genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  74  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21452557--21452781	40	5.6	40	87	3	326	22	23	28	25	2.00
21452557--21452781	83	2.8	80	91	4	380	22	23	28	25	2.00
21459422--21459469	22	2.2	21	82	7	60	60	8	10	20	1.55
21461985--21462037	26	2.0	26	96	0	97	24	11	9	54	1.65
21462244--21462347	53	2.0	53	82	3	129	24	12	19	44	1.85
21465441--21465633	44	4.6	44	72	14	165	25	17	24	32	1.97
21473154--21473254	42	2.4	42	80	5	114	27	19	22	29	1.98
21473111--21473267	43	3.7	43	73	10	142	26	19	24	29	1.98
21473999--21474150	77	2.0	77	100	0	304	30	1	23	44	1.62
21476467--21476523	25	2.4	25	85	5	82	33	22	10	33	1.88
21477303--21477644	171	2.0	171	100	0	684	39	11	11	38	1.76
21477620--21477698	39	2.0	39	100	0	158	41	17	15	25	1.88
21478145--21478211	14	4.7	14	88	3	98	37	8	17	35	1.82
21478145--21478211	29	2.4	28	92	2	107	37	8	17	35	1.82
21478302--21478341	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21478297--21478341	20	2.4	18	85	7	54	46	2	0	51	1.13
21479764--21479805	21	2.0	21	86	9	59	52	16	0	30	1.44
21479774--21479839	25	3.0	21	75	16	78	54	15	1	28	1.50
21479813--21479873	32	1.9	32	86	0	86	57	16	1	24	1.48
21484734--21484793	10	6.0	10	84	11	70	66	1	8	23	1.28
21486440--21486473	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
21486778--21486814	17	2.2	17	90	4	58	48	8	2	40	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21486835--21486885	26	2.0	26	81	14	61	60	1	1	35	1.19
21488637--21488721	39	2.2	39	97	0	161	34	18	16	30	1.93
21488865--21488907	18	2.4	18	85	11	61	32	2	0	65	1.06
21493322--21493363	22	2.0	22	86	9	61	40	16	0	42	1.48
21493332--21493374	22	1.9	22	85	4	59	37	16	2	44	1.60
21493537--21493589	25	2.2	25	82	3	63	26	22	22	28	1.99
21495949--21496127	40	4.5	39	80	7	173	25	24	26	24	2.00
21495950--21496167	80	2.7	79	80	6	226	26	23	26	23	2.00
21496001--21496153	40	3.8	40	78	7	132	26	24	26	22	2.00
21504024--21504202	40	4.4	40	82	3	198	25	24	26	23	2.00
21504024--21504242	80	2.7	80	81	5	237	26	24	26	23	2.00
21504075--21504228	40	3.8	40	81	6	141	26	25	25	22	2.00
21510387--21510425	17	2.2	18	86	13	55	46	15	0	38	1.46
21510710--21510823	57	2.0	57	92	0	192	41	16	7	34	1.78
21511496--21511546	24	2.1	24	100	0	102	41	7	7	43	1.63
21542269--21542348	42	1.9	42	94	0	142	46	7	16	30	1.74
21544836--21544871	17	2.1	18	89	5	56	8	27	2	61	1.39
21559827--21559866	20	2.0	20	100	0	80	45	5	10	40	1.60
21563028--21563108	34	2.4	33	83	2	99	23	19	23	33	1.97
21567130--21567171	22	1.9	22	85	0	57	33	2	26	38	1.69
21569324--21569394	36	2.0	36	91	0	115	22	11	26	39	1.88
21572712--21572758	22	2.1	22	96	0	85	38	4	23	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21576013--21576113	16	6.2	16	77	6	96	24	15	12	46	1.81
21576029--21576112	33	2.5	33	94	0	141	25	15	13	46	1.81
21576029--21576113	17	5.1	17	77	9	95	24	15	12	47	1.81
21577814--21577842	8	3.6	8	100	0	58	24	0	51	24	1.48
21579551--21579653	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
21596174--21596233	32	1.9	32	86	3	86	20	11	8	60	1.57
21597788--21597813	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
21599371--21599399	13	2.2	13	100	0	58	10	34	48	6	1.64
21601155--21601181	13	2.1	13	100	0	54	48	14	22	14	1.81
21605576--21605635	30	2.0	30	96	0	111	36	20	15	28	1.92
21615042--21615136	27	3.5	27	89	2	120	29	17	13	38	1.89
21615088--21615561	27	17.7	27	81	5	453	31	10	19	38	1.85
21615878--21615984	28	3.8	28	87	0	124	27	32	15	24	1.96
21615891--21615997	56	1.9	56	86	0	151	28	32	14	24	1.95
21615891--21615984	28	3.4	28	87	0	134	27	32	14	24	1.95
21634821--21634850	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21636706--21636740	18	2.1	17	89	10	54	45	0	17	37	1.48
21648026--21648151	40	3.1	40	78	5	128	24	22	26	26	2.00
21654760--21654797	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
21655520--21655579	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
21659301--21659449	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
21659342--21659449	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21670002--21670152	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
21670039--21670168	40	3.2	40	77	4	129	23	23	28	23	2.00
21671763--21671845	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
21671933--21671991	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
21672164--21672229	27	2.5	26	83	11	80	15	22	24	37	1.92
21672347--21672484	6	22.8	6	76	17	135	20	16	13	49	1.79
21672382--21672484	30	3.4	30	95	2	181	20	14	14	50	1.78
21674425--21674864	27	16.4	27	84	6	502	26	21	10	41	1.85
21674869--21675063	27	7.3	27	86	0	257	35	19	19	25	1.95
21675262--21675344	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
21675432--21675490	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
21675655--21675728	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
21675846--21675983	6	22.8	6	76	17	135	20	16	13	49	1.79
21675881--21675983	30	3.4	30	95	2	181	20	14	14	50	1.78
21677917--21678365	27	16.8	27	83	7	499	26	21	10	41	1.85
21677909--21678365	81	5.7	81	87	5	574	26	21	10	41	1.85
21678370--21678564	27	7.3	27	86	0	257	35	19	19	25	1.95
21678763--21678845	27	3.1	26	87	5	112	20	22	20	36	1.95
21678933--21678991	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
21679161--21679226	27	2.5	26	83	11	80	15	22	24	37	1.92
21679344--21679481	6	22.8	6	76	17	135	20	16	13	49	1.79
21679379--21679481	30	3.4	30	95	2	181	20	14	14	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21681417--21681868	27	16.8	27	84	6	501	26	21	10	41	1.85
21681409--21681868	81	5.7	81	87	4	560	26	21	10	41	1.85
21681873--21682066	27	7.3	27	84	2	248	35	18	19	26	1.95
21682265--21682347	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
21682435--21682493	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
21682849--21683016	6	27.8	6	75	18	154	20	15	14	49	1.79
21682884--21683016	30	4.4	30	97	1	241	21	14	14	50	1.77
21685841--21685985	29	5.0	29	78	9	134	26	31	13	28	1.94
21688902--21689248	88	3.9	88	87	3	475	24	23	19	32	1.98
21688910--21689268	44	8.2	43	66	14	169	25	22	19	32	1.97
21689239--21689651	178	2.3	178	88	1	605	27	21	19	31	1.97
21689662--21689870	45	4.7	44	68	13	131	28	20	18	33	1.96
21689796--21689883	45	2.0	45	81	4	106	28	19	17	35	1.94
21689493--21689906	134	3.1	134	86	2	589	28	21	18	31	1.97
21689493--21689960	134	3.5	134	78	11	449	28	21	19	31	1.97
21690046--21690137	44	2.1	44	91	0	148	27	18	19	34	1.95
21693185--21693410	40	5.7	40	90	1	312	23	22	26	26	1.99
21697927--21698153	40	5.7	40	92	3	334	22	22	29	26	1.99
21706001--21706233	76	3.1	77	84	10	293	22	22	28	26	1.99
21706001--21706247	39	6.5	39	86	9	302	23	22	28	25	1.99
21706002--21706247	116	2.2	113	86	8	338	23	21	28	26	1.99
21713340--21713577	40	5.9	40	89	2	318	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21722042--21722099	28	2.1	28	81	12	66	24	8	1	65	1.30
21746516--21746559	12	3.6	12	80	17	54	38	0	0	61	0.96
21746516--21746557	15	2.6	17	85	11	61	38	0	0	61	0.96
21746592--21746635	21	2.1	20	84	16	54	29	4	4	61	1.36
21746899--21746941	16	2.7	16	85	7	52	25	0	4	69	1.07
21746938--21746975	16	2.3	17	86	4	51	15	2	0	81	0.80
21750038--21750372	47	7.3	47	90	4	522	28	29	8	33	1.87
21750160--21750235	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
21750233--21750360	40	3.0	40	85	14	193	28	28	10	32	1.89
21750186--21750360	87	2.0	87	97	0	332	28	28	9	33	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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