genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  81  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23805132--23805320	101	1.9	100	91	1	306	23	21	25	29	1.99
23805142--23805358	100	2.2	101	82	0	247	25	20	25	28	1.99
23814605--23814812	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	26	2.00
23814605--23814812	80	2.6	80	83	3	249	25	25	22	26	2.00
23822551--23822758	40	5.2	39	82	3	220	25	25	22	27	2.00
23822551--23822758	80	2.6	80	84	0	254	25	25	22	27	2.00
23831165--23831275	34	3.3	34	81	5	127	29	22	22	25	1.99
23836104--23836218	57	2.0	57	96	0	212	26	18	26	29	1.98
23841484--23841513	13	2.3	13	100	0	60	53	6	33	6	1.53
23843960--23844001	16	2.7	15	79	20	50	42	2	2	52	1.27
23844613--23844672	25	2.4	25	80	5	68	36	3	1	58	1.25
23853271--23853306	16	2.2	16	95	0	63	50	16	11	22	1.77
23854822--23854921	29	3.5	29	86	1	130	26	17	31	26	1.97
23854822--23854930	57	1.9	57	86	1	155	26	16	31	25	1.97
23854807--23854921	29	4.0	29	83	6	128	27	15	29	26	1.96
23859244--23859358	29	4.0	29	85	6	146	26	15	29	27	1.96
23859257--23859367	57	1.9	58	88	1	170	26	16	30	27	1.96
23864122--23864208	27	3.2	27	88	0	120	34	25	17	22	1.96
23864135--23864222	27	3.3	27	82	6	79	39	19	17	23	1.92
23866466--23866568	54	1.9	54	97	0	197	43	2	13	39	1.59
23881456--23881683	40	5.7	40	96	0	404	25	23	27	23	2.00
23884050--23884099	25	2.0	25	96	0	91	26	18	8	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23895465--23895648	40	4.6	40	82	2	235	25	25	22	26	2.00
23895438--23895648	80	2.7	80	82	4	241	26	26	22	24	2.00
23897504--23897670	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
23905518--23905685	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
23907110--23907323	118	1.8	118	100	0	428	25	24	11	38	1.88
23912475--23912523	15	3.4	15	86	5	66	59	12	18	10	1.60
23912485--23912532	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
23915452--23915626	45	3.8	45	80	9	219	29	29	19	21	1.97
23915460--23915630	93	1.8	92	94	1	306	28	30	19	21	1.98
23919591--23919763	46	3.7	46	78	10	199	21	19	27	31	1.97
23919588--23919758	93	1.8	93	92	0	288	21	19	28	30	1.97
23919987--23920024	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
23923371--23923580	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
23931506--23931715	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
23934328--23934436	55	2.0	55	80	3	121	20	27	23	28	1.99
23942127--23942295	38	4.4	38	85	4	232	21	20	26	31	1.98
23943939--23944042	48	2.2	48	81	6	113	32	20	27	19	1.96
23946580--23946625	2	24.0	2	91	8	78	47	0	0	52	1.00
23947975--23948136	38	4.3	38	88	0	234	22	22	24	30	1.99
23948138--23948237	43	2.3	43	94	0	173	11	26	32	31	1.91
23948552--23948661	45	2.5	42	81	11	123	24	22	25	27	2.00
23956042--23956113	33	2.2	33	80	5	83	26	19	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23960795--23960824	12	2.4	13	94	5	53	30	6	0	63	1.20
23963637--23963772	55	2.5	55	78	7	141	28	28	27	15	1.96
23970349--23970500	39	3.9	39	93	0	250	23	22	31	22	1.98
23977757--23977908	39	3.9	39	93	0	250	23	22	31	22	1.98
23990847--23990882	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
23991493--23991534	6	7.0	6	84	10	50	61	16	21	0	1.34
23992043--23992075	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
23992122--23992180	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
23992151--23992210	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
23996709--23996737	11	2.7	11	94	5	51	0	27	62	10	1.28
23996897--23996946	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
23996917--23996975	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
23999610--23999734	42	3.0	41	79	5	124	24	18	28	28	1.98
23999600--23999758	43	3.7	43	76	8	146	27	17	25	30	1.97
23999615--23999773	85	1.9	84	82	10	198	25	18	27	28	1.98
24000007--24000044	19	2.0	19	100	0	76	36	10	10	42	1.74
24005593--24005695	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
24009508--24009536	13	2.2	13	100	0	58	37	6	6	48	1.57
24011781--24011835	25	2.2	26	83	9	69	52	10	3	32	1.54
24018727--24018851	25	5.2	25	63	24	81	28	10	32	28	1.90
24018726--24018963	47	5.1	47	95	0	395	31	11	30	26	1.91
24018937--24019073	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24019266--24019377	37	3.0	37	88	1	170	22	16	29	31	1.96
24023127--24023225	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
24023365--24023447	41	2.0	41	100	0	166	32	12	21	33	1.90
24024771--24024995	40	5.7	40	91	2	312	23	23	27	26	2.00
24033351--24033574	122	1.9	121	87	1	333	41	10	19	28	1.84
24048376--24048482	40	2.7	40	80	11	112	26	24	27	22	2.00
24050711--24050841	29	4.5	29	87	0	154	29	15	32	23	1.95
24056052--24056182	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
24062557--24062626	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
24062557--24062638	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
24070530--24070599	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
24070530--24070611	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
24073976--24074144	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
24076139--24076177	19	2.1	19	100	0	78	48	15	10	25	1.76
24078635--24078859	49	4.5	48	81	6	270	29	26	17	26	1.97
24078635--24078866	100	2.3	99	84	5	299	29	26	17	26	1.98
24083311--24083430	51	2.4	51	90	2	179	37	12	23	26	1.90
24084178--24084231	23	2.3	23	93	0	99	48	5	11	35	1.62
24088054--24088229	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
24088050--24088221	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
24091181--24091249	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
24091172--24091259	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24093640--24093815	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
24093636--24093807	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
24099102--24099159	21	2.8	21	75	15	57	50	1	3	44	1.29
24101345--24101387	20	2.2	20	95	0	77	37	16	13	32	1.88
24103005--24103162	45	3.5	45	74	10	160	31	17	13	36	1.89
24103018--24103183	90	1.8	90	83	5	219	31	18	13	36	1.89
24107351--24107398	23	2.1	23	88	7	71	33	8	20	37	1.83
24110035--24110112	24	3.2	24	72	24	74	52	3	14	29	1.59
24111117--24111148	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
24111503--24111559	4	14.2	4	100	0	114	24	0	24	50	1.49
24122398--24122439	21	2.0	21	81	9	50	38	0	2	59	1.10
24128694--24128735	19	2.2	19	91	4	66	28	9	11	50	1.70
24130957--24130991	18	2.0	18	88	5	54	25	34	11	28	1.91
24133227--24133270	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
24135070--24135113	18	2.4	18	88	0	61	20	25	6	47	1.74
24136317--24136391	34	2.2	34	83	4	89	42	14	1	41	1.54
24136369--24136418	22	2.3	22	89	3	75	40	12	2	46	1.52
24136405--24136475	33	2.1	34	84	7	92	43	15	0	40	1.47
24140197--24140231	18	2.0	18	88	5	54	34	0	14	51	1.42
24141109--24141152	22	2.0	23	86	13	65	29	0	13	56	1.38
24141354--24141401	24	2.0	26	88	12	75	16	18	18	45	1.85
24141481--24141546	25	2.7	25	75	11	64	19	27	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24141529--24141589	24	2.5	24	76	10	70	16	26	21	36	1.94
24142866--24142966	43	2.3	44	88	5	152	19	32	26	20	1.97
24157644--24157686	22	2.0	22	86	9	61	6	23	0	69	1.12
24157639--24157691	22	2.3	23	78	18	56	5	26	0	67	1.12
24158926--24159037	27	4.1	28	82	10	126	15	22	22	40	1.91
24158926--24159037	54	2.1	54	84	3	145	15	22	22	40	1.91
24169311--24169376	33	2.0	33	93	0	114	33	40	7	18	1.79
24180760--24180981	46	4.8	46	81	9	254	19	19	29	30	1.97
24183016--24183074	19	3.2	19	73	20	61	44	0	1	54	1.10
24188816--24188846	15	2.1	15	100	0	62	51	32	0	16	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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