genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.416.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  416  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127795087--127795218	54	2.5	55	83	3	180	34	6	15	43	1.72
127795786--127795836	26	2.0	26	88	0	75	49	0	1	49	1.12
127795801--127795838	19	2.1	19	90	5	60	42	0	2	55	1.14
127796354--127796387	17	2.0	17	100	0	68	11	35	11	41	1.78
127803807--127803846	21	2.0	20	85	5	53	52	7	2	37	1.43
127804663--127804803	68	2.1	68	87	0	201	29	22	17	31	1.96
127805362--127805407	23	2.0	23	100	0	92	43	0	26	30	1.55
127805632--127805782	75	2.0	75	98	0	293	32	16	18	32	1.93
127807802--127807952	53	2.8	53	87	4	196	25	17	27	29	1.97
127810572--127810747	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
127810569--127810740	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
127818118--127818293	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
127818115--127818286	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
127822190--127822356	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
127822185--127822356	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
127825972--127826004	14	2.4	14	94	0	57	90	0	9	0	0.44
127826000--127826032	15	2.3	15	90	10	52	66	27	0	6	1.15
127828601--127828636	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
127835512--127835933	70	6.2	69	75	13	403	24	14	22	38	1.91
127835654--127835899	121	2.0	123	90	3	390	24	13	22	39	1.91
127835345--127835936	262	2.3	257	95	2	1049	25	14	22	36	1.93
127835774--127835939	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127835872--127836359	140	3.5	140	96	1	888	25	17	20	37	1.93
127836197--127836230	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
127836364--127836510	72	2.1	70	92	2	240	36	16	16	31	1.91
127836542--127836575	14	2.4	14	90	0	50	20	17	2	58	1.51
127836580--127836927	74	4.6	75	86	5	459	30	16	22	30	1.96
127836579--127836926	151	2.3	152	88	5	506	30	16	22	30	1.96
127837571--127837608	12	2.9	13	88	7	51	86	2	10	0	0.66
127837604--127837643	19	2.3	18	87	12	57	60	35	0	5	1.19
127838219--127838249	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
127841111--127841149	13	2.9	13	84	3	51	41	10	0	48	1.37
127845040--127845148	26	4.2	26	96	1	184	33	5	25	35	1.79
127848456--127848493	18	2.1	18	100	0	76	31	10	10	47	1.72
127848709--127848752	22	2.1	20	83	8	52	36	6	0	56	1.26
127849178--127849229	16	3.5	15	76	7	52	82	7	5	3	0.93
127851777--127851812	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
127856793--127857568	78	9.9	74	68	16	358	30	16	19	34	1.93
127857030--127857327	150	2.0	147	79	10	318	32	16	18	33	1.93
127857427--127857574	75	2.0	73	88	2	215	29	15	20	34	1.94
127857016--127857574	72	7.2	74	72	14	312	30	16	18	34	1.93
127857481--127857740	92	2.9	90	78	12	259	27	17	18	36	1.93
127856793--127858265	557	2.7	527	78	13	1325	30	16	18	34	1.94
127857681--127858226	72	7.5	72	88	5	665	30	16	19	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127857679--127858224	214	2.5	212	83	6	675	31	16	19	32	1.94
127859093--127859162	18	4.2	17	77	15	76	80	11	4	4	1.00
127859110--127859162	15	3.5	15	77	10	54	83	7	5	3	0.92
127861825--127861851	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
127862415--127862446	12	2.6	13	85	14	50	15	12	31	40	1.85
127863882--127863972	30	3.0	30	96	0	164	27	48	3	20	1.65
127863899--127863953	18	3.4	18	67	27	59	25	47	3	23	1.68
127863887--127864008	30	4.1	30	91	2	131	26	45	4	22	1.72
127863882--127864002	60	2.0	60	85	3	163	26	46	4	23	1.70
127864516--127864647	25	5.5	25	72	15	84	35	6	3	55	1.40
127864633--127864685	19	2.8	20	74	8	56	30	7	5	56	1.50
127864675--127864739	25	2.8	24	88	6	98	33	4	6	55	1.45
127864826--127864851	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
127864907--127864966	24	2.5	24	86	5	77	30	1	3	65	1.19
127864914--127864955	8	5.5	8	94	2	61	30	0	4	64	1.14
127864914--127864962	16	3.1	16	85	11	66	30	0	4	65	1.11
127873860--127874003	76	1.9	76	85	0	198	28	14	21	35	1.93
127873949--127874064	58	2.0	58	83	6	146	25	16	25	32	1.96
127873878--127874139	133	2.0	134	85	5	361	27	15	24	33	1.95
127874007--127874472	88	5.9	74	76	12	330	28	16	20	34	1.94
127874149--127874526	88	4.5	82	75	13	292	28	17	19	34	1.94
127874452--127874486	14	2.5	14	90	0	52	20	22	2	54	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127874053--127874560	254	2.0	250	83	5	639	27	16	18	36	1.93
127874394--127874563	89	1.9	89	83	2	223	28	19	18	33	1.96
127874465--127874631	75	2.2	77	84	5	214	25	21	19	32	1.97
127874720--127874751	14	2.3	14	94	0	55	15	15	6	62	1.51
127874543--127874745	102	2.0	100	82	8	248	25	17	17	39	1.91
127874669--127874839	87	2.0	87	81	6	204	24	17	19	38	1.93
127874822--127874856	17	2.0	18	94	5	63	17	8	0	74	1.06
127874839--127875002	75	2.2	77	88	4	244	27	20	18	33	1.96
127875096--127875127	14	2.3	14	100	0	64	18	12	6	62	1.50
127874935--127875128	107	1.8	105	82	8	248	25	15	18	40	1.90
127874466--127875302	376	2.2	373	93	1	1410	25	17	18	38	1.92
127876013--127876112	30	3.3	30	83	2	130	28	48	4	20	1.67
127876296--127876327	17	1.9	17	93	6	57	21	6	31	40	1.78
127876609--127876739	25	5.5	25	74	12	98	35	6	3	55	1.40
127876626--127876739	50	2.3	48	77	8	113	35	6	3	54	1.43
127876687--127876748	14	4.6	14	70	20	51	35	6	1	56	1.35
127876766--127876830	25	2.8	24	88	6	98	33	4	6	55	1.45
127876985--127877032	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
127876985--127877036	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
127881481--127881542	24	2.6	24	89	0	88	30	25	4	38	1.77
127891954--127891983	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
127894872--127894898	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127900871--127900904	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
127901194--127901284	19	4.9	19	90	8	152	36	14	10	38	1.81
127901187--127901284	35	2.7	37	86	12	141	35	15	10	38	1.81
127901887--127901926	20	2.0	20	95	0	71	20	10	2	67	1.31
127902604--127902639	17	2.1	18	89	5	56	25	16	2	55	1.55
127905533--127905638	6	16.8	6	80	18	56	28	0	0	70	0.93
127905558--127905635	3	27.0	3	85	12	110	29	0	1	69	0.97
127907208--127907257	10	5.0	10	81	13	59	20	10	2	68	1.29
127907934--127907969	17	2.1	18	89	5	56	25	16	2	55	1.55
127910016--127910078	13	4.8	13	73	11	65	65	3	11	20	1.38
127910009--127910048	12	3.2	12	79	6	53	57	10	10	22	1.61
127910020--127910100	40	2.0	40	100	0	162	64	4	12	18	1.45
127910150--127910198	23	2.1	23	84	0	62	53	12	4	30	1.57
127910877--127910913	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
127915858--127915941	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
127918590--127918654	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
127918845--127918886	17	2.6	16	78	17	50	78	0	16	4	0.91
127921559--127921617	26	2.3	26	100	0	118	37	25	3	33	1.73
127921600--127921654	20	2.9	19	81	10	69	34	30	0	34	1.58
127925332--127925383	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
127926855--127926989	26	5.2	26	93	0	227	37	24	5	33	1.78
127926855--127926989	52	2.6	52	97	1	254	37	24	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127932681--127932815	26	5.2	26	90	1	218	37	23	5	34	1.77
127938511--127938645	26	5.2	26	94	1	227	36	25	5	33	1.78
127938511--127938645	51	2.6	52	96	1	245	36	25	5	33	1.78
127939114--127939156	22	2.0	22	86	9	61	37	0	18	44	1.50
127941058--127941113	5	10.6	5	81	11	67	57	3	0	39	1.16
127941057--127941110	12	4.3	12	80	17	65	55	3	0	40	1.17
127941206--127941256	21	2.4	22	80	6	61	58	3	0	37	1.16
127945729--127945784	5	10.6	5	81	11	67	57	3	0	39	1.16
127945728--127945781	12	4.3	12	80	17	65	55	3	0	40	1.17
127945877--127945927	21	2.4	22	80	6	61	58	3	0	37	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433