genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  238  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74160722--74161378	48	13.9	48	91	3	1093	30	29	6	33	1.83
74160722--74161378	94	7.0	95	92	2	1062	30	29	6	33	1.83
74160722--74161375	142	4.6	141	94	2	1050	30	29	6	33	1.83
74164491--74164766	40	6.9	40	92	0	444	27	28	22	21	1.99
74166002--74166137	37	3.7	37	95	0	245	25	31	19	24	1.98
74166282--74166937	48	13.9	48	91	3	1075	31	29	5	33	1.81
74166282--74166937	94	7.0	96	92	2	1075	31	29	5	33	1.81
74166276--74166937	235	2.8	236	95	1	1179	31	29	5	33	1.81
74184942--74184968	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
74185164--74185189	11	2.4	11	100	0	52	0	15	26	57	1.38
74199473--74199581	24	4.6	23	84	7	128	33	23	18	24	1.97
74199473--74199581	48	2.3	48	90	3	166	33	23	18	24	1.97
74203114--74203189	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
74203087--74203319	47	5.0	47	90	0	367	31	12	29	27	1.92
74203485--74203557	37	2.0	37	88	0	110	23	15	35	26	1.94
74217083--74217330	40	6.2	40	90	1	365	22	21	29	26	1.99
74225177--74225360	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
74225217--74225405	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
74228380--74228505	57	2.2	55	83	6	146	24	34	14	26	1.94
74228380--74228510	28	4.6	28	78	11	142	23	35	15	25	1.94
74236409--74236537	50	2.5	51	91	2	206	35	14	23	26	1.93
74236513--74236630	31	3.8	31	89	4	184	26	20	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74236656--74236770	47	2.5	46	85	1	140	27	16	26	29	1.97
74236742--74236856	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
74240842--74240981	29	4.9	28	77	11	126	23	35	14	26	1.93
74241066--74241102	19	1.9	19	94	0	65	13	35	18	32	1.90
74246665--74246830	40	4.2	39	79	9	169	26	22	27	23	2.00
74254687--74254852	40	4.2	39	79	9	169	26	22	27	23	2.00
74257195--74257269	37	2.0	37	97	0	141	38	13	22	25	1.90
74264268--74264328	30	2.0	30	84	6	79	62	3	1	32	1.21
74264284--74264319	16	2.2	16	95	0	63	66	0	2	30	1.06
74264410--74264462	24	2.2	24	83	6	72	47	0	5	47	1.26
74266321--74266507	71	2.7	68	91	5	263	18	29	18	33	1.95
74266344--74266507	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
74266344--74266541	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
74269039--74269146	44	2.4	44	89	3	162	25	28	16	28	1.97
74269121--74269400	131	2.1	132	88	0	418	28	23	18	29	1.98
74269077--74269400	44	7.4	44	71	10	216	28	24	18	29	1.98
74273754--74274061	49	6.4	49	94	2	534	32	7	29	30	1.86
74285517--74285556	13	3.0	13	88	3	62	65	0	2	32	1.06
74290112--74290149	15	2.4	16	95	4	69	13	7	0	78	0.94
74297675--74297804	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
74306591--74306641	27	1.9	27	84	4	68	33	17	29	19	1.95
74313024--74313131	41	2.6	43	82	7	141	31	25	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74315639--74315697	28	2.1	28	96	0	109	18	11	23	45	1.83
74316319--74316380	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
74316363--74316461	27	3.7	27	86	5	112	28	6	19	46	1.73
74316390--74316475	27	3.2	27	80	12	81	29	4	23	43	1.74
74316454--74316772	27	11.8	27	86	0	404	41	8	21	28	1.83
74316454--74316772	54	5.9	54	90	0	449	41	8	21	28	1.83
74316769--74316867	27	3.7	26	78	10	92	30	9	19	41	1.82
74316454--74316826	81	4.6	81	85	0	307	39	9	21	29	1.84
74316761--74316867	54	2.0	54	83	3	135	30	9	20	39	1.84
74318587--74318676	27	3.4	26	78	6	83	22	20	17	40	1.92
74320141--74320177	10	3.7	10	92	7	58	21	45	24	8	1.78
74325587--74325717	24	5.5	24	84	5	158	33	30	13	22	1.93
74325604--74325717	48	2.4	48	89	2	176	32	31	14	21	1.93
74325557--74325717	72	2.2	72	85	4	218	32	31	13	22	1.93
74331659--74331698	19	2.1	19	100	0	80	35	35	10	20	1.86
74333990--74334163	40	4.4	39	84	4	197	22	26	24	25	2.00
74343615--74343732	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
74343638--74343732	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
74343924--74344066	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
74343924--74344065	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
74343923--74344066	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
74344117--74344176	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74344117--74344171	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
74344219--74344266	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74351743--74351860	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
74351766--74351860	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
74352052--74352217	24	7.0	24	91	4	248	26	21	22	28	1.99
74352052--74352217	47	3.5	48	90	5	248	26	21	22	28	1.99
74352268--74352327	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
74352268--74352322	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
74352370--74352417	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74354393--74354455	27	2.4	27	91	2	101	20	33	25	20	1.97
74357126--74357498	48	7.8	48	75	9	239	25	30	17	26	1.98
74357124--74357495	96	3.9	95	75	12	304	25	30	18	26	1.98
74363592--74363661	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
74363592--74363673	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
74371530--74371599	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
74371530--74371611	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
74373066--74373213	52	2.9	51	93	4	246	27	30	14	27	1.95
74379822--74379854	14	2.4	14	100	0	66	51	0	0	48	1.00
74384629--74384655	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
74385573--74385598	10	2.6	10	100	0	52	15	0	0	84	0.62
74397977--74398002	11	2.4	11	100	0	52	38	0	15	46	1.46
74401332--74401556	79	2.8	79	80	9	267	25	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74401332--74401556	119	1.9	120	83	6	296	25	26	21	25	2.00
74401332--74401556	40	5.6	41	82	8	243	25	26	21	25	2.00
74407541--74407731	39	4.9	39	94	0	319	21	31	23	24	1.98
74413482--74413584	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
74420148--74420286	40	3.5	39	86	4	183	24	20	28	25	1.99
74424523--74424625	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
74426785--74427009	79	2.8	79	80	7	258	26	26	20	26	1.99
74426785--74427005	119	1.9	120	85	6	315	26	26	20	26	1.99
74426785--74427009	40	5.6	41	81	9	243	26	26	20	26	1.99
74434087--74434117	14	2.3	14	94	5	55	51	19	6	22	1.69
74435306--74435335	15	2.0	15	100	0	60	46	20	13	20	1.83
74438473--74438602	63	2.1	63	89	2	199	39	18	22	20	1.93
74441308--74441502	40	4.9	40	80	2	178	28	23	26	21	1.99
74441308--74441460	79	1.9	80	85	1	209	28	22	26	22	1.99
74441312--74441493	79	2.3	79	80	0	202	28	23	26	21	1.99
74452910--74453096	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
74452910--74453063	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
74452914--74453096	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
74452914--74453131	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
74458998--74459163	49	3.4	49	86	3	219	28	16	23	31	1.96
74459132--74459211	41	1.9	42	87	12	121	26	18	28	26	1.98
74464413--74464578	40	4.2	40	88	0	233	32	28	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74471541--74471639	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
74476190--74476276	24	3.6	24	86	4	113	28	17	21	32	1.96
74478372--74478482	27	4.2	26	79	8	116	15	24	23	36	1.93
74478372--74478482	54	2.1	53	84	5	143	15	24	23	36	1.93
74485130--74485179	22	2.3	22	100	0	100	12	28	12	48	1.76
74486238--74486342	27	3.9	27	81	12	117	18	24	20	37	1.94
74486238--74486358	54	2.2	54	82	2	154	18	25	20	35	1.95
74492307--74492391	45	1.9	44	87	2	125	36	20	14	29	1.91
74495427--74495476	22	2.3	22	82	6	57	42	2	6	50	1.38
74502163--74502215	21	2.5	21	84	0	70	18	35	28	16	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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