genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  63  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18093849--18093998	80	1.9	80	83	2	194	22	28	24	25	1.99
18098879--18098969	10	8.3	10	68	25	51	57	2	4	36	1.31
18100741--18101294	220	2.5	220	90	2	864	27	22	17	31	1.97
18107555--18107767	40	5.4	40	89	3	290	24	28	23	23	2.00
18113082--18113275	50	3.9	49	79	6	194	25	18	28	27	1.98
18119713--18119758	21	2.2	21	85	14	60	58	4	6	30	1.43
18119722--18119834	43	2.6	43	78	14	99	59	1	3	35	1.25
18123545--18123670	43	3.0	42	73	12	121	34	23	15	26	1.94
18129713--18129811	28	3.5	29	83	6	98	31	27	16	25	1.96
18134286--18134395	48	2.3	48	85	0	157	22	20	26	30	1.98
18136767--18136825	8	7.4	8	84	0	55	22	20	13	44	1.86
18141654--18141688	18	1.9	18	88	0	52	40	14	5	40	1.69
18142189--18142239	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
18142886--18142924	16	2.5	15	84	8	51	0	30	7	61	1.24
18142957--18142993	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
18144161--18144258	48	2.0	49	94	2	171	43	23	12	20	1.85
18149989--18150091	33	3.1	33	81	0	98	21	6	4	66	1.34
18149988--18150091	11	9.5	11	71	8	68	21	6	4	67	1.33
18150051--18150098	22	2.2	22	85	7	62	27	2	4	66	1.21
18161281--18161322	18	2.3	19	84	12	52	35	4	2	57	1.33
18161259--18161334	28	2.7	28	84	8	93	38	2	3	55	1.33
18161258--18161330	19	3.9	17	75	13	65	36	2	4	56	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18161283--18161336	28	1.9	28	96	0	99	38	3	1	55	1.28
18164576--18164796	40	5.6	40	81	4	243	24	25	23	25	2.00
18172241--18172461	40	5.6	40	83	2	259	24	26	23	25	2.00
18175840--18175924	42	2.0	42	95	0	152	27	29	21	22	1.99
18187070--18187095	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18187808--18188040	80	2.9	79	80	8	267	27	20	25	25	1.99
18187808--18188005	40	4.9	40	86	3	249	28	20	25	25	1.99
18187808--18188039	40	5.8	40	85	5	197	28	20	25	25	1.99
18189813--18189848	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
18189914--18189943	15	2.1	15	93	6	53	33	30	6	30	1.83
18191880--18192047	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
18191896--18192045	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
18196727--18196932	40	5.2	40	81	5	186	26	22	26	25	2.00
18196728--18196932	79	2.6	80	81	6	238	25	22	26	25	2.00
18204758--18204965	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
18204759--18204965	80	2.6	80	81	6	231	25	23	26	25	2.00
18215314--18215358	8	5.9	8	82	10	58	82	0	0	17	0.68
18215316--18215358	7	5.9	7	84	10	59	83	0	0	16	0.64
18215313--18215358	23	2.0	23	95	0	83	80	0	0	19	0.71
18215316--18215358	15	2.9	15	89	0	68	83	0	0	16	0.64
18219525--18219592	34	2.0	34	85	5	93	32	23	23	20	1.98
18220316--18220377	25	2.5	26	78	7	74	46	8	12	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18223876--18224005	45	2.9	45	89	2	183	23	21	28	26	1.99
18227613--18227659	18	2.7	18	76	3	51	19	25	36	19	1.95
18233230--18233307	38	2.1	38	100	0	156	35	8	10	44	1.70
18237323--18237359	3	12.3	3	94	0	65	64	0	0	35	0.94
18237783--18237857	38	1.9	39	84	12	102	44	0	1	54	1.08
18237870--18237899	15	2.0	15	100	0	60	26	6	20	46	1.75
18238140--18238181	2	21.0	2	90	0	66	47	2	0	50	1.14
18244038--18244063	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
18244221--18244288	30	2.3	30	84	5	84	23	5	20	50	1.70
18244594--18244626	15	2.3	15	90	10	52	21	6	0	72	1.05
18258031--18258133	29	3.6	28	78	5	107	20	16	33	29	1.94
18260706--18260829	59	2.1	59	100	0	248	28	18	8	45	1.78
18261142--18261407	131	2.0	132	83	2	338	25	20	18	34	1.96
18266017--18266086	27	2.9	22	71	20	59	52	0	2	44	1.15
18266957--18267014	20	2.9	18	80	10	53	79	6	5	8	1.06
18266957--18267013	19	2.9	19	75	12	53	78	7	5	8	1.07
18267226--18267289	15	4.4	15	73	11	62	68	3	3	25	1.18
18267110--18267565	147	3.1	145	87	3	711	55	6	7	30	1.53
18267567--18268049	145	3.4	144	91	3	744	29	8	6	56	1.53
18267872--18267948	40	1.9	39	82	10	93	28	6	5	59	1.44
18268157--18268199	18	2.4	18	84	7	52	4	9	13	72	1.26
18269900--18269958	22	2.6	24	74	17	63	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18272163--18272208	15	3.1	15	78	12	58	39	13	13	34	1.83
18274199--18274359	48	3.3	49	76	7	168	29	19	27	22	1.98
18277779--18277813	16	2.2	16	100	0	70	40	11	25	22	1.88
18292304--18292383	39	2.1	39	97	0	151	31	26	18	23	1.98
18293861--18293909	25	1.9	26	83	4	64	36	4	2	57	1.30
18295367--18295392	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18296794--18296836	10	4.1	10	85	11	59	37	0	0	62	0.95
18296794--18296836	22	2.0	22	95	0	77	37	0	0	62	0.95
18309259--18309409	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
18309296--18309425	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
18309259--18309425	80	2.1	79	82	7	205	26	23	27	22	2.00
18317255--18317404	40	3.8	40	77	11	148	26	24	27	22	1.99
18317256--18317404	80	1.9	79	83	6	194	26	24	27	21	1.99
18317292--18317420	40	3.2	40	78	3	145	24	23	28	24	1.99
18325171--18325337	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
18326156--18326201	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
18331781--18331806	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
18337782--18337808	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
18342740--18342914	43	4.1	43	82	3	201	33	24	13	28	1.93
18343022--18343072	18	2.8	18	93	0	93	47	19	11	21	1.81
18344959--18345010	20	2.7	19	93	3	86	32	17	19	30	1.95
18344991--18345137	43	3.4	42	78	9	163	29	16	23	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18346878--18347051	46	3.7	47	75	14	137	27	19	29	24	1.98
18352843--18352941	49	2.0	49	96	0	180	33	10	16	40	1.82
18357255--18357369	31	3.8	30	80	5	124	40	7	12	39	1.71
18363378--18363416	20	2.0	20	85	10	53	53	20	2	23	1.57
18366150--18366205	26	2.2	26	86	0	76	19	17	23	39	1.92
18367006--18367055	17	3.0	17	85	5	75	36	0	22	42	1.54
18367000--18367050	16	3.1	16	83	5	66	37	0	19	43	1.51
18367613--18367698	45	1.9	45	92	0	145	23	15	26	34	1.94
18370566--18370806	40	6.1	40	91	4	348	23	22	27	26	2.00
18370566--18370806	79	3.0	80	89	4	355	23	22	27	26	2.00
18370566--18370806	119	2.0	119	87	6	346	23	22	27	26	2.00
18372985--18373018	4	8.2	4	93	6	59	73	0	26	0	0.83
18373559--18373619	23	2.7	22	69	20	54	50	3	16	29	1.61
18373722--18373772	6	8.5	6	91	0	75	19	13	13	52	1.73
18373755--18373862	45	2.4	45	87	0	162	19	17	19	43	1.88
18374047--18374081	18	1.9	18	100	0	70	34	14	17	34	1.90
18374127--18374186	18	3.3	18	88	0	84	38	15	15	31	1.88
18374109--18374186	36	2.2	36	83	0	93	37	12	15	34	1.86
18374127--18374195	36	1.9	36	84	0	93	37	13	14	34	1.85
18381171--18381256	45	1.9	45	88	4	129	23	12	27	36	1.91
18382685--18382732	20	2.4	20	92	0	87	22	37	31	8	1.84
18383098--18383164	27	2.6	24	75	13	71	20	22	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18386767--18386952	40	4.7	40	88	5	236	25	26	22	25	2.00
18394791--18394931	39	3.6	38	83	7	167	26	28	19	24	1.99
18401336--18401384	24	2.0	24	100	0	98	46	20	8	24	1.77
18405998--18406033	6	6.0	6	100	0	72	16	0	0	83	0.65
18406621--18406681	12	4.9	12	74	7	50	40	8	4	45	1.55
18410592--18410645	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
18413883--18413920	20	1.9	20	100	0	76	47	23	15	13	1.81
18413976--18414521	69	8.0	69	76	3	449	22	18	21	37	1.94
18417884--18417947	2	32.0	2	100	0	128	0	0	50	50	1.00
18421634--18421684	16	3.1	16	80	11	50	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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