genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  87  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25949273--25949325	25	2.1	25	100	0	106	41	7	22	28	1.81
25951759--25951826	32	2.1	33	83	2	84	52	5	5	35	1.50
25952223--25952489	149	1.8	147	87	1	399	53	6	12	27	1.63
25953678--25953743	30	2.2	31	91	2	107	69	0	18	12	1.18
25955806--25955934	46	3.0	43	83	12	140	25	27	22	24	2.00
25955927--25956087	38	4.2	38	87	0	223	31	25	21	21	1.98
25972428--25972609	40	4.6	39	78	6	170	23	26	24	25	2.00
25974063--25974222	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
25978649--25978718	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
25986492--25986562	27	2.6	28	90	2	108	28	25	14	32	1.94
25992403--25992448	15	3.1	15	75	15	51	65	6	0	28	1.17
25993279--25993339	31	1.9	32	87	9	90	49	8	0	42	1.32
25996668--25996702	13	2.7	13	90	0	61	31	5	22	40	1.78
25997558--25997588	9	3.6	9	95	4	55	61	19	9	9	1.54
26001775--26001851	40	1.9	40	94	0	136	40	7	10	41	1.68
26002326--26002359	13	2.6	13	100	0	68	23	47	17	11	1.81
26005947--26005983	15	2.4	16	82	13	51	51	8	10	29	1.65
26007206--26008084	327	2.7	316	83	6	1052	36	9	9	44	1.70
26009395--26009476	43	1.9	43	85	5	112	21	18	29	30	1.97
26016784--26016821	16	2.4	16	90	0	58	86	13	0	0	0.56
26016960--26016997	14	2.7	15	80	12	53	68	0	0	31	0.90
26019259--26019283	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26021579--26021749	49	3.5	49	78	4	150	23	28	19	27	1.99
26021762--26021890	46	2.7	48	82	9	149	24	23	20	32	1.98
26033959--26034087	66	2.0	66	85	3	179	24	26	7	41	1.82
26036806--26037008	38	5.3	38	95	0	370	28	11	26	33	1.92
26037600--26037824	40	5.6	40	82	5	240	25	24	27	23	2.00
26037602--26037860	80	3.2	80	82	3	281	25	24	26	23	2.00
26037600--26037824	120	1.9	121	83	6	296	25	24	27	23	2.00
26042686--26042875	30	6.5	30	86	6	255	26	25	14	33	1.95
26042685--26042875	89	2.2	87	86	7	271	26	26	14	32	1.95
26050654--26050842	30	6.5	30	86	7	246	25	25	14	33	1.95
26058177--26058344	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
26058177--26058344	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
26065198--26065322	38	3.3	38	97	0	232	28	13	25	32	1.94
26065915--26066139	40	5.6	40	84	5	276	24	24	28	23	2.00
26065915--26066173	80	3.2	80	85	3	326	24	24	27	23	2.00
26065915--26066139	120	1.9	121	87	6	332	24	24	28	23	2.00
26084211--26084260	17	2.9	17	79	5	57	40	22	18	20	1.92
26085264--26085510	124	2.0	124	92	1	415	25	16	22	36	1.94
26088219--26088391	93	1.9	93	91	2	285	27	30	21	21	1.98
26088212--26088387	46	3.8	46	76	11	189	28	29	21	21	1.98
26088263--26088406	46	3.1	45	73	11	130	29	29	20	20	1.98
26091327--26091701	48	7.7	48	79	5	364	26	29	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26091327--26091699	96	3.8	96	83	5	430	26	28	18	25	1.98
26091330--26091709	146	2.6	147	82	4	430	26	28	18	26	1.98
26095484--26095554	35	2.0	35	100	0	142	25	12	11	50	1.73
26096686--26096888	41	4.9	41	74	10	173	26	29	23	21	1.99
26100958--26101160	41	4.9	41	74	13	159	26	28	23	22	1.99
26100954--26101129	41	4.3	40	73	17	164	27	26	22	23	2.00
26113650--26113988	123	2.8	123	95	0	588	30	11	25	33	1.91
26113957--26114104	40	3.7	40	84	0	179	25	22	26	25	2.00
26120922--26121260	123	2.8	123	95	0	597	30	11	25	33	1.91
26121229--26121432	40	5.1	40	87	0	237	24	21	26	27	1.99
26126690--26126797	28	3.9	28	85	0	90	28	27	13	29	1.95
26130043--26130217	46	3.8	46	78	13	196	28	30	21	19	1.97
26130050--26130222	93	1.9	93	93	0	301	27	31	21	19	1.97
26137183--26137269	45	1.9	45	92	0	147	36	26	14	21	1.93
26141016--26141178	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
26148741--26148935	39	4.9	39	89	0	264	23	32	21	23	1.98
26150500--26150649	46	3.2	45	73	15	153	28	28	20	22	1.98
26151074--26151133	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
26158013--26158181	91	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.98
26158008--26158178	46	3.7	46	79	13	208	29	28	21	21	1.98
26158010--26158197	46	4.1	46	72	19	142	28	28	20	21	1.98
26158600--26158659	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26159946--26160042	28	3.5	28	86	0	122	29	27	14	27	1.95
26168471--26168691	40	5.5	40	89	2	293	26	26	21	25	2.00
26169523--26169558	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
26174432--26174995	282	2.0	282	97	0	1058	28	19	27	24	1.98
26177550--26177586	19	1.9	19	89	10	58	37	18	0	43	1.51
26179320--26179475	43	3.6	43	91	0	249	26	32	19	21	1.98
26186980--26187053	29	2.6	29	86	0	94	24	35	16	24	1.95
26188883--26188949	26	2.5	26	76	9	64	41	1	2	53	1.25
26189633--26189693	7	8.7	7	73	5	52	37	42	0	19	1.52
26189626--26189665	21	1.9	21	94	0	71	47	37	0	15	1.45
26189617--26189678	28	2.2	29	85	2	81	48	33	0	17	1.48
26189652--26189710	22	2.7	23	84	12	79	37	40	0	22	1.54
26189633--26189693	28	2.2	28	91	5	97	37	42	0	19	1.52
26189661--26189713	22	2.4	22	90	6	81	39	41	0	18	1.51
26189815--26189912	49	2.0	49	97	0	187	45	10	2	41	1.49
26190038--26190136	40	2.4	41	81	8	114	34	20	22	23	1.97
26190418--26190524	39	2.7	39	86	4	133	24	24	19	31	1.98
26198421--26198473	26	2.0	26	85	3	70	22	7	3	66	1.34
26200286--26200333	24	2.0	24	91	0	78	25	33	12	29	1.92
26200495--26200649	77	2.0	77	97	0	292	28	14	24	32	1.95
26207529--26207576	16	3.0	16	87	6	62	45	20	20	12	1.83
26208509--26208539	15	2.1	15	100	0	62	38	6	19	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26213312--26213397	28	3.1	28	77	0	91	23	24	11	40	1.87
26213355--26213434	28	2.9	27	81	5	90	27	26	11	35	1.90
26218484--26218535	26	2.0	25	85	14	70	38	3	26	30	1.74
26219032--26219149	42	2.8	42	78	5	114	30	16	22	31	1.95
26222396--26222558	85	1.9	85	80	7	188	26	19	23	30	1.98
26223298--26223350	26	2.0	26	96	0	97	7	24	39	28	1.82
26230512--26230542	12	2.6	12	89	0	53	22	25	29	22	1.99
26232110--26232217	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
26233647--26233707	28	2.3	27	80	13	72	37	16	11	34	1.85
26233826--26233966	27	5.2	26	80	6	147	17	21	22	37	1.94
26233826--26233966	54	2.6	53	89	2	201	17	21	22	37	1.94
26233826--26233984	27	5.9	26	80	7	113	18	22	21	37	1.95
26236977--26237010	10	3.4	10	87	0	50	23	8	2	64	1.36
26246538--26246602	6	10.8	6	100	0	130	0	15	0	84	0.62
26248385--26248434	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
26250837--26250900	26	2.5	26	84	0	83	23	25	28	23	2.00
26254816--26255008	47	4.0	49	80	9	191	30	29	16	23	1.96
26261048--26261118	15	4.8	14	74	20	56	36	1	0	61	1.05
26263604--26263672	14	4.9	14	74	0	75	23	8	30	37	1.85
26263604--26263672	28	2.5	28	90	0	111	23	8	30	37	1.85
26268311--26268704	50	7.8	50	78	4	364	25	17	25	30	1.97
26268365--26268643	101	2.8	101	91	0	443	25	17	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26268417--26268696	151	1.9	151	87	1	418	26	18	25	30	1.98
26271939--26271979	14	2.9	14	77	0	55	21	9	31	36	1.86
26282170--26282219	25	2.0	25	96	0	91	28	28	6	38	1.80
26289737--26289770	11	3.1	11	86	0	50	8	17	0	73	1.08
26295080--26295207	27	4.7	27	76	8	100	35	25	13	26	1.93
26295186--26295257	26	2.7	26	80	2	81	26	25	16	31	1.96
26295143--26295249	27	4.0	26	72	14	76	28	24	17	28	1.97
26295186--26295277	27	3.4	27	78	3	87	28	26	13	32	1.93
26296727--26296922	98	2.0	99	93	2	342	61	7	8	22	1.48
26297144--26297274	60	2.2	60	84	4	165	36	3	16	43	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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