genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  221  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68701853--68701959	29	3.7	29	83	1	117	29	28	14	26	1.95
68702182--68702210	8	3.6	8	100	0	58	10	24	24	41	1.86
68702182--68702216	16	2.2	16	89	0	52	14	20	20	45	1.85
68703454--68703515	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
68703753--68703781	7	4.1	7	100	0	58	13	0	27	58	1.36
68704687--68704751	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
68711338--68711400	25	2.5	24	80	7	72	74	1	17	6	1.10
68712565--68712629	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
68736663--68737026	181	2.0	181	99	0	719	22	28	12	36	1.91
68738973--68739144	94	1.8	92	86	7	249	23	28	19	29	1.98
68740745--68740904	43	3.7	42	79	8	153	30	26	18	25	1.98
68741985--68742023	20	1.9	19	85	10	51	28	23	7	41	1.82
68744734--68744795	28	2.2	28	88	0	88	37	14	22	25	1.92
68744734--68744809	28	2.8	28	83	2	73	34	15	22	27	1.95
68747027--68747134	43	2.5	43	78	3	119	28	14	26	29	1.95
68751660--68751686	14	1.9	14	100	0	54	0	22	33	44	1.53
68758845--68758926	43	1.9	43	85	5	112	23	14	30	31	1.94
68770999--68771181	40	4.6	40	85	3	244	25	23	24	26	2.00
68771000--68771181	81	2.3	81	85	3	244	24	23	24	26	2.00
68773382--68773477	47	2.0	47	97	0	183	30	12	13	43	1.81
68774269--68774396	45	2.9	45	80	7	131	25	21	27	25	1.99
68776115--68776183	34	2.0	34	100	0	138	34	5	21	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68779240--68779344	53	2.0	53	96	0	192	30	15	15	39	1.88
68792403--68792650	40	6.2	40	86	3	331	22	19	29	28	1.98
68819719--68819833	27	4.3	26	84	5	131	20	20	21	37	1.95
68822956--68823138	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
68830386--68830568	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
68832765--68832866	52	2.0	52	96	0	186	20	32	31	15	1.94
68834199--68834504	40	7.7	40	90	4	392	25	25	21	27	1.99
68834236--68834504	120	2.2	120	90	4	443	26	25	20	27	1.99
68838268--68838525	49	5.3	49	94	0	439	32	8	29	29	1.86
68840887--68841090	40	5.1	40	86	6	286	24	21	28	25	1.99
68840891--68841090	83	2.5	80	88	4	294	24	21	28	25	1.99
68844368--68844721	49	7.3	49	95	1	590	32	8	29	29	1.86
68846196--68846344	80	1.9	80	82	2	192	23	30	24	22	1.99
68846237--68846388	40	3.8	40	80	5	146	22	26	23	26	2.00
68849925--68849998	36	2.1	36	100	0	148	41	12	10	35	1.77
68853039--68853221	40	4.7	40	78	9	180	24	24	27	23	2.00
68853039--68853221	77	2.3	82	83	9	229	24	24	27	23	2.00
68853039--68853254	77	2.8	77	79	7	179	24	23	27	24	2.00
68861052--68861202	40	3.8	39	76	8	119	25	22	28	23	1.99
68861052--68861236	79	2.3	82	81	10	215	24	23	27	23	2.00
68861105--68861244	40	3.5	39	80	10	142	25	24	27	22	1.99
68862689--68862874	40	4.7	40	88	2	250	26	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68869937--68870018	28	3.0	28	89	5	123	20	21	20	36	1.95
68869936--68870037	27	3.8	26	87	5	105	20	21	22	35	1.96
68883860--68884032	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
68883857--68884027	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
68900406--68900546	57	2.8	48	75	17	138	28	24	21	24	1.99
68915719--68915868	40	3.8	40	77	12	148	22	27	24	26	1.99
68915719--68915867	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
68923683--68923850	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
68923699--68923848	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
68926159--68926261	40	2.6	40	87	3	136	27	28	24	20	1.99
68930847--68930945	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
68938528--68938626	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
68944712--68944927	40	5.5	40	88	4	280	25	28	23	23	2.00
68949189--68949242	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
68957558--68957774	40	5.5	40	86	4	266	23	23	27	25	2.00
68965543--68965785	40	6.1	40	88	4	316	23	23	27	25	2.00
68977808--68977859	26	2.0	26	96	0	95	51	21	0	26	1.47
68981614--68981676	33	1.9	33	100	0	126	31	3	15	49	1.61
68989359--68989420	24	2.6	24	84	0	79	46	22	11	19	1.81
68991173--68991281	16	6.7	16	72	8	76	24	9	30	35	1.87
68991166--68991240	33	2.3	31	78	13	78	28	8	28	36	1.85
68998669--68998730	27	2.2	29	80	11	67	58	8	1	32	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68999080--68999155	37	1.9	37	82	12	89	42	2	5	50	1.39
68999309--68999359	27	1.9	26	84	4	66	45	1	5	47	1.38
69000617--69000809	101	1.9	100	93	1	332	30	25	18	26	1.98
69000620--69000809	50	3.8	49	82	3	245	29	25	17	26	1.98
69002326--69002355	10	3.1	10	95	4	53	46	0	0	53	1.00
69007577--69007601	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
69013527--69013686	79	2.0	79	100	0	320	44	15	11	29	1.80
69015095--69015264	46	3.7	46	78	13	195	30	28	19	21	1.98
69015100--69015270	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
69015143--69015286	46	3.1	44	75	15	132	30	28	18	22	1.97
69032845--69032914	33	2.3	30	83	11	81	25	27	22	24	2.00
69032864--69032929	28	2.4	28	80	7	73	27	22	22	27	1.99
69035880--69035963	42	2.0	42	92	0	141	28	25	23	22	1.99
69053355--69053388	14	2.5	14	90	4	52	26	5	14	52	1.64
69055114--69055214	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69055232--69055303	29	2.5	29	90	0	90	27	31	13	26	1.94
69063024--69063124	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69063141--69063213	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
69066547--69066689	43	3.3	43	81	7	157	30	25	16	26	1.97
69069821--69069978	43	3.7	42	79	5	156	32	24	13	29	1.93
69072155--69072337	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
69076224--69076431	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69076324--69076431	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
69088636--69088791	39	4.0	40	90	0	217	22	21	32	24	1.98
69088636--69088791	79	2.0	79	85	2	215	22	21	32	24	1.98
69088646--69088828	79	2.3	78	81	6	199	24	21	30	24	1.99
69096541--69096751	39	5.4	39	94	0	332	23	21	32	23	1.98
69103475--69103499	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
69104742--69104880	69	2.0	69	98	0	269	26	12	32	28	1.93
69111514--69111570	29	2.0	29	85	0	78	35	10	7	47	1.65
69111798--69111860	12	5.7	12	71	16	55	31	20	1	46	1.61
69111808--69111869	32	2.0	31	87	6	90	33	22	3	40	1.70
69111836--69111876	21	2.0	21	85	0	55	29	24	2	43	1.67
69112022--69112083	19	3.2	18	73	17	54	30	3	1	64	1.19
69114019--69114135	57	2.0	58	85	4	157	35	5	5	52	1.48
69117770--69117814	22	2.0	22	87	8	65	26	51	0	22	1.49
69125320--69125380	28	2.2	27	82	5	68	29	24	19	26	1.99
69125437--69125483	22	2.1	22	88	7	69	23	48	2	25	1.62
69127689--69127986	125	2.4	125	79	4	366	27	14	18	39	1.90
69129394--69129448	24	2.4	22	74	11	56	34	16	25	23	1.95
69130857--69131973	125	9.1	125	79	6	1181	28	16	14	40	1.88
69130844--69131973	250	4.6	250	80	7	1367	28	15	15	40	1.88
69130987--69131968	360	2.7	359	80	6	906	28	16	15	40	1.88
69130713--69131973	485	2.6	485	91	3	1992	28	15	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69139342--69139509	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
69147356--69147484	40	3.2	40	84	4	163	22	29	25	22	1.99
69150632--69150656	12	2.1	12	100	0	50	28	24	32	16	1.96
69150644--69150728	40	2.2	39	87	6	118	23	23	28	24	2.00
69158556--69158682	40	3.2	39	81	7	141	27	21	26	24	1.99
69160795--69160842	20	2.4	20	78	0	60	33	16	27	22	1.96
69162408--69162608	40	5.1	40	92	3	302	25	29	23	21	1.99
69162408--69162608	79	2.5	79	88	6	300	25	29	23	21	1.99
69170477--69170680	40	5.1	40	92	1	302	25	29	23	21	1.99
69172651--69172684	17	2.0	17	100	0	68	29	23	23	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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