Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  354  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
111459615--111459656
16
2.7
15
85
7
57
50
0
2
47
1.14
111466952--111466982
14
2.2
14
94
0
53
9
25
32
32
1.88
111470540--111470630
45
2.0
45
100
0
182
27
13
10
48
1.75
111473652--111473972
125
2.6
123
80
9
355
45
10
8
35
1.70
111473749--111474185
220
2.0
217
88
5
648
45
10
8
35
1.69
111474506--111474543
16
2.4
16
86
4
51
76
2
5
15
1.08
111474590--111474668
38
2.0
40
83
9
101
37
2
3
55
1.31
111474609--111474672
20
3.3
19
71
18
60
39
1
3
56
1.25
111479248--111479291
22
2.0
21
87
12
63
22
20
11
45
1.83
111481854--111481925
30
2.4
31
83
6
85
50
18
8
23
1.74
111481641--111481917
146
1.9
146
94
0
491
43
17
12
25
1.85
111482955--111482995
21
2.0
21
95
0
73
29
29
17
24
1.97
111483026--111483097
31
2.4
31
81
6
85
23
9
18
48
1.77
111484293--111484355
30
2.1
30
90
0
99
23
1
14
60
1.43
111486034--111486218
85
2.2
85
86
3
248
27
15
16
40
1.88
111493862--111493919
21
2.8
20
79
12
55
36
0
3
60
1.14
111498970--111499061
47
2.0
47
100
0
184
33
8
16
41
1.79
111505036--111505088
21
2.5
21
87
6
72
28
26
24
20
1.99
111505188--111505244
30
1.9
30
88
0
87
21
26
24
28
1.99
111516729--111516889
29
5.6
28
76
5
151
28
31
16
23
1.96
111516729--111516861
58
2.3
58
100
0
266
28
30
17
24
1.97
111524777--111524910
29
4.7
27
77
14
108
28
30
16
24
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
111527762--111527846
40
2.1
40
100
0
170
36
4
14
44
1.66
111531041--111531220
40
4.4
40
83
3
200
27
23
26
22
2.00
111531041--111531260
80
2.7
80
79
4
201
27
23
25
23
2.00
111534615--111534666
26
2.0
26
88
7
79
46
15
1
36
1.57
111537950--111537997
25
2.0
25
87
4
71
43
6
0
50
1.27
111538139--111538191
21
2.5
21
80
17
56
32
3
0
64
1.12
111538163--111538200
17
2.2
17
90
0
58
36
2
0
60
1.11
111538142--111538201
10
6.2
10
75
14
54
33
3
0
63
1.11
111538170--111538233
17
3.9
16
75
6
65
31
7
0
60
1.25
111538224--111538277
2
28.5
2
75
17
53
44
1
1
51
1.22
111538222--111538260
21
1.9
19
90
10
60
46
2
0
51
1.14
111542889--111543069
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
111542891--111543061
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
111546019--111546097
15
5.4
15
77
10
83
10
17
13
58
1.63
111546010--111546096
29
3.0
29
81
8
95
10
17
16
56
1.67
111548468--111548648
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
111548470--111548640
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
111558736--111559172
220
2.0
219
90
2
680
31
16
22
28
1.96
111559142--111559261
44
2.7
44
93
0
204
33
15
25
25
1.95
111560807--111560866
25
2.4
25
83
8
77
40
6
0
53
1.27
111560785--111560866
12
6.7
12
75
8
67
37
7
0
54
1.28
111561004--111561065
21
3.0
21
77
13
58
33
3
0
62
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
111561028--111561062
17
2.1
17
88
0
52
37
2
0
60
1.12
111561007--111561060
10
5.6
10
75
16
51
33
3
0
62
1.12
111561004--111561072
28
2.9
23
75
22
70
33
4
0
62
1.15
111561085--111561137
14
4.0
12
75
20
52
41
1
0
56
1.10
111567095--111567209
57
2.0
57
94
0
203
26
20
9
43
1.82
111572228--111572266
18
2.2
18
85
0
51
20
35
30
12
1.90
111581687--111581841
39
3.9
39
84
0
175
23
21
31
23
1.98
111601144--111601173
11
2.7
11
94
0
51
30
0
20
50
1.49
111607534--111607575
20
2.1
20
90
0
66
42
4
16
35
1.69
111621907--111621948
22
1.9
22
95
0
75
14
11
7
66
1.43
111625645--111625671
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
111626364--111626406
15
2.6
17
89
7
63
9
6
0
83
0.80
111626697--111627409
44
16.4
44
90
2
1100
22
32
16
28
1.96
111626718--111627409
216
3.2
216
91
0
1105
22
32
16
28
1.96
111627616--111627738
61
2.0
64
87
7
182
39
11
16
33
1.84
111640491--111640529
19
2.1
19
90
9
62
79
2
2
15
0.95
111640782--111640824
15
2.6
17
89
7
63
9
6
0
83
0.80
111645994--111646023
9
3.2
9
95
4
51
0
76
0
23
0.78
111647363--111647450
3
29.0
3
81
6
106
60
0
5
34
1.20
111647554--111647582
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
111647743--111647952
3
69.7
3
74
13
121
64
2
4
28
1.27
111647851--111647945
34
2.8
34
78
12
106
64
2
4
29
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
111648703--111649275
132
4.4
132
83
3
647
24
23
20
31
1.98
111648817--111649253
44
10.0
43
64
12
140
24
22
21
31
1.98
111648688--111649276
263
2.2
263
83
2
709
24
23
20
31
1.98
111649238--111649336
44
2.2
44
83
5
119
29
19
22
29
1.98
111649264--111649360
44
2.2
44
83
7
126
24
21
20
32
1.97
111649108--111649425
88
3.6
88
70
11
220
24
20
22
32
1.98
111649766--111649876
46
2.4
46
80
0
132
25
19
16
38
1.92
111650644--111650668
13
1.9
13
100
0
50
0
12
0
88
0.53
111650649--111650693
24
1.9
24
90
4
74
0
13
6
80
0.91
111654079--111654530
230
1.9
233
92
4
754
37
20
13
29
1.90
111656249--111656310
3
20.7
3
90
6
99
66
0
0
33
0.92
111656417--111656447
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
111660389--111660472
41
2.0
41
100
0
168
33
11
21
33
1.90
111667390--111667662
46
5.8
48
79
7
260
23
30
19
27
1.98
111667390--111667654
47
5.7
48
78
10
239
23
29
19
27
1.98
111667388--111667659
94
2.9
92
79
13
288
23
29
19
27
1.98
111667390--111667654
140
1.9
141
84
5
358
23
29
19
27
1.98
111673362--111673627
47
5.7
46
77
9
195
22
28
19
29
1.98
111673362--111673533
93
1.8
94
81
6
215
23
27
19
29
1.98
111680720--111680777
30
1.9
30
86
6
82
17
29
34
18
1.94
111682329--111682419
45
2.0
45
97
0
173
57
4
12
26
1.54
111682616--111682670
12
4.8
11
83
14
58
76
0
7
16
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
111682616--111682671
17
3.3
16
83
9
67
76
0
7
16
0.99
111682631--111682669
6
6.5
6
90
0
60
79
0
5
15
0.90
111682616--111682671
11
4.9
11
80
8
67
76
0
7
16
0.99
111689142--111689199
30
1.9
30
86
6
82
17
29
34
18
1.94
111695101--111695131
15
2.1
15
93
0
53
51
25
3
19
1.62
111695549--111695704
86
1.8
84
81
8
190
31
26
16
25
1.97
111695672--111695777
56
1.9
56
86
0
149
33
22
14
29
1.93
111699318--111699383
19
3.2
21
87
6
64
36
19
9
34
1.84
111699335--111699432
19
5.2
19
92
7
164
35
16
10
37
1.82
111699335--111699432
36
2.6
37
90
9
153
35
16
10
37
1.82
111700010--111700984
132
7.4
132
92
0
1608
27
24
16
31
1.97
111707512--111707577
19
3.2
21
87
6
64
36
19
9
34
1.84
111707529--111707626
19
5.2
19
92
7
164
35
16
10
37
1.82
111707529--111707626
36
2.6
37
90
9
153
35
16
10
37
1.82
111710718--111710765
24
2.0
24
100
0
96
29
12
16
41
1.85
111713861--111713920
30
2.0
30
96
0
111
36
21
6
35
1.80
111717049--111717095
25
2.0
25
83
8
62
27
14
4
53
1.60
111717355--111717582
46
5.0
46
93
1
368
22
23
14
38
1.92
111723694--111723743
25
2.0
25
100
0
100
36
24
8
32
1.84
111723957--111724049
32
2.9
32
96
0
177
37
23
6
32
1.80
111725464--111725564
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
111731499--111731597
49
2.0
49
100
0
198
24
21
24
30
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
111732651--111732753
29
3.6
27
78
5
89
28
32
16
23
1.96
111740676--111740749
29
2.5
28
84
4
85
29
33
14
21
1.94
111745778--111745821
19
2.2
21
88
8
65
38
2
0
59
1.10
111745952--111746017
25
2.7
25
75
15
66
33
3
0
63
1.10
111757129--111757164
7
5.1
7
90
10
56
86
0
0
13
0.58
111757138--111757164
13
2.1
13
100
0
54
85
0
0
14
0.61
111757999--111758492
44
11.2
44
83
1
605
29
15
26
28
1.96
111758002--111758494
132
3.7
131
88
2
666
29
15
26
28
1.96
111760125--111760168
19
2.2
21
88
8
65
38
2
0
59
1.10
111760298--111760363
25
2.7
25
75
15
66
33
3
0
63
1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433