genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  137  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42153799--42154148	158	2.2	156	79	9	363	30	23	12	33	1.92
42154932--42154972	21	2.0	21	85	9	57	41	36	0	21	1.54
42155426--42155466	21	2.0	21	90	9	66	7	19	21	51	1.71
42158484--42158517	12	2.8	12	95	0	59	32	14	26	26	1.95
42159418--42159443	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
42164056--42164168	38	2.9	39	82	3	149	44	11	12	31	1.78
42166118--42166174	7	8.1	7	77	14	64	82	0	0	17	0.67
42166119--42166173	8	6.6	8	79	20	60	85	0	0	14	0.60
42166119--42166173	16	3.2	16	90	10	83	85	0	0	14	0.60
42167545--42167600	17	3.5	16	72	15	53	83	1	7	7	0.86
42169156--42169201	23	2.0	23	95	0	83	36	4	15	43	1.66
42172016--42172122	53	2.0	53	100	0	214	36	24	7	31	1.83
42173734--42173773	19	2.2	18	86	4	53	40	2	0	57	1.12
42175288--42175396	26	4.2	26	97	1	193	33	3	24	37	1.73
42176872--42176923	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
42177172--42177455	136	2.1	136	98	0	550	24	18	25	31	1.97
42178628--42178711	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
42181362--42181397	18	1.9	18	88	5	54	75	0	0	25	0.81
42181371--42181409	17	2.2	18	86	4	53	71	0	5	23	1.05
42190906--42190935	14	2.1	14	100	0	60	33	0	0	66	0.92
42190961--42190989	15	1.9	15	100	0	58	20	6	3	68	1.27
42191040--42191224	3	59.3	3	73	11	140	30	7	2	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42191280--42191377	15	6.5	15	71	15	60	26	4	2	67	1.19
42195014--42195119	53	2.0	53	83	0	131	38	16	22	21	1.93
42195021--42195136	53	2.2	53	79	3	126	41	17	22	18	1.90
42197711--42197824	57	2.0	57	98	0	219	31	34	20	14	1.92
42201999--42202360	50	7.6	47	72	15	205	27	19	29	24	1.98
42201999--42202360	143	2.5	142	85	7	443	27	19	29	24	1.98
42202089--42202364	50	5.7	49	73	10	219	28	18	29	23	1.98
42203292--42203316	13	1.9	13	100	0	50	44	16	40	0	1.47
42203394--42203450	21	2.6	23	88	5	82	19	31	33	15	1.93
42204572--42204605	17	2.0	17	88	0	50	47	11	26	14	1.79
42210212--42210236	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
42210957--42211364	45	8.7	45	75	12	310	26	19	30	23	1.98
42210957--42211362	188	2.2	187	82	8	488	27	19	30	23	1.98
42210957--42211364	93	4.4	91	79	11	382	26	19	30	23	1.98
42217469--42217825	140	2.6	139	82	4	398	33	16	19	30	1.94
42219436--42219838	3	128.3	3	66	21	111	30	7	2	59	1.38
42219608--42219748	37	3.7	37	78	10	135	29	9	1	60	1.36
42219704--42219884	97	1.9	97	91	3	292	32	8	2	56	1.44
42219725--42219931	97	2.2	96	87	6	296	30	6	2	59	1.38
42222341--42222503	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
42222341--42222534	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
42230262--42230424	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42230262--42230455	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
42231528--42232048	261	2.0	260	98	1	1008	32	17	22	27	1.96
42237207--42237725	257	2.0	260	98	1	1008	36	12	22	28	1.90
42238698--42238860	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
42238698--42238891	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
42246625--42246787	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
42246625--42246818	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
42251605--42251763	27	5.9	27	80	11	175	34	21	24	19	1.96
42251623--42251766	54	2.7	54	92	2	236	34	22	24	18	1.96
42259686--42259790	27	3.9	27	84	9	126	34	20	24	20	1.96
42262552--42262589	20	1.9	20	84	10	51	42	2	13	42	1.57
42262552--42262589	19	2.0	20	84	5	51	42	2	13	42	1.57
42263175--42263343	49	3.5	49	81	2	198	24	21	30	23	1.99
42265934--42266096	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
42265934--42266127	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
42272376--42272538	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
42272376--42272569	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
42276888--42277064	80	2.2	81	83	4	225	26	23	25	24	2.00
42276885--42277064	40	4.5	40	78	10	163	26	23	25	24	2.00
42276921--42277098	79	2.3	79	79	5	189	28	24	23	24	2.00
42285241--42285334	40	2.3	40	81	3	109	31	29	15	22	1.95
42290129--42290185	24	2.4	24	90	0	87	19	19	17	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42296093--42296458	48	7.7	48	75	8	279	28	18	30	22	1.97
42298177--42298228	27	1.9	27	84	7	70	19	23	25	32	1.97
42301811--42302014	40	5.1	40	92	2	313	26	29	23	21	1.99
42309742--42309957	40	5.4	40	87	2	276	26	26	22	24	2.00
42311175--42311218	13	3.5	13	81	6	63	15	11	2	70	1.26
42311152--42311222	25	2.8	25	91	8	110	14	14	2	69	1.31
42312646--42312705	31	1.9	32	86	6	88	23	16	5	55	1.61
42312646--42312726	31	2.6	31	80	7	85	18	18	4	58	1.57
42313349--42313412	32	2.0	32	93	0	110	29	4	35	29	1.78
42328808--42328940	61	2.2	61	82	6	166	51	3	2	42	1.29
42331238--42331342	35	3.0	35	83	2	122	32	20	22	24	1.98
42343217--42343262	19	2.4	19	96	0	83	28	28	13	30	1.94
42345273--42345452	78	2.3	80	84	6	233	26	27	21	25	1.99
42345271--42345454	40	4.7	40	83	8	234	26	27	21	24	1.99
42353330--42353510	78	2.3	80	85	7	246	25	27	22	24	2.00
42353328--42353510	40	4.7	40	84	9	225	26	27	21	24	1.99
42357207--42357390	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
42357247--42357435	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
42365547--42365616	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
42370845--42371005	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
42378938--42379098	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
42388665--42388708	23	1.9	23	100	0	88	38	9	13	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42394597--42394622	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
42395275--42395364	29	3.1	27	82	7	108	32	26	12	28	1.92
42395589--42395631	16	2.7	16	81	0	50	6	13	23	55	1.62
42397298--42397383	43	2.0	43	100	0	172	27	25	13	32	1.94
42399382--42399541	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
42407320--42407479	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
42415999--42416035	13	2.8	13	87	0	56	16	37	32	13	1.87
42418930--42419038	37	2.9	37	94	0	182	25	31	20	22	1.98
42419179--42419374	48	4.0	48	92	2	320	31	27	6	34	1.81
42419188--42419374	98	1.9	98	95	0	338	32	26	6	34	1.82
42422169--42422353	79	2.3	81	81	9	211	23	28	24	24	2.00
42422162--42422353	40	4.8	40	77	7	142	22	28	23	24	1.99
42432973--42433005	6	5.5	6	96	0	57	15	3	0	81	0.80
42432973--42433012	18	2.2	18	86	0	53	17	5	0	77	0.94
42437481--42437711	40	5.8	40	87	2	304	22	29	23	24	1.99
42438415--42438440	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
42444075--42444226	39	3.9	39	92	0	241	23	31	21	23	1.98
42452051--42452199	37	3.9	37	89	6	228	23	31	21	23	1.98
42459944--42460125	40	4.6	39	80	9	210	26	28	20	24	1.99
42459946--42460124	77	2.3	80	85	5	240	26	27	20	25	1.99
42465064--42465121	26	2.3	26	85	11	77	32	8	15	43	1.77
42465443--42465524	34	2.4	34	82	11	96	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42468393--42468431	20	2.0	20	89	0	60	38	12	0	48	1.42
42472630--42472662	17	1.9	17	88	11	50	18	9	42	30	1.81
42473756--42473860	27	3.9	27	85	0	147	41	24	16	17	1.89
42473755--42473858	54	1.9	54	92	0	172	42	25	15	17	1.88
42475539--42475730	40	4.8	39	76	6	145	26	23	27	22	2.00
42475583--42475731	80	1.9	80	82	2	192	22	24	30	22	1.99
42475579--42475750	80	2.1	81	78	5	188	24	23	29	22	1.99
42477169--42477358	27	7.0	27	86	4	222	40	18	18	22	1.91
42499765--42499887	49	2.5	48	77	5	122	29	17	26	26	1.97
42507764--42507926	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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