genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  317  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98973534--98973700	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
98980667--98980715	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
98981535--98981701	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
98985403--98985441	18	2.0	20	90	9	64	48	5	12	33	1.63
98985743--98985778	15	2.5	15	90	4	56	66	5	0	27	1.13
98987034--98987076	10	4.3	10	85	11	61	65	6	0	27	1.18
98993065--98993224	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
99001151--99001281	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
99004121--99004233	55	2.1	55	83	3	138	22	26	24	26	2.00
99005278--99005751	27	17.6	27	87	3	598	27	21	9	40	1.84
99006981--99007028	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
99007072--99007155	20	4.2	20	95	0	150	34	11	21	32	1.90
99007076--99007150	11	7.4	11	68	17	63	36	13	20	30	1.91
99007202--99007342	24	6.0	24	86	4	189	29	21	21	27	1.99
99007201--99007343	47	3.0	47	88	3	207	30	21	20	27	1.98
99010249--99010720	27	17.6	27	85	4	571	27	21	9	41	1.84
99010249--99010720	80	5.9	81	84	4	600	27	21	9	41	1.84
99010249--99010721	107	4.4	108	84	5	602	27	21	9	41	1.84
99012034--99012116	20	4.2	19	95	3	139	34	10	21	32	1.88
99012027--99012116	40	2.3	39	94	1	153	34	11	22	32	1.89
99012162--99012303	24	6.0	24	89	4	200	28	22	21	26	1.99
99012161--99012304	47	3.0	47	89	4	218	29	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99015294--99015737	239	1.9	238	86	7	652	26	22	9	41	1.84
99015284--99015747	27	17.6	27	81	10	514	27	21	9	40	1.85
99015391--99015760	52	7.0	54	81	8	206	28	21	8	41	1.83
99019337--99019504	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
99021545--99021627	43	1.9	44	82	7	107	50	32	0	16	1.46
99021569--99021629	21	2.9	20	76	9	59	50	29	0	19	1.48
99026160--99026353	47	4.1	47	82	7	203	34	8	29	27	1.87
99026160--99026307	51	3.1	48	86	9	196	33	8	29	29	1.87
99026281--99026417	46	3.0	46	87	0	193	35	8	30	25	1.86
99027552--99027762	27	7.8	27	87	0	269	30	23	7	38	1.82
99027723--99027853	54	2.4	54	83	0	145	41	22	6	30	1.78
99027782--99027880	27	3.7	27	86	2	119	43	24	7	25	1.79
99027865--99028006	27	5.3	27	88	0	212	34	19	21	24	1.96
99027811--99028008	81	2.4	81	82	5	231	36	20	17	25	1.94
99028447--99028492	6	7.5	6	81	13	58	15	21	15	47	1.81
99028418--99028492	31	2.4	31	88	0	105	20	18	14	46	1.84
99028447--99028492	19	2.5	18	82	10	58	15	21	15	47	1.81
99041419--99041480	28	2.3	26	89	8	97	19	9	29	41	1.83
99041419--99041486	27	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
99043242--99043266	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
99043280--99043323	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
99047141--99047176	9	4.0	9	92	0	54	30	22	30	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99047268--99047315	24	2.0	24	95	0	87	27	8	35	29	1.86
99050785--99050844	24	2.5	24	94	0	102	16	3	50	30	1.62
99050864--99050958	34	2.8	33	77	4	100	30	22	23	24	1.99
99059448--99059617	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
99067544--99067713	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
99070086--99070172	34	2.5	34	78	12	88	31	22	25	20	1.98
99072335--99072524	43	4.4	43	80	9	199	30	15	24	29	1.96
99076812--99076844	15	2.2	15	100	0	66	63	0	36	0	0.95
99076810--99076842	17	1.9	17	93	0	57	63	0	36	0	0.95
99082645--99082848	43	4.8	44	74	12	165	27	18	24	30	1.98
99082627--99082848	86	2.6	85	78	11	236	28	18	23	29	1.97
99083865--99083932	32	2.1	32	86	0	91	16	29	30	23	1.96
99088182--99088217	18	2.0	18	100	0	72	38	11	22	27	1.88
99090468--99090637	46	3.7	46	75	13	179	19	20	30	30	1.97
99090458--99090630	93	1.9	93	91	4	287	20	20	30	29	1.97
99093634--99093878	40	6.2	40	87	5	340	21	28	24	25	1.99
99101801--99102010	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
99105942--99105975	6	5.8	6	89	6	52	85	2	11	0	0.71
99107233--99107489	40	6.5	40	87	3	333	24	22	27	25	2.00
99107233--99107489	79	3.2	79	86	4	324	24	22	27	25	2.00
99107233--99107489	119	2.2	120	85	4	342	24	22	27	25	2.00
99114805--99114937	40	3.3	40	84	3	171	31	23	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99117068--99117255	24	8.0	24	86	6	269	27	21	22	27	1.99
99117089--99117254	23	7.1	23	89	4	253	28	21	22	27	1.99
99117089--99117256	47	3.6	47	94	1	293	27	20	23	27	1.99
99117313--99117369	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
99117301--99117371	20	3.5	20	98	0	133	33	21	9	35	1.86
99117306--99117360	11	5.4	11	75	16	64	32	20	10	36	1.87
99117408--99117455	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
99125213--99125400	23	8.0	24	90	6	296	28	21	21	28	1.99
99125212--99125400	47	4.0	46	93	4	308	28	21	21	28	1.99
99125456--99125512	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
99125444--99125514	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
99125449--99125503	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
99125551--99125598	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
99129326--99129431	39	2.7	38	83	9	124	24	22	28	24	2.00
99135981--99136161	41	4.7	39	79	11	151	26	27	22	23	1.99
99135984--99136095	39	3.0	37	83	10	115	25	28	21	24	1.99
99143600--99143807	40	5.2	40	78	7	145	25	28	22	24	1.99
99143619--99143805	40	4.7	39	77	8	153	25	28	22	22	1.99
99143619--99143807	79	2.4	82	77	7	201	25	28	22	23	1.99
99148663--99148795	37	3.6	36	70	9	90	18	10	30	40	1.84
99150393--99150528	42	3.2	41	79	4	146	26	25	17	30	1.97
99150376--99150548	84	2.1	84	83	0	211	27	26	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99164964--99165003	21	1.9	21	89	0	62	60	0	0	40	0.97
99165161--99165254	31	3.0	31	95	1	161	10	24	3	61	1.43
99165403--99165463	32	1.9	32	83	6	79	50	22	3	22	1.63
99165464--99165530	30	2.2	32	91	5	111	61	20	1	16	1.42
99183356--99183613	49	5.3	49	96	0	475	32	7	29	30	1.85
99185288--99185381	48	1.9	50	84	4	129	28	18	23	29	1.97
99187142--99187347	46	4.5	44	75	12	166	31	18	29	21	1.97
99197291--99197320	14	2.1	14	100	0	60	26	30	0	43	1.55
99197807--99198411	243	2.5	242	98	0	1165	32	11	19	36	1.88
99199736--99199973	49	4.8	49	87	2	314	28	26	18	26	1.98
99199736--99199973	99	2.4	100	86	2	318	28	26	18	26	1.98
99202223--99202255	17	2.0	17	88	5	50	81	0	18	0	0.68
99202205--99202255	24	2.2	23	82	10	59	74	0	23	1	0.92
99202484--99202513	8	3.6	8	95	4	51	36	0	0	63	0.95
99204153--99204218	9	7.0	9	75	5	51	31	1	4	62	1.25
99204174--99204224	18	2.7	18	87	6	75	37	1	3	56	1.29
99204217--99204245	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
99204811--99204863	23	2.4	21	76	20	54	49	1	3	45	1.31
99205074--99205143	10	7.0	10	71	16	56	65	1	0	32	1.01
99216634--99216663	16	1.9	16	93	6	53	36	23	0	40	1.55
99216861--99217156	50	5.9	50	76	5	267	29	25	18	27	1.98
99222157--99222327	39	4.3	39	87	3	202	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99225085--99225123	21	1.9	20	84	5	51	25	23	35	15	1.94
99226462--99226662	46	4.3	47	81	7	221	24	28	17	29	1.97
99226480--99226657	94	1.9	94	88	0	266	25	28	17	28	1.98
99230960--99230989	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
99233106--99233238	41	3.2	41	69	15	112	25	19	28	26	1.99
99232867--99233269	84	4.8	84	90	0	617	28	18	25	27	1.98
99235543--99235646	48	2.2	48	82	6	122	31	21	28	18	1.96
99249312--99249336	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
99252692--99252859	40	4.2	40	82	1	176	24	26	22	26	2.00
99254757--99254979	48	4.6	48	88	2	313	24	18	29	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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