4.8	39	75	10	154	23	28	24	24	2.00
60363315--60363439	40	3.2	40	82	5	139	22	27	24	25	2.00
60371454--60371605	80	1.9	80	91	0	250	26	23	26	23	2.00
60371456--60371602	40	3.7	40	90	0	222	25	23	27	23	2.00
60373272--60373401	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
60381797--60381897	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
60389713--60389813	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
60392794--60392951	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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