genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  179  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56124510--56124568	9	6.6	9	82	7	57	45	18	6	28	1.75
56133443--56133618	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
56133439--56133610	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
56136571--56136639	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
56136562--56136649	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
56139033--56139208	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
56139029--56139200	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
56173552--56173635	43	2.0	42	85	2	114	22	15	26	35	1.94
56173570--56173690	43	2.8	43	79	2	118	24	19	27	28	1.98
56173628--56173710	43	1.9	43	90	0	130	22	20	30	26	1.98
56186235--56186441	40	5.2	39	81	4	193	25	26	23	25	2.00
56186235--56186440	80	2.6	79	81	4	227	25	26	23	25	2.00
56194256--56194460	40	5.2	39	82	4	209	25	26	22	25	2.00
56194256--56194459	77	2.6	80	82	4	236	25	26	22	25	2.00
56198031--56198237	40	5.2	39	83	2	209	25	26	23	25	2.00
56198031--56198236	79	2.6	79	82	3	243	25	26	23	25	2.00
56205274--56205322	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
56206145--56206351	40	5.2	40	85	2	222	24	22	28	25	2.00
56210517--56210600	43	2.0	43	87	0	123	27	14	25	33	1.94
56213982--56214011	8	3.6	8	95	4	51	13	3	26	56	1.52
56214417--56214581	43	3.8	43	81	7	176	24	18	24	32	1.97
56214418--56214568	42	3.5	42	82	8	135	25	19	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56222059--56222182	42	2.9	43	78	10	128	26	17	22	33	1.96
56222056--56222157	42	2.4	44	80	11	131	25	15	23	35	1.94
56222031--56222190	43	3.7	43	77	7	137	26	18	23	32	1.97
56228736--56228866	49	2.6	51	81	4	160	26	16	29	28	1.97
56231403--56231484	43	1.9	43	92	0	137	26	12	26	34	1.92
56231403--56231510	43	2.5	43	83	5	121	27	12	24	36	1.91
56238337--56238394	23	2.5	23	72	5	55	50	0	0	50	1.00
56238352--56238398	21	2.1	22	84	7	60	42	0	0	57	0.98
56238352--56238399	23	2.1	23	88	3	71	41	0	0	58	0.98
56238917--56238982	29	2.2	30	82	15	84	59	3	6	31	1.37
56249581--56249641	30	2.1	29	93	3	104	24	14	22	37	1.92
56251257--56251597	123	2.8	123	94	0	583	30	10	25	33	1.90
56251564--56251767	40	5.1	40	90	2	277	23	22	26	27	1.99
56254757--56254793	13	2.8	13	100	0	74	16	18	16	48	1.81
56256764--56256850	43	2.0	43	100	0	174	20	6	20	51	1.70
56262292--56262319	14	2.0	14	100	0	56	42	7	42	7	1.59
56265246--56265393	64	2.2	67	84	8	185	21	29	16	31	1.96
56265532--56265574	19	2.3	18	81	14	52	60	16	6	16	1.56
56271391--56271424	17	1.9	18	94	5	61	55	14	11	17	1.68
56272989--56273015	13	2.1	13	100	0	54	40	0	7	51	1.30
56274389--56274634	40	6.2	40	92	1	406	23	22	26	27	2.00
56279995--56280147	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56279964--56280146	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
56281928--56282043	59	2.0	59	96	0	214	39	18	14	27	1.89
56284217--56284385	47	3.6	47	75	13	186	28	28	19	23	1.98
56284171--56284435	93	2.8	93	91	0	431	29	29	19	22	1.98
56284163--56284431	46	5.8	46	73	13	228	29	28	19	22	1.98
56287966--56288022	26	2.2	26	83	3	69	28	19	17	35	1.94
56294870--56294942	19	4.0	18	83	5	94	38	10	16	34	1.84
56294905--56294942	17	2.5	15	80	19	51	42	7	15	34	1.76
56294868--56294947	36	2.2	37	88	4	117	38	10	16	35	1.82
56300153--56300196	8	5.6	8	86	5	63	84	0	15	0	0.63
56300129--56300196	23	3.1	22	91	6	104	83	0	14	1	0.71
56300131--56300196	17	3.8	17	78	17	64	83	0	15	1	0.72
56301152--56301372	43	5.2	43	67	20	178	30	22	21	25	1.99
56301142--56301846	84	8.4	84	87	5	1018	31	23	21	24	1.98
56301486--56301625	43	3.3	43	68	11	144	29	22	22	25	1.99
56301142--56301846	250	2.8	250	90	2	1076	31	23	21	24	1.98
56301600--56301843	79	3.0	79	81	10	301	31	23	21	23	1.98
56301142--56301846	334	2.1	329	88	4	1013	31	23	21	24	1.98
56302743--56302822	19	4.3	19	90	6	137	36	10	17	36	1.83
56306262--56306363	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
56314113--56314214	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
56317973--56318016	22	2.0	22	81	0	52	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56320446--56320541	43	2.3	41	80	3	102	34	14	20	30	1.93
56322280--56322349	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
56322280--56322361	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
56330830--56330854	11	2.3	11	100	0	50	32	12	8	48	1.69
56333330--56333479	70	2.1	70	98	0	291	26	22	6	44	1.76
56336578--56336617	21	1.9	21	85	10	55	20	15	7	57	1.61
56338022--56338696	336	2.0	337	92	0	1109	36	22	15	25	1.93
56339803--56339841	20	2.0	20	89	0	60	46	0	7	46	1.31
56343576--56343793	79	2.8	80	80	8	232	25	27	22	24	2.00
56343602--56343793	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	23	1.99
56351591--56351808	79	2.8	80	80	8	232	25	27	22	24	2.00
56351617--56351808	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	23	1.99
56356448--56356477	11	2.7	11	94	0	51	40	23	6	30	1.80
56358264--56358306	5	8.2	5	80	19	52	39	0	0	60	0.97
56358263--56358309	3	17.3	3	75	20	50	38	0	0	61	0.96
56358263--56358310	8	6.0	8	83	16	64	39	0	0	60	0.97
56359031--56359111	41	2.0	41	95	0	144	24	12	27	35	1.91
56361605--56361711	43	2.5	43	87	0	151	36	22	14	27	1.92
56363854--56363993	57	2.4	58	80	3	158	32	23	16	27	1.96
56367232--56367301	2	36.0	2	86	11	101	50	0	1	48	1.09
56367327--56367368	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
56368787--56368868	23	3.7	23	85	4	107	19	19	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56370410--56370477	28	2.4	28	90	4	102	33	26	11	27	1.91
56371028--56371058	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
56379881--56379952	36	2.0	36	100	0	144	47	11	5	36	1.63
56386635--56386673	14	2.7	14	88	4	51	69	0	0	30	0.89
56391545--56391583	11	4.0	10	84	15	55	61	17	2	17	1.46
56394553--56394695	39	3.6	39	91	0	232	27	21	28	22	1.99
56394553--56394735	78	2.3	79	88	1	260	25	22	28	22	1.99
56402554--56402696	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
56402555--56402736	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
56408586--56408657	37	2.0	36	83	2	90	38	27	15	18	1.90
56410076--56410115	15	2.7	15	96	0	71	40	2	5	52	1.37
56414751--56414934	67	2.8	64	76	8	194	28	15	30	24	1.96
56418577--56418636	21	2.9	21	84	0	84	18	31	33	16	1.93
56424753--56424891	72	2.0	68	85	5	188	41	3	5	49	1.42
56433627--56433674	9	5.4	9	85	5	55	27	0	2	70	0.98
56433656--56433708	27	2.0	26	82	10	63	35	3	3	56	1.35
56443090--56443164	31	2.4	31	86	2	96	50	0	5	44	1.24
56443117--56443164	22	2.1	23	85	14	64	47	0	8	43	1.33
56443090--56443189	31	3.2	31	81	5	85	51	2	4	43	1.32
56443295--56443532	118	2.0	118	90	0	377	34	19	15	30	1.93
56454701--56454765	23	2.7	24	83	11	71	20	18	20	41	1.91
56457043--56457422	48	7.9	47	77	9	340	26	28	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56457091--56457423	144	2.3	145	85	5	426	27	28	16	27	1.97
56459607--56459796	47	4.1	47	81	6	163	27	16	25	30	1.97
56466806--56466956	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
56466842--56466972	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
56474810--56474960	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
56474846--56474976	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
56477521--56477616	49	2.0	49	100	0	192	36	23	14	25	1.93
56477786--56478006	46	4.7	46	80	12	229	23	29	19	27	1.98
56477786--56478009	94	2.4	93	84	9	278	23	29	19	26	1.98
56488036--56488136	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433