genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  171  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53247764--53247840	25	3.2	25	63	17	63	35	5	28	31	1.79
53254536--53254662	53	2.4	54	78	4	141	19	25	17	37	1.93
53255225--53255267	19	2.3	19	100	0	86	39	34	0	25	1.56
53258450--53258476	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
53262075--53262661	292	2.0	292	95	0	1059	29	22	11	35	1.90
53264881--53264967	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
53265042--53265289	49	5.0	49	96	0	451	31	26	8	34	1.85
53287367--53287446	34	2.4	34	83	8	92	22	23	26	27	2.00
53288009--53288113	24	4.2	24	72	11	70	34	16	23	25	1.95
53289091--53289127	17	2.2	17	90	0	56	40	10	5	43	1.63
53291706--53291884	80	2.2	81	85	5	231	26	26	21	25	1.99
53291706--53291838	40	3.3	40	95	2	232	27	27	21	24	1.99
53294603--53294641	18	2.2	18	100	0	78	48	12	5	33	1.63
53295500--53295609	49	2.3	49	88	1	168	34	23	15	26	1.94
53295516--53295625	49	2.4	44	80	8	114	32	23	16	27	1.96
53295558--53295665	43	2.5	42	79	8	121	27	24	18	29	1.98
53295592--53295676	42	2.0	43	83	2	109	28	24	17	29	1.97
53299594--53299907	49	6.6	49	73	11	194	23	30	19	26	1.98
53299546--53299910	142	2.6	145	79	6	395	24	29	19	26	1.98
53299739--53299910	94	1.8	95	86	6	251	22	31	19	26	1.98
53300567--53300617	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
53306523--53306625	29	3.6	29	90	0	152	26	33	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53306494--53306625	58	2.3	58	82	0	156	25	34	15	25	1.95
53311876--53312073	43	4.7	42	71	9	134	29	25	17	28	1.97
53311962--53312076	42	2.7	43	74	17	123	30	24	15	29	1.96
53323249--53323332	22	3.9	22	74	13	77	27	13	5	53	1.62
53323249--53323330	41	2.0	42	90	7	132	28	13	6	52	1.64
53345368--53345423	28	2.0	28	100	0	112	32	10	21	35	1.88
53345414--53345453	21	1.9	21	94	0	71	62	7	22	7	1.47
53346109--53346181	36	2.0	36	100	0	146	58	8	10	21	1.58
53354694--53354741	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
53355502--53355553	26	2.0	26	100	0	104	26	11	23	38	1.89
53357334--53357373	20	2.0	20	90	0	62	25	0	15	60	1.35
53364994--53365028	2	17.5	2	93	0	61	0	45	2	51	1.16
53372626--53372664	16	2.3	16	86	8	51	79	0	15	5	0.90
53373513--53373543	14	2.2	14	100	0	62	35	6	29	29	1.82
53374104--53374309	40	5.2	39	85	4	254	24	20	28	26	1.99
53374100--53374309	78	2.7	80	86	3	293	24	20	27	26	1.99
53381168--53381209	21	2.0	21	100	0	84	28	19	14	38	1.90
53391198--53391229	13	2.5	13	94	0	55	31	21	3	43	1.68
53392725--53392791	33	2.0	33	100	0	134	37	8	20	32	1.84
53393552--53393687	68	2.0	68	100	0	272	36	16	8	38	1.80
53394759--53394834	23	3.3	22	74	15	73	21	14	17	47	1.82
53398712--53398811	40	2.5	39	86	3	137	28	16	22	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53398712--53398851	40	3.5	40	82	3	122	27	15	25	32	1.96
53404190--53404245	10	5.5	10	82	2	67	62	1	3	32	1.23
53409171--53409221	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
53409869--53410041	46	3.7	46	83	5	161	28	17	29	24	1.98
53409872--53410139	49	5.6	48	75	10	210	28	19	28	23	1.98
53409957--53410141	98	1.9	98	83	5	241	28	20	27	23	1.99
53420707--53420739	16	2.0	17	94	5	59	36	12	21	30	1.90
53422220--53422260	19	2.2	19	86	8	57	34	36	0	29	1.58
53428034--53428072	21	1.9	20	94	5	69	53	20	0	25	1.45
53428030--53428079	21	2.4	22	76	10	68	50	28	0	22	1.49
53435344--53435468	58	2.2	57	80	7	137	29	29	15	25	1.96
53435363--53435455	29	3.2	29	87	4	127	27	31	16	24	1.96
53435686--53435721	8	4.5	8	92	0	54	5	25	22	47	1.73
53435686--53435728	16	2.7	16	88	0	59	6	23	20	48	1.73
53438014--53438107	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
53438010--53438144	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
53445864--53445957	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
53445860--53445994	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
53453993--53454075	28	2.9	28	79	15	98	26	30	15	27	1.96
53453995--53454088	29	3.3	29	79	4	102	27	29	14	27	1.96
53457233--53457330	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
53464465--53464505	22	1.9	21	85	14	57	2	24	4	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53465662--53465736	27	2.8	27	89	0	114	34	20	20	25	1.96
53465872--53465931	27	2.3	27	79	2	68	18	20	20	41	1.90
53467579--53467736	39	4.0	40	81	0	176	24	19	31	24	1.98
53467579--53467735	79	2.0	79	83	2	199	24	19	31	24	1.98
53469280--53469332	28	1.9	28	88	3	81	24	20	26	28	1.99
53469308--53469371	33	1.9	33	90	0	101	28	23	25	23	2.00
53470878--53470975	34	3.0	32	74	14	83	22	22	26	28	1.99
53474569--53474626	21	2.8	21	86	5	82	39	8	31	20	1.83
53477733--53477881	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
53477774--53477881	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
53485850--53485998	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
53485891--53485998	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
53491806--53492030	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
53492025--53492154	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
53495918--53495958	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
53496121--53496205	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
53496119--53496193	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
53496393--53496439	17	2.7	17	78	15	51	42	14	0	42	1.46
53496574--53496631	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
53496577--53496635	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
53496786--53496815	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
53496815--53496858	2	22.5	2	90	4	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53497641--53497668	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
53499215--53499348	29	4.6	29	86	1	162	27	27	15	29	1.96
53502543--53502766	40	5.6	40	91	4	337	26	26	21	24	2.00
53516670--53516811	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
53516709--53516837	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
53519086--53519158	34	2.2	34	85	2	94	27	20	21	30	1.98
53526664--53526776	40	2.8	40	82	5	138	23	23	29	24	1.99
53528477--53528512	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
53528464--53528504	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
53528668--53528752	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
53528666--53528740	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
53529116--53529173	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
53529119--53529177	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
53529963--53529990	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
53532858--53533155	49	6.1	49	95	1	537	30	26	8	34	1.87
53537253--53537402	40	3.8	40	95	1	259	26	28	20	26	1.99
53539207--53539293	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
53539362--53539670	49	6.1	49	88	8	467	30	26	8	34	1.87
53539362--53539670	97	3.1	98	87	9	476	30	26	8	34	1.87
53539503--53539595	27	3.3	27	65	19	71	33	24	4	37	1.75
53539455--53539666	108	2.0	107	96	0	388	30	25	8	34	1.86
53542646--53542869	40	5.6	40	93	3	346	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53550433--53550466	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
53552506--53552612	40	2.7	40	80	11	112	26	24	27	22	2.00
53564372--53564454	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
53564368--53564504	60	2.3	58	81	6	152	28	15	31	24	1.95
53572468--53572550	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
53572464--53572599	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
53575068--53575217	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
53575092--53575275	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
53579034--53579161	48	2.7	48	75	13	122	28	20	27	24	1.99
53580336--53580374	21	1.9	20	89	5	60	10	35	33	20	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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