genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  307  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95851223--95851579	40	9.0	39	84	6	355	25	28	22	24	1.99
95853165--95853366	47	4.3	47	84	3	255	25	28	12	34	1.92
95853131--95853366	94	2.5	94	83	2	278	25	28	12	33	1.92
95856709--95856768	10	6.0	10	84	11	70	23	8	1	66	1.28
95859692--95859722	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
95863199--95863238	21	2.0	20	85	5	53	35	0	20	45	1.51
95871198--95871400	6	33.7	6	97	2	381	67	15	0	16	1.23
95872939--95872994	29	2.0	29	89	10	89	32	23	23	21	1.98
95875799--95875823	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95877825--95877885	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
95882832--95882866	15	2.3	15	90	5	52	25	8	0	65	1.21
95887269--95887296	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
95889882--95889951	35	2.0	35	100	0	140	34	11	8	45	1.71
95892733--95892792	26	2.3	26	80	2	77	35	23	26	15	1.94
95899622--95899733	40	2.8	40	82	8	138	23	24	28	24	2.00
95901211--95901320	45	2.5	45	87	1	159	28	22	20	29	1.98
95902208--95902245	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
95907173--95907273	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
95907202--95907277	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
95917331--95917497	46	3.7	45	84	4	194	26	20	31	22	1.98
95917280--95917491	92	2.3	90	82	4	246	26	19	31	21	1.98
95917331--95917534	46	4.5	43	80	11	162	25	20	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95923369--95923536	46	3.6	46	84	6	187	27	20	30	20	1.98
95924735--95924814	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
95924726--95924813	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
95927184--95927364	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
95927186--95927356	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
95929189--95929227	12	3.2	12	85	0	51	5	0	12	82	0.83
95931521--95931594	33	2.2	33	78	7	78	40	4	1	54	1.28
95931535--95931606	16	4.4	16	69	20	60	40	2	1	55	1.23
95931773--95932046	149	1.8	149	90	1	442	37	9	5	46	1.60
95932295--95932328	9	3.8	9	88	0	50	26	11	17	44	1.83
95932482--95932540	9	6.3	9	75	7	55	64	1	3	30	1.20
95932704--95932732	10	2.9	10	100	0	58	37	20	0	41	1.53
95932996--95933035	14	2.9	14	82	14	55	0	40	0	60	0.97
95941454--95941705	117	2.1	120	87	8	376	51	4	1	42	1.30
95943002--95943041	21	2.0	21	85	14	57	12	32	32	22	1.91
95943773--95943803	16	1.9	16	93	0	53	25	48	6	19	1.72
95947093--95947117	10	2.5	10	100	0	50	24	16	28	32	1.96
95948051--95948171	43	2.9	42	79	7	154	31	16	23	28	1.96
95948059--95948193	42	3.2	40	77	8	126	30	14	25	29	1.95
95952670--95952840	43	4.0	43	78	3	157	27	11	24	36	1.90
95957062--95957102	20	2.0	20	100	0	82	41	4	19	34	1.73
95957278--95957338	30	2.0	30	93	0	104	40	16	18	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95960304--95960465	80	2.0	79	81	8	186	26	19	25	28	1.99
95960300--95960442	40	3.6	40	81	9	166	24	19	27	27	1.99
95963175--95963256	43	1.9	43	85	5	112	29	26	18	25	1.98
95966118--95966171	27	2.0	27	85	0	72	40	12	7	38	1.72
95969833--95970015	40	4.6	40	81	8	162	22	26	22	27	1.99
95969838--95970015	80	2.2	80	81	5	200	23	26	23	26	2.00
95977919--95978098	40	4.5	40	83	8	165	22	26	22	28	1.99
95977924--95978095	80	2.2	80	81	4	195	23	26	22	27	1.99
95978807--95978832	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
95979810--95979991	46	3.9	45	82	8	197	23	29	19	28	1.98
95979818--95979986	94	1.8	92	86	7	243	23	30	18	27	1.98
95984283--95984410	61	2.1	61	98	0	247	46	25	8	20	1.79
95987542--95987808	46	5.8	45	73	17	133	22	29	18	29	1.98
95987594--95987807	46	4.6	47	75	17	157	23	29	18	28	1.98
95994843--95994868	10	2.6	10	100	0	52	50	7	0	42	1.31
95996866--95996892	9	3.0	9	100	0	54	55	33	0	11	1.35
95997797--95997961	43	3.9	43	81	9	187	29	25	16	28	1.97
96002364--96002457	43	2.2	43	90	0	143	19	37	25	18	1.94
96005451--96005502	26	2.0	26	92	7	88	32	15	15	36	1.89
96010894--96010957	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
96011151--96011363	24	9.0	24	91	3	326	29	21	21	28	1.98
96011172--96011362	94	2.0	94	94	2	339	29	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96011421--96011477	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
96011409--96011479	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
96011414--96011468	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
96012702--96012765	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
96012796--96013074	27	10.3	25	73	13	121	33	8	19	38	1.82
96012796--96013033	54	4.4	54	79	2	226	31	8	19	40	1.82
96012796--96013047	81	3.1	79	74	11	215	32	8	19	39	1.83
96012900--96013074	81	2.2	81	78	6	192	35	8	19	37	1.81
96013025--96013235	81	2.6	81	84	5	259	41	8	21	28	1.82
96013027--96013235	27	7.8	27	86	8	232	41	8	21	28	1.83
96013241--96013330	27	3.3	27	82	3	110	31	10	18	40	1.84
96013215--96013329	54	2.1	54	80	6	126	28	10	20	40	1.86
96013063--96013262	107	1.9	107	81	5	233	39	9	23	28	1.85
96013259--96013339	27	3.0	28	82	8	96	32	9	18	39	1.84
96013241--96013345	27	3.9	27	76	9	81	33	9	18	39	1.83
96017156--96017288	69	1.9	69	100	0	266	36	12	12	38	1.81
96020027--96020148	45	2.7	45	83	0	136	26	14	25	33	1.94
96020085--96020240	45	3.7	42	75	9	129	24	19	28	27	1.99
96023480--96023654	46	3.8	46	78	13	196	28	29	21	20	1.98
96023488--96023658	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	20	1.98
96026564--96026821	46	5.6	44	77	12	195	23	31	20	24	1.98
96026604--96026823	92	2.4	91	80	4	237	23	31	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96029342--96029516	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
96029350--96029520	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	20	1.98
96031251--96031311	31	2.0	30	90	3	95	24	3	13	59	1.49
96033520--96033558	20	1.9	20	84	5	51	41	12	5	41	1.65
96033574--96033622	22	2.3	22	85	3	64	20	34	30	14	1.92
96036299--96036338	19	2.0	20	85	4	55	25	22	12	40	1.89
96049686--96049749	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
96049773--96049822	24	2.1	24	92	0	82	32	28	12	28	1.92
96049778--96050153	94	4.0	94	97	0	698	39	19	10	30	1.85
96053227--96053394	40	4.2	40	77	3	158	25	28	21	25	1.99
96057022--96057151	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
96057022--96057184	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
96064465--96064611	39	3.9	37	80	9	145	23	26	23	27	2.00
96069852--96069917	29	2.3	30	82	12	84	19	36	18	25	1.94
96070149--96070199	8	6.4	8	81	0	66	7	23	19	49	1.74
96070145--96070192	24	2.0	24	96	4	89	12	27	16	43	1.84
96072831--96072942	29	3.9	29	69	16	72	28	32	14	25	1.94
96072841--96072950	58	1.9	57	81	5	132	28	31	13	26	1.94
96073166--96073216	24	2.1	24	92	0	84	9	25	15	49	1.75
96079860--96080021	40	4.1	40	83	3	209	27	27	21	23	1.99
96079860--96080021	80	2.0	80	89	2	245	27	27	21	23	1.99
96086207--96086504	40	7.5	40	90	1	431	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96089765--96089855	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
96089942--96090189	49	5.1	49	94	2	441	30	28	8	33	1.86
96089942--96090189	96	2.6	97	94	2	430	30	28	8	33	1.86
96090161--96090218	29	2.0	29	100	0	116	34	27	3	34	1.74
96090114--96090265	78	2.0	74	93	5	259	31	28	6	33	1.83
96090163--96090228	29	2.4	27	90	10	98	34	27	1	36	1.66
96090190--96090496	96	3.2	96	98	0	578	30	28	8	33	1.86
96090190--96090498	145	2.1	143	95	2	546	30	28	8	33	1.86
96090190--96090496	49	6.3	49	94	3	550	30	28	8	33	1.86
96094779--96094886	29	3.8	29	83	8	116	27	25	15	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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