genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  254  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79240202--79240252	23	2.2	23	82	6	59	64	1	5	27	1.27
79240359--79240444	3	28.3	3	88	6	129	63	0	4	31	1.14
79245625--79245673	26	2.0	26	84	8	66	28	0	8	63	1.23
79245623--79245683	24	2.5	25	77	12	65	31	0	6	62	1.21
79247251--79247457	40	5.2	39	82	2	209	25	25	22	26	2.00
79247249--79247455	80	2.6	80	82	4	240	26	25	22	25	2.00
79255196--79255402	40	5.2	39	81	2	200	26	25	22	26	2.00
79255194--79255400	80	2.6	80	81	4	231	26	25	22	25	2.00
79257464--79257609	79	1.9	80	84	4	199	38	18	1	41	1.59
79258439--79258471	14	2.2	16	89	10	52	60	0	0	39	0.97
79258438--79258486	25	2.0	25	88	8	73	61	2	0	36	1.08
79258438--79258486	21	2.3	22	86	6	66	61	2	0	36	1.08
79258543--79258578	18	2.0	18	94	0	63	8	22	13	55	1.65
79270922--79270967	22	2.1	22	100	0	92	41	0	17	41	1.49
79273528--79273588	19	3.2	19	75	9	70	24	26	24	24	2.00
79275408--79275504	48	2.0	48	97	0	185	16	27	22	32	1.96
79279904--79280034	29	4.6	29	86	1	156	24	31	15	29	1.95
79279875--79280033	57	2.8	57	80	0	165	23	33	15	27	1.95
79284498--79284705	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
79292516--79292722	40	5.2	39	84	5	188	26	26	21	25	2.00
79292516--79292722	79	2.6	78	81	8	238	26	26	21	25	2.00
79294499--79294620	49	2.5	49	89	5	185	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79300838--79301158	48	6.7	47	73	11	235	28	19	28	23	1.99
79300844--79301158	144	2.2	143	80	7	334	28	19	28	23	1.98
79300844--79301158	96	3.3	95	81	8	329	28	19	28	23	1.98
79303793--79303819	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
79303804--79303832	9	3.3	9	90	9	51	55	10	0	34	1.34
79306194--79306280	43	2.0	43	90	0	138	26	32	19	21	1.97
79310679--79310906	40	5.7	40	93	1	332	28	27	20	23	1.99
79317645--79317820	46	3.8	46	75	12	162	22	18	28	30	1.97
79317641--79317810	93	1.8	93	89	0	268	21	18	30	29	1.97
79325962--79326129	40	4.2	40	73	8	132	27	23	25	23	2.00
79335734--79335768	17	2.1	17	100	0	70	31	17	17	34	1.93
79336453--79336628	46	3.8	46	74	12	180	20	19	31	28	1.97
79336449--79336621	93	1.9	93	91	0	283	20	19	31	27	1.97
79343451--79343490	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
79344704--79344868	49	3.5	48	78	5	165	24	24	17	33	1.96
79346655--79346708	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
79348874--79348970	20	4.8	21	86	8	148	20	31	30	16	1.95
79348873--79348970	40	2.5	40	94	0	178	20	31	30	17	1.95
79351449--79351479	16	1.9	16	93	0	53	3	32	6	58	1.40
79352072--79352117	18	2.6	18	82	3	58	17	23	39	19	1.92
79357247--79357274	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
79358184--79358214	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79359810--79359842	9	3.7	9	100	0	66	81	0	0	18	0.68
79360915--79360964	10	5.0	10	79	13	50	22	10	2	66	1.32
79362272--79362312	21	2.0	21	85	4	57	51	0	19	29	1.47
79363208--79363268	33	1.9	33	93	6	108	36	9	19	34	1.85
79363216--79363302	33	2.6	33	85	0	102	36	12	22	27	1.91
79367641--79367770	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
79370155--79370239	39	2.2	39	91	2	98	22	29	25	22	1.99
79370171--79370279	40	2.7	41	86	9	138	20	29	26	23	1.99
79373197--79373294	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
79380869--79380966	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
79383856--79383928	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
79392395--79392419	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
79397844--79397894	6	8.5	6	88	0	75	15	3	1	78	0.99
79397844--79397904	18	3.5	16	82	10	59	18	4	1	75	1.06
79400764--79400796	17	1.9	17	93	0	57	36	0	9	54	1.32
79400777--79400801	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
79406580--79406711	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
79416730--79416905	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
79416727--79416898	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
79421221--79421471	40	6.3	40	90	1	364	27	23	26	23	2.00
79428078--79428126	26	1.9	25	83	4	62	46	6	16	30	1.71
79436216--79436437	40	5.6	40	87	3	315	23	22	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79444172--79444393	40	5.6	40	89	1	340	23	22	26	27	1.99
79450371--79450457	45	2.0	44	86	2	120	22	12	25	39	1.90
79457387--79457466	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
79465277--79465356	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
79470026--79470630	27	22.7	27	79	6	597	39	20	10	29	1.86
79470034--79470630	53	11.2	53	82	5	573	39	20	10	29	1.86
79470026--79470630	80	7.6	80	81	4	605	39	20	10	29	1.86
79473453--79473514	28	2.2	28	85	5	81	22	8	40	29	1.82
79473469--79473544	28	2.7	29	85	4	93	23	11	35	28	1.90
79473861--79474728	27	32.7	27	78	8	780	38	19	9	31	1.85
79473861--79474728	53	16.3	53	79	5	691	38	19	9	31	1.85
79473861--79474728	159	5.4	157	78	7	783	38	19	9	31	1.85
79475445--79476022	27	21.7	27	78	6	563	38	19	11	30	1.87
79475445--79476022	53	10.8	53	81	5	546	38	19	11	30	1.87
79475445--79476022	80	7.2	79	80	8	546	38	19	11	30	1.87
79475445--79475941	186	2.7	186	87	2	678	38	19	10	30	1.86
79476001--79476065	27	2.4	27	84	0	76	38	18	16	26	1.92
79477691--79477799	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
79477946--79478156	48	4.4	48	94	0	377	31	27	5	36	1.79
79478130--79478186	30	1.9	30	100	0	114	31	24	5	38	1.78
79478089--79478211	37	3.2	37	68	17	115	31	25	6	36	1.81
79481468--79481789	40	8.1	40	92	0	518	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79483042--79483223	37	4.9	37	91	0	265	28	30	17	23	1.97
79483370--79483655	48	6.0	48	96	0	518	31	26	5	35	1.81
79485838--79486004	40	4.2	40	77	6	162	27	22	26	23	1.99
79490846--79490907	28	2.2	28	88	0	88	22	9	38	29	1.86
79490862--79490937	28	2.7	28	89	0	107	23	13	34	28	1.92
79491254--79492016	27	28.6	27	79	6	732	38	18	10	32	1.85
79491254--79492016	53	14.3	54	82	4	748	38	18	10	32	1.85
79491254--79492016	80	9.5	80	82	5	749	38	18	10	32	1.85
79491253--79491979	133	5.5	130	83	5	717	38	18	10	32	1.84
79493317--79493467	81	1.9	81	90	0	239	25	23	16	34	1.95
79502019--79502085	18	3.7	18	91	0	98	34	25	11	28	1.91
79506970--79507115	40	3.7	40	88	0	204	25	19	28	27	1.99
79514876--79515122	40	6.2	40	90	2	356	26	29	21	22	1.99
79523059--79523304	40	6.2	40	89	3	356	26	29	20	23	1.99
79533921--79533948	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
79535070--79535332	46	5.7	46	76	8	207	23	29	19	27	1.98
79540352--79540635	27	10.6	27	86	0	381	28	21	9	41	1.84
79540373--79540635	134	2.0	134	89	0	400	27	20	9	41	1.84
79540636--79540819	54	3.4	53	81	5	192	40	22	7	29	1.80
79540636--79540845	27	7.8	27	76	8	153	40	22	8	28	1.83
79540664--79540817	81	1.9	80	80	6	177	41	22	6	29	1.79
79540808--79541049	27	9.0	27	85	0	304	35	17	21	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79541255--79541325	24	2.9	25	93	4	126	25	23	23	26	2.00
79545605--79545729	48	2.6	48	83	7	157	24	29	17	28	1.97
79545598--79545867	47	5.8	47	74	11	182	25	27	17	29	1.98
79554812--79554901	45	2.0	44	84	2	117	27	13	21	37	1.91
79555804--79555863	30	2.0	30	100	0	120	53	3	13	30	1.56
79577590--79577765	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
79577587--79577758	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
79585164--79585339	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
79585161--79585332	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
79593465--79593569	32	3.3	32	91	0	174	29	14	21	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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