genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  127  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38892449--38892610	86	1.9	85	84	6	220	31	24	18	25	1.98
38895688--38895748	18	3.5	17	73	6	52	14	21	29	34	1.93
38895763--38895810	18	2.7	18	83	0	60	22	25	25	27	2.00
38901285--38901315	14	2.2	14	100	0	62	41	29	6	22	1.78
38905976--38906125	40	3.8	40	92	1	230	20	26	24	28	1.99
38905960--38906163	40	5.1	40	86	3	223	24	26	22	26	2.00
38911196--38911278	43	1.9	44	90	2	132	21	22	1	54	1.52
38912474--38912550	3	25.7	3	100	0	154	33	0	0	66	0.92
38914760--38914792	15	2.4	14	90	10	50	21	21	24	33	1.97
38928377--38928520	71	2.0	71	100	0	288	31	15	6	45	1.73
38928476--38928596	59	2.1	59	98	0	233	31	18	9	40	1.83
38936454--38936498	22	2.0	22	100	0	90	31	13	13	42	1.82
38938516--38938641	46	2.7	46	78	13	143	23	30	19	26	1.98
38943262--38943289	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
38944132--38944264	54	2.5	54	92	0	212	30	21	20	27	1.98
38947162--38947444	137	2.1	135	85	4	361	45	4	7	41	1.53
38947484--38947531	20	2.4	20	100	0	96	35	6	12	45	1.67
38947508--38947653	76	1.9	75	91	4	240	30	14	9	45	1.76
38958089--38958257	46	3.6	46	76	13	150	23	27	20	27	1.99
38961263--38961297	17	2.0	18	94	5	63	17	28	40	14	1.88
38970726--38970896	46	3.7	45	77	14	186	22	20	28	28	1.98
38970719--38970889	93	1.8	93	91	0	279	22	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38982568--38982737	90	1.9	90	83	2	225	28	18	25	27	1.98
38985484--38985584	27	3.7	27	85	5	132	30	7	20	40	1.81
38987137--38987425	27	10.7	27	78	5	183	37	21	8	32	1.84
38987246--38987397	80	1.9	80	87	0	223	41	21	8	28	1.82
38987273--38987507	54	4.3	53	77	3	193	40	20	9	29	1.84
38987245--38987488	27	9.0	27	75	6	134	39	20	10	30	1.85
38987545--38987632	27	3.3	27	88	4	117	35	21	23	19	1.96
38988435--38988585	26	5.8	26	90	2	241	27	23	23	25	2.00
38988730--38988819	42	2.1	42	87	0	126	31	12	20	36	1.89
38988848--38988922	31	2.4	31	84	0	96	32	18	21	28	1.97
38992620--38992795	46	3.8	46	84	11	202	27	20	30	21	1.98
38992625--38992888	47	5.7	45	78	13	220	28	18	30	23	1.98
38992667--38992888	93	2.4	94	80	8	238	27	18	31	22	1.97
38992625--38992888	140	1.9	141	84	2	352	28	18	30	23	1.98
38995260--38995480	40	5.6	40	92	2	358	27	26	22	23	1.99
38995260--38995480	79	2.8	80	93	3	376	27	26	22	23	1.99
38995260--38995480	119	1.9	119	91	3	365	27	26	22	23	1.99
39000310--39000337	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
39009571--39009601	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
39015274--39015480	53	3.8	53	78	3	216	37	18	23	20	1.94
39029250--39029305	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
39029245--39029305	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39029354--39029520	23	7.1	23	95	2	280	28	22	20	28	1.99
39029353--39029527	24	7.4	23	94	2	269	28	21	21	28	1.99
39029354--39029527	47	3.7	46	90	5	267	28	21	21	28	1.99
39029728--39029790	30	2.1	31	90	3	101	34	15	25	23	1.95
39037276--39037323	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
39037366--39037426	20	3.0	20	92	0	104	36	11	18	34	1.86
39037475--39037579	24	4.4	24	90	3	158	29	20	20	29	1.98
39037476--39037572	47	2.1	47	92	0	158	28	20	19	30	1.97
39037786--39037849	31	2.1	31	87	0	92	34	14	25	26	1.94
39039073--39039200	42	3.0	41	79	9	125	26	17	26	28	1.98
39044934--39044994	28	2.1	29	82	8	72	14	8	13	63	1.50
39049489--39049558	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
39057399--39057468	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
39059928--39060096	40	4.2	40	80	4	189	25	22	27	24	2.00
39059928--39060096	80	2.1	80	84	4	216	25	22	27	24	2.00
39061136--39061183	23	2.0	25	92	8	82	31	16	29	22	1.96
39075609--39075681	35	2.1	35	97	0	137	38	20	5	35	1.76
39090887--39091087	53	3.8	54	80	8	200	21	23	18	36	1.95
39098159--39098189	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
39098156--39098195	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
39098380--39098580	53	3.8	54	81	11	211	21	24	18	35	1.95
39107283--39107349	32	2.1	32	91	0	107	26	29	8	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39107415--39107576	42	3.9	42	84	0	198	30	27	19	22	1.98
39115261--39115349	42	2.1	42	81	8	101	30	25	17	25	1.98
39115303--39115426	48	2.6	48	82	0	149	29	26	16	26	1.97
39115400--39115655	37	7.0	36	85	3	332	28	28	16	26	1.96
39115398--39115655	73	3.5	72	91	1	399	28	29	16	26	1.97
39117305--39117345	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
39121542--39121608	32	2.1	32	91	0	107	29	25	10	34	1.89
39121673--39121842	42	4.0	42	83	0	214	32	27	17	21	1.96
39124739--39124787	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
39125605--39125775	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
39133624--39133794	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
39136345--39136419	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
39136403--39136476	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
39144210--39144284	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
39144268--39144341	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
39148662--39148961	116	2.6	116	95	0	528	26	18	17	37	1.93
39151817--39151845	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
39155645--39155817	46	3.7	45	74	15	133	25	30	17	27	1.97
39155645--39155817	94	1.9	94	85	4	244	25	30	17	27	1.97
39164318--39164524	67	3.2	65	78	11	176	22	28	17	30	1.97
39166541--39166856	46	6.8	45	78	11	257	22	30	19	27	1.98
39166541--39166856	94	3.4	92	79	12	319	22	30	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39166591--39166856	140	1.9	140	86	5	385	23	30	19	27	1.98
39182674--39182728	28	2.0	28	100	0	110	29	9	18	43	1.80
39182858--39183127	48	5.6	48	83	2	265	31	18	26	23	1.98
39182862--39183232	48	7.8	48	79	3	219	30	19	25	23	1.98
39183903--39183943	21	2.0	21	85	9	57	9	2	31	56	1.45
39186107--39186135	12	2.4	12	100	0	58	24	20	10	44	1.82
39188502--39188532	16	1.9	16	93	0	53	35	6	12	45	1.68
39190414--39190475	23	2.8	23	80	4	83	40	24	20	14	1.90
39193674--39193844	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
39195313--39195357	22	2.0	22	86	0	63	4	17	6	71	1.25
39201614--39201661	21	2.3	21	88	0	69	31	27	27	14	1.95
39201625--39201674	21	2.3	22	93	6	84	34	28	26	12	1.92
39203227--39203265	18	2.2	18	85	0	51	7	12	7	71	1.29
39207072--39207129	29	2.0	29	90	9	93	41	10	1	46	1.48
39210539--39210667	63	2.0	63	92	2	215	34	16	13	34	1.88
39211645--39211718	35	2.1	35	92	5	123	31	8	37	22	1.84
39212190--39212278	44	2.0	44	97	0	169	41	2	21	34	1.66
39218351--39218664	47	6.6	48	72	13	224	25	30	17	26	1.98
39218353--39218664	94	3.3	93	77	9	296	25	30	17	26	1.97
39222078--39222143	27	2.4	27	82	0	78	33	21	18	27	1.96
39228729--39228762	17	2.1	17	88	5	52	38	5	11	44	1.65
39230466--39230516	25	2.2	22	82	10	57	33	23	7	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39235857--39236062	40	5.2	40	94	0	333	22	20	27	28	1.99
39237873--39237905	11	3.1	11	91	8	59	27	0	0	72	0.85
39242086--39242253	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
39250127--39250294	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
39252141--39252292	3	50.7	3	68	14	64	63	2	7	26	1.34
39252203--39252255	27	1.9	28	84	3	72	67	0	5	26	1.12
39252226--39252291	36	1.9	36	87	9	102	65	1	7	25	1.28
39255722--39255753	16	2.0	16	100	0	64	50	25	6	18	1.70
39256978--39257028	24	2.1	24	85	0	66	49	19	21	9	1.77
39257263--39257327	29	2.3	29	86	2	87	32	13	24	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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