genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  243  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75738195--75738281	34	2.6	34	82	10	106	26	24	22	26	2.00
75741096--75741364	49	5.6	49	76	9	200	24	26	19	29	1.98
75741239--75741366	48	2.6	48	88	1	175	21	25	21	30	1.99
75742006--75742044	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
75748632--75748710	25	3.3	25	64	10	74	32	27	5	34	1.79
75748582--75749000	49	8.7	49	95	1	679	27	29	10	33	1.89
75754198--75754306	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
75754198--75754306	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
75764189--75764295	43	2.5	42	77	8	110	26	20	24	28	1.99
75768843--75769010	40	4.2	40	81	6	171	25	22	26	25	2.00
75771621--75772182	47	12.1	47	89	2	794	24	28	12	33	1.92
75776544--75776589	22	2.1	22	95	0	83	17	17	30	34	1.93
75779140--75779204	22	3.0	22	77	8	69	29	23	26	21	1.99
75779665--75779988	27	12.0	27	78	5	253	29	9	19	41	1.84
75780019--75780123	27	3.9	27	94	0	174	26	23	18	31	1.97
75782154--75782191	18	2.2	18	85	4	51	31	21	2	44	1.66
75783564--75783739	46	3.8	46	76	5	185	23	19	27	28	1.98
75783561--75783731	93	1.8	93	89	2	272	23	20	28	28	1.99
75785602--75785731	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
75785618--75785768	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
75785618--75785766	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
75793597--75793726	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75793613--75793763	40	3.8	40	79	6	155	21	27	23	27	1.99
75793613--75793761	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
75797395--75797454	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
75799683--75799735	22	2.4	22	78	12	72	33	22	22	20	1.97
75800739--75800943	45	4.6	45	88	1	268	28	29	18	23	1.98
75802770--75802822	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
75804430--75804595	27	6.1	27	83	5	129	34	9	18	37	1.83
75804434--75804563	28	4.7	28	82	7	133	31	8	20	40	1.82
75804518--75804701	27	6.9	26	77	10	158	32	7	19	40	1.80
75804628--75804712	27	3.2	26	86	6	107	31	10	20	37	1.86
75804736--75804811	26	2.8	26	92	4	116	28	18	17	35	1.93
75816778--75816808	14	2.2	14	94	0	53	19	3	0	77	0.90
75816852--75817015	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
75816852--75817049	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
75818841--75818875	16	2.2	16	90	5	54	45	0	8	45	1.34
75820170--75820238	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
75826169--75826280	40	2.8	40	85	9	140	21	28	25	24	1.99
75826157--75826321	40	4.1	40	78	4	136	24	26	23	25	2.00
75828916--75829006	28	3.2	28	85	1	119	27	27	15	29	1.96
75833683--75833709	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
75835888--75835951	30	2.1	30	97	0	119	37	17	17	28	1.92
75849185--75849298	42	2.7	42	84	8	142	29	25	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75855190--75855228	13	2.9	13	84	3	51	30	0	0	69	0.89
75856578--75856749	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75856571--75856746	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
75864155--75864326	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75864148--75864323	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
75868261--75868387	40	3.2	41	83	9	149	22	24	29	23	1.99
75870392--75870435	19	2.4	18	85	7	54	38	9	0	52	1.33
75878891--75879074	40	4.6	40	84	2	244	24	23	27	25	2.00
75878891--75879110	80	2.8	79	84	4	266	24	23	26	25	2.00
75883771--75883814	22	2.0	22	86	0	61	56	4	0	38	1.20
75885037--75885073	14	2.6	14	91	4	56	18	2	0	78	0.87
75885038--75885081	9	4.7	9	94	2	52	20	4	0	75	0.98
75885037--75885073	5	7.6	5	90	6	58	18	2	0	78	0.87
75888944--75889071	47	2.7	47	96	0	229	26	32	19	21	1.97
75888903--75889162	141	1.9	138	80	7	310	26	30	19	23	1.98
75888853--75889218	47	7.8	46	76	8	195	24	29	19	25	1.99
75891234--75891316	26	3.1	27	87	6	132	32	1	19	46	1.57
75898881--75898984	55	1.9	55	82	7	131	37	15	23	24	1.93
75907254--75907478	124	1.8	124	85	1	317	31	11	24	33	1.90
75907476--75907582	40	2.7	41	85	10	134	22	28	28	20	1.99
75907435--75907602	40	4.2	40	76	11	132	25	25	27	22	2.00
75915466--75915595	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75924451--75924580	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
75932238--75932460	122	1.8	122	86	1	322	31	10	23	34	1.89
75932455--75932584	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
75938068--75938136	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
75943930--75943991	27	2.3	27	86	10	99	19	9	27	43	1.82
75959791--75959985	48	4.0	48	86	5	284	36	5	26	32	1.78
75959780--75959992	98	2.2	98	89	0	318	35	4	26	33	1.77
75961848--75962146	43	7.1	43	90	3	464	13	22	32	32	1.92
75961848--75962134	127	2.3	128	91	3	465	12	22	32	32	1.92
75962300--75962464	57	2.9	57	86	3	226	23	18	28	29	1.98
75962324--75962461	29	4.9	27	68	9	89	23	18	28	29	1.98
75962393--75962485	28	3.3	28	70	7	71	20	16	34	29	1.94
75965870--75966075	48	4.2	48	87	4	304	35	6	25	32	1.81
75965868--75966082	100	2.2	99	93	0	358	35	6	25	33	1.81
75966208--75966317	37	3.0	37	91	0	184	23	18	31	26	1.97
75969455--75969541	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
75969610--75970164	49	11.3	49	93	0	833	29	29	9	31	1.89
75974008--75974190	79	2.3	79	91	1	296	25	28	22	24	1.99
75974040--75974215	79	2.2	79	87	5	257	28	27	21	22	1.99
75974008--75974190	40	4.6	40	93	2	298	25	28	22	24	1.99
75974199--75974311	40	2.8	40	81	6	122	26	27	20	25	1.99
75974010--75974304	119	2.5	118	79	8	289	27	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75976170--75976256	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
75976325--75976927	49	12.3	49	94	0	902	29	30	9	31	1.89
75979966--75980052	37	2.3	36	88	5	129	25	32	19	22	1.98
75980121--75980326	49	4.1	49	93	2	331	30	26	8	34	1.86
75990839--75990964	46	2.7	46	93	0	216	20	21	27	30	1.98
75997118--75997196	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
76004188--76004266	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
76008303--76008351	23	2.2	23	81	3	55	30	38	6	24	1.80
76009296--76009388	29	3.2	29	87	1	125	26	12	31	29	1.93
76011444--76011478	15	2.3	15	95	0	61	28	8	28	34	1.87
76017073--76017133	29	2.1	29	87	3	88	29	14	26	29	1.95
76017083--76017218	29	4.8	29	84	8	138	28	14	29	27	1.95
76020528--76020766	67	3.6	65	76	12	222	24	29	16	29	1.97
76022792--76022817	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
76023270--76023873	27	22.5	27	76	10	391	30	9	20	39	1.85
76023270--76023873	54	11.3	54	79	8	513	30	9	20	39	1.85
76026828--76026882	27	2.0	27	100	0	110	32	18	18	30	1.95
76029026--76029099	37	2.0	37	94	0	130	18	8	27	45	1.77
76028477--76029668	606	2.0	606	87	1	1746	29	13	22	34	1.92
76029063--76030792	569	3.0	569	92	1	2832	29	13	23	32	1.93
76031797--76031949	39	3.9	39	92	0	252	20	20	30	28	1.98
76037369--76037521	39	3.9	39	92	0	252	20	20	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76042931--76043096	39	4.2	39	88	4	242	21	21	30	27	1.98
76042937--76043096	81	2.0	81	91	0	257	21	20	30	27	1.98
76042937--76043059	42	3.0	42	90	8	200	21	19	30	28	1.97
76048058--76048244	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
76048058--76048211	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
76048062--76048244	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
76048062--76048279	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
76058166--76058221	24	2.4	23	85	8	78	76	0	16	7	0.99
76059384--76059448	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
76066063--76066124	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433