genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  124  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37904216--37904253	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
37910529--37910597	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
37912222--37912259	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
37913406--37913726	48	6.6	48	79	2	243	26	28	18	25	1.98
37913419--37913726	144	2.1	145	82	5	365	27	29	18	25	1.98
37913458--37913741	48	5.9	48	83	3	295	28	29	17	24	1.97
37913915--37913976	31	2.0	31	96	0	115	33	22	12	30	1.92
37916393--37916460	15	4.4	15	71	17	50	54	13	16	16	1.71
37920041--37920280	48	5.0	48	77	4	187	26	28	20	25	1.99
37920094--37920281	96	2.0	96	82	4	236	27	28	18	26	1.98
37921940--37922007	32	2.1	34	86	5	95	32	0	1	66	1.01
37922133--37922419	84	3.4	84	88	0	371	29	9	12	48	1.73
37927288--37927498	46	4.5	45	78	9	192	27	17	29	25	1.97
37940556--37940662	48	2.2	48	83	3	126	25	16	32	25	1.96
37942837--37942861	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
37942789--37942857	32	2.1	33	89	7	106	33	0	0	66	0.92
37942795--37942861	12	5.7	12	79	11	59	29	0	0	70	0.88
37942795--37942862	26	2.5	28	79	9	88	29	0	0	70	0.87
37944194--37944454	131	2.0	131	86	1	362	33	25	14	26	1.94
37950629--37950739	43	2.6	42	82	2	132	30	24	20	24	1.99
37954205--37954360	48	3.3	46	79	10	154	28	19	26	24	1.99
37954392--37954503	49	2.3	49	85	0	152	29	21	27	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37961042--37961178	10	13.8	10	69	19	65	66	0	3	29	1.09
37961051--37961107	18	3.1	18	79	2	69	66	0	0	33	0.92
37961121--37961163	19	2.2	19	87	4	59	58	0	9	32	1.30
37962280--37962309	15	2.1	14	93	6	51	66	0	16	16	1.25
37965956--37965994	3	13.0	3	94	0	69	0	35	0	64	0.94
37968866--37968956	46	2.0	46	95	0	164	43	14	1	40	1.52
37968884--37968982	46	2.1	47	81	5	121	48	12	2	37	1.52
37969463--37969504	22	2.0	22	85	4	59	42	4	0	52	1.22
37970106--37970179	4	18.8	4	97	2	141	24	0	25	50	1.50
37970447--37970551	45	2.3	45	90	0	156	35	17	26	20	1.95
37970780--37970905	25	5.0	25	83	1	146	26	14	25	34	1.94
37970780--37970990	50	4.2	50	72	7	160	27	15	24	33	1.95
37970869--37970923	25	2.2	25	83	6	67	29	10	21	38	1.88
37972446--37972522	32	2.4	32	82	4	102	45	6	18	29	1.74
37977952--37978053	43	2.4	43	90	3	152	33	26	17	22	1.96
37979771--37979847	40	1.9	40	81	5	93	31	24	15	28	1.96
37983017--37983124	26	4.2	26	95	0	198	31	6	25	36	1.82
37984711--37984845	27	5.2	27	74	17	126	20	25	20	34	1.97
37984718--37984812	49	1.9	49	97	0	181	23	27	15	33	1.95
37990057--37990161	25	4.2	26	93	6	189	31	6	25	36	1.82
37991331--37991362	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
37991751--37991891	27	5.2	27	81	11	173	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37991748--37991891	54	2.7	54	93	2	236	18	24	22	34	1.96
37991751--37991909	81	2.0	80	82	8	198	19	24	21	34	1.96
37998714--37998935	46	4.8	46	81	8	238	21	30	20	27	1.98
37998722--37998936	94	2.3	90	82	10	249	22	30	19	27	1.98
38003093--38003261	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
38009662--38009883	46	4.8	46	80	8	238	22	29	20	27	1.98
38009662--38009884	94	2.4	89	81	13	247	22	29	20	27	1.99
38015568--38015667	29	3.5	29	80	13	109	28	27	15	30	1.96
38023450--38023523	30	2.5	30	84	2	96	25	28	14	31	1.95
38030211--38030311	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
38030240--38030315	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
38042933--38043081	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
38042974--38043081	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
38047157--38047308	39	3.9	39	90	2	234	23	21	32	23	1.98
38047192--38047266	38	2.2	30	69	30	78	26	20	30	22	1.98
38047158--38047308	77	1.9	78	93	1	259	23	21	31	23	1.98
38050804--38050872	24	3.0	24	83	12	90	49	1	7	42	1.39
38050892--38050943	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
38054226--38054268	8	5.4	8	88	0	68	60	2	0	37	1.10
38054213--38054265	24	2.2	25	86	10	74	54	3	1	39	1.29
38054294--38054338	21	2.1	21	84	8	56	73	6	15	4	1.21
38059635--38059704	23	2.9	24	79	12	65	48	1	28	21	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38074817--38074860	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
38075061--38075135	33	2.3	33	88	4	107	36	2	18	42	1.65
38075072--38075137	33	2.0	33	94	2	116	34	3	21	40	1.68
38075971--38076012	12	3.5	12	86	0	57	23	30	42	2	1.67
38093413--38093443	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
38099868--38099893	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
38100413--38100512	41	2.5	40	85	4	148	26	25	20	29	1.99
38102059--38102234	46	3.8	45	76	11	169	20	20	30	28	1.98
38102055--38102227	93	1.9	93	88	2	267	20	20	30	27	1.98
38103747--38103811	32	2.0	32	100	0	130	46	0	12	41	1.41
38103893--38103926	14	2.4	14	90	0	50	23	0	29	47	1.52
38103913--38103958	21	2.1	22	84	11	60	21	0	45	32	1.52
38103988--38104035	14	3.4	14	76	2	51	29	0	31	39	1.57
38105847--38106074	40	5.7	40	92	3	370	25	21	27	25	2.00
38112125--38112190	23	2.9	23	95	0	114	33	4	21	40	1.73
38112125--38112397	46	6.1	45	69	19	137	31	5	22	39	1.78
38112255--38112397	23	6.1	23	75	8	119	32	6	22	38	1.81
38112290--38112408	47	2.6	46	84	6	134	31	5	23	38	1.79
38112827--38112873	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
38112794--38112885	31	3.0	30	76	19	100	27	4	2	66	1.22
38113011--38113039	11	2.7	11	94	5	51	48	0	10	41	1.37
38115706--38115742	17	2.2	17	100	0	74	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38127913--38127974	32	1.9	32	83	3	79	40	1	3	54	1.26
38128010--38128068	29	2.2	28	82	11	70	37	3	0	59	1.14
38128816--38128857	15	2.8	15	92	0	66	30	16	4	47	1.67
38129405--38129482	21	3.8	21	74	16	83	58	1	1	38	1.14
38129405--38129482	11	7.6	10	71	25	56	58	1	1	38	1.14
38129400--38129460	29	2.1	29	84	6	79	62	1	0	36	1.05
38129701--38129771	16	4.4	16	85	0	70	38	5	23	32	1.78
38129918--38129967	26	2.0	26	88	4	75	42	4	4	50	1.40
38129943--38130068	61	2.1	58	84	7	155	51	4	0	42	1.28
38130415--38130465	25	2.0	27	88	7	79	31	17	7	43	1.78
38132761--38132903	73	2.0	73	90	5	227	54	14	13	17	1.71
38133097--38133329	43	5.6	43	71	10	153	33	27	15	24	1.94
38137537--38137657	64	1.9	63	84	6	163	46	28	0	24	1.53
38138027--38138130	40	2.6	39	89	6	147	27	22	21	28	1.99
38138193--38138228	12	3.0	12	100	0	72	41	33	16	8	1.78
38139260--38139305	18	2.5	19	76	16	53	28	4	0	67	1.10
38152235--38152400	80	2.1	80	98	1	323	34	9	28	27	1.87
38152867--38153186	47	6.8	45	75	13	263	26	18	29	24	1.98
38152869--38153187	141	2.2	140	81	7	367	27	18	29	24	1.98
38161139--38161211	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
38169078--38169150	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
38183906--38184003	29	3.5	29	84	8	123	26	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38189672--38189935	48	5.6	48	82	6	315	24	27	19	28	1.98
38189736--38189917	91	2.0	91	92	2	303	25	28	18	28	1.98
38191297--38191385	37	2.4	37	88	5	137	24	33	16	24	1.96
38191481--38191743	49	5.4	49	95	0	456	29	32	9	28	1.88
38191481--38191743	97	2.7	98	93	1	456	29	32	9	28	1.88
38200517--38200653	40	3.4	40	90	2	213	24	24	27	24	2.00
38202177--38202246	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
38202177--38202258	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
38211588--38211795	40	5.2	39	86	2	256	23	21	28	26	1.99
38215636--38215716	42	1.9	42	84	2	108	30	18	27	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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