genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  186  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58475434--58475647	81	2.7	80	82	5	245	30	11	21	37	1.88
58480132--58480169	20	1.9	20	88	0	58	47	18	10	23	1.79
58483488--58483679	40	4.8	40	79	8	203	23	22	27	26	2.00
58483485--58483705	80	2.8	80	76	12	229	25	22	26	25	2.00
58489117--58489301	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
58489116--58489322	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
58489115--58489322	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
58494795--58494977	40	4.6	40	76	8	158	24	21	26	27	1.99
58494784--58494989	80	2.6	80	77	10	224	23	22	26	26	2.00
58508936--58509109	47	3.7	47	72	16	126	28	18	30	22	1.97
58508940--58509254	94	3.4	93	78	6	325	26	20	28	24	1.99
58508996--58509298	47	6.4	47	73	14	196	26	20	28	24	1.99
58509179--58509298	49	2.5	48	83	12	140	30	20	25	24	1.99
58509861--58509920	31	1.9	31	100	0	120	28	3	25	43	1.70
58516448--58516581	47	2.9	46	74	13	139	29	21	28	20	1.98
58516451--58516769	94	3.4	95	78	6	312	27	21	28	22	1.99
58516503--58516674	47	3.7	47	74	11	154	28	20	28	22	1.99
58517501--58517604	55	1.9	55	91	0	172	19	25	31	23	1.98
58517501--58517619	55	2.2	55	87	3	168	21	25	30	23	1.99
58518240--58518370	49	2.8	49	80	10	157	26	20	29	23	1.99
58519327--58519366	21	2.0	21	90	5	64	10	32	30	27	1.89
58525127--58525316	29	6.6	29	84	6	99	25	31	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58525186--58525316	29	4.5	29	96	0	244	26	29	14	29	1.95
58532967--58533156	29	6.6	29	84	3	89	25	31	15	26	1.96
58533026--58533156	58	2.3	58	97	0	244	26	29	14	29	1.95
58532997--58533156	87	1.8	87	87	2	241	26	31	15	27	1.95
58543028--58543100	30	2.4	30	95	0	128	28	38	21	10	1.88
58544187--58544347	43	3.7	43	80	1	171	32	24	14	28	1.94
58546956--58546995	21	1.9	21	94	0	71	25	20	17	37	1.94
58551924--58552076	43	3.6	43	78	4	150	32	23	14	30	1.94
58559338--58559509	93	1.8	93	89	0	272	29	28	20	22	1.98
58559339--58559506	46	3.6	46	75	10	162	29	27	20	22	1.98
58563483--58563513	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
58563480--58563519	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
58563753--58563960	55	3.8	52	79	8	195	22	24	17	36	1.95
58563753--58563949	108	1.8	110	86	4	292	22	24	17	35	1.95
58578143--58578211	19	3.7	19	82	3	95	31	5	13	49	1.65
58578233--58578283	18	2.8	18	81	0	66	39	7	11	41	1.71
58578228--58578291	18	3.6	18	75	8	58	42	9	9	39	1.70
58580658--58580824	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
58580674--58580824	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
58581998--58582110	58	1.9	59	82	8	142	27	15	17	38	1.91
58582097--58582121	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
58591251--58591407	43	3.7	43	75	10	142	25	17	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58597994--58598023	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
58598732--58598876	40	3.6	40	88	5	197	28	21	24	25	1.99
58598732--58598917	80	2.3	79	80	9	198	27	20	24	26	1.99
58600710--58600764	28	2.0	28	96	3	103	56	3	18	21	1.57
58600716--58600774	28	2.1	28	83	0	73	62	5	15	16	1.49
58608533--58608759	47	4.9	45	71	10	145	33	17	25	23	1.96
58608724--58608931	54	3.9	54	77	5	204	35	15	24	24	1.95
58612916--58612986	6	11.8	6	98	0	106	22	0	9	67	1.20
58613039--58613075	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
58620996--58621047	11	4.5	11	73	21	52	42	19	3	34	1.69
58624232--58624277	21	2.2	21	84	0	56	8	13	0	78	0.97
58628479--58628552	35	2.1	35	100	0	148	41	18	9	29	1.82
58629016--58629066	21	2.3	21	83	12	59	49	13	3	33	1.61
58629736--58629872	50	2.7	50	87	0	184	31	24	16	27	1.97
58633970--58634190	40	5.5	39	76	9	160	25	22	26	25	2.00
58633970--58634176	80	2.6	80	78	9	233	23	22	27	26	2.00
58636799--58636881	43	1.9	43	85	9	116	28	31	19	20	1.97
58636804--58637008	42	4.7	43	73	9	148	31	28	18	22	1.97
58639939--58639993	15	3.7	15	82	0	74	61	16	10	10	1.55
58646602--58646684	43	1.9	43	82	0	103	26	31	18	24	1.97
58646688--58646783	50	1.9	50	80	0	111	33	19	15	31	1.93
58646736--58646815	42	1.9	42	86	0	115	30	27	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58662421--58662475	29	1.9	29	88	3	85	16	21	38	23	1.93
58672044--58672103	27	2.2	28	85	8	88	41	18	13	26	1.87
58672052--58672212	27	6.0	27	81	2	171	37	19	18	24	1.94
58672956--58673015	27	2.3	27	85	8	79	21	23	20	35	1.96
58679624--58679795	27	6.4	27	81	4	177	36	19	18	25	1.94
58679625--58679777	80	1.9	81	86	1	218	37	20	16	24	1.93
58679636--58679796	53	3.0	53	84	5	216	36	20	18	24	1.95
58682384--58682414	15	2.0	16	93	6	55	32	32	0	35	1.58
58684846--58684967	43	2.9	41	79	7	127	33	26	18	22	1.96
58692521--58692590	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
58692521--58692602	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
58704916--58705044	46	2.8	46	92	2	197	30	29	20	20	1.97
58708832--58709004	93	1.9	93	88	0	265	27	26	21	23	1.99
58708825--58709000	46	3.8	46	71	12	153	28	26	21	23	1.99
58711013--58711053	21	2.0	21	100	0	82	53	12	14	19	1.72
58715616--58715747	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
58715615--58715747	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
58723365--58723521	29	5.6	29	81	6	92	26	31	15	26	1.96
58723424--58723505	25	3.1	25	86	13	128	28	28	13	30	1.94
58731535--58731569	17	2.1	17	89	5	54	45	5	20	28	1.73
58736069--58736394	180	1.8	180	89	1	519	32	18	9	38	1.83
58738387--58738681	47	6.3	47	92	1	466	28	28	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58738510--58738584	22	3.3	22	67	17	62	24	30	12	33	1.91
58741588--58742030	50	8.8	50	77	5	383	31	25	16	25	1.96
58741591--58742028	151	2.9	151	86	1	572	32	26	16	25	1.96
58741591--58742030	101	4.4	101	79	4	404	32	25	16	25	1.96
58746783--58746842	15	4.1	14	82	8	66	53	13	20	13	1.72
58746784--58746842	30	2.0	30	83	6	75	52	13	20	13	1.74
58746984--58747022	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
58750324--58750355	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
58750566--58750852	50	5.7	50	82	1	315	29	28	16	25	1.97
58750555--58750894	151	2.2	150	84	2	421	29	27	16	25	1.97
58751250--58751296	19	2.3	20	82	10	60	48	14	2	34	1.56
58753410--58753438	7	4.1	7	100	0	58	44	0	27	27	1.54
58753606--58753724	33	3.6	32	75	8	105	48	13	19	18	1.80
58753821--58753861	22	2.0	21	90	9	66	39	9	9	41	1.71
58758210--58758243	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
58760975--58761147	46	3.7	46	76	10	199	29	24	20	24	1.99
58760980--58761150	93	1.8	93	92	0	288	28	25	21	24	1.99
58762019--58762106	27	3.3	26	88	4	122	15	22	23	37	1.93
58779299--58779424	43	2.9	43	79	6	130	34	24	14	26	1.94
58781451--58781491	13	3.2	13	89	0	64	31	19	4	43	1.72
58783335--58783592	40	6.5	40	87	1	349	23	21	27	27	1.99
58791365--58791622	40	6.5	40	90	2	351	22	23	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58795638--58795697	22	2.6	23	84	12	70	33	1	0	65	1.03
58795724--58795840	33	3.7	30	75	19	96	29	3	5	62	1.33
58797703--58797896	50	3.9	49	81	6	212	27	28	19	24	1.98
58797714--58797900	101	1.9	99	86	4	268	27	29	18	24	1.98
58800020--58800084	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
58800020--58800088	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
58803071--58803206	50	2.7	51	82	3	170	28	30	16	23	1.97
58805321--58805385	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
58805321--58805389	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
58808047--58808084	19	2.0	20	84	5	51	42	5	0	52	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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