genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  196  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61809054--61809100	21	2.2	21	84	3	58	38	44	2	14	1.58
61809061--61809093	14	2.3	15	89	5	50	36	45	3	15	1.61
61809088--61809182	7	13.4	7	68	10	50	48	25	1	25	1.58
61809138--61809182	14	3.2	14	87	0	63	48	28	0	22	1.50
61809367--61809414	25	1.9	25	83	8	62	37	43	0	18	1.51
61809395--61809429	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
61809390--61809434	22	2.0	22	82	0	54	44	33	0	22	1.53
61809807--61809906	40	2.5	40	82	10	116	34	18	22	26	1.96
61809886--61809969	39	2.1	40	82	2	98	25	19	16	39	1.92
61822925--61823023	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
61830938--61831036	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
61844250--61844364	41	2.8	40	77	6	115	20	26	16	36	1.94
61844253--61844381	40	3.2	40	76	5	118	23	27	15	33	1.95
61845089--61845146	30	1.9	30	89	0	89	22	25	31	20	1.98
61845090--61845157	30	2.3	30	84	0	82	20	23	30	25	1.98
61852366--61852463	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
61855898--61855984	6	14.8	6	86	4	108	77	1	1	20	0.91
61855886--61855984	25	4.2	26	81	12	83	75	1	2	21	0.96
61855898--61855986	33	2.8	31	85	6	124	75	1	1	22	0.94
61858842--61858981	29	4.9	29	86	3	151	27	12	32	27	1.93
61863680--61863765	44	2.0	44	83	0	109	34	20	15	29	1.93
61870060--61870087	14	2.0	14	100	0	56	21	0	50	28	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61871623--61871757	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
61871570--61871758	58	3.3	58	77	4	177	24	32	16	26	1.96
61872395--61872692	143	2.1	143	99	0	587	38	29	10	21	1.86
61879591--61879712	29	4.2	29	89	1	156	24	28	15	31	1.96
61879524--61879711	58	3.3	57	77	5	166	24	33	15	26	1.95
61880349--61880648	145	2.1	143	98	1	573	38	29	10	22	1.87
61881979--61882047	34	2.0	34	100	0	138	44	8	2	43	1.50
61882202--61882267	32	2.0	35	85	8	93	43	0	0	56	0.99
61882329--61882385	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
61882846--61882886	14	2.9	14	88	0	64	29	19	14	36	1.92
61884752--61884794	9	4.8	9	97	0	68	18	0	20	60	1.36
61885194--61885362	43	4.0	43	80	4	164	26	14	23	35	1.93
61887999--61888053	23	2.4	23	100	0	110	23	21	16	38	1.93
61888198--61888269	33	2.1	34	82	2	83	25	22	25	27	2.00
61890982--61891096	29	4.0	28	86	6	142	27	13	29	28	1.95
61896508--61896610	27	3.8	27	80	5	109	40	23	8	27	1.84
61896501--61896626	54	2.3	53	77	9	128	42	22	7	27	1.79
61896602--61896850	27	9.2	27	88	3	295	31	22	6	40	1.78
61896602--61896850	81	3.1	80	87	2	345	31	22	6	40	1.78
61897355--61897433	31	2.5	31	89	0	122	18	18	13	48	1.81
61897355--61897433	6	12.8	6	74	15	72	18	18	13	48	1.81
61897355--61897433	19	4.3	18	71	17	72	18	18	13	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61899994--61900215	46	4.8	46	86	7	324	28	29	21	20	1.98
61902132--61902220	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
61902132--61902214	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
61902143--61902220	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
61905151--61905322	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
61905143--61905318	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
61907894--61907951	23	2.5	23	80	0	71	20	17	13	48	1.81
61910581--61910685	29	3.6	29	94	0	183	17	21	26	34	1.95
61910740--61910831	42	2.2	42	88	0	130	34	21	14	29	1.93
61910964--61911047	25	3.4	25	85	6	109	26	22	21	29	1.99
61911097--61911163	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
61911871--61911935	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
61911966--61912123	56	2.9	54	76	7	147	31	8	18	41	1.80
61911969--61912152	54	3.4	54	77	5	145	29	8	20	41	1.82
61912160--61912508	54	6.4	54	73	6	231	35	8	20	35	1.82
61912222--61912584	137	2.7	136	80	5	383	35	8	20	35	1.83
61911997--61912545	27	20.1	27	74	8	200	33	8	20	37	1.83
61912159--61912567	164	2.5	164	92	0	667	35	8	21	34	1.83
61914971--61915099	63	2.0	64	95	1	233	41	6	24	26	1.80
61916833--61917329	250	2.0	250	100	0	994	30	13	18	37	1.90
61919328--61919572	49	4.9	49	82	3	319	27	26	19	26	1.99
61920216--61920275	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61922299--61922332	15	2.2	16	94	5	61	58	17	11	11	1.62
61925082--61925265	50	3.7	50	85	3	228	29	26	17	26	1.97
61925082--61925265	101	1.8	99	87	2	269	29	26	17	26	1.97
61925913--61925972	30	2.0	30	87	6	86	30	25	6	38	1.81
61927329--61927413	38	2.2	38	91	0	134	50	12	25	10	1.73
61935470--61935499	14	2.1	14	93	0	51	36	0	30	33	1.58
61936074--61936111	15	2.3	18	82	17	55	5	23	0	71	1.07
61936075--61936111	17	2.3	17	90	9	60	5	24	0	70	1.08
61939222--61939327	27	3.9	27	85	7	135	16	24	22	36	1.94
61939222--61939331	54	2.0	54	87	3	159	15	24	21	38	1.92
61946010--61946124	55	2.1	56	80	8	128	34	21	24	19	1.96
61946035--61946124	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
61946230--61946320	28	3.3	28	93	4	150	30	7	28	32	1.85
61958235--61958380	40	3.7	40	82	0	157	23	28	21	26	1.99
61958267--61958418	40	3.8	40	81	3	153	22	26	21	28	1.99
61966593--61966644	25	2.1	25	82	3	61	23	17	25	34	1.96
61966694--61966734	21	2.0	21	95	0	73	31	21	12	34	1.91
61968626--61968663	19	2.0	20	89	5	60	44	15	2	36	1.61
61976117--61976218	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
61983935--61984036	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
61985666--61985723	21	2.7	22	84	10	77	31	22	12	34	1.91
61987594--61987631	19	2.0	20	89	5	60	44	15	2	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61993409--61993460	25	2.1	25	85	3	70	23	21	23	32	1.98
61993604--61993654	26	1.9	27	84	4	68	25	9	23	41	1.85
61996444--61996557	29	4.0	28	82	6	122	28	14	28	28	1.96
61996455--61996566	57	1.9	58	85	1	154	28	16	28	26	1.97
62004877--62004924	24	2.0	24	84	8	62	43	20	2	33	1.64
62014351--62014453	29	3.6	29	90	2	127	26	33	15	25	1.95
62016738--62016820	37	2.2	37	95	0	148	24	34	16	24	1.95
62016868--62017067	48	4.2	48	94	0	355	32	27	6	34	1.81
62017083--62017118	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
62017028--62017177	75	2.0	75	100	0	300	32	26	9	32	1.88
62017134--62017373	96	2.5	97	93	2	401	30	27	8	33	1.87
62017134--62017373	49	4.9	49	92	4	403	30	27	8	33	1.87
62026841--62026943	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
62044179--62044228	21	2.4	22	80	10	59	8	14	34	44	1.74
62046603--62046873	47	5.8	48	72	13	183	28	18	30	23	1.97
62046606--62046822	46	4.6	46	74	13	165	28	17	30	23	1.97
62046651--62046871	93	2.4	94	79	8	218	27	17	30	24	1.97
62063791--62063888	43	2.3	43	90	0	160	24	33	25	16	1.96
62066330--62066366	19	1.9	19	88	0	56	32	8	2	56	1.43
62068731--62068860	40	3.3	40	79	4	156	23	22	27	26	2.00
62073582--62073681	30	3.2	30	64	18	76	45	17	15	23	1.85
62073573--62073699	65	2.0	65	96	0	236	44	17	14	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62073702--62073758	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
62077982--62078107	65	1.9	65	98	0	243	43	17	14	24	1.86
62078110--62078187	26	2.9	26	73	7	66	29	15	16	38	1.90
62078333--62078395	20	3.0	22	82	17	96	28	22	11	38	1.88
62082975--62083004	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
62086514--62086616	27	3.8	27	80	14	113	37	22	23	16	1.93
62086504--62086616	54	2.1	54	85	3	147	38	23	22	15	1.92
62088033--62088103	24	3.0	24	91	0	115	25	39	1	33	1.65
62088010--62088103	48	1.9	48	83	10	120	23	38	4	34	1.74
62090141--62090307	40	4.2	40	77	6	144	26	22	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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