genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  38  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9880334--9880377	23	2.0	23	90	4	72	47	4	13	34	1.63
9881863--9881994	27	4.9	26	87	5	158	35	21	23	18	1.96
9885782--9886245	44	10.6	42	72	15	284	21	22	20	35	1.96
9885647--9886115	88	5.4	86	82	8	459	21	23	20	35	1.96
9886090--9886248	87	1.8	87	84	2	221	22	22	21	33	1.97
9885960--9886245	130	2.2	129	89	5	441	22	22	20	34	1.97
9886310--9886441	66	2.0	66	92	0	219	35	12	20	31	1.89
9892847--9892882	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
9892972--9893015	23	2.0	23	90	4	72	47	4	13	34	1.63
9893171--9893196	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9893417--9893457	21	2.0	21	90	0	64	56	7	0	36	1.27
9895181--9895235	28	2.0	28	82	13	69	70	5	0	23	1.07
9895291--9895324	16	2.1	17	94	5	61	55	0	0	44	0.99
9895298--9895354	28	2.0	28	86	6	80	63	0	0	36	0.95
9895311--9895354	14	3.1	14	78	12	54	63	0	0	36	0.95
9900043--9900150	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
9905578--9905605	8	3.5	8	100	0	56	0	10	0	89	0.49
9905888--9905912	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
9912002--9912055	5	10.6	5	96	4	99	38	0	0	61	0.96
9912500--9912528	14	2.1	14	100	0	58	58	0	27	13	1.36
9913461--9913509	20	2.5	20	78	18	57	57	0	6	36	1.24
9913635--9913659	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9913688--9913794	47	2.3	47	91	0	169	15	20	23	40	1.91
9913924--9913993	18	3.8	18	80	1	68	37	8	11	42	1.72
9920493--9920593	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
9920522--9920593	29	2.5	28	91	6	110	30	13	26	29	1.94
9925613--9925754	27	5.3	27	83	6	173	36	23	22	17	1.95
9925595--9925754	54	3.0	54	87	4	227	36	21	23	18	1.95
9925857--9925930	25	2.8	26	87	6	96	31	8	22	37	1.84
9927365--9927472	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
9929856--9929962	47	2.3	47	91	0	169	15	18	23	42	1.89
9930092--9930156	18	3.6	18	80	0	85	38	10	12	38	1.78
9936408--9936432	12	2.1	12	100	0	50	24	24	16	36	1.94
9936459--9936565	47	2.3	47	91	0	169	15	18	23	42	1.89
9936693--9936778	18	4.7	18	79	1	73	36	9	12	41	1.75
9936693--9936778	36	2.4	37	84	2	111	36	9	12	41	1.75
9938130--9938359	44	5.0	44	70	18	153	32	20	20	27	1.97
9938042--9938578	94	5.7	94	80	3	517	33	20	19	27	1.96
9938042--9938537	187	2.6	187	80	2	566	33	19	19	27	1.97
9938669--9938824	44	3.4	44	70	19	129	34	17	21	26	1.96
9938042--9938884	94	9.0	94	73	7	514	34	18	19	27	1.96
9938659--9938797	50	3.0	46	72	17	117	34	16	20	28	1.95
9940134--9940212	30	2.7	30	71	13	74	25	8	6	59	1.51
9945394--9945449	17	3.3	17	73	24	55	62	0	1	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9945594--9945651	26	2.3	24	78	21	66	62	1	1	34	1.16
9950362--9950416	22	2.5	22	87	0	83	43	7	3	45	1.49
9953067--9953097	16	1.9	16	100	0	62	19	32	9	38	1.84
9953273--9953297	9	2.8	9	100	0	50	92	8	0	0	0.40
9954904--9954942	19	2.1	19	100	0	78	38	25	0	35	1.56
9955910--9955939	14	2.1	15	93	6	53	0	0	10	90	0.47
9956886--9957504	176	3.5	176	87	2	814	46	8	14	31	1.74
9958050--9958093	20	2.3	20	88	7	65	45	4	4	45	1.44
9960004--9960038	18	1.9	18	88	0	52	40	0	2	57	1.14
9962102--9962149	23	2.2	22	85	7	62	47	0	2	50	1.12
9971153--9971196	23	1.9	23	82	17	56	34	22	13	29	1.93
9976793--9976848	21	2.6	23	83	10	66	50	5	0	44	1.25
9979392--9979456	31	2.2	31	83	5	80	33	0	7	58	1.27
9979433--9979475	16	2.7	16	75	13	52	23	2	13	60	1.45
9984751--9984879	42	3.0	42	95	3	231	26	10	19	43	1.84
9993193--9993296	42	2.5	42	85	4	147	29	26	13	29	1.94
9993418--9993566	31	4.8	31	92	0	235	25	28	19	26	1.99
9993542--9993670	50	2.5	51	87	7	183	25	21	16	36	1.94
9995078--9995139	31	2.0	31	100	0	124	45	6	9	38	1.63
9996205--9996333	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
9996309--9996488	31	5.8	31	90	2	272	27	19	27	26	1.99
9996487--9996515	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9996621--9996720	42	2.4	43	86	5	141	30	14	27	29	1.95
10010131--10010206	3	25.3	3	80	0	53	44	34	18	2	1.64
10010134--10010213	24	3.3	24	92	0	124	45	35	17	2	1.62
10010131--10010240	18	6.3	18	78	8	93	43	36	18	1	1.61
10010131--10010218	6	14.7	6	80	0	86	44	35	18	2	1.62
10010618--10010680	28	2.2	28	100	0	126	14	14	12	58	1.63
10027553--10027847	122	2.4	122	85	5	375	31	17	6	44	1.74
10028542--10028584	19	2.3	19	100	0	86	9	32	34	23	1.87
10039289--10039333	16	2.7	17	80	16	58	48	0	0	51	1.00
10040534--10040581	26	1.9	25	83	8	62	50	12	2	35	1.52
10041541--10041599	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91
10043268--10043307	20	2.0	21	85	14	57	35	25	10	30	1.88
10045020--10045063	23	2.0	23	82	13	56	84	4	6	4	0.88
10049052--10049086	7	5.1	7	89	3	54	85	0	14	0	0.59
10058357--10058527	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	21	1.98
10058352--10058524	46	3.7	47	81	10	221	29	27	20	21	1.98
10058950--10059009	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
10061831--10061960	64	2.0	64	89	0	197	21	18	23	36	1.95
10064462--10064552	35	2.6	35	92	1	148	26	14	23	36	1.93
10070250--10070291	6	7.0	6	100	0	84	16	0	83	0	0.65
10071860--10071895	15	2.4	15	90	0	54	41	11	16	30	1.83
10078960--10079041	40	2.0	40	97	0	155	50	20	9	19	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10080319--10080441	18	6.7	18	67	19	58	30	0	4	65	1.17
10080314--10080426	54	2.1	54	96	3	212	31	0	3	63	1.17
10085747--10085776	14	2.1	14	100	0	60	40	23	6	30	1.80
10086149--10086198	24	2.1	24	96	0	91	30	26	0	44	1.55
10088746--10088793	8	5.8	8	78	9	51	16	12	27	43	1.84
10090722--10090847	40	3.2	39	79	10	132	21	24	24	29	1.99
10096517--10096556	8	4.8	8	82	11	53	17	12	25	45	1.83
10096990--10097083	34	2.8	33	84	7	118	39	15	0	44	1.47
10097120--10097197	34	2.3	35	86	4	106	48	20	1	29	1.57
10098834--10098997	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
10098834--10099031	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
10104319--10104482	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
10104319--10104516	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
10107082--10107117	17	2.1	17	89	0	54	38	19	8	33	1.82
10107811--10107890	32	2.5	32	84	6	110	23	11	15	50	1.76
10107932--10108038	49	2.2	48	77	11	110	29	10	11	48	1.72
10109300--10109349	5	9.6	5	91	8	82	22	0	0	78	0.76
10112592--10112737	39	3.7	39	91	0	238	29	26	21	21	1.99
10113228--10113252	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
10119395--10119572	39	4.6	39	87	2	243	28	27	22	21	1.99
10122943--10123012	35	2.0	35	94	0	122	48	18	18	14	1.81
10124430--10124462	5	6.6	5	92	0	57	18	0	3	78	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10133316--10133362	24	2.0	24	91	8	78	68	4	4	23	1.26
10140927--10140984	25	2.3	26	85	8	77	68	5	0	25	1.10
10140960--10141002	22	2.0	22	86	9	61	72	6	0	20	1.08
10142221--10142300	29	2.7	30	78	7	74	41	3	3	51	1.38
10142405--10142489	32	2.8	30	80	12	84	51	10	1	36	1.44
10147175--10147210	15	2.3	15	90	4	54	8	5	2	83	0.89
10147330--10147369	19	2.0	20	90	4	64	65	0	0	35	0.93
10147966--10147997	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
10148014--10148119	56	1.9	55	84	1	140	49	15	3	32	1.62
10149145--10149176	15	2.1	15	100	0	64	53	0	15	31	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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