genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.331.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  331  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103475754--103475836	41	2.0	41	100	0	166	32	2	21	43	1.66
103477926--103477978	26	2.0	26	85	7	72	20	15	22	41	1.89
103479077--103479120	20	2.1	20	83	8	52	68	0	27	4	1.09
103479224--103479329	24	4.4	24	89	1	149	19	38	5	35	1.76
103479236--103479329	12	7.8	12	66	4	55	22	38	4	35	1.74
103484024--103484123	24	4.2	24	93	0	155	20	38	5	37	1.74
103485980--103486330	27	13.0	28	78	8	329	39	18	14	26	1.90
103485980--103486318	108	3.1	107	82	5	364	40	18	15	25	1.90
103486323--103486381	27	2.2	27	84	6	75	28	20	11	38	1.88
103489868--103490191	27	12.0	26	78	6	254	39	17	15	27	1.90
103490183--103490296	27	4.2	27	81	2	131	27	17	15	39	1.90
103490159--103490271	54	2.1	55	78	5	122	32	18	14	34	1.91
103493407--103493456	3	16.7	3	76	15	50	32	2	2	64	1.16
103493407--103493456	21	2.4	20	83	9	64	32	2	2	64	1.16
103493531--103493573	21	2.0	21	90	0	68	32	2	0	65	1.06
103493739--103493788	26	1.9	26	83	0	64	34	12	6	48	1.65
103496909--103497080	93	1.8	93	93	0	299	28	30	20	20	1.98
103496901--103497076	46	3.8	46	79	12	207	29	29	19	21	1.98
103502754--103502844	25	3.6	25	75	8	87	28	21	20	28	1.99
103502774--103502853	25	3.2	25	72	10	74	30	21	22	26	1.99
103505798--103505939	50	2.8	51	84	2	189	28	10	20	40	1.86
103509417--103509682	50	5.3	50	87	1	354	30	12	18	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103516997--103517119	48	2.6	48	88	2	167	24	17	30	27	1.97
103519649--103519882	48	4.9	48	74	12	203	26	18	29	25	1.98
103519649--103519882	96	2.4	96	85	5	296	26	18	29	25	1.98
103524852--103524878	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
103526411--103526463	26	2.0	26	92	0	88	37	3	28	30	1.75
103528808--103529666	48	17.9	47	75	8	680	26	17	27	27	1.98
103528805--103529614	240	3.4	240	96	0	1406	26	17	27	28	1.98
103529958--103530026	22	3.3	22	61	19	56	26	4	23	46	1.71
103529941--103530026	41	2.1	41	95	0	154	29	4	22	44	1.73
103531051--103531090	21	1.9	21	89	0	62	12	42	27	17	1.85
103532679--103532706	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
103533149--103533188	16	2.5	16	95	0	71	22	15	2	60	1.47
103554896--103555055	29	5.5	29	82	4	171	25	16	31	26	1.97
103560277--103560416	37	3.8	37	92	0	226	25	29	20	25	1.99
103560589--103560693	48	2.2	48	96	0	192	29	26	7	36	1.84
103560664--103560723	30	2.0	30	96	0	111	30	25	3	41	1.71
103560616--103560771	78	2.0	78	96	0	285	30	25	5	38	1.79
103560694--103560792	48	2.1	48	96	0	180	31	24	6	38	1.80
103565550--103565747	71	2.8	70	90	5	285	33	16	28	21	1.95
103565584--103565747	71	2.3	71	97	0	310	34	17	28	19	1.94
103567631--103567700	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
103567631--103567712	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103570877--103571006	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
103570893--103571044	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
103570893--103571044	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
103577533--103577614	42	2.0	42	82	4	103	32	23	9	34	1.87
103585764--103585861	51	1.9	51	95	0	178	22	33	13	30	1.92
103587645--103587878	45	5.2	45	85	4	287	25	27	22	24	2.00
103587634--103587883	90	2.8	91	85	6	316	25	28	22	24	1.99
103590033--103590235	40	5.1	40	80	3	203	24	25	22	27	2.00
103595695--103595860	40	4.2	40	78	9	146	25	22	27	24	2.00
103604331--103604400	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
103611728--103611811	43	2.0	43	81	13	102	28	28	17	25	1.98
103624859--103624960	29	3.5	29	95	0	186	29	14	29	26	1.95
103624854--103624990	29	4.7	30	88	2	140	27	14	32	25	1.95
103624854--103624981	58	2.2	58	86	4	179	29	14	30	25	1.95
103626902--103626957	29	1.9	29	88	0	85	30	23	8	37	1.85
103633861--103634030	46	3.8	44	80	13	202	28	28	21	21	1.99
103633866--103634034	91	1.8	92	93	2	295	28	28	21	21	1.98
103634453--103634512	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
103638970--103639136	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
103638986--103639134	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
103646980--103647147	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
103646996--103647145	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103648808--103648883	39	1.9	39	86	5	109	26	25	19	28	1.99
103656813--103656991	40	4.5	40	83	6	195	24	27	23	24	2.00
103656808--103656991	79	2.3	80	80	5	205	25	28	22	23	1.99
103663731--103663964	48	4.9	48	80	7	251	25	28	19	26	1.99
103663731--103663964	96	2.4	95	84	6	285	25	28	19	26	1.99
103666492--103666520	13	2.1	14	93	6	51	37	20	0	41	1.53
103671269--103671307	14	2.8	14	84	0	51	38	12	17	30	1.88
103671770--103671821	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
103671783--103671819	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
103671902--103671957	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
103672207--103672243	19	1.9	19	88	0	56	35	21	10	32	1.88
103672364--103672396	2	16.0	2	93	6	57	48	0	3	48	1.17
103676905--103676986	42	1.9	42	85	2	110	31	25	13	29	1.94
103682080--103682206	42	3.0	42	79	12	134	25	18	26	28	1.98
103686516--103686688	68	2.6	64	77	9	186	30	15	27	27	1.96
103686669--103686809	49	2.8	49	84	2	183	27	19	24	29	1.98
103686664--103686809	51	2.9	51	83	2	197	26	19	25	28	1.98
103696138--103696375	51	4.7	51	81	4	196	26	15	26	31	1.96
103696242--103696421	51	3.5	51	82	6	159	27	17	26	28	1.97
103700854--103700885	12	2.7	12	90	0	55	46	21	0	31	1.52
103703563--103703594	15	2.1	15	100	0	64	15	6	25	53	1.65
103705610--103705738	40	3.3	39	80	8	154	24	27	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103713636--103713765	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
103713636--103713803	40	4.2	40	79	4	153	23	27	23	25	2.00
103719567--103719774	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
103727584--103727791	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
103735077--103735101	13	1.9	13	100	0	50	24	32	28	16	1.96
103736578--103736722	26	5.6	25	78	8	132	40	20	8	30	1.83
103736578--103736714	53	2.6	52	79	8	136	40	20	8	30	1.83
103736599--103736995	27	14.9	26	77	7	145	36	20	8	34	1.83
103736599--103736743	53	2.8	51	81	8	134	40	19	9	31	1.84
103736732--103736877	54	2.7	54	91	2	231	30	21	7	40	1.81
103736790--103736959	54	3.1	54	83	0	187	37	21	6	34	1.79
103736744--103736903	81	2.0	81	81	0	185	31	20	7	40	1.80
103736979--103737189	27	7.8	27	93	0	341	31	19	22	25	1.98
103737672--103737736	22	3.0	22	71	8	60	23	23	20	33	1.97
103737897--103737968	27	2.7	27	86	2	92	18	26	20	34	1.95
103738105--103738314	6	34.3	6	76	12	169	20	16	15	48	1.81
103738105--103738305	31	6.5	31	86	2	230	19	16	14	48	1.81
103740701--103740926	50	4.5	50	80	8	244	25	18	26	30	1.98
103740697--103740938	101	2.4	98	84	5	281	25	18	26	29	1.98
103744058--103744156	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
103751734--103751832	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
103753733--103753850	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103753701--103753864	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
103757626--103757724	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
103764608--103764829	50	4.4	50	78	8	200	24	18	26	29	1.98
103774707--103774784	28	2.8	28	76	5	70	38	19	17	24	1.93
103781704--103781817	37	3.1	37	97	2	221	23	32	19	24	1.97
103781708--103781817	36	3.0	36	98	1	211	24	32	19	23	1.97
103781869--103781972	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
103781964--103782344	49	7.9	49	92	3	648	29	27	9	34	1.88
103781964--103782345	96	4.0	96	97	0	701	29	27	9	34	1.88
103782215--103782290	22	3.3	22	64	10	62	28	27	10	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433