genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  232  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72214346--72214624	54	5.2	53	75	9	172	33	9	20	36	1.85
72214347--72214584	54	4.4	54	77	9	189	31	9	19	39	1.84
72214323--72214583	81	3.2	78	72	13	206	31	10	19	39	1.85
72214497--72214655	54	2.9	54	79	1	131	38	8	18	33	1.82
72214550--72214779	81	2.9	81	81	4	198	40	8	20	30	1.82
72214576--72214785	27	7.9	27	88	4	241	40	7	22	29	1.82
72214791--72214880	27	3.3	26	83	6	108	32	11	16	40	1.84
72214791--72214895	27	3.9	27	78	9	90	34	10	16	39	1.83
72218521--72218649	6	21.3	6	74	16	115	50	14	16	18	1.78
72218550--72218677	55	2.3	55	87	2	177	48	14	16	20	1.81
72218500--72218649	24	6.2	23	74	13	106	50	14	16	18	1.79
72219175--72219257	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
72219456--72219651	27	7.3	27	83	0	212	25	19	18	36	1.95
72219456--72219651	54	3.6	54	84	2	241	25	19	18	36	1.95
72219458--72219651	81	2.4	81	84	1	237	25	20	17	36	1.94
72219656--72220254	27	22.2	27	83	5	696	39	9	23	27	1.86
72219656--72220254	81	7.4	81	89	2	769	39	9	23	27	1.86
72225364--72225399	16	2.2	16	95	0	63	19	13	25	41	1.88
72232662--72233089	23	18.7	22	75	9	319	37	24	7	31	1.82
72232662--72233134	46	10.3	46	76	7	428	37	24	6	31	1.81
72232800--72233135	137	2.4	137	88	5	466	37	23	6	32	1.81
72232664--72233089	229	1.9	229	92	2	730	37	24	7	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72235105--72235184	40	2.0	40	90	0	124	30	17	25	27	1.97
72237167--72237221	7	7.6	7	82	13	58	21	1	1	74	1.01
72237165--72237223	29	2.0	29	87	9	84	23	1	1	72	1.02
72237692--72237730	7	5.6	7	81	0	51	48	25	0	25	1.51
72237691--72237730	14	2.9	14	92	0	62	47	27	0	25	1.52
72237742--72237793	14	3.7	14	81	0	59	42	30	3	23	1.72
72237894--72238060	7	23.6	7	72	11	54	42	35	0	21	1.58
72237946--72237988	14	3.1	14	86	3	61	32	44	0	23	1.54
72237949--72237988	13	3.0	13	85	7	53	30	45	0	25	1.54
72237960--72238019	21	2.9	21	92	2	95	38	43	0	18	1.50
72238007--72238055	14	3.4	14	86	5	71	48	32	0	18	1.48
72239447--72239574	40	3.2	40	78	1	141	26	26	21	25	1.99
72247601--72247768	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
72249732--72249775	14	3.1	14	86	0	61	47	34	0	18	1.49
72250270--72250351	39	2.1	39	90	0	128	26	23	15	34	1.95
72258697--72258729	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
72258820--72258892	29	2.5	29	100	0	146	27	28	15	28	1.96
72267572--72267632	28	2.2	28	79	5	70	32	22	16	27	1.96
72267988--72268092	33	3.2	33	90	1	147	22	20	26	29	1.99
72267980--72268057	33	2.6	28	75	19	77	23	23	26	26	2.00
72274777--72274820	23	2.0	23	87	12	67	18	4	31	45	1.69
72276865--72277132	40	6.7	40	89	0	394	19	20	28	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72283951--72284217	47	5.7	46	76	12	195	22	29	19	28	1.98
72283951--72284217	94	2.9	92	75	13	278	22	29	19	28	1.98
72290634--72290704	35	2.0	35	89	5	108	28	25	9	36	1.88
72295874--72296137	49	5.5	49	92	4	414	32	8	30	28	1.86
72297876--72297927	24	2.2	24	100	0	104	40	21	23	15	1.91
72309981--72310023	16	2.8	16	89	3	61	51	11	23	13	1.74
72310237--72310358	29	4.2	29	87	1	174	25	14	28	31	1.95
72313083--72313144	28	2.2	29	88	5	99	30	12	17	38	1.88
72313625--72313670	23	2.1	23	88	11	71	19	4	28	47	1.68
72326296--72326602	49	6.3	49	91	2	478	29	30	7	32	1.86
72332726--72332765	21	1.9	21	100	0	80	50	15	12	22	1.77
72334260--72334331	28	2.6	28	84	0	99	30	31	13	23	1.94
72334317--72334413	40	2.4	40	89	0	140	32	23	17	25	1.96
72342659--72342705	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
72343500--72343541	5	9.0	5	80	15	54	61	0	0	38	0.96
72343502--72343541	8	5.0	8	84	9	55	62	0	0	37	0.95
72345073--72345111	14	2.8	14	92	0	60	41	7	17	33	1.79
72346524--72346585	30	2.1	30	96	0	115	35	24	16	24	1.95
72348115--72348151	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
72358061--72358226	43	3.9	43	84	2	192	25	15	25	32	1.96
72365409--72365592	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
72365449--72365637	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72372522--72372570	21	2.3	21	89	0	71	24	26	34	14	1.94
72373731--72373858	47	2.7	46	75	7	123	22	29	21	26	1.99
72379841--72379891	23	2.3	21	83	6	57	50	3	1	43	1.31
72379929--72379968	18	2.2	18	86	0	53	62	2	10	25	1.39
72383690--72383861	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
72383682--72383857	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
72383733--72383876	46	3.1	46	71	18	136	29	27	20	22	1.98
72385162--72385259	42	2.3	44	81	8	114	25	15	24	34	1.94
72391718--72391821	52	2.0	52	94	0	181	22	18	15	44	1.87
72392079--72392122	22	1.9	23	86	9	63	34	9	0	56	1.31
72396115--72396345	46	4.9	50	79	10	236	22	30	18	28	1.98
72396114--72396389	94	3.0	92	74	17	264	24	28	18	28	1.98
72396119--72396386	140	1.9	141	83	6	346	23	29	18	28	1.98
72398024--72398076	25	2.2	24	86	3	70	37	22	20	18	1.94
72404668--72404699	12	2.6	12	95	5	55	46	3	0	50	1.17
72408855--72409038	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
72408895--72409083	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
72411565--72411612	20	2.5	19	75	3	51	43	10	8	37	1.69
72423576--72423763	23	8.2	23	81	7	211	22	21	25	30	1.98
72423564--72423763	46	4.3	46	81	8	237	22	22	25	31	1.98
72426068--72426185	31	3.5	35	87	9	126	22	22	16	37	1.94
72426091--72426185	31	3.1	31	96	0	172	24	21	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72426377--72426495	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
72426377--72426495	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
72426553--72426629	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
72426549--72426631	20	4.2	20	93	0	148	31	19	13	36	1.90
72426549--72426620	11	7.1	11	67	17	57	30	19	13	36	1.91
72426668--72426715	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
72427848--72427911	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
72427965--72428020	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
72428029--72428105	27	2.8	28	76	3	77	27	7	20	44	1.79
72428090--72428320	27	8.6	27	85	2	277	39	8	23	28	1.84
72428090--72428328	81	3.0	80	88	6	322	39	8	24	28	1.84
72428090--72428320	107	2.1	108	86	2	322	39	8	23	28	1.84
72431644--72431673	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
72432861--72432906	23	2.0	23	100	0	92	26	17	21	34	1.95
72433592--72433628	2	18.5	2	94	0	56	43	0	0	56	0.99
72438247--72438659	48	8.6	48	79	8	328	27	17	29	25	1.98
72438233--72438661	96	4.5	96	79	7	381	26	17	29	26	1.97
72438232--72438661	144	3.0	142	81	6	465	26	17	29	26	1.97
72449676--72449729	27	2.0	27	96	0	99	40	22	16	20	1.91
72461808--72461929	43	2.8	43	83	3	156	31	26	15	26	1.96
72466611--72466757	56	2.6	56	75	8	154	35	18	14	31	1.91
72471916--72471944	13	2.2	13	100	0	58	34	27	24	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72482706--72482835	40	3.3	39	74	8	127	23	27	24	23	2.00
72482722--72482873	40	3.8	40	76	6	139	22	26	24	26	2.00
72482722--72482871	80	1.9	80	83	5	196	22	26	24	26	2.00
72486978--72487008	15	2.1	15	100	0	62	29	12	19	38	1.89
72488463--72488495	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
72488473--72488530	30	2.0	29	82	3	71	10	15	13	60	1.59
72489849--72489883	13	2.7	13	100	0	70	40	14	8	37	1.76
72494523--72494699	42	4.2	42	84	2	212	31	25	12	29	1.93
72494523--72494699	83	2.1	84	85	8	236	31	25	12	29	1.93
72494555--72494719	83	2.0	84	83	8	212	33	26	11	29	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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