genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  60  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17105565--17105599	13	2.7	13	100	0	70	8	31	45	14	1.75
17110555--17110657	40	2.6	40	79	13	115	27	27	17	28	1.98
17113489--17113617	40	3.2	40	81	5	156	23	24	28	24	1.99
17119917--17120040	62	2.0	61	92	4	205	33	25	20	20	1.97
17119952--17120003	25	2.1	24	89	10	79	36	25	21	17	1.94
17119977--17120180	79	2.6	79	93	5	346	28	24	22	25	1.99
17119977--17120176	40	5.2	39	89	8	311	29	24	22	24	1.99
17121581--17121608	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
17128107--17128244	40	3.5	40	80	6	165	26	24	21	27	1.99
17129654--17129681	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
17132131--17132295	40	4.2	40	85	3	208	26	27	21	24	1.99
17132131--17132307	80	2.2	79	86	5	232	25	27	22	24	2.00
17137657--17137766	27	4.1	28	89	4	147	29	10	21	38	1.88
17144412--17144541	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
17149167--17149364	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
17149233--17149350	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
17149201--17149364	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
17155872--17156069	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
17155938--17156055	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
17155906--17156069	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
17160870--17161073	46	4.4	46	78	5	187	28	18	27	25	1.98
17162698--17162730	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17170557--17170761	40	5.2	40	92	2	317	23	22	27	26	2.00
17173448--17173614	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
17181467--17181633	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
17185100--17185221	60	2.0	60	98	0	235	35	13	22	28	1.92
17189156--17189320	40	4.2	40	89	3	219	25	22	26	25	2.00
17191212--17191409	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
17191278--17191395	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
17191246--17191409	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
17198780--17198977	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
17198846--17198963	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
17198814--17198977	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
17202455--17202487	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
17209480--17209654	47	3.7	46	78	13	180	28	17	28	25	1.97
17211259--17211428	85	2.0	85	97	0	322	32	22	15	28	1.95
17212359--17212415	22	2.6	22	85	0	69	36	22	22	17	1.94
17212448--17212544	50	1.9	50	87	4	142	24	30	22	21	1.99
17212767--17212922	82	1.9	82	82	5	199	31	11	17	39	1.86
17212743--17212922	27	6.7	26	78	6	162	31	11	17	40	1.85
17222714--17222762	18	2.8	18	73	14	57	18	4	8	69	1.30
17222791--17222820	13	2.3	13	94	0	51	30	6	3	60	1.39
17225726--17225819	34	2.8	34	85	4	111	26	24	22	26	2.00
17229545--17229826	43	6.6	43	86	0	375	25	15	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17229542--17229826	129	2.2	129	89	0	426	25	16	28	29	1.97
17238070--17238095	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17242055--17242117	30	2.1	30	96	0	117	23	22	15	38	1.93
17242307--17242472	24	7.0	24	93	2	255	26	21	22	28	1.99
17242306--17242472	71	2.3	71	90	3	255	26	21	22	29	1.99
17242523--17242582	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
17242625--17242671	25	1.9	25	91	4	78	25	14	25	34	1.94
17243907--17244380	27	17.7	27	84	6	489	40	8	22	28	1.83
17243908--17244380	54	8.8	54	84	4	573	41	8	22	27	1.83
17243909--17244380	81	5.9	81	85	4	607	40	8	22	27	1.83
17246686--17246719	18	1.9	18	88	5	52	14	29	11	44	1.81
17258983--17259149	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
17262782--17262823	19	2.2	19	91	8	68	9	14	14	61	1.55
17266106--17266328	111	2.0	111	96	0	410	31	18	17	31	1.95
17268157--17268275	55	2.2	55	80	5	134	25	26	24	23	2.00
17269083--17269301	91	2.3	94	80	6	239	24	30	20	25	1.98
17269042--17269301	47	5.5	44	74	12	157	23	30	20	25	1.98
17269081--17269392	94	3.3	94	78	5	310	24	30	19	25	1.98
17276806--17276870	34	1.9	33	84	9	87	29	23	24	23	1.99
17279696--17279788	40	2.3	40	85	7	118	29	26	16	27	1.97
17285932--17286008	36	2.1	36	90	4	120	28	31	28	11	1.92
17285954--17286009	17	3.2	17	67	18	51	28	30	26	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17302824--17302869	24	1.9	24	100	0	92	8	23	15	52	1.70
17304978--17305049	37	1.9	37	100	0	144	33	13	11	41	1.80
17308825--17309126	80	3.8	80	93	1	491	27	23	21	27	1.99
17308825--17309110	40	7.2	40	89	3	425	27	24	21	26	1.99
17310531--17310558	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
17317054--17317193	40	3.5	41	90	6	216	26	25	22	25	2.00
17319467--17319520	27	2.0	27	96	0	99	72	3	9	14	1.24
17321539--17321610	30	2.4	30	92	0	117	19	34	30	15	1.93
17328026--17328106	28	2.9	28	81	1	92	35	17	25	20	1.95
17329305--17329364	18	3.2	18	76	9	66	65	0	30	5	1.14
17332167--17332446	27	10.4	27	80	3	260	39	21	8	30	1.84
17332167--17332392	81	2.8	80	87	2	326	39	21	8	30	1.83
17332169--17332446	81	3.4	79	83	6	315	39	21	8	30	1.84
17332483--17332733	27	9.3	28	82	6	295	37	19	19	23	1.94
17332487--17332719	81	2.9	81	91	1	360	36	20	18	24	1.95
17333246--17333429	6	29.8	6	68	15	90	21	16	12	49	1.78
17333246--17333313	25	2.7	25	81	0	82	22	17	13	47	1.82
17333266--17333412	62	2.4	62	89	0	222	21	17	13	47	1.81
17333329--17333417	37	2.4	37	84	0	115	21	16	13	48	1.81
17334097--17334156	29	2.1	28	84	9	77	36	0	23	40	1.55
17334106--17334165	29	2.1	29	81	12	70	35	0	25	40	1.56
17335309--17335422	43	2.7	43	80	0	120	27	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17335428--17335505	40	1.9	40	81	2	93	26	19	26	26	1.99
17350469--17350605	46	3.0	46	87	0	193	25	30	8	35	1.86
17350579--17350769	47	4.1	47	90	0	274	25	29	12	32	1.92
17350622--17350696	22	3.3	22	66	23	64	22	28	14	34	1.94
17357303--17357336	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
17358459--17358563	29	3.6	29	97	0	192	31	30	12	25	1.92
17360378--17360551	46	3.8	46	80	11	196	20	21	29	27	1.98
17360382--17360556	45	3.8	46	80	13	225	20	21	29	28	1.98
17363511--17363579	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
17363502--17363589	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
17365506--17365681	46	3.8	46	78	10	205	21	20	28	29	1.98
17365502--17365673	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	28	1.98
17367545--17367645	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
17375502--17375602	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
17378360--17378385	7	3.7	7	100	0	52	15	42	15	26	1.87
17385067--17385120	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
17385366--17385460	49	1.9	49	91	0	154	26	18	27	27	1.98
17387628--17387739	43	2.7	42	81	4	145	29	26	17	25	1.98
17387632--17387775	43	3.4	42	76	11	116	30	28	18	22	1.97
17397919--17397967	24	2.0	24	100	0	98	59	0	4	36	1.17
17409738--17409797	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
17409794--17409825	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17424613--17424665	27	2.0	27	92	0	88	73	3	7	15	1.20
17429042--17429078	19	2.0	19	94	5	67	24	21	10	43	1.84
17431411--17431448	7	5.4	7	93	0	67	18	52	0	28	1.45
17431411--17431455	21	2.1	21	95	0	81	20	48	0	31	1.49
17433198--17433286	28	3.3	27	84	7	117	35	22	24	16	1.95
17433690--17433723	16	2.2	15	94	5	59	2	17	26	52	1.58
17441078--17441166	28	3.3	27	79	13	101	37	21	23	17	1.94
17441273--17441328	26	2.2	26	83	6	69	28	10	23	37	1.88
17441578--17441607	8	3.8	8	90	0	51	13	23	13	50	1.77
17445507--17445839	27	12.4	27	84	0	416	39	20	9	31	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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