genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  162  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50527006--50527130	32	3.9	32	89	2	171	25	25	10	38	1.88
50527006--50527130	64	1.9	65	88	4	191	25	25	10	38	1.88
50527180--50527310	28	4.7	28	80	5	131	24	30	17	27	1.97
50527176--50527309	55	2.4	55	88	3	189	24	29	17	27	1.98
50536173--50536449	46	6.0	46	85	2	326	21	23	14	40	1.90
50536178--50536449	91	3.0	92	84	2	341	21	23	14	40	1.90
50536173--50536431	137	1.9	137	86	1	367	20	23	15	39	1.91
50538588--50538636	20	2.5	20	86	6	64	57	6	0	36	1.24
50538588--50538647	21	2.8	21	80	10	68	56	8	0	35	1.29
50543883--50544012	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
50543899--50544049	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
50543883--50544049	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
50548206--50548308	39	2.6	39	82	1	107	20	25	24	30	1.99
50556142--50556271	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
50556158--50556308	40	3.8	40	80	6	155	22	27	23	26	2.00
50556158--50556308	80	1.9	79	83	6	198	22	27	23	26	2.00
50559404--50559466	29	2.2	29	94	5	110	33	23	17	25	1.96
50563770--50563976	56	3.7	56	84	1	272	28	14	23	34	1.94
50563765--50563976	112	1.9	111	91	2	345	28	14	23	34	1.93
50572414--50572492	39	2.0	39	95	0	140	34	13	18	32	1.91
50573953--50574062	43	2.6	41	72	13	107	33	14	22	29	1.94
50574138--50574316	89	2.0	89	96	0	331	35	13	22	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50579475--50579602	40	3.2	40	83	6	152	24	22	28	25	2.00
50587452--50587593	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
50587491--50587619	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
50590649--50590815	40	4.2	40	78	8	171	26	21	26	25	1.99
50598699--50598826	40	3.2	40	81	8	145	24	21	28	25	1.99
50601355--50601387	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
50602608--50602653	23	2.0	23	83	8	58	52	17	17	13	1.75
50602862--50602922	28	2.2	29	82	5	72	32	11	24	31	1.91
50602877--50602945	29	2.4	29	90	7	106	27	14	28	28	1.95
50610310--50610353	16	2.8	16	92	0	70	50	20	20	9	1.75
50610310--50610352	8	5.4	8	77	0	50	51	20	20	6	1.71
50610561--50610675	29	4.0	28	80	2	113	26	15	30	27	1.96
50615189--50615223	16	2.2	16	100	0	70	37	5	0	57	1.23
50615189--50615231	16	2.7	16	92	0	59	37	9	0	53	1.33
50617967--50618019	26	2.0	26	92	0	88	30	18	26	24	1.98
50620492--50620521	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
50622770--50622919	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
50622750--50622919	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
50633602--50633809	53	3.9	54	84	4	258	23	25	17	34	1.96
50633788--50633909	47	2.6	47	96	0	217	26	24	13	35	1.93
50635431--50635542	57	2.0	57	96	0	206	44	12	3	39	1.60
50638034--50638074	21	2.0	20	95	4	73	48	24	0	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50638508--50638539	13	2.5	13	100	0	64	46	21	6	25	1.74
50646751--50646806	25	2.2	26	93	6	105	26	10	37	25	1.88
50650861--50650951	46	2.0	46	84	0	119	27	30	6	35	1.82
50650965--50651252	47	6.1	47	92	0	468	24	27	12	35	1.92
50651013--50651090	22	3.4	22	71	22	79	23	28	14	34	1.93
50657639--50657870	49	4.7	50	77	3	245	28	27	17	25	1.98
50664601--50664683	33	2.5	34	92	5	143	43	16	10	28	1.82
50666988--50667194	40	5.2	39	82	2	209	25	26	22	26	2.00
50666988--50667192	80	2.6	80	83	3	236	25	26	22	25	2.00
50671308--50671481	49	3.5	49	83	4	215	30	27	16	25	1.96
50671351--50671489	49	2.8	50	88	2	217	30	28	15	25	1.96
50671308--50671489	99	1.8	99	91	0	301	29	28	16	25	1.97
50676363--50676477	39	2.9	39	93	1	185	24	20	30	25	1.98
50680494--50680536	8	5.4	8	91	0	59	53	16	23	6	1.67
50685732--50685848	54	2.2	53	85	1	153	21	22	18	37	1.94
50685732--50685816	27	3.1	27	96	0	161	20	22	20	37	1.94
50689862--50689926	27	2.4	28	94	2	114	20	12	24	43	1.86
50692105--50692143	19	2.0	20	85	5	53	66	0	33	0	0.92
50695709--50695823	29	4.0	29	83	6	137	29	29	13	26	1.95
50696039--50696077	16	2.4	16	91	0	60	10	23	20	46	1.81
50701293--50701393	23	4.4	23	71	9	82	25	20	16	36	1.94
50706037--50706079	22	2.0	22	95	0	77	46	25	16	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50706278--50706316	19	2.1	19	90	0	60	35	5	20	38	1.75
50706290--50706388	27	3.7	27	81	0	108	31	6	19	43	1.75
50706390--50706451	27	2.3	27	94	0	106	29	16	17	37	1.92
50706390--50706463	27	2.7	27	89	0	85	31	16	17	35	1.92
50707838--50707916	36	2.2	36	100	0	158	54	15	15	15	1.72
50708943--50709256	27	11.7	26	75	7	191	30	10	17	41	1.83
50709040--50709240	81	2.5	79	82	5	231	29	10	17	42	1.83
50708923--50709256	54	6.2	54	78	5	264	30	10	18	41	1.83
50709269--50709327	27	2.2	27	84	0	73	27	22	18	32	1.97
50710180--50710302	43	2.9	42	81	2	156	26	17	24	31	1.97
50710180--50710289	42	2.6	42	82	7	141	27	19	23	30	1.98
50714225--50714276	21	2.5	21	96	0	95	48	5	11	34	1.63
50725114--50725216	37	2.8	37	93	0	179	24	31	20	24	1.98
50725357--50725502	48	3.0	48	89	0	238	30	23	6	38	1.81
50729137--50729222	40	2.2	40	95	0	154	27	25	22	24	1.99
50729208--50729238	16	1.9	16	100	0	62	41	25	12	19	1.87
50729168--50729278	56	2.0	56	96	0	204	30	26	19	23	1.98
50729224--50729420	40	4.8	40	84	3	268	28	24	21	25	1.99
50729224--50729418	83	2.4	80	87	2	282	28	24	20	26	1.99
50734447--50734507	28	2.2	28	81	0	77	34	21	16	27	1.95
50735852--50735907	12	4.7	12	88	0	85	30	17	44	7	1.76
50735852--50735907	24	2.3	24	96	0	103	30	17	44	7	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50741298--50741333	9	4.0	9	88	0	54	22	30	33	13	1.93
50743518--50743564	23	2.0	23	100	0	94	21	12	36	29	1.91
50752600--50752703	28	3.7	28	80	3	120	26	30	16	25	1.97
50752792--50752834	19	2.2	20	83	4	52	20	39	16	23	1.92
50754273--50754402	27	4.9	27	89	3	192	40	20	7	31	1.81
50754273--50754402	52	2.4	54	88	2	192	40	20	7	31	1.81
50754278--50754429	54	2.9	54	85	5	150	40	21	7	30	1.80
50754274--50754473	27	7.5	27	81	6	99	38	20	7	33	1.81
50754273--50754448	81	2.2	79	83	6	221	39	20	7	31	1.81
50754425--50754555	27	4.9	27	93	0	181	29	21	7	41	1.80
50755792--50755839	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
50755883--50755941	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
50755992--50756134	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
50755992--50756134	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
50755992--50756135	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
50756331--50756393	30	2.1	31	93	3	110	39	15	22	22	1.92
50759192--50759323	27	4.9	27	91	0	201	40	21	7	31	1.81
50759197--50759339	54	2.6	54	86	4	155	40	21	7	30	1.81
50759192--50759340	81	1.8	81	85	2	210	39	20	8	31	1.82
50759343--50759470	27	4.8	27	88	3	170	29	21	7	40	1.82
50759343--50759472	54	2.4	54	87	2	192	30	21	7	40	1.81
50759343--50759514	79	2.1	81	78	2	177	30	22	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50760705--50760752	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
50760796--50760854	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
50760905--50761047	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
50760905--50761047	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
50760905--50761048	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
50761234--50761315	31	2.6	31	98	0	155	41	13	20	24	1.88
50764118--50764240	26	4.7	27	89	5	182	42	21	6	30	1.78
50764118--50764241	53	2.4	53	89	2	198	41	20	6	30	1.78
50764262--50764391	52	2.4	53	85	5	181	30	21	6	40	1.79
50764262--50764391	27	4.9	27	89	3	183	30	21	6	40	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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