genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  258  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80295762--80295799	19	2.1	19	90	5	60	57	2	0	39	1.12
80295773--80295825	24	2.2	24	82	3	61	52	3	0	43	1.19
80298285--80298328	22	2.0	22	82	8	54	25	2	6	65	1.28
80298353--80298397	3	15.0	3	90	0	72	31	4	0	64	1.13
80298479--80298509	14	2.2	14	100	0	62	16	12	22	48	1.80
80298684--80298800	23	5.2	22	76	13	89	33	5	5	56	1.43
80298697--80298800	44	2.3	45	77	6	113	32	5	5	55	1.47
80311417--80311893	88	5.5	88	81	9	493	30	16	18	34	1.94
80311421--80311893	171	2.7	171	77	13	455	30	16	18	34	1.94
80311417--80311984	88	6.5	87	78	9	474	29	16	19	34	1.94
80313797--80313831	12	2.9	12	86	0	52	25	8	0	65	1.21
80314073--80314136	21	2.9	22	81	6	76	31	9	6	53	1.58
80314044--80314142	23	4.6	21	72	15	67	33	7	6	53	1.53
80314058--80314144	44	1.9	46	81	4	106	34	6	5	52	1.52
80321359--80321389	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
80322970--80323113	71	2.0	71	100	0	288	43	19	8	29	1.80
80325995--80326123	50	2.5	51	83	2	170	35	14	23	26	1.93
80326099--80326216	31	3.8	31	82	2	157	26	18	27	27	1.98
80327419--80327554	39	3.5	39	81	6	168	30	22	19	27	1.98
80327410--80327554	79	1.8	78	91	1	236	31	22	17	28	1.97
80328436--80328561	63	2.0	63	100	0	252	38	14	11	36	1.81
80331686--80331717	13	2.5	13	100	0	64	34	28	21	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80335182--80335319	39	3.5	39	79	6	172	31	23	18	27	1.97
80345041--80345146	51	2.1	51	82	7	126	28	27	16	27	1.97
80353193--80353399	40	5.2	39	81	4	193	24	26	23	25	2.00
80353193--80353398	80	2.6	80	81	4	229	24	26	23	25	2.00
80361224--80361430	40	5.2	39	81	4	193	24	26	23	25	2.00
80361224--80361429	80	2.6	80	81	4	229	24	26	23	25	2.00
80364336--80364506	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
80364328--80364503	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
80366869--80366956	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
80366869--80366947	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
80366880--80366956	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
80369900--80370070	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
80369892--80370067	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
80378013--80378056	20	2.2	20	84	8	54	27	4	4	63	1.33
80382237--80382352	25	4.7	25	83	1	135	28	24	17	30	1.97
80391704--80392079	27	14.0	27	75	5	224	31	10	18	39	1.84
80394528--80394789	40	6.6	40	93	1	429	23	22	27	26	2.00
80396445--80396652	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
80396446--80396652	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
80404438--80404645	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
80404439--80404645	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
80407746--80407805	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80410850--80410996	44	3.4	44	79	4	158	33	21	20	25	1.97
80415556--80415600	22	2.0	22	83	8	56	51	15	4	28	1.63
80415572--80415611	14	2.8	14	84	3	53	50	17	0	32	1.47
80415814--80415869	21	2.6	22	82	2	69	44	25	8	21	1.81
80424377--80424447	31	2.3	31	95	0	124	29	23	15	30	1.95
80424653--80424735	24	3.4	25	86	9	118	27	22	20	28	1.99
80425536--80425599	26	2.4	26	84	2	83	20	25	20	34	1.96
80425715--80425908	54	3.6	54	76	4	185	29	8	22	40	1.83
80425743--80425894	80	1.9	80	84	2	207	28	7	21	42	1.81
80425743--80425894	27	5.7	27	79	4	155	28	7	21	42	1.81
80425657--80425908	27	9.3	27	74	10	131	30	9	20	40	1.84
80430774--80430834	30	2.0	30	96	0	113	24	37	21	16	1.93
80430778--80430842	30	2.2	30	91	0	103	23	35	23	18	1.96
80432831--80432994	40	4.1	40	84	3	222	26	28	21	23	1.99
80439772--80439830	30	2.0	30	86	0	82	38	5	27	28	1.78
80440369--80440450	28	3.1	28	63	20	66	24	14	26	34	1.94
80440424--80440698	142	1.9	142	86	1	390	26	17	25	30	1.97
80447899--80448088	30	6.5	30	85	6	246	27	24	14	33	1.94
80453857--80454118	46	5.6	46	77	11	205	23	29	19	27	1.98
80455762--80455949	94	2.0	94	91	0	304	29	10	20	40	1.85
80455978--80456039	24	2.6	24	87	5	81	19	16	30	33	1.94
80461257--80461317	27	2.3	27	85	5	79	29	9	19	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80462582--80462727	48	3.0	48	90	0	229	38	6	23	30	1.81
80467404--80467591	94	2.0	94	92	0	313	30	10	20	39	1.85
80467620--80467683	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
80473872--80474073	27	7.5	27	83	4	237	26	21	10	41	1.85
80475753--80475904	40	3.9	37	79	12	119	23	22	29	25	1.99
80475797--80475897	39	2.5	40	87	3	132	24	23	30	20	1.99
80477346--80477992	27	24.0	27	82	4	716	28	22	9	40	1.85
80477997--80478192	54	3.6	54	86	2	268	35	18	19	25	1.95
80477997--80478191	27	7.2	27	82	2	221	35	18	20	25	1.95
80480310--80480357	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
80480401--80480459	20	3.0	20	94	0	100	38	10	20	30	1.86
80480405--80480459	11	5.4	11	75	16	64	40	10	20	29	1.86
80480510--80480627	47	2.5	48	87	9	163	27	21	24	26	1.99
80480510--80480627	24	5.0	24	83	10	145	27	21	24	26	1.99
80480818--80480881	31	2.1	31	93	0	110	39	14	23	23	1.91
80480835--80480949	45	2.8	38	80	17	149	40	13	21	23	1.89
80480835--80480933	45	2.2	45	98	0	189	44	11	19	25	1.83
80481639--80481706	27	2.5	27	88	4	93	22	25	17	35	1.95
80481797--80481855	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
80482020--80482086	27	2.5	27	85	4	82	20	25	17	35	1.95
80482236--80482282	6	7.8	6	86	9	69	17	14	14	53	1.74
80488206--80488363	68	2.3	68	97	0	298	24	30	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80490755--80491218	27	17.2	27	83	2	520	27	21	9	41	1.84
80491231--80491418	27	7.0	27	80	1	180	35	18	18	27	1.94
80491223--80491419	54	3.6	54	83	2	202	36	18	17	27	1.93
80491223--80491389	81	2.1	81	83	2	210	37	17	17	27	1.92
80491617--80491699	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
80492007--80492080	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
80492197--80492437	6	39.8	6	75	15	212	21	17	12	48	1.80
80492197--80492437	30	8.4	30	80	13	292	21	17	12	48	1.80
80493979--80494079	50	2.0	50	100	0	202	38	9	33	17	1.83
80494502--80494862	53	6.8	53	84	5	426	27	22	8	40	1.83
80494502--80494877	105	3.6	105	86	6	483	27	22	8	40	1.83
80494490--80494867	27	14.3	27	84	7	454	27	22	8	41	1.83
80494872--80495064	27	7.3	27	84	2	239	35	18	20	25	1.95
80494872--80495064	53	3.6	54	84	5	259	35	18	20	25	1.95
80494880--80495062	80	2.3	80	87	1	251	36	17	20	25	1.95
80495263--80495345	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
80495433--80495491	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
80495655--80495728	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
80495844--80496062	6	36.8	6	80	15	242	19	16	14	49	1.80
80495844--80496062	30	7.4	30	83	12	267	19	16	14	49	1.80
80497626--80497687	30	2.1	30	100	0	124	37	12	30	19	1.89
80498105--80498473	27	14.2	27	84	11	493	26	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80498105--80498468	155	2.3	156	88	6	526	26	23	10	40	1.86
80498105--80498483	53	7.3	52	84	10	449	26	22	10	40	1.87
80498478--80498670	27	7.3	27	84	2	239	35	18	20	25	1.95
80498478--80498670	53	3.6	54	84	5	259	35	18	20	25	1.95
80498486--80498668	80	2.3	80	87	1	251	36	17	20	25	1.95
80498869--80498951	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
80499039--80499097	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
80499262--80499335	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
80499448--80499665	6	35.8	6	82	13	268	18	17	14	49	1.80
80501206--80501306	50	2.0	50	100	0	202	38	9	33	17	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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