genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  234  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72858155--72858230	26	3.0	26	94	1	127	28	19	21	30	1.97
72864809--72864921	27	4.2	27	82	9	124	37	18	23	20	1.94
72864809--72864921	54	2.1	54	85	3	147	37	18	23	20	1.94
72866075--72866123	16	3.1	16	96	0	89	53	6	34	6	1.51
72867622--72867785	49	3.3	48	76	6	166	25	18	26	29	1.98
72867621--72867782	51	3.2	51	77	10	179	24	18	27	29	1.98
72867621--72867804	100	1.8	100	88	2	280	25	19	27	28	1.98
72876004--72876159	23	6.8	23	69	12	63	29	7	24	39	1.82
72876109--72876333	46	4.9	46	81	4	224	32	5	24	38	1.79
72876078--72876318	23	10.5	24	72	13	120	32	6	24	36	1.80
72875996--72876249	114	2.2	115	91	0	393	31	5	23	39	1.79
72876166--72876342	23	7.7	23	75	10	166	33	3	24	38	1.74
72876849--72876962	54	2.1	55	91	1	185	23	35	19	21	1.95
72880902--72880941	18	2.2	18	86	8	55	17	20	42	20	1.89
72890980--72891157	40	4.4	40	85	4	182	26	25	21	26	1.99
72894413--72894562	38	3.9	39	91	3	232	24	22	31	22	1.98
72894413--72894561	77	1.9	77	90	2	237	24	22	30	22	1.99
72902250--72902401	39	3.9	39	92	0	241	23	21	31	23	1.98
72902250--72902431	39	4.6	39	89	0	220	23	22	31	22	1.99
72910130--72910219	6	15.3	6	77	9	69	14	6	2	76	1.08
72910141--72910202	30	2.1	29	87	3	88	16	4	1	77	1.02
72910147--72910212	30	2.2	30	83	5	80	16	4	3	75	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72910170--72910226	18	3.2	17	75	7	53	17	7	3	71	1.22
72918776--72918824	22	2.3	21	80	10	55	40	24	2	32	1.67
72920768--72920917	64	2.2	66	81	8	169	32	18	28	22	1.97
72925060--72925155	27	3.6	27	85	2	140	35	17	18	28	1.94
72925140--72925399	27	9.7	27	73	10	147	43	18	7	30	1.78
72925320--72925396	28	2.8	27	80	9	93	48	16	6	28	1.71
72925670--72925870	41	4.9	41	85	1	278	20	20	29	28	1.98
72930321--72930379	15	4.0	15	88	4	93	30	6	49	13	1.68
72930321--72930380	29	2.1	29	93	0	102	31	6	48	13	1.68
72935420--72935447	13	2.2	13	100	0	56	28	57	7	7	1.52
72937585--72937799	40	5.4	40	91	3	330	24	27	23	23	2.00
72937597--72937803	79	2.6	79	91	3	328	25	28	22	23	1.99
72944477--72944628	40	3.8	40	82	1	144	23	26	24	25	2.00
72945858--72945895	20	1.9	20	88	0	58	0	15	2	81	0.80
72945866--72945901	16	2.1	18	90	10	58	0	13	5	80	0.88
72949052--72949309	40	6.5	40	89	2	369	26	27	22	24	1.99
72951561--72951587	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
72958357--72958518	39	4.1	39	87	0	234	24	19	31	24	1.98
72960453--72960512	20	3.0	21	75	20	74	26	20	33	20	1.97
72960493--72960581	40	2.2	40	80	4	99	34	19	26	19	1.95
72966136--72966202	24	2.8	24	88	2	98	17	22	19	40	1.92
72969482--72969689	40	5.2	39	83	3	211	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72969482--72969687	80	2.6	81	83	4	240	25	26	23	25	2.00
72977478--72977685	40	5.2	39	83	3	211	25	25	23	25	2.00
72977478--72977683	80	2.6	81	83	4	240	25	26	23	25	2.00
72983323--72983360	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72983589--72983759	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
72983584--72983756	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
72984176--72984235	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
72990868--72990905	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72991134--72991294	46	3.7	42	79	9	171	29	28	19	22	1.98
72991229--72991294	20	3.2	20	64	19	53	30	27	19	22	1.98
72998185--72998314	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
73006170--73006299	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
73016320--73016483	42	3.9	42	75	10	163	31	15	23	29	1.95
73017878--73018324	221	2.0	222	96	0	824	42	20	6	31	1.77
73018329--73018359	16	1.9	16	93	0	53	54	16	3	25	1.56
73020743--73020952	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
73028808--73029017	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
73039375--73039477	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
73041355--73041408	27	2.0	27	92	0	90	20	12	33	33	1.91
73042479--73042556	39	2.0	39	92	0	129	15	28	20	35	1.93
73045017--73045049	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
73051815--73051875	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73052982--73053034	26	2.0	26	88	0	79	28	24	16	30	1.97
73054195--73054220	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
73055736--73055833	40	2.5	40	88	1	144	23	23	26	26	2.00
73060773--73060800	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
73061613--73061729	27	4.3	27	76	4	110	24	19	17	38	1.93
73061707--73062007	27	11.3	26	83	7	302	33	17	15	32	1.92
73061715--73062007	53	5.5	53	89	0	388	33	18	15	32	1.92
73064316--73064377	28	2.3	27	80	8	72	35	24	22	17	1.95
73072251--73072288	20	2.0	19	85	10	51	36	10	18	34	1.85
73072331--73072425	25	3.8	25	94	2	156	25	27	24	23	2.00
73072645--73072719	31	2.4	31	86	4	98	32	17	26	24	1.97
73072981--73073005	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
73078959--73079040	41	2.0	41	97	0	155	35	21	10	31	1.89
73079056--73079203	43	3.5	43	84	8	171	34	25	14	25	1.94
73089281--73089728	27	16.6	27	86	3	591	28	22	8	40	1.83
73091058--73091134	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
73091067--73091138	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
73091056--73091138	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
73091192--73091361	24	7.2	23	88	4	250	31	21	20	27	1.98
73091192--73091361	47	3.6	47	91	0	268	31	21	20	27	1.98
73091573--73091636	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
73096524--73096568	15	2.9	15	86	3	63	17	15	13	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73099057--73099289	49	4.7	50	81	6	276	25	18	27	29	1.98
73101238--73101280	20	2.1	21	83	12	54	32	2	13	51	1.54
73102911--73103042	29	4.6	29	88	0	165	28	15	32	24	1.95
73104419--73104584	40	4.2	40	83	4	194	25	26	21	26	2.00
73105404--73105449	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
73116494--73116545	22	2.4	22	83	6	61	32	5	25	36	1.80
73116916--73116954	19	2.1	19	95	0	69	51	10	10	28	1.68
73116906--73117023	54	2.2	54	93	0	200	40	14	11	33	1.82
73127134--73127183	25	2.0	25	92	0	82	50	18	6	26	1.69
73130637--73130680	23	1.9	23	90	0	70	38	11	13	36	1.81
73136993--73137103	27	4.2	26	81	5	123	37	21	24	16	1.93
73138491--73138591	24	4.2	24	94	0	157	24	40	1	32	1.67
73144789--73144895	27	4.0	26	86	6	142	38	20	24	16	1.93
73148306--73148406	24	4.2	24	93	0	148	24	39	1	33	1.67
73154671--73154781	27	4.1	27	82	5	127	37	20	23	18	1.94
73154671--73154781	54	2.1	53	86	5	152	37	20	23	18	1.94
73156182--73156264	24	3.5	24	93	3	116	27	38	1	32	1.65
73159942--73160156	43	5.0	43	85	4	299	25	14	29	30	1.95
73166256--73166311	15	3.8	14	79	9	58	50	14	17	17	1.79
73166249--73166311	30	2.1	30	87	0	90	52	12	17	17	1.75
73167847--73167890	20	2.2	20	95	0	79	15	31	34	18	1.92
73171376--73171407	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73178059--73178178	43	2.8	43	83	5	161	25	18	25	30	1.98
73179934--73180281	49	7.3	49	93	5	590	30	29	7	32	1.85
73180082--73180147	18	3.3	18	67	28	53	34	30	3	31	1.73
73179933--73180281	91	3.7	93	90	7	537	30	29	7	32	1.85
73179934--73180263	140	2.3	139	92	5	538	30	30	7	32	1.84
73183961--73184120	40	4.0	40	95	1	277	25	28	21	24	1.99
73186485--73186791	49	6.3	49	98	0	582	30	29	7	31	1.86
73197359--73197551	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
73197389--73197551	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
73205104--73205296	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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