genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  237  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73841183--73841254	27	2.7	27	77	0	81	40	22	8	29	1.83
73842424--73842471	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
73842515--73842573	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
73842624--73842790	24	7.0	23	90	4	237	28	22	22	26	1.99
73842624--73842789	47	3.5	46	90	6	244	28	22	22	27	1.99
73842624--73842790	71	2.3	71	90	3	255	28	22	22	26	1.99
73849980--73850089	55	2.0	55	100	0	220	29	25	12	32	1.93
73853926--73854034	58	1.9	58	83	9	143	33	22	15	27	1.95
73857514--73857592	18	4.4	18	77	1	88	37	15	22	24	1.92
73857514--73857592	36	2.2	35	84	2	104	37	15	22	24	1.92
73857926--73858005	27	3.0	27	75	0	88	42	18	15	23	1.88
73860404--73860470	24	2.8	24	83	2	98	43	17	20	17	1.88
73863776--73863926	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
73863813--73863942	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
73873069--73873199	40	3.3	39	73	11	106	28	27	22	22	1.99
73875939--73876121	40	4.6	40	91	2	280	26	26	22	24	2.00
73877648--73877825	40	4.6	39	81	12	199	25	28	21	24	1.99
73890336--73890518	40	4.6	40	88	1	251	26	25	23	24	2.00
73894883--73895104	40	5.6	40	92	0	356	27	25	23	23	2.00
73896468--73896493	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
73896808--73897524	179	4.0	178	83	4	856	28	23	18	30	1.97
73896811--73897477	355	1.9	355	84	3	905	27	23	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73911136--73911318	40	4.6	40	91	4	264	26	26	22	24	2.00
73913899--73913946	9	5.3	9	76	0	51	60	10	2	27	1.41
73913899--73913950	18	2.9	18	75	11	61	59	9	3	26	1.46
73916429--73916503	29	2.6	29	82	6	89	28	30	14	26	1.95
73917146--73917181	2	18.0	2	88	0	54	44	2	2	50	1.31
73918548--73918596	23	2.1	23	85	7	64	14	0	8	77	0.98
73923277--73923372	47	2.0	47	93	0	165	30	13	12	43	1.81
73924178--73924435	45	5.9	45	83	8	293	25	20	27	25	1.99
73930668--73930760	47	2.0	47	91	0	150	27	12	12	46	1.79
73941979--73942021	21	2.0	21	100	0	86	18	32	9	39	1.83
73944247--73944313	28	2.5	27	76	9	66	44	2	1	50	1.26
73950986--73951020	10	3.4	10	84	7	52	85	0	2	11	0.69
73952923--73953099	49	3.6	49	76	6	185	30	24	19	25	1.98
73952918--73953104	100	1.9	100	89	0	293	29	23	20	26	1.99
73955548--73955612	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
73955548--73955616	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
73958600--73958767	49	3.4	49	72	9	160	28	24	20	26	1.99
73959105--73959163	27	2.3	27	80	13	70	76	1	15	6	1.07
73960336--73960400	29	2.2	29	91	2	103	32	16	27	23	1.96
73968235--73968317	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
73968231--73968366	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
73980989--73981093	39	2.7	39	80	2	113	22	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73988468--73988494	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
73996431--73996467	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
74000457--74000520	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
74000726--74000854	24	5.4	24	93	2	197	26	22	20	30	1.99
74000726--74000853	47	2.7	48	91	3	195	26	22	21	29	1.99
74000904--74000968	20	3.2	20	88	0	103	32	20	10	36	1.87
74001007--74001054	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74008741--74008771	16	1.9	16	93	0	53	35	16	6	41	1.74
74008932--74009078	43	3.5	44	75	10	135	29	24	18	27	1.98
74011038--74011201	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
74011038--74011235	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
74026889--74027136	40	6.2	40	88	1	347	23	21	28	27	1.99
74026889--74027136	120	2.1	120	91	2	401	23	21	28	27	1.99
74032071--74032132	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
74032242--74032343	27	3.7	28	84	5	118	24	21	19	34	1.96
74035101--74035259	39	4.1	39	94	0	273	27	24	21	27	1.99
74043677--74043880	40	5.1	40	82	2	212	25	25	23	25	2.00
74043967--74044282	64	5.1	64	58	20	148	33	25	11	29	1.90
74043849--74044556	123	5.8	123	97	0	1326	34	25	10	29	1.90
74051556--74051758	40	5.1	40	82	3	212	25	26	23	25	2.00
74051845--74052160	64	5.1	64	58	18	146	33	26	11	28	1.90
74051727--74052188	123	3.8	123	97	0	852	33	25	10	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74054530--74054688	39	4.1	38	93	1	246	27	24	21	27	1.99
74054530--74054688	78	2.0	78	93	0	273	27	24	21	27	1.99
74058331--74058576	96	2.6	96	92	0	411	36	17	33	11	1.86
74063040--74063147	27	4.0	27	89	2	146	20	24	20	35	1.96
74063039--74063153	55	2.1	54	87	6	162	19	22	20	37	1.94
74065848--74065997	80	1.9	81	85	4	214	25	27	22	25	2.00
74065820--74065999	40	4.5	40	77	11	163	24	26	23	26	2.00
74071464--74071614	40	3.8	39	77	6	126	25	22	28	23	1.99
74071517--74071614	39	2.5	40	84	1	135	27	23	28	20	1.99
74071517--74071656	40	3.5	40	81	6	135	25	25	28	21	1.99
74071464--74071648	79	2.3	81	80	9	202	24	23	28	23	2.00
74073504--74073701	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
74073570--74073687	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
74073538--74073701	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
74081071--74081268	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
74081137--74081254	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
74081105--74081268	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
74083803--74083951	40	3.7	40	90	0	208	18	28	24	28	1.98
74083802--74083991	40	4.8	40	87	1	148	21	27	23	27	1.99
74091101--74091268	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
74094220--74094438	40	5.5	39	80	8	199	24	26	22	26	2.00
74094250--74094436	80	2.3	81	84	3	243	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74105013--74105220	49	4.3	49	96	1	386	31	29	7	31	1.85
74108739--74109018	40	7.1	40	96	1	501	24	28	22	24	1.99
74108739--74109018	119	2.3	120	95	1	501	24	28	22	24	1.99
74109071--74109145	38	2.0	38	81	5	89	24	24	18	33	1.97
74111361--74111405	22	2.0	22	100	0	90	35	33	0	31	1.58
74111315--74111452	69	2.0	69	89	0	213	30	31	5	31	1.81
74111410--74111485	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
74111384--74111631	94	2.6	93	93	5	435	30	30	8	31	1.86
74111390--74111636	49	5.2	49	92	4	425	30	29	8	31	1.86
74111506--74111579	22	3.3	22	64	17	62	28	31	10	29	1.91
74113783--74114045	46	5.8	45	74	12	234	20	20	30	29	1.97
74113768--74114035	87	3.0	88	91	4	412	22	19	29	28	1.98
74113749--74114038	93	3.2	92	89	5	446	21	19	30	28	1.98
74116016--74116088	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
74123522--74123569	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
74123612--74123672	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
74123720--74123801	24	3.4	24	98	0	155	30	21	21	25	1.99
74125549--74125678	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
74125512--74125678	80	2.1	79	81	7	196	25	23	27	23	2.00
74133384--74133608	124	1.8	124	86	1	326	31	10	23	35	1.89
74133603--74133732	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
74133565--74133732	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74135068--74135143	24	3.2	24	88	3	109	25	22	23	28	1.99
74135349--74135412	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
74142495--74142612	44	2.7	41	82	15	112	26	16	24	33	1.96
74142538--74142636	44	2.3	42	81	10	117	26	17	25	31	1.97
74143616--74143762	67	2.2	67	98	0	285	19	25	28	26	1.98
74157044--74157371	27	12.2	27	89	0	460	28	21	7	41	1.82
74157889--74157967	31	2.5	31	89	0	122	21	18	11	48	1.80
74157889--74157979	6	14.8	6	69	13	60	20	18	10	49	1.78
74159163--74159219	30	1.9	30	85	0	78	31	12	26	29	1.92
74160444--74160578	37	3.6	37	90	2	209	24	28	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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