genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  59  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16833513--16833734	121	1.8	119	87	3	329	29	20	10	40	1.85
16836203--16836230	11	2.5	11	100	0	56	82	0	0	17	0.68
16842802--16842977	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
16842798--16842969	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
16845927--16845995	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
16845918--16846005	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
16848391--16848566	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
16848387--16848558	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
16851517--16851585	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
16851508--16851595	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
16853978--16854153	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
16853974--16854145	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
16856698--16856853	43	3.7	43	86	0	215	28	26	17	27	1.97
16856696--16856854	86	1.9	85	89	1	246	28	27	16	27	1.97
16863211--16863281	34	2.1	34	100	0	142	33	14	14	38	1.86
16865680--16865901	40	5.6	40	92	1	358	28	25	22	23	1.99
16873547--16873768	40	5.6	40	94	1	376	27	26	22	22	2.00
16877550--16877613	27	2.4	27	100	0	128	39	31	14	15	1.87
16877601--16877815	27	8.0	27	83	4	238	24	20	20	35	1.96
16877597--16877788	54	3.6	54	90	3	273	22	20	20	35	1.96
16877635--16878355	54	13.4	54	78	7	376	28	11	22	38	1.88
16877773--16878384	27	22.7	27	81	0	614	29	8	22	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16878349--16878409	27	2.3	27	82	5	70	27	6	26	39	1.81
16880596--16880647	25	2.1	25	85	3	70	26	19	21	32	1.97
16880833--16880993	27	6.0	27	86	2	207	22	22	19	34	1.96
16880809--16880926	54	2.2	54	81	3	139	26	25	19	28	1.99
16880829--16880997	81	2.1	80	85	5	232	23	21	18	36	1.95
16880840--16881011	54	3.2	53	76	9	161	25	20	19	34	1.96
16882586--16882770	67	2.8	67	80	10	177	31	16	29	22	1.96
16882610--16882792	67	2.8	64	77	9	194	29	16	30	23	1.97
16884583--16885408	27	30.6	27	80	1	803	29	8	22	39	1.84
16888491--16888644	43	3.6	43	75	8	145	30	28	16	24	1.97
16888525--16888659	43	3.2	41	76	11	121	31	28	17	22	1.96
16895141--16895201	30	2.0	30	87	0	86	40	6	24	27	1.80
16899714--16899867	43	3.6	42	74	6	150	27	27	18	26	1.98
16904372--16904401	12	2.4	12	94	5	51	50	3	6	40	1.45
16905056--16905196	43	3.3	43	85	2	167	28	28	19	24	1.98
16905364--16905429	34	1.9	35	84	9	91	56	3	1	39	1.24
16909657--16909796	7	19.9	7	70	12	72	38	38	2	20	1.65
16909875--16909971	41	2.4	40	91	1	149	17	24	22	35	1.95
16910476--16910557	42	1.9	44	80	14	100	46	0	1	52	1.08
16934409--16934449	21	1.9	22	85	5	57	41	4	12	41	1.64
16943655--16943780	40	3.2	39	81	4	137	22	28	25	23	1.99
16943675--16943783	40	2.7	39	87	8	141	21	27	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16943678--16943818	40	3.5	40	80	5	135	19	27	26	26	1.99
16948522--16948649	24	5.4	24	76	13	106	24	19	22	33	1.97
16951448--16951528	27	3.0	27	88	0	117	30	18	23	27	1.98
16951513--16951569	26	2.1	27	87	3	80	35	19	10	35	1.86
16953807--16953878	27	2.7	27	80	6	85	33	16	18	31	1.93
16953871--16954223	27	13.0	27	80	3	228	39	18	11	31	1.85
16954471--16954634	41	4.0	41	91	0	274	21	22	29	26	1.99
16958016--16958367	54	6.5	53	78	2	292	40	20	9	29	1.84
16958016--16958386	27	13.7	27	76	7	259	40	20	9	29	1.85
16958492--16958536	20	2.2	20	88	7	65	20	6	33	40	1.78
16958624--16958747	41	3.0	41	86	0	185	21	18	29	30	1.97
16963131--16963174	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
16963559--16963615	25	2.2	26	84	9	73	59	1	1	36	1.18
16965207--16965968	206	3.7	206	89	1	1107	29	21	17	30	1.96
16966835--16966934	7	13.7	7	78	17	82	1	13	4	82	0.87
16966858--16966934	1	77.0	1	72	0	55	1	7	5	85	0.78
16966835--16966934	29	3.4	29	81	13	91	1	13	4	82	0.87
16966856--16966934	15	5.6	14	77	8	88	1	8	5	84	0.81
16966835--16966934	22	4.5	22	77	14	82	1	13	4	82	0.87
16966859--16966941	27	3.0	27	87	7	105	2	8	6	83	0.90
16978066--16978200	23	5.7	23	68	9	65	59	1	5	34	1.29
16978253--16978336	5	16.4	5	73	16	57	61	2	1	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16978089--16978288	89	2.2	89	79	11	203	58	0	7	34	1.27
16978315--16978372	26	2.2	27	82	11	68	60	1	1	36	1.17
16980573--16980965	196	2.0	196	96	0	732	45	9	30	14	1.76
16985156--16985483	162	2.0	162	93	1	559	32	27	13	25	1.94
16989134--16989206	16	4.8	16	77	15	66	43	28	1	26	1.63
16989221--16989256	14	2.6	14	86	0	54	38	41	0	19	1.52
16989225--16989277	21	2.6	19	82	11	61	37	35	0	26	1.57
16989299--16989351	7	7.4	7	81	12	54	52	30	0	16	1.44
16989277--16989351	14	5.3	14	72	15	64	49	30	1	18	1.56
16989276--16989352	28	2.7	28	87	2	100	50	29	1	18	1.55
16989312--16989359	22	2.2	22	88	0	69	50	27	0	22	1.50
16990305--16990348	23	1.9	23	85	0	61	27	27	0	45	1.54
16992443--16992474	5	6.8	5	92	7	50	34	0	0	65	0.93
16992634--16992750	9	13.2	9	68	12	55	43	17	2	35	1.63
16992636--16992743	45	2.5	43	83	8	137	42	18	2	36	1.65
16998214--16998307	43	2.2	43	86	0	125	31	27	18	22	1.97
17000319--17000482	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
17007681--17007852	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
17007673--17007848	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
17010672--17010789	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
17010640--17010803	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
17017983--17018155	46	3.8	46	80	14	223	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17017991--17018160	91	1.8	92	96	2	315	27	30	22	20	1.98
17020522--17020610	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
17020522--17020601	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
17020533--17020610	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
17023560--17023731	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
17023552--17023727	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
17026511--17026673	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
17033870--17034041	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
17033862--17034037	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
17036420--17036508	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
17036420--17036499	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
17036431--17036508	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
17039462--17039633	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
17039454--17039629	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
17042423--17042586	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
17048170--17048243	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
17050065--17050151	34	2.5	34	86	3	120	27	26	28	17	1.97
17057951--17058012	22	2.8	22	78	11	65	33	19	22	24	1.97
17058457--17058699	27	9.0	27	74	11	156	31	8	17	42	1.78
17058457--17058646	82	2.3	82	80	6	226	32	8	15	42	1.78
17058463--17058699	109	2.2	109	79	9	252	31	7	17	43	1.76
17058462--17058699	54	4.4	54	79	7	232	31	7	17	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17058655--17058725	27	2.6	27	86	0	97	26	7	23	42	1.80
17075886--17075981	42	2.3	42	92	0	156	40	23	17	17	1.91
17077642--17077726	27	3.1	27	80	9	102	37	24	24	12	1.91
17079144--17079214	24	3.0	24	93	0	115	23	38	2	35	1.70
17079612--17079683	34	2.1	35	94	2	128	36	18	16	29	1.93
17081689--17081752	30	2.2	30	94	2	112	34	21	17	26	1.95
17089870--17089912	22	1.9	23	90	4	70	25	6	48	18	1.73
17089931--17089998	34	2.0	34	88	5	102	26	20	22	30	1.98
17089934--17090006	34	2.1	34	85	5	94	27	21	21	28	1.99
17099743--17099980	39	6.1	39	92	0	377	23	29	23	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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