genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.414.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  414  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127394826--127394857	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
127403012--127403324	53	5.5	53	70	18	229	25	14	22	38	1.91
127402925--127403345	116	3.6	116	97	0	774	24	14	23	38	1.91
127403282--127403465	72	2.5	73	82	4	230	25	15	25	34	1.94
127403718--127403825	57	1.9	56	87	5	157	29	14	16	38	1.89
127403795--127403856	30	2.1	30	87	6	90	17	11	29	41	1.84
127405123--127405160	18	2.2	18	90	4	60	15	34	42	7	1.76
127405539--127405673	2	71.5	2	70	16	65	39	3	3	53	1.37
127405547--127405588	15	2.8	15	85	7	59	38	0	4	57	1.20
127408260--127408303	19	2.3	19	84	7	54	38	11	22	27	1.88
127410877--127410935	20	2.9	20	80	7	57	59	6	0	33	1.24
127411144--127411226	3	27.3	3	74	16	66	66	1	3	28	1.16
127411140--127411226	30	2.9	28	75	20	79	65	1	3	29	1.16
127411149--127411237	18	4.8	18	80	9	81	69	1	3	25	1.11
127411636--127411720	22	3.6	25	77	20	94	12	0	48	38	1.42
127411636--127411720	13	7.2	13	75	22	89	12	0	48	38	1.42
127411624--127411720	35	2.8	35	90	4	160	12	0	50	37	1.40
127417911--127417976	27	2.4	28	84	2	80	56	6	19	18	1.62
127417913--127417976	28	2.3	27	81	5	74	56	6	20	17	1.62
127426768--127426813	24	1.9	24	90	0	74	47	8	6	36	1.60
127441920--127441956	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
127442129--127442162	16	2.0	18	88	11	54	38	0	2	58	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127442268--127442564	142	2.1	141	80	9	329	46	2	10	40	1.52
127442537--127442580	23	2.0	22	86	4	61	43	2	2	52	1.26
127442570--127442599	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
127443385--127443435	15	3.5	15	86	2	77	35	0	11	52	1.38
127448275--127448502	46	5.0	46	90	1	296	40	13	23	21	1.89
127449547--127449586	19	2.1	19	85	0	53	62	12	12	12	1.55
127452410--127452455	23	2.0	23	100	0	92	43	13	8	34	1.74
127452509--127452535	14	1.9	14	100	0	54	74	7	3	14	1.18
127452595--127452652	19	3.1	18	80	11	71	62	0	0	37	0.96
127453607--127453682	37	2.1	37	97	0	143	26	31	9	32	1.88
127456054--127456116	31	2.0	31	100	0	126	20	19	25	34	1.96
127456608--127456641	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
127457392--127457423	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
127458435--127458465	14	2.2	14	94	0	53	3	0	6	90	0.55
127463683--127463750	33	2.1	33	85	0	91	38	20	20	20	1.94
127464800--127464846	20	2.4	20	75	3	51	61	0	38	0	0.96
127469617--127469646	15	1.9	16	93	6	53	66	13	13	6	1.43
127469598--127469644	20	2.4	19	76	13	51	72	10	12	4	1.25
127469650--127469683	4	8.5	4	87	12	52	76	0	23	0	0.79
127473921--127473971	3	17.3	3	79	4	50	56	0	7	35	1.28
127474073--127474165	15	6.2	15	72	26	81	63	0	8	27	1.23
127474099--127474204	43	2.4	45	85	6	146	63	0	7	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127476174--127476897	206	3.5	205	91	1	1119	29	22	18	30	1.97
127484896--127484945	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
127488780--127488830	3	17.3	3	79	4	50	56	0	7	35	1.28
127488932--127489024	15	6.2	15	72	26	81	63	0	8	27	1.23
127488958--127489063	43	2.4	45	85	6	146	63	0	7	29	1.22
127492405--127492448	16	2.8	16	86	13	65	65	4	20	9	1.38
127492450--127492495	20	2.3	20	81	3	58	67	0	32	0	0.91
127493631--127493677	24	2.0	24	83	8	60	36	4	19	40	1.71
127495256--127495344	33	2.7	32	80	15	99	25	2	29	42	1.67
127495360--127495458	34	2.9	34	78	10	114	40	1	14	44	1.51
127495522--127495916	124	3.2	123	86	2	504	35	16	18	29	1.93
127498835--127498872	15	2.5	15	84	12	51	47	7	0	44	1.32
127499655--127499685	16	2.0	15	93	6	53	70	6	6	16	1.29
127500551--127500583	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
127503621--127503656	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
127506014--127506052	21	1.9	20	89	5	60	43	2	7	46	1.46
127506046--127506151	20	5.2	19	69	18	61	58	3	0	36	1.23
127511464--127511515	25	2.2	24	83	10	63	44	3	21	30	1.70
127514465--127514489	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
127514857--127514903	18	2.7	18	81	15	55	2	23	0	74	0.93
127516283--127516312	15	2.0	15	93	0	51	50	13	16	20	1.78
127517961--127518148	49	3.8	49	79	5	216	26	17	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127517956--127518143	100	1.9	100	95	0	340	25	18	26	29	1.98
127521671--127521758	23	3.8	23	81	15	85	34	18	23	23	1.96
127526481--127526527	22	2.0	22	84	8	58	21	17	12	48	1.79
127527416--127527568	39	3.9	39	86	0	207	23	30	20	25	1.99
127527385--127527567	78	2.3	79	88	1	260	22	29	22	25	1.99
127531454--127531484	13	2.4	13	94	0	53	16	38	29	16	1.90
127536350--127536405	21	2.6	20	83	13	67	50	0	10	39	1.37
127536375--127536426	25	2.1	24	85	3	68	53	3	3	38	1.37
127536454--127536482	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
127537291--127537330	4	10.0	4	84	10	55	27	0	0	72	0.85
127537291--127537333	16	2.6	17	89	7	63	27	0	0	72	0.85
127538622--127538669	14	3.5	14	80	5	53	58	8	14	18	1.61
127538724--127538758	14	2.5	14	90	9	54	60	0	14	25	1.35
127538649--127538897	85	2.9	83	89	5	347	34	19	17	28	1.94
127538688--127539149	85	5.5	84	80	10	527	34	20	16	28	1.94
127538658--127539154	162	2.9	164	82	9	558	34	20	16	28	1.94
127538688--127539380	246	2.9	247	80	13	739	34	20	15	29	1.94
127539108--127539217	54	2.0	55	92	1	186	39	16	14	30	1.88
127539293--127539324	15	2.2	14	94	5	55	65	0	12	21	1.25
127538938--127539397	234	2.0	223	83	9	570	35	19	15	28	1.93
127557058--127557097	18	2.1	20	86	9	57	55	2	15	27	1.53
127557752--127557789	18	2.1	19	95	5	69	52	0	26	21	1.47
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127560004--127560139	26	5.2	26	93	0	227	32	5	25	36	1.78
127561758--127561897	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
127561758--127561897	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
127563547--127563575	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
127564127--127564182	27	2.1	27	96	0	103	37	0	12	50	1.41
127565872--127566440	285	2.0	286	93	0	978	30	14	23	31	1.94
127570099--127570136	5	7.8	5	88	5	60	78	0	2	18	0.86
127570093--127570135	19	2.3	19	87	0	68	76	0	2	20	0.89
127578683--127578720	20	1.9	20	94	0	67	34	0	10	55	1.34
127580349--127580417	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
127586054--127586089	16	2.3	15	86	9	54	36	0	0	63	0.94
127586780--127586887	38	2.8	39	73	7	103	22	20	25	31	1.98
127587586--127587666	42	1.9	42	100	0	162	34	7	13	44	1.72
127587797--127587823	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
127589911--127590018	26	4.2	26	91	0	180	33	8	24	34	1.85
127590509--127590616	26	4.2	26	92	0	189	33	7	24	35	1.83
127589596--127591389	598	3.0	598	98	0	3437	35	11	22	30	1.89
127591107--127591214	26	4.2	26	90	0	180	31	8	24	36	1.85
127593063--127593143	32	2.4	34	75	8	85	27	19	23	29	1.98
127597274--127597309	16	2.3	15	86	9	54	36	0	0	63	0.94
127597462--127597503	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
127597648--127597689	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127598500--127598535	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
127599151--127599283	38	3.4	38	80	7	117	23	20	27	28	1.99
127600124--127600159	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
127606266--127606316	23	2.2	22	83	13	59	54	1	9	33	1.44
127613184--127613223	21	2.0	21	90	5	64	22	42	10	25	1.84
127620681--127620794	6	19.0	6	90	0	147	34	5	17	42	1.72
127624596--127624648	24	2.2	25	93	3	90	66	1	3	28	1.20
127625809--127625860	27	2.0	25	88	7	77	21	3	7	67	1.32
127632799--127632924	43	2.8	45	80	7	139	33	14	24	27	1.94
127640161--127640286	43	2.8	45	80	7	139	33	14	23	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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