genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  296  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92363087--92363249	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
92363087--92363280	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
92370493--92370649	41	3.8	40	85	3	188	21	21	19	37	1.94
92370673--92370698	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
92384477--92384580	45	2.3	45	85	4	140	27	12	28	30	1.93
92384688--92385044	45	7.8	45	72	10	143	33	20	21	25	1.97
92384621--92385139	232	2.2	232	86	2	711	34	18	21	26	1.96
92386198--92386297	50	2.0	50	96	0	182	54	10	12	24	1.67
92386892--92386929	19	2.0	19	100	0	76	21	5	5	68	1.29
92387345--92387379	14	2.6	13	86	8	52	22	5	0	71	1.07
92389602--92389822	46	4.7	45	78	9	196	23	28	19	28	1.98
92396524--92396556	15	2.2	15	100	0	66	36	27	18	18	1.94
92397197--92397307	47	2.4	48	81	6	129	25	29	18	27	1.98
92397337--92397465	47	2.7	47	77	16	142	24	29	19	27	1.98
92400401--92400501	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
92408355--92408455	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
92411965--92412145	40	4.6	40	92	3	296	22	23	26	27	1.99
92419029--92419073	24	1.9	23	81	4	54	26	13	22	37	1.91
92426511--92426620	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
92430058--92430172	23	4.8	22	71	10	61	33	20	22	24	1.97
92430047--92430148	23	4.3	23	73	3	78	34	18	25	21	1.96
92431727--92431786	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92431844--92431894	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
92435451--92435491	20	2.0	20	90	0	64	36	14	9	39	1.79
92446505--92446555	24	2.2	24	89	3	77	39	21	19	19	1.93
92450532--92450634	20	5.2	20	73	0	89	12	33	18	35	1.89
92450539--92450644	40	2.7	40	71	2	106	12	33	18	35	1.88
92453029--92453055	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
92453988--92454675	341	2.0	341	92	1	1130	29	15	20	34	1.93
92456028--92456057	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
92456269--92456371	28	3.7	28	89	0	152	24	16	33	25	1.96
92456291--92456388	28	3.5	28	88	1	88	27	16	34	21	1.95
92462639--92462746	37	2.9	37	90	0	162	25	32	17	24	1.97
92462887--92463176	48	6.0	48	90	0	454	31	25	6	36	1.81
92465902--92466073	46	3.7	48	74	9	149	30	27	19	22	1.98
92465903--92466073	93	1.8	93	87	0	252	30	27	19	22	1.98
92466490--92466549	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
92473193--92473230	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
92473459--92473626	46	3.6	46	79	10	207	29	27	19	22	1.98
92473460--92473630	93	1.8	93	94	0	306	29	28	19	22	1.98
92475193--92475314	28	4.3	28	81	2	136	27	14	31	26	1.95
92475193--92475303	56	2.0	57	87	1	161	26	14	32	27	1.95
92479134--92479163	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
92484393--92484546	42	3.7	41	83	3	191	28	16	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92484730--92484754	11	2.3	11	100	0	50	20	16	28	36	1.93
92492378--92492434	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
92492376--92492446	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
92492387--92492441	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
92492493--92492659	23	7.1	23	91	4	271	27	22	21	28	1.99
92492492--92492681	24	8.0	23	88	5	265	27	22	22	27	1.99
92492491--92492659	47	3.6	47	96	0	311	27	22	21	28	1.99
92497351--92497410	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
92502205--92502274	27	2.5	28	90	2	106	30	30	14	25	1.95
92510126--92510192	26	2.5	27	86	9	93	31	29	14	23	1.95
92521762--92521835	3	24.3	3	72	5	51	36	4	2	56	1.32
92521889--92521937	20	2.4	19	83	16	62	20	6	0	73	1.04
92521889--92521936	21	2.3	23	82	17	68	20	6	0	72	1.05
92522307--92522343	13	2.9	13	88	4	58	21	2	0	75	0.92
92524888--92525058	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
92524880--92525060	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
92527430--92527517	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
92527430--92527508	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
92527441--92527517	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
92529852--92529961	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
92529852--92530001	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
92537564--92537673	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92537564--92537713	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
92545071--92545103	17	1.9	17	100	0	66	6	24	0	69	1.10
92545741--92545771	16	1.9	16	93	0	53	41	19	25	12	1.87
92546028--92546085	26	2.2	27	84	12	84	34	27	12	25	1.91
92546190--92546243	28	1.9	28	84	0	72	20	25	16	37	1.93
92552815--92552977	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
92552815--92553007	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
92558944--92559106	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
92558944--92559136	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
92562114--92562147	15	2.3	15	94	0	59	14	5	35	44	1.70
92569489--92569715	48	5.0	48	85	11	332	33	7	28	31	1.84
92569537--92569618	37	2.2	37	97	0	155	35	7	24	32	1.83
92569489--92569666	85	2.1	85	95	0	320	33	7	28	31	1.84
92571102--92571461	164	2.2	163	94	0	639	31	14	24	28	1.95
92571423--92571552	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
92572930--92573180	48	5.2	48	94	1	412	34	6	28	29	1.83
92572930--92573171	98	2.5	98	93	1	407	34	7	28	30	1.84
92573321--92573429	37	2.9	37	93	0	182	22	20	31	25	1.98
92574707--92574955	40	6.2	40	91	0	381	23	22	28	25	1.99
92574983--92575093	57	1.9	57	87	0	159	23	18	27	30	1.98
92575816--92575854	2	19.5	2	89	0	60	53	0	0	46	1.00
92578068--92578109	20	2.1	20	100	0	84	38	0	21	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92578826--92579397	48	11.9	48	95	1	979	34	6	27	31	1.83
92579544--92579652	37	2.9	37	93	0	182	22	20	31	25	1.98
92581795--92582115	27	12.0	27	76	6	159	30	9	17	42	1.82
92581774--92582062	81	3.6	79	74	6	213	30	9	18	42	1.81
92581912--92582061	53	2.8	52	82	5	165	31	8	18	42	1.79
92582046--92582115	26	2.6	27	86	8	99	28	8	17	45	1.77
92582102--92582175	27	2.7	27	85	0	85	29	18	14	36	1.91
92582351--92582383	17	1.9	17	93	0	57	15	21	27	36	1.93
92584813--92584864	22	2.4	22	90	0	77	44	26	17	11	1.83
92585261--92585383	41	3.0	40	91	2	183	27	30	21	21	1.98
92585601--92585907	27	11.4	27	78	6	221	31	8	19	40	1.82
92585604--92585880	80	3.4	80	77	12	253	30	7	20	41	1.81
92585604--92585915	80	3.9	80	75	10	212	31	8	19	40	1.81
92585900--92585975	25	3.0	25	84	3	98	27	19	17	35	1.94
92586212--92586351	70	2.0	70	94	0	244	32	25	22	20	1.97
92587716--92587764	23	2.1	23	96	0	89	32	6	16	44	1.72
92589023--92589141	42	2.8	43	79	5	143	26	20	24	28	1.99
92593268--92593316	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
92594138--92594304	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
92601273--92601321	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
92602144--92602310	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
92609052--92609086	12	2.8	12	91	4	52	8	31	40	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92612999--92613064	30	2.2	29	79	10	80	31	15	10	42	1.81
92613046--92613206	30	5.4	29	78	10	141	21	23	14	40	1.89
92613194--92613263	29	2.4	29	80	0	86	25	25	10	38	1.87
92613194--92613273	29	2.7	29	80	1	79	26	23	11	38	1.88
92614550--92614812	58	4.6	57	76	4	156	38	17	18	25	1.92
92614483--92614903	56	7.3	56	75	4	302	38	17	20	23	1.93
92614483--92614867	28	13.5	28	77	4	180	38	16	20	23	1.92
92615486--92615511	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
92621904--92622005	28	3.6	28	77	5	107	27	18	30	23	1.98
92621904--92622029	56	2.2	56	87	2	173	28	19	28	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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