genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.146.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  146  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45229890--45230012	24	4.7	27	79	15	141	34	15	25	24	1.94
45230036--45230132	51	1.9	51	87	4	142	31	15	24	27	1.95
45233376--45233543	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
45241471--45241638	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
45249443--45249610	40	4.2	40	77	6	160	25	21	28	25	1.99
45251259--45251325	30	2.3	29	92	5	109	22	22	35	19	1.96
45252705--45252742	18	2.1	18	85	9	51	34	21	31	13	1.91
45254436--45254575	40	3.5	40	84	4	142	22	27	25	25	2.00
45254444--45254628	79	2.3	80	81	7	198	24	26	24	24	2.00
45264084--45264274	39	4.8	40	86	0	199	25	32	20	21	1.98
45264120--45264282	39	4.2	39	88	0	245	25	33	19	22	1.97
45265990--45266130	41	3.5	41	84	3	196	26	26	24	21	1.99
45274087--45274195	40	2.7	41	74	7	123	27	25	25	21	1.99
45277046--45277372	48	6.8	48	79	5	349	27	19	29	23	1.98
45277046--45277321	144	1.9	144	85	4	387	27	18	29	24	1.98
45277046--45277361	144	2.2	144	82	3	386	27	19	29	23	1.98
45284584--45284620	20	1.9	18	89	10	56	54	5	0	40	1.24
45285350--45285385	17	2.1	17	100	0	72	44	13	0	41	1.44
45292199--45292240	21	2.0	21	95	0	75	21	4	16	57	1.58
45300735--45300931	55	3.7	53	78	3	160	37	19	23	19	1.94
45303142--45303186	19	2.4	19	100	0	90	46	6	35	11	1.66
45309270--45309430	39	4.1	38	89	5	216	24	30	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45309270--45309419	78	1.9	79	93	2	259	24	30	21	24	1.99
45311426--45311632	53	3.8	53	78	3	189	38	17	22	20	1.93
45318474--45318657	39	4.7	40	88	2	205	23	32	21	22	1.98
45318504--45318665	39	4.2	39	90	2	254	24	32	19	22	1.97
45318512--45318667	77	2.0	78	92	1	260	23	32	19	25	1.98
45334386--45334570	79	2.3	81	80	8	209	27	28	21	23	1.99
45334386--45334570	40	4.7	40	80	9	209	27	28	21	23	1.99
45341544--45341722	38	4.6	39	77	12	174	27	27	21	24	1.99
45343545--45343589	5	9.0	5	80	0	54	6	17	2	73	1.15
45351335--45351381	24	2.0	24	83	8	60	27	23	29	19	1.98
45352275--45352305	15	2.1	15	100	0	62	12	45	6	35	1.68
45353487--45353761	50	5.7	49	74	10	212	23	28	19	28	1.98
45353490--45353664	95	1.8	95	85	2	244	25	28	18	28	1.98
45354276--45354335	30	2.0	30	83	6	77	33	25	8	33	1.86
45358326--45358516	50	3.8	49	82	2	220	25	18	27	28	1.98
45362477--45362524	14	3.3	15	83	11	64	43	0	2	54	1.12
45362475--45362522	16	3.2	15	78	18	55	43	0	2	54	1.12
45362601--45362646	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
45363747--45363831	18	4.5	17	73	16	62	40	1	2	56	1.20
45363747--45363831	20	4.5	19	74	12	77	40	1	2	56	1.20
45363747--45363833	10	9.2	9	70	19	54	41	1	2	55	1.20
45369545--45369586	14	3.1	14	86	3	59	26	0	4	69	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45369545--45369626	33	2.5	31	76	20	85	29	0	4	65	1.13
45369598--45369631	17	2.0	17	88	11	52	26	0	2	70	1.01
45382510--45382534	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
45387819--45387864	24	1.9	24	86	0	65	41	0	6	52	1.27
45390131--45390163	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
45390431--45390499	10	6.6	10	76	16	61	47	1	5	44	1.35
45390426--45390493	23	3.0	23	95	0	118	45	1	5	47	1.36
45390607--45390666	16	3.9	15	72	12	50	45	3	0	51	1.17
45393410--45393510	40	2.5	40	88	4	143	26	19	26	26	1.99
45393419--45393522	40	2.6	40	82	7	124	27	23	25	24	2.00
45395765--45395917	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
45411948--45412100	40	3.8	40	88	5	213	23	22	28	26	1.99
45412454--45412484	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
45417002--45417151	43	3.5	42	80	8	160	27	15	22	34	1.94
45417004--45417167	86	1.9	85	81	6	197	28	14	22	34	1.93
45420934--45421010	26	3.1	24	71	17	59	37	5	0	57	1.21
45427873--45427919	22	2.1	22	92	0	76	29	10	17	42	1.82
45428060--45428171	43	2.6	43	80	5	129	29	25	15	29	1.96
45429645--45429867	40	5.6	40	88	1	304	27	27	22	21	1.99
45429611--45429864	80	3.2	78	84	6	296	26	27	22	23	1.99
45433127--45433253	40	3.2	39	81	8	148	24	28	23	23	2.00
45434477--45434583	55	2.0	53	82	8	128	28	15	17	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45441104--45441269	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
45441120--45441269	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
45442463--45442570	55	2.0	54	82	7	130	27	16	18	37	1.93
45458613--45458776	39	4.2	39	76	6	145	24	27	22	25	2.00
45458628--45458776	79	1.9	78	83	9	196	24	27	22	25	2.00
45459954--45460063	55	2.1	53	83	8	134	27	15	17	40	1.89
45466587--45466713	40	3.2	39	78	8	139	23	29	24	22	1.99
45466587--45466753	80	2.1	79	82	7	196	23	27	23	25	2.00
45477889--45477995	43	2.5	43	81	6	119	27	16	24	31	1.96
45483749--45483776	12	2.3	12	100	0	56	7	28	42	21	1.79
45495432--45495607	45	3.9	44	80	10	210	21	21	28	28	1.98
45497543--45497619	38	2.0	38	100	0	154	38	10	15	35	1.82
45502211--45502418	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
45502211--45502416	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
45510262--45510469	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
45510262--45510467	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
45517759--45517798	19	2.0	20	85	9	55	32	5	10	52	1.56
45521935--45522119	79	2.3	80	82	7	216	23	28	24	23	2.00
45521935--45522119	40	4.7	40	78	6	180	23	28	24	23	2.00
45539416--45539521	34	3.1	34	87	5	144	25	25	23	25	2.00
45548175--45548313	50	2.8	50	85	3	190	25	17	27	30	1.97
45556264--45556456	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45556294--45556456	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
45564351--45564543	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
45564381--45564543	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
45566901--45567076	51	3.5	49	81	9	180	24	19	26	30	1.98
45566897--45567082	101	1.9	101	93	1	320	24	19	25	29	1.99
45575521--45575599	25	3.3	25	64	10	74	32	3	29	34	1.75
45575476--45575888	47	8.7	47	94	1	646	32	7	30	29	1.85
45575476--45575880	192	2.1	190	93	0	684	32	7	29	29	1.86
45583430--45583743	46	6.6	46	76	10	226	27	20	29	22	1.98
45586485--45586634	44	3.5	44	78	11	152	26	19	25	29	1.98
45589518--45589608	30	3.0	30	96	0	164	31	0	32	35	1.58
45593145--45593388	48	5.1	48	73	11	221	28	20	27	22	1.99
45593145--45593394	96	2.6	94	83	3	311	28	20	27	22	1.99
45605217--45605261	24	1.9	24	90	4	74	53	6	24	15	1.66
45605963--45606038	34	2.2	34	88	0	107	30	23	25	21	1.99
45613003--45613241	48	5.0	48	82	8	281	27	20	28	23	1.99
45613013--45613241	96	2.4	96	88	1	316	26	20	29	23	1.99
45619989--45620078	42	2.1	43	86	10	123	22	16	25	35	1.95
45620119--45620278	40	4.0	41	81	8	177	30	23	21	25	1.99
45620778--45620836	22	2.7	23	81	7	68	23	3	25	47	1.67
45620745--45620892	7	20.9	7	70	12	61	20	1	30	47	1.58
45620822--45620885	21	3.0	21	74	17	69	17	0	35	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45620870--45620895	7	3.7	7	100	0	52	11	0	46	42	1.40
45626381--45626427	19	2.5	19	78	0	58	19	2	4	74	1.09
45626348--45626436	31	2.8	31	78	13	101	24	3	3	68	1.20
45626381--45626429	6	7.8	6	77	8	53	18	2	4	75	1.06
45626688--45626833	43	3.4	42	80	1	175	21	14	30	33	1.93
45626688--45626843	85	1.8	85	84	0	213	20	14	30	34	1.93
45637092--45637138	21	2.2	21	85	7	60	44	0	4	51	1.21
45645766--45645976	38	5.5	38	88	2	271	31	26	21	20	1.98
45645766--45645976	114	1.8	116	86	4	311	31	26	21	20	1.98
45649775--45649930	43	3.7	43	70	9	113	25	16	26	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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