genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  148  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45922301--45922391	44	2.1	44	85	0	119	51	2	5	40	1.37
45923737--45923766	14	2.1	14	100	0	60	60	6	6	26	1.47
45928824--45928876	6	8.5	6	87	8	61	75	5	0	18	0.99
45928897--45928973	9	8.6	9	79	0	82	28	10	19	41	1.84
45933342--45933429	45	2.0	45	86	0	122	22	11	26	39	1.88
45940374--45940443	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
45940374--45940455	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
45948297--45948366	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
45948297--45948378	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
45953652--45953991	47	7.1	48	87	4	481	28	30	8	32	1.86
45953652--45953991	96	3.5	96	91	0	547	28	30	8	32	1.86
45956599--45956761	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
45956599--45956791	39	4.9	39	88	0	251	22	21	32	23	1.98
45959870--45959918	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
45965507--45965584	23	3.4	23	92	0	129	35	19	24	20	1.95
45966367--45966421	22	2.5	22	97	2	103	38	21	0	40	1.54
45966478--45966519	21	2.0	21	86	4	59	57	19	2	21	1.52
45966981--45967016	17	2.1	17	100	0	72	55	22	5	16	1.62
45970141--45970348	40	5.2	40	83	2	220	25	25	22	25	2.00
45974862--45975028	40	4.2	40	81	11	173	22	22	28	26	1.99
45974862--45975028	80	2.1	79	86	4	228	22	22	28	26	1.99
45975034--45975083	25	2.0	25	100	0	100	24	12	36	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45981621--45981824	40	5.1	40	82	2	212	25	25	23	25	2.00
45986669--45986741	36	2.1	34	87	5	101	53	9	17	19	1.71
45997309--45997394	38	2.3	38	89	4	138	11	19	33	34	1.88
45998719--45998765	15	3.0	15	77	20	51	34	19	0	46	1.50
45999251--45999298	24	2.0	25	87	4	71	37	18	20	22	1.94
46001394--46001564	43	4.0	43	83	4	211	26	21	30	21	1.98
46001396--46001560	86	1.9	86	87	2	242	26	22	30	21	1.99
46005874--46005963	41	2.2	41	83	0	117	17	18	27	35	1.94
46006389--46006429	21	2.0	21	85	9	57	29	4	19	46	1.71
46018357--46018434	26	3.0	25	88	7	86	39	3	28	28	1.74
46019873--46019947	37	2.0	37	100	0	150	48	5	10	36	1.61
46022022--46022146	42	3.0	42	77	4	128	27	16	25	30	1.97
46023156--46023205	18	2.8	18	72	9	57	38	16	24	22	1.93
46023549--46023606	27	2.2	27	81	3	73	32	17	20	29	1.95
46023559--46023674	27	4.4	27	80	6	121	22	18	18	41	1.90
46023666--46024077	27	15.4	27	85	2	528	35	15	14	33	1.88
46023666--46024151	54	8.9	54	83	6	541	35	15	14	33	1.89
46023666--46024155	81	6.0	81	84	7	567	35	15	14	33	1.89
46024064--46024088	11	2.3	11	100	0	50	20	20	8	52	1.71
46024038--46024115	38	2.1	37	92	4	131	29	16	12	41	1.86
46024075--46024155	27	3.0	27	87	0	126	34	16	14	34	1.89
46024016--46024142	63	2.0	64	87	3	184	31	17	13	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46023986--46024155	90	1.9	89	92	4	288	34	16	14	35	1.89
46026106--46026288	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
46034124--46034344	39	5.6	39	90	1	318	24	22	30	23	1.99
46034124--46034344	116	1.9	118	87	1	329	24	22	30	23	1.99
46034124--46034344	77	2.8	78	89	2	318	24	22	30	23	1.99
46038666--46038690	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
46042950--46043010	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
46055276--46055712	50	8.8	50	84	2	569	27	18	28	24	1.98
46063470--46063656	50	3.7	50	84	2	241	29	19	28	21	1.98
46063471--46063704	100	2.4	96	85	5	292	29	19	28	23	1.98
46066636--46066664	14	2.1	14	100	0	58	13	0	34	51	1.42
46070862--46070974	39	2.9	39	90	1	163	23	20	32	23	1.98
46070859--46071004	78	1.9	80	82	2	188	22	21	32	23	1.98
46074336--46074436	50	2.0	50	92	0	166	29	15	27	26	1.96
46078600--46078776	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
46086624--46086792	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
46087618--46087663	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
46096840--46096920	23	3.5	23	80	9	103	22	19	16	41	1.89
46100597--46100727	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
46112058--46112126	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
46113755--46113792	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
46120061--46120129	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46127470--46127624	39	3.9	39	87	0	193	22	21	31	23	1.98
46127470--46127624	79	2.0	79	85	2	213	22	21	31	23	1.98
46127480--46127662	79	2.3	78	80	6	190	24	21	30	23	1.99
46135461--46135623	39	4.2	39	91	0	254	23	19	31	25	1.98
46135461--46135654	39	4.9	39	89	0	244	23	21	31	24	1.98
46148709--46148754	24	1.9	24	100	0	92	30	2	28	39	1.69
46154504--46154553	12	4.2	12	78	0	55	30	0	46	24	1.53
46155886--46156012	27	4.7	27	93	0	202	31	15	14	37	1.89
46159883--46159979	40	2.4	41	84	6	128	27	28	16	26	1.97
46169405--46169464	10	6.0	10	73	5	50	51	1	0	46	1.10
46169408--46169654	30	8.0	31	66	19	115	52	2	1	43	1.24
46173916--46173961	15	2.9	15	90	6	65	54	8	0	36	1.32
46173923--46173961	19	2.1	19	90	0	60	53	7	0	38	1.30
46174028--46174057	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
46174218--46174257	21	1.9	21	84	0	53	70	0	5	25	1.08
46174254--46174397	23	6.0	22	70	18	76	53	4	9	31	1.55
46174565--46174598	17	2.0	17	94	0	59	67	2	0	29	1.05
46175257--46175291	17	2.0	18	88	5	54	17	0	5	77	0.96
46179944--46180011	27	2.5	28	95	2	120	29	13	26	30	1.94
46179944--46180025	27	3.0	27	87	5	85	30	13	24	31	1.93
46187395--46187434	13	3.1	13	85	0	53	22	30	30	17	1.97
46189588--46189718	29	4.5	29	97	1	235	24	23	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46189588--46189718	59	2.2	58	95	1	235	24	23	14	37	1.92
46197408--46197538	29	4.5	29	97	1	235	24	23	14	37	1.92
46197408--46197538	59	2.2	58	95	1	235	24	23	14	37	1.92
46200815--46200981	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
46209104--46209266	39	4.2	39	93	0	272	22	20	32	24	1.98
46209104--46209297	39	4.9	39	90	0	262	22	21	31	23	1.98
46217072--46217233	39	4.2	39	91	2	263	22	20	32	24	1.98
46217072--46217264	39	4.9	39	89	1	253	22	21	32	23	1.98
46221120--46221149	14	2.2	14	94	5	53	56	0	0	43	0.99
46221997--46222049	2	26.5	2	96	0	97	1	0	47	50	1.12
46222059--46222146	44	2.0	44	93	4	151	32	19	19	28	1.96
46226818--46226886	30	2.3	31	97	2	131	40	21	5	31	1.77
46227519--46227577	29	2.0	29	100	0	118	28	27	10	33	1.89
46228548--46228594	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
46229471--46229530	28	2.1	28	84	0	75	31	6	28	33	1.83
46231439--46231619	39	4.6	40	81	8	194	24	21	28	25	1.99
46231436--46231592	79	2.0	80	85	6	212	24	21	28	26	1.99
46231439--46231619	40	4.6	40	82	7	210	24	21	28	25	1.99
46231489--46231652	79	2.1	78	82	7	190	25	20	27	26	1.99
46231443--46231652	39	5.3	39	78	10	187	26	20	26	26	1.99
46239507--46239691	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
46239560--46239724	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46241290--46241581	147	2.0	147	97	0	557	25	17	20	36	1.94
46242323--46242393	33	2.2	33	97	0	133	32	12	19	35	1.90
46244826--46244895	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
46244826--46244907	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
46253483--46253637	79	2.0	79	84	2	204	24	31	21	22	1.98
46253514--46253637	39	3.2	39	89	1	185	25	32	19	22	1.97
46260940--46261019	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
46262874--46263364	27	18.2	27	84	3	585	27	21	9	41	1.84
46263369--46263513	27	5.4	27	85	0	191	37	18	18	25	1.94
46265199--46265349	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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