genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.387.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  387  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120686052--120686103	18	2.9	18	88	0	77	36	11	11	40	1.78
120686520--120686776	72	3.6	72	84	4	322	26	5	14	53	1.63
120690302--120690566	18	14.8	18	81	4	250	3	15	28	52	1.59
120690302--120690560	36	7.2	36	84	2	288	3	15	28	52	1.58
120690302--120690572	54	5.0	54	85	2	294	3	16	28	51	1.61
120694883--120694913	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
120695041--120695080	18	2.2	18	86	8	55	35	0	5	60	1.19
120695220--120695265	23	2.0	23	87	4	67	43	4	8	43	1.55
120695304--120695333	15	2.0	15	100	0	60	40	40	0	20	1.52
120702835--120702864	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
120707957--120708201	131	1.9	130	87	0	364	26	20	18	33	1.96
120711726--120711892	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
120711721--120711892	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
120724415--120725073	176	3.7	176	89	1	928	30	22	18	28	1.97
120735515--120735685	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
120735507--120735687	46	3.9	46	80	9	224	28	29	20	20	1.98
120739920--120739964	22	2.1	21	87	4	63	57	2	0	40	1.11
120741842--120742044	45	4.6	45	70	7	144	27	19	24	28	1.99
120744868--120745104	131	1.8	130	90	0	384	27	18	18	34	1.95
120747913--120747972	30	2.0	30	93	0	102	58	10	3	28	1.46
120750523--120750744	46	4.8	46	79	11	222	27	18	31	23	1.97
120751902--120751939	20	1.9	19	94	5	67	10	44	31	13	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120752431--120752553	64	1.9	64	85	5	167	38	5	13	43	1.67
120753627--120753706	30	2.7	28	74	16	81	40	0	0	60	0.97
120753795--120753846	25	2.0	26	82	10	63	67	1	1	28	1.12
120753884--120753940	30	1.9	30	85	7	80	35	5	0	59	1.20
120755447--120755488	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
120761391--120761421	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
120766984--120767008	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
120767404--120767435	2	16.0	2	93	0	55	50	0	3	46	1.17
120768084--120768694	130	4.7	130	84	3	667	27	18	19	35	1.95
120769274--120769298	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
120770609--120770648	22	1.9	20	85	10	53	55	2	2	40	1.27
120776212--120776252	1	41.0	1	95	0	73	0	0	2	97	0.17
120776387--120776711	162	2.0	163	98	1	634	36	13	17	32	1.89
120787527--120787555	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
120787731--120787791	30	2.1	30	81	6	72	55	11	0	32	1.36
120796958--120797031	32	2.2	32	81	13	80	63	1	2	32	1.17
120797933--120797972	20	2.0	20	85	0	53	45	2	10	42	1.51
120798777--120798803	14	1.9	14	100	0	54	44	11	14	29	1.80
120800192--120800252	20	3.0	20	73	15	63	62	1	3	32	1.21
120800161--120800226	32	2.1	32	86	8	91	60	3	3	33	1.27
120801665--120801714	19	2.5	20	80	6	57	46	0	26	28	1.53
120814935--120815254	46	7.0	46	90	0	417	40	13	24	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120814982--120815053	21	3.2	21	68	21	65	40	9	23	26	1.85
120818270--120818317	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
120823465--120823489	11	2.3	11	100	0	50	16	24	0	60	1.36
120823843--120823906	34	1.9	34	87	9	96	25	9	12	53	1.68
120824984--120825172	96	2.0	97	84	3	247	25	8	22	42	1.82
120834590--120834643	26	2.1	26	86	6	74	33	3	7	55	1.45
120841610--120841652	21	2.0	21	100	0	86	48	18	0	32	1.48
120841610--120841663	21	2.6	21	90	0	72	44	20	3	31	1.69
120854346--120854547	42	4.8	42	81	6	230	31	15	22	29	1.95
120857204--120857310	49	2.3	46	85	4	142	31	13	13	42	1.82
120857669--120857711	21	2.0	21	100	0	86	18	13	18	48	1.80
120859678--120859713	18	2.0	18	100	0	72	33	5	11	50	1.61
120860107--120860213	26	4.2	26	90	7	157	32	5	25	36	1.79
120860115--120860211	49	2.0	49	93	0	167	29	6	26	37	1.81
120861697--120861749	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
120863513--120863546	4	8.5	4	100	0	68	50	23	0	26	1.50
120866189--120866249	20	3.1	19	81	11	52	55	3	4	36	1.38
120866202--120866249	19	2.5	20	82	3	62	54	2	6	37	1.38
120866202--120866263	20	3.2	20	83	2	72	51	1	8	38	1.41
120866204--120866266	19	3.2	20	82	4	58	52	1	9	36	1.44
120866991--120867026	4	9.0	4	87	0	54	22	22	0	55	1.44
120869398--120869422	13	1.9	13	100	0	50	64	16	0	20	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120871405--120871700	43	6.9	42	82	5	317	29	25	18	27	1.98
120871412--120871700	128	2.2	129	83	5	354	28	25	18	27	1.98
120871726--120871831	44	2.5	44	82	3	126	21	16	20	40	1.91
120871740--120871831	44	2.1	44	87	0	130	20	16	20	42	1.89
120872170--120872210	21	2.0	21	90	0	64	0	39	19	41	1.52
120873393--120873429	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
120874012--120874047	16	2.3	16	90	4	56	8	0	30	61	1.26
120874043--120874078	17	2.1	17	90	10	56	0	8	2	88	0.59
120874043--120874076	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
120879507--120879637	9	14.6	9	80	3	156	34	0	19	45	1.56
120879481--120879631	18	8.2	18	75	10	90	36	0	17	45	1.54
120879495--120879619	63	2.0	63	91	0	205	35	0	18	45	1.55
120882432--120882520	7	12.6	7	75	11	83	43	38	1	16	1.56
120883109--120883819	168	4.2	167	84	3	847	29	15	21	33	1.94
120883109--120883771	334	2.0	336	85	4	892	29	15	21	33	1.94
120883101--120883762	84	7.9	83	74	5	499	29	15	21	33	1.94
120884251--120884306	22	2.6	21	83	10	76	50	3	1	44	1.29
120893110--120893161	26	2.0	26	92	0	86	30	13	17	38	1.88
120900473--120900600	25	4.9	28	71	21	82	53	5	7	33	1.53
120900765--120901070	21	14.5	22	72	21	105	59	5	1	33	1.31
120900822--120900899	23	3.4	23	84	6	97	55	5	2	37	1.36
120900808--120900899	47	1.9	47	84	4	121	57	4	2	35	1.31
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120900950--120900989	17	2.4	17	87	4	55	60	5	0	35	1.19
120900991--120901070	3	26.7	3	94	5	144	66	0	0	33	0.92
120901120--120901162	10	4.4	10	79	5	52	60	2	0	37	1.10
120901123--120901156	16	2.1	17	88	5	52	61	2	0	35	1.11
120900976--120901484	146	3.7	141	79	10	401	59	4	4	31	1.36
120901015--120901484	140	3.4	137	80	11	472	59	4	4	31	1.38
120901408--120901437	14	2.1	14	93	0	51	46	3	6	43	1.46
120902159--120902194	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
120906938--120907001	31	2.1	31	90	0	101	34	4	10	50	1.59
120906949--120907015	31	2.3	29	85	10	84	31	5	10	52	1.60
120908117--120908171	25	2.2	25	77	6	58	14	16	0	69	1.20
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120910829--120911541	147	4.7	152	80	12	473	33	19	17	30	1.94
120911146--120911596	147	3.1	145	88	6	621	32	19	17	30	1.95
120911553--120911648	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
120911799--120911831	12	2.5	13	90	9	50	60	9	9	21	1.54
120911672--120912016	139	2.5	138	93	5	597	37	20	16	24	1.93
120911948--120912113	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
120911988--120912234	122	2.0	124	90	3	392	39	22	13	24	1.90
120912113--120912287	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
120920543--120920578	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120922217--120922291	19	3.7	19	71	22	64	57	4	5	33	1.40
120923254--120923286	16	2.1	16	100	0	66	24	12	24	39	1.89
120924334--120924406	19	3.9	19	92	7	132	38	10	15	35	1.82
120924334--120924429	19	4.8	22	87	10	88	37	9	15	37	1.80
120934091--120934461	78	4.8	78	91	2	552	32	18	23	25	1.97
120934091--120934461	155	2.4	156	88	3	552	32	18	23	25	1.97
120934475--120934674	45	4.5	45	85	1	240	33	14	28	25	1.94
120934475--120934674	89	2.2	90	83	3	251	33	14	28	25	1.94
120935027--120935064	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
120935033--120935077	17	2.6	18	96	3	83	40	13	11	35	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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