genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  207  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65144095--65144270	27	6.6	27	87	0	228	25	21	19	33	1.97
65144271--65144689	27	15.5	27	76	5	224	32	8	20	38	1.83
65144271--65144689	54	7.8	54	75	5	276	32	8	20	38	1.83
65152771--65152795	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65154774--65154834	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65157914--65158140	50	4.5	50	92	0	346	34	14	22	27	1.94
65158111--65158232	31	3.9	31	92	0	190	27	16	28	27	1.97
65169260--65169446	92	2.0	92	95	0	338	31	27	13	27	1.94
65169890--65169943	23	2.3	23	87	3	72	38	3	11	46	1.57
65169907--65169952	23	2.0	23	100	0	92	30	4	8	56	1.49
65169951--65170032	41	2.0	41	92	0	137	31	7	10	50	1.65
65171282--65171351	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
65171282--65171363	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
65178630--65178699	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
65178630--65178711	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
65181517--65181602	37	2.3	37	93	0	154	22	33	19	24	1.97
65181703--65182019	49	6.6	49	93	3	475	30	30	8	30	1.87
65189210--65189269	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
65196100--65196318	46	4.7	46	81	9	275	29	26	20	22	1.99
65196739--65196798	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
65198061--65198101	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
65198138--65198219	41	2.0	41	95	0	146	30	7	14	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65200363--65200404	12	3.4	12	80	6	57	50	0	23	26	1.50
65213730--65213901	43	4.0	43	74	8	154	26	15	25	31	1.96
65217500--65217602	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
65225268--65225370	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
65233945--65234047	37	2.8	37	93	0	179	24	31	20	24	1.98
65234188--65235042	48	17.9	48	97	0	1561	30	28	6	34	1.82
65239254--65239457	27	7.7	27	78	7	202	23	10	21	44	1.84
65239254--65239465	80	2.7	81	83	3	261	23	11	21	43	1.84
65245485--65247412	643	3.0	643	97	0	3626	27	18	15	38	1.91
65248384--65248452	21	3.2	20	82	13	77	76	2	17	2	1.03
65248384--65248452	5	13.0	5	78	17	61	76	2	17	2	1.03
65248384--65248452	11	6.5	10	74	21	61	76	2	17	2	1.03
65248500--65248530	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
65248533--65248557	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
65248527--65248582	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
65248533--65248614	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
65250727--65250822	30	3.2	30	72	10	90	28	28	14	29	1.95
65252365--65252627	45	5.8	45	91	0	402	24	22	26	25	2.00
65253827--65253896	18	3.9	18	98	1	133	28	21	11	38	1.88
65255094--65255168	28	2.7	28	80	0	87	28	30	13	28	1.94
65257827--65257864	17	2.2	17	86	9	51	18	28	21	31	1.97
65263432--65263606	86	2.1	84	84	8	221	38	8	4	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65269455--65269527	27	2.7	27	72	8	67	31	15	15	38	1.88
65271858--65271895	19	2.1	18	85	9	51	42	7	0	50	1.31
65273049--65273089	19	2.3	18	91	8	66	53	14	2	29	1.54
65275510--65275586	30	2.6	30	71	8	75	29	23	16	29	1.96
65276436--65276484	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
65278292--65278328	2	18.5	2	94	0	65	51	0	0	48	1.00
65278455--65278498	19	2.4	18	85	7	54	40	6	2	50	1.42
65281025--65281081	29	2.0	29	89	6	89	24	0	28	47	1.52
65282060--65282104	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
65282649--65282698	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
65283730--65283763	18	2.0	17	88	11	52	11	5	5	76	1.14
65283982--65284038	29	2.0	29	89	6	89	24	0	31	43	1.54
65285002--65285046	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
65285592--65285641	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
65286023--65286070	14	3.4	14	82	0	51	45	6	29	18	1.74
65292591--65292629	15	2.6	15	92	8	62	7	7	5	79	1.05
65293012--65293059	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
65295631--65295687	29	2.0	29	89	6	89	24	0	31	43	1.54
65296663--65296707	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
65300476--65300523	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
65300470--65300513	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
65300470--65300529	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65301504--65301548	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
65303964--65304009	18	2.6	18	76	16	51	4	26	2	67	1.21
65305073--65305105	9	3.8	9	88	8	50	6	6	3	84	0.84
65305073--65305105	17	1.9	17	93	0	57	6	6	3	84	0.84
65305325--65305381	29	2.0	29	89	0	87	24	1	29	43	1.64
65306874--65307002	46	2.8	46	95	0	222	20	22	28	28	1.98
65309078--65309122	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
65311886--65311925	14	2.9	13	88	7	53	10	35	7	47	1.65
65316377--65316474	30	3.3	30	68	12	76	27	24	16	31	1.96
65319055--65319098	16	2.6	16	83	16	54	79	4	15	0	0.89
65319055--65319121	5	13.0	5	75	20	59	77	2	16	2	1.01
65319055--65319103	20	2.4	21	89	3	73	79	4	16	0	0.88
65319194--65319237	12	3.7	12	81	0	52	68	0	22	9	1.18
65319194--65319255	24	2.6	24	78	0	70	64	0	24	11	1.26
65321516--65321612	30	3.3	30	69	7	81	27	25	16	29	1.97
65323249--65323410	25	6.5	25	96	0	279	27	15	11	46	1.79
65325753--65325800	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
65325749--65325806	29	2.0	28	86	3	80	27	0	27	44	1.54
65330998--65331117	50	2.3	52	85	4	163	34	15	13	37	1.86
65333840--65333936	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
65336220--65336264	12	3.8	12	81	0	54	8	24	2	64	1.34
65336215--65336264	24	2.1	24	84	0	64	14	24	2	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65336356--65336406	12	3.6	14	78	19	52	0	15	3	80	0.86
65336356--65336406	21	2.4	22	80	12	61	0	15	3	80	0.86
65354817--65354841	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
65355066--65355114	10	4.8	10	80	14	55	40	22	22	14	1.90
65355066--65355114	21	2.4	21	89	3	73	40	22	22	14	1.90
65358350--65358446	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
65365778--65365802	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
65366027--65366075	10	4.8	10	80	14	55	40	22	22	14	1.90
65366027--65366075	21	2.4	21	89	3	73	40	22	22	14	1.90
65376713--65376737	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
65376962--65377010	10	4.8	10	80	14	55	40	22	22	14	1.90
65376962--65377010	21	2.4	21	89	3	73	40	22	22	14	1.90
65380316--65380412	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
65382732--65382779	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
65382988--65383030	11	4.0	11	81	6	61	79	6	0	13	0.93
65384072--65384127	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
65387364--65387411	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
65388900--65388955	18	3.1	18	82	5	60	7	17	3	71	1.23
65388863--65388949	12	7.2	12	71	5	59	12	20	1	65	1.32
65388863--65388949	30	2.9	30	77	6	104	12	20	1	65	1.32
65389018--65389074	5	11.0	5	76	14	53	1	15	3	78	0.96
65389022--65389070	26	1.9	25	84	12	64	2	14	4	79	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65389031--65389085	20	2.7	20	78	18	60	0	16	5	78	0.93
65391707--65391801	30	3.2	31	73	5	97	28	15	28	27	1.96
65392140--65392180	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
65394336--65394360	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
65396105--65396208	6	16.2	6	68	23	52	4	21	2	71	1.18
65396105--65396159	13	4.1	13	82	13	67	5	20	1	72	1.13
65396105--65396202	28	3.4	29	78	8	85	5	21	3	70	1.21
65398162--65398261	30	3.3	29	73	10	87	31	16	26	27	1.96
65398216--65398272	30	1.9	30	82	7	71	26	15	33	24	1.95
65400438--65400535	30	3.3	30	75	0	97	29	16	26	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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