genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  129  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39612372--39612405	17	1.9	17	88	5	50	79	2	8	8	1.03
39612435--39612459	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
39612458--39612512	26	2.1	26	100	0	110	40	0	30	29	1.57
39614257--39614423	40	4.2	40	78	6	171	26	21	26	25	1.99
39618169--39618238	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
39625341--39625507	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
39628410--39628435	13	2.0	13	100	0	52	0	23	38	38	1.55
39636934--39637527	154	3.9	154	87	4	835	27	1	20	50	1.56
39637764--39637789	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
39643579--39643616	19	2.0	19	90	10	60	68	0	0	31	0.90
39643579--39643626	11	4.7	10	78	21	55	68	0	0	31	0.90
39654544--39654596	22	2.5	22	93	3	90	16	11	22	49	1.78
39658125--39658228	42	2.4	44	81	9	126	26	14	25	33	1.94
39663543--39663760	40	5.5	40	93	2	343	23	23	28	24	2.00
39671589--39671766	40	4.5	40	91	3	263	23	23	28	24	1.99
39674644--39674673	12	2.5	12	94	0	51	50	10	13	26	1.73
39681939--39682170	40	5.8	40	88	1	313	23	27	23	25	2.00
39685623--39685669	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
39686821--39687195	188	2.0	187	95	1	680	31	8	24	36	1.85
39702490--39703055	47	12.1	47	94	1	940	33	12	28	25	1.92
39702607--39702682	24	3.2	24	66	23	70	30	13	32	23	1.93
39702773--39702850	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39703029--39703119	46	2.0	46	88	0	137	34	7	31	26	1.85
39706237--39706263	14	1.9	14	100	0	54	62	7	7	22	1.46
39721611--39721660	25	2.0	25	84	7	66	26	8	0	66	1.19
39728058--39728120	25	2.4	25	81	5	72	23	22	23	30	1.99
39737336--39737466	49	2.7	48	80	7	129	24	26	19	29	1.99
39745661--39745859	27	7.4	27	83	2	220	30	12	17	39	1.86
39745658--39745859	81	2.5	81	88	0	296	30	13	16	39	1.87
39753653--39753775	55	2.2	55	84	2	149	17	23	25	34	1.96
39760505--39760729	40	5.7	41	87	5	279	25	26	22	26	2.00
39765071--39765126	31	2.0	30	83	16	75	76	1	12	8	1.08
39766226--39766295	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
39771550--39771774	40	5.7	41	85	5	252	26	25	21	26	1.99
39778125--39778177	18	2.9	18	88	0	79	28	15	24	32	1.95
39794922--39795004	34	2.4	34	97	0	157	33	26	20	19	1.96
39798958--39799106	40	3.7	40	84	3	192	22	13	27	36	1.91
39805222--39805296	6	12.3	6	70	13	55	49	12	20	18	1.79
39805243--39805352	31	3.4	31	70	14	94	47	10	20	20	1.80
39805231--39805315	37	2.3	37	85	0	107	47	9	23	20	1.79
39805525--39805560	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
39805882--39806074	27	7.2	27	84	1	226	40	7	21	30	1.80
39806051--39806118	27	2.5	27	73	7	75	30	8	19	41	1.82
39806051--39806226	54	3.3	53	76	8	178	31	10	20	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39806095--39806219	27	4.7	27	71	16	82	30	9	21	38	1.85
39808915--39809063	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
39808956--39809063	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
39816209--39816357	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
39816250--39816357	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
39824111--39824160	23	2.2	23	86	13	68	42	20	14	24	1.88
39824195--39824309	27	4.3	27	84	0	122	20	20	18	41	1.90
39824303--39824565	27	9.7	27	88	1	339	34	17	15	33	1.91
39824806--39824830	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
39829944--39830002	20	2.8	22	79	10	77	45	23	18	11	1.83
39831256--39831298	20	2.2	20	95	0	77	44	25	23	6	1.78
39842505--39842651	43	3.4	44	79	7	158	30	17	23	29	1.96
39858570--39858719	42	3.5	42	86	0	183	31	22	14	31	1.94
39862687--39862786	6	16.3	6	74	15	80	48	12	18	22	1.80
39862707--39862786	31	2.6	31	85	0	106	47	11	18	22	1.80
39863216--39863760	27	20.2	27	86	2	666	25	18	18	37	1.94
39863749--39863819	26	2.6	27	82	6	83	30	8	21	39	1.83
39863637--39863840	27	7.7	26	75	10	108	26	12	22	39	1.89
39865372--39865475	26	4.0	26	92	2	174	32	8	24	34	1.86
39876264--39876311	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
39876355--39876413	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
39876359--39876413	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39876464--39876582	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
39876464--39876582	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
39876774--39876837	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
39884347--39884394	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
39884438--39884496	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
39884442--39884496	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
39884547--39884665	47	2.5	48	87	5	161	29	21	21	26	1.99
39884547--39884665	24	5.0	24	86	5	161	29	21	21	26	1.99
39884857--39884920	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
39894932--39894982	25	2.0	25	100	0	102	19	15	23	41	1.90
39896341--39896428	44	2.0	44	100	0	176	31	25	11	31	1.91
39898862--39898934	37	2.0	37	81	10	87	26	34	1	38	1.65
39904360--39904531	47	3.7	47	75	13	167	27	19	30	22	1.98
39907617--39907716	49	2.0	49	94	0	173	23	28	13	36	1.92
39920331--39920493	70	2.3	71	96	1	301	19	27	18	34	1.95
39920331--39920527	70	2.8	70	89	4	240	20	27	17	33	1.96
39921721--39921809	44	2.1	42	95	4	160	23	28	17	30	1.97
39925340--39925406	29	2.4	27	76	9	80	43	10	10	35	1.73
39925342--39925400	29	2.0	29	86	0	82	47	10	8	33	1.68
39928706--39928742	18	2.1	18	100	0	74	29	10	27	32	1.90
39929381--39929422	20	2.3	19	88	12	61	16	4	11	66	1.40
39930962--39931016	26	2.1	26	100	0	110	45	14	27	12	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39931021--39931196	96	1.8	96	87	0	262	34	13	18	34	1.90
39931340--39931413	37	2.0	37	100	0	148	32	16	13	37	1.87
39932889--39932928	21	2.1	19	86	13	55	17	2	2	77	0.99
39933193--39933896	236	3.0	234	89	2	1031	46	12	18	23	1.83
39937478--39937723	27	9.3	27	73	12	163	42	20	16	20	1.89
39937478--39937667	54	3.6	54	76	6	183	42	21	16	20	1.89
39937712--39937831	27	4.4	27	84	0	150	27	18	18	35	1.94
39937764--39937847	27	3.1	27	84	3	80	25	20	21	33	1.97
39951826--39952013	40	4.7	39	87	2	234	23	21	29	25	1.99
39951822--39952033	80	2.7	79	85	3	300	24	20	29	25	1.99
39954002--39954035	13	2.7	13	86	4	52	23	0	0	76	0.79
39961481--39961514	18	1.9	17	94	5	59	20	35	29	14	1.93
39964577--39964821	40	6.2	40	87	4	338	22	21	29	26	1.99
39972795--39973042	40	6.2	40	87	0	336	22	19	29	28	1.98
39974812--39974904	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
39974812--39974917	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
39979289--39979334	24	1.9	24	86	8	67	45	4	36	13	1.63
39987996--39988035	9	4.4	9	83	0	53	27	10	0	62	1.27
39987990--39988026	18	2.1	18	94	0	65	27	5	2	64	1.28
39994468--39994509	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
39994547--39994582	17	2.2	17	90	5	56	44	0	0	55	0.99
39999070--39999111	21	2.0	21	100	0	84	57	9	23	9	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39999058--39999085	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
40005514--40005575	29	2.2	29	88	2	90	27	27	14	30	1.95
40005514--40005599	28	3.0	28	81	3	91	26	25	15	32	1.95
40005810--40005860	24	2.1	24	85	0	66	11	21	19	47	1.81
40005823--40005856	8	4.2	8	88	0	50	11	26	23	38	1.89
40008439--40008528	46	2.0	45	95	2	162	24	20	25	30	1.99
40009186--40009214	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
40011373--40011472	40	2.5	40	75	6	121	41	18	23	18	1.91
40013270--40013345	20	3.8	19	77	6	71	38	25	27	9	1.86
40023390--40023495	33	3.3	33	64	10	94	35	20	26	16	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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