genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  291  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90774309--90774367	13	4.5	13	83	8	66	83	0	15	1	0.74
90774307--90774367	6	10.0	6	80	15	56	83	0	14	1	0.72
90774315--90774373	19	3.1	19	75	20	59	76	0	20	3	0.93
90775467--90775531	33	1.9	33	87	6	94	33	12	24	29	1.92
90775523--90776108	119	5.0	119	95	2	1026	33	18	18	29	1.95
90776032--90776384	83	4.2	83	96	0	634	31	20	20	26	1.98
90776776--90776872	17	5.5	17	85	9	133	39	11	12	37	1.79
90776759--90776870	34	3.2	34	91	6	163	38	11	11	38	1.78
90776767--90776872	35	3.0	35	93	5	169	38	10	13	37	1.79
90777654--90777723	3	23.3	3	94	0	122	32	0	0	67	0.91
90777904--90777930	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
90778582--90778624	22	1.9	23	85	4	61	27	23	6	41	1.80
90779551--90779581	14	2.2	14	94	0	53	83	0	9	6	0.79
90782319--90782388	28	2.5	28	88	4	97	34	27	11	27	1.91
90782780--90783078	101	2.8	105	94	4	516	41	15	8	35	1.76
90782759--90783078	109	3.0	107	90	7	526	40	16	7	36	1.77
90784429--90784481	28	1.9	27	84	3	70	26	26	18	28	1.98
90784443--90784577	60	2.2	59	83	8	157	25	25	20	27	1.99
90784570--90784615	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
90786888--90786923	3	12.0	3	87	0	54	63	5	0	30	1.17
90789904--90789956	28	1.9	27	84	3	70	26	26	18	28	1.98
90789918--90790052	60	2.2	59	83	8	157	25	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90790045--90790090	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
90794397--90794454	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
90794798--90795111	47	6.7	48	76	10	213	28	19	28	22	1.98
90794798--90795010	94	2.3	94	81	5	247	28	18	29	23	1.98
90801746--90801804	24	2.5	24	100	0	118	20	15	27	37	1.92
90804529--90804708	27	6.7	27	80	2	209	26	12	20	40	1.88
90804529--90804707	81	2.2	81	83	2	243	26	12	20	40	1.88
90804559--90804726	81	2.1	81	80	4	187	30	13	17	38	1.88
90814169--90814222	26	2.1	26	82	6	65	42	5	11	40	1.64
90815057--90815193	74	1.9	73	92	4	231	32	17	19	29	1.95
90815079--90815235	74	2.1	74	84	0	197	33	21	21	23	1.97
90816602--90816780	49	3.7	50	77	6	154	22	31	18	27	1.97
90820496--90820658	46	3.5	46	78	8	159	23	30	18	27	1.97
90824412--90824456	21	2.3	19	84	7	54	22	0	33	44	1.53
90829358--90829391	16	2.1	16	100	0	68	23	5	0	70	1.09
90829312--90829453	75	1.9	75	97	0	266	40	13	4	40	1.66
90829890--90830039	70	2.1	70	92	0	246	30	22	15	32	1.94
90839884--90840108	40	5.7	40	89	2	287	26	25	21	26	1.99
90844842--90845067	40	5.7	40	89	4	273	26	21	26	25	2.00
90852139--90852351	40	5.3	40	89	3	263	27	21	25	25	1.99
90857024--90857188	27	6.1	27	85	4	217	26	14	18	40	1.89
90858630--90858677	24	2.0	24	91	0	78	43	12	4	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90860344--90860376	12	2.6	13	85	9	50	69	0	18	12	1.18
90864671--90864898	42	5.3	43	83	4	257	29	23	20	26	1.99
90865781--90865818	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
90869510--90869834	49	6.7	47	90	4	454	32	7	30	29	1.85
90869510--90869834	96	3.4	96	91	2	494	32	7	30	29	1.85
90875283--90875507	40	5.6	40	84	8	287	25	28	23	23	2.00
90875283--90875507	83	2.8	82	86	7	302	25	28	23	23	2.00
90883217--90883439	40	5.6	40	87	8	312	25	28	23	23	2.00
90883217--90883439	82	2.8	82	88	8	327	25	28	23	23	2.00
90888907--90888936	15	2.0	15	93	0	51	33	10	0	56	1.32
90888970--90889011	22	1.9	22	90	0	66	40	33	7	19	1.78
90889302--90889354	26	2.1	26	96	3	99	41	22	7	28	1.81
90889511--90889586	39	2.0	38	85	7	102	40	23	5	30	1.77
90900810--90900961	40	3.8	41	75	12	127	27	23	26	21	1.99
90913399--90913613	77	2.7	78	85	8	265	26	21	26	25	2.00
90913398--90913615	117	1.9	118	82	8	284	25	21	27	25	1.99
90913393--90913615	40	5.7	40	85	7	271	25	21	27	25	2.00
90921581--90921803	40	5.6	39	87	6	274	25	22	27	25	2.00
90921581--90921801	77	2.8	80	86	7	308	25	22	27	24	2.00
90921581--90921803	117	1.9	119	84	7	303	25	22	27	25	2.00
90921581--90921835	117	2.2	118	81	8	279	26	21	27	24	2.00
90929765--90929986	40	5.7	40	85	8	271	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90931516--90931576	31	1.9	33	83	12	83	19	26	39	14	1.90
90939903--90940034	65	2.0	65	92	0	219	26	16	22	34	1.95
90944504--90944550	12	3.9	12	83	5	51	55	2	8	34	1.42
90944504--90944548	18	2.5	18	85	7	65	55	2	8	33	1.43
90946462--90946490	8	3.8	8	90	9	51	0	0	51	48	1.00
90947267--90947413	44	3.3	44	71	9	145	17	25	23	34	1.95
90946820--90947375	302	1.8	302	97	0	1058	23	20	21	34	1.97
90947257--90947639	89	4.4	87	79	4	360	21	21	20	36	1.96
90947485--90947674	43	4.4	43	91	0	281	22	18	20	39	1.92
90947488--90947734	86	2.9	86	81	3	212	23	19	19	38	1.93
90959863--90959909	12	3.9	12	83	5	51	55	2	8	34	1.42
90959863--90959907	18	2.5	18	85	7	65	55	2	8	33	1.43
90961816--90961863	17	3.1	16	85	8	55	8	2	41	47	1.45
90974769--90974902	60	2.2	63	78	9	152	28	25	19	26	1.99
90974936--90974979	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
90975607--90975636	16	1.9	15	93	6	51	3	20	20	56	1.56
90977694--90977738	21	2.1	21	100	0	90	22	22	11	44	1.84
90978368--90978463	48	2.0	48	95	0	174	31	19	3	45	1.66
90982609--90982756	74	2.0	74	98	0	287	42	20	4	32	1.71
90982626--90982740	36	3.1	36	63	18	83	44	20	3	31	1.69
90984994--90985024	14	2.2	14	100	0	62	38	6	6	48	1.55
90987144--90987458	86	3.7	85	81	4	346	31	17	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90988011--90988090	28	2.9	28	75	3	81	57	7	13	21	1.61
90988199--90988241	18	2.4	18	96	0	77	23	13	25	37	1.92
90993914--90993990	7	11.0	7	94	0	127	0	53	14	32	1.41
91004630--91004658	14	2.1	14	100	0	58	65	0	13	20	1.26
91010202--91010240	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
91010384--91010450	16	4.6	15	74	22	63	56	0	0	43	0.99
91010412--91010454	11	4.1	11	79	11	54	60	0	0	39	0.97
91010394--91010448	20	3.0	19	87	10	71	58	0	0	41	0.98
91012170--91012238	21	3.3	21	83	2	86	11	23	8	56	1.62
91018092--91018263	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
91018085--91018260	46	3.8	46	79	12	207	29	29	20	20	1.98
91021475--91021530	29	1.9	29	100	0	112	37	10	28	23	1.88
91021873--91021922	14	3.6	14	84	7	57	56	2	0	42	1.11
91021885--91021922	14	2.6	14	95	4	67	60	0	0	39	0.97
91022035--91022062	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
91022364--91022408	18	2.5	17	82	10	54	46	6	2	44	1.42
91028235--91028399	20	8.2	20	70	7	111	15	28	18	38	1.91
91028186--91028330	40	3.6	39	83	4	166	17	28	19	34	1.95
91028275--91028388	60	1.9	60	85	0	156	14	27	17	40	1.89
91029819--91029943	43	2.9	43	93	0	214	24	21	30	23	1.99
91030016--91030081	30	2.2	30	83	8	80	56	19	6	18	1.62
91030337--91030384	21	2.3	21	92	0	78	2	52	20	25	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91030796--91030824	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
91030991--91031029	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
91036046--91036235	9	20.6	9	71	11	98	37	2	13	46	1.55
91036046--91036208	71	2.3	69	83	4	193	38	1	13	47	1.51
91036082--91036228	44	3.4	44	76	16	160	37	2	12	46	1.57
91036082--91036266	96	2.0	90	85	9	250	37	2	12	47	1.56
91036022--91036235	114	1.9	114	83	5	254	37	1	13	46	1.54
91036340--91036395	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
91036605--91037484	356	2.5	358	98	0	1710	37	11	15	35	1.84
91037708--91037736	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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