genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  85  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25158681--25158735	21	2.6	21	82	5	58	20	9	5	65	1.41
25160786--25160821	17	2.1	17	100	0	72	38	0	5	55	1.23
25166730--25166756	12	2.2	12	100	0	54	0	22	0	77	0.76
25176886--25176951	33	2.0	33	91	5	107	34	24	4	36	1.76
25179298--25179445	76	1.9	76	98	0	287	30	33	7	28	1.85
25184423--25184507	29	2.9	29	96	0	161	36	23	7	32	1.82
25184848--25184900	2	26.5	2	96	0	97	50	1	0	47	1.12
25187411--25187460	23	2.0	24	85	11	66	24	0	30	46	1.53
25189809--25189847	19	2.1	19	100	0	78	41	28	5	25	1.77
25191447--25191548	29	3.5	29	91	0	159	26	32	15	25	1.96
25191420--25191548	58	2.2	58	86	2	170	26	32	16	24	1.96
25205197--25205310	39	3.0	39	75	6	117	25	26	21	27	1.99
25209857--25210064	55	3.8	53	80	7	249	35	18	25	21	1.95
25209864--25210064	108	1.8	110	89	4	318	34	18	25	21	1.96
25210303--25210333	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
25212756--25212846	45	2.0	45	91	0	146	37	25	12	25	1.90
25216212--25216310	53	1.9	53	93	6	177	35	1	9	54	1.39
25216616--25216643	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25218656--25218771	43	2.7	43	84	5	137	25	18	26	30	1.98
25230372--25230462	38	2.4	38	98	0	173	21	19	8	49	1.75
25231853--25231892	21	2.0	21	85	5	55	22	12	5	60	1.52
25234922--25235092	43	4.0	43	80	3	155	23	14	27	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25244788--25244958	46	3.7	45	78	7	173	28	19	29	22	1.98
25244879--25245039	79	2.0	80	83	5	202	24	19	31	24	1.98
25247166--25247231	13	5.1	13	90	0	105	15	34	30	19	1.93
25247166--25247231	26	2.5	26	97	0	123	15	34	30	19	1.93
25255062--25255093	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
25280334--25280377	17	2.6	17	96	0	79	34	18	4	43	1.70
25282927--25283097	49	3.5	49	80	6	186	37	22	14	26	1.92
25282927--25283101	48	3.6	49	80	6	203	37	22	13	26	1.91
25284027--25284058	11	2.9	11	100	0	64	46	15	0	37	1.46
25287195--25287365	46	3.7	45	76	16	181	21	21	29	28	1.98
25287188--25287357	92	1.8	92	92	3	288	20	22	29	27	1.99
25292279--25292481	48	4.2	48	79	11	204	34	26	14	25	1.94
25300329--25300354	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
25304647--25304679	14	2.5	13	90	9	57	12	15	12	60	1.59
25307650--25307802	80	1.9	80	81	7	186	23	22	28	25	2.00
25312359--25312523	40	4.1	40	85	5	201	26	27	21	23	1.99
25312372--25312523	80	1.9	80	89	5	236	25	27	23	24	2.00
25317830--25317981	40	3.8	40	78	8	132	23	23	28	25	1.99
25323866--25323927	28	2.2	29	85	2	81	27	12	29	30	1.93
25328178--25328362	24	7.8	24	69	12	85	36	22	23	17	1.95
25328269--25328387	24	4.9	25	70	8	66	38	22	22	15	1.92
25336646--25336714	31	2.2	31	86	0	93	37	4	13	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25339061--25339235	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
25339069--25339239	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	20	1.98
25339793--25339829	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
25343251--25343282	12	2.8	12	86	13	50	34	0	0	65	0.93
25345026--25345073	24	2.0	23	88	4	69	22	29	0	47	1.51
25345126--25345160	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
25346110--25346182	30	2.4	30	95	0	137	24	12	34	28	1.92
25349077--25349158	41	2.0	41	95	0	146	21	12	17	48	1.79
25353951--25353987	13	2.7	15	80	20	53	54	0	32	13	1.40
25357388--25357430	18	2.5	17	80	3	50	20	46	20	11	1.82
25374418--25374485	35	2.0	35	85	2	93	45	5	11	36	1.65
25379838--25379873	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
25381188--25381238	26	2.0	26	84	7	68	47	3	0	49	1.20
25385826--25385917	19	4.6	20	79	11	73	31	3	3	61	1.28
25385884--25385958	20	3.8	20	81	8	73	34	1	1	62	1.12
25385886--25385936	19	2.7	19	84	6	59	31	0	1	66	1.03
25385856--25386000	48	3.0	48	75	9	125	31	4	2	62	1.28
25385884--25385977	9	9.7	10	74	10	70	31	1	2	64	1.12
25385890--25385965	29	2.6	27	80	13	80	34	1	1	63	1.11
25385945--25385995	19	2.7	19	76	11	52	21	5	1	70	1.18
25387731--25387760	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
25389492--25390092	135	4.5	135	86	2	685	27	22	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25389851--25390083	45	5.2	45	71	11	136	27	22	21	28	1.99
25397826--25397874	20	2.4	20	86	3	62	16	22	20	40	1.91
25400686--25400762	38	2.0	38	100	0	154	29	31	15	23	1.95
25405780--25405824	3	15.0	3	95	0	81	64	0	0	35	0.94
25407300--25407344	13	3.6	13	77	20	51	24	0	4	71	1.05
25407288--25407343	23	2.4	23	85	14	71	23	0	3	73	0.99
25413582--25413628	24	2.0	24	86	0	67	55	6	10	27	1.58
25413718--25413771	2	28.0	2	85	7	76	51	3	0	44	1.19
25415343--25415396	23	2.3	23	96	0	99	16	0	42	40	1.48
25415800--25416109	43	7.2	43	69	7	171	21	20	22	35	1.96
25415992--25416107	44	2.7	42	78	6	133	19	22	24	33	1.97
25416246--25416408	43	3.8	44	76	8	145	21	22	22	33	1.98
25424448--25424479	9	3.7	9	95	4	57	43	12	21	21	1.86
25429789--25429828	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
25431196--25431285	45	2.0	46	88	2	137	28	15	20	35	1.93
25458492--25458599	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
25465539--25465646	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
25469420--25469492	29	2.5	29	95	0	137	31	15	27	26	1.95
25469479--25469551	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
25473901--25474032	29	4.6	29	92	0	210	25	31	15	27	1.95
25473872--25474032	58	2.8	58	86	0	178	25	32	15	26	1.95
25481896--25482056	29	5.6	29	89	0	223	25	33	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25487915--25487986	29	2.5	29	100	0	144	31	13	29	25	1.94
25487974--25488046	29	2.5	29	81	0	83	28	16	26	28	1.97
25493660--25493729	25	2.8	25	97	0	131	25	24	25	24	2.00
25493775--25493814	10	3.9	10	80	6	53	32	17	20	30	1.95
25493854--25493904	25	2.0	25	92	0	84	25	19	23	31	1.98
25503925--25504027	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
25506152--25506254	29	3.5	29	96	2	188	36	14	25	23	1.93
25506122--25506254	59	2.2	60	90	1	205	35	14	25	24	1.93
25510769--25510973	40	5.1	40	79	3	198	26	24	21	26	2.00
25514243--25514431	27	7.0	27	88	3	236	40	17	16	25	1.90
25517224--25517287	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
25517481--25517646	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
25517480--25517646	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
25517481--25517646	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
25517705--25517761	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
25517701--25517763	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
25519121--25519341	27	8.1	27	76	3	147	32	8	18	40	1.81
25519098--25519336	54	4.4	54	77	4	210	31	9	19	40	1.83
25519126--25519404	27	10.3	27	76	7	127	34	8	19	37	1.83
25519327--25519539	27	7.9	27	84	6	225	39	7	23	29	1.82
25519330--25519539	81	2.6	81	83	3	253	39	7	23	29	1.82
25519329--25519532	54	3.8	54	85	1	266	40	7	22	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25519545--25519634	27	3.3	27	82	3	92	33	8	16	41	1.80
25519564--25519643	27	2.9	27	83	5	90	33	8	16	41	1.79
25519545--25519649	27	3.9	27	76	9	81	35	8	16	40	1.79
25534112--25534287	46	3.8	46	76	12	198	22	20	27	29	1.98
25534109--25534279	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
25538748--25538779	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
25543203--25543227	12	2.1	12	100	0	50	32	16	8	44	1.76
25543753--25544197	221	2.0	221	98	0	863	35	12	17	34	1.88
25561170--25561236	30	2.2	30	91	0	107	19	23	34	22	1.97
25565826--25566171	173	2.0	173	97	1	649	36	21	17	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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