genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  242  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75406659--75406847	80	2.4	81	78	4	186	22	24	29	23	1.99
75413990--75414103	48	2.4	48	85	8	146	26	25	19	28	1.98
75415120--75415178	29	2.0	29	100	0	118	23	16	13	45	1.83
75416647--75416758	43	2.6	42	83	8	129	29	22	16	32	1.95
75416773--75416877	41	2.6	41	87	1	140	31	27	14	26	1.95
75423190--75423327	40	3.5	40	79	4	129	23	23	28	24	2.00
75426218--75426343	46	2.7	46	90	0	180	30	29	19	20	1.97
75431107--75431160	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
75433484--75433625	27	5.3	27	77	8	146	39	17	11	31	1.85
75433635--75433777	27	5.3	27	80	7	157	29	22	7	40	1.82
75433477--75433655	80	2.2	80	91	5	281	37	18	11	31	1.87
75433648--75433777	54	2.4	54	90	0	206	30	22	6	40	1.80
75433809--75433979	27	6.3	27	83	2	209	40	20	7	30	1.80
75433776--75433979	54	3.8	52	79	6	192	39	19	9	30	1.84
75434850--75434911	25	2.5	25	97	0	115	27	24	25	22	2.00
75436369--75436438	27	2.5	28	88	2	106	30	27	14	28	1.95
75444340--75444430	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
75444470--75444621	48	3.2	48	97	0	277	31	28	6	33	1.83
75444593--75444826	49	4.1	58	71	14	186	32	27	7	32	1.85
75444535--75444776	120	2.0	122	96	1	452	32	27	7	33	1.84
75444733--75445019	49	5.9	49	95	1	506	29	27	9	33	1.88
75448796--75448938	40	3.6	40	93	2	236	25	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75448794--75448963	79	2.2	80	85	7	231	27	28	20	24	1.99
75448796--75449054	40	6.6	40	83	7	235	26	28	20	24	1.99
75450670--75450874	51	4.1	51	94	1	342	30	25	9	34	1.87
75450670--75450874	100	2.1	99	91	3	331	30	25	9	34	1.87
75454585--75454654	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
75456486--75456555	31	2.3	30	82	4	95	32	14	24	28	1.94
75456498--75456568	31	2.3	31	88	7	101	32	15	23	28	1.95
75456619--75456682	33	1.9	33	100	0	128	25	21	21	31	1.98
75459723--75459796	22	3.2	22	67	20	60	36	22	17	22	1.95
75462385--75462495	27	4.1	27	80	5	118	39	20	24	15	1.91
75463901--75463995	24	4.0	24	87	0	127	25	37	3	33	1.72
75470217--75470327	27	4.1	27	79	9	111	36	19	25	18	1.94
75471736--75471836	24	4.2	24	90	0	157	25	39	0	33	1.63
75475837--75475973	46	3.0	46	85	0	184	25	29	8	35	1.86
75475947--75476136	47	4.1	46	91	1	265	25	29	12	33	1.92
75483878--75484331	49	9.3	49	93	2	756	33	8	28	29	1.86
75486127--75486214	43	2.0	43	86	0	122	27	14	22	35	1.93
75486138--75486282	43	3.4	43	75	7	116	28	17	20	33	1.95
75486989--75487037	21	2.3	21	85	0	62	16	46	22	14	1.82
75488838--75489104	46	5.7	48	78	10	232	23	30	19	26	1.98
75488835--75489107	94	2.9	93	78	10	281	23	30	19	26	1.98
75492482--75492624	50	2.9	50	84	2	171	27	19	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75494533--75494646	50	2.3	50	86	3	158	27	19	25	28	1.99
75494559--75494675	50	2.3	50	86	2	155	26	18	25	29	1.98
75496586--75496699	50	2.3	50	85	0	156	28	20	25	26	1.99
75496612--75496728	50	2.3	50	86	2	155	26	19	25	28	1.99
75498572--75498617	19	2.4	19	92	0	74	17	32	34	15	1.91
75499733--75499856	47	2.7	44	83	6	158	25	16	30	27	1.97
75503284--75503425	50	2.8	50	86	0	185	26	29	18	25	1.98
75503883--75504046	43	3.8	43	76	6	138	34	22	14	29	1.93
75507937--75508121	39	4.7	39	89	0	262	23	32	21	22	1.98
75517538--75517627	29	3.1	28	84	4	117	31	25	11	32	1.91
75517846--75517881	16	2.2	17	95	5	65	11	13	16	58	1.63
75526288--75526510	40	5.6	39	82	8	240	24	22	28	24	1.99
75526355--75526517	79	2.1	78	81	9	188	25	23	28	23	2.00
75526378--75526543	79	2.1	78	80	8	176	25	22	27	24	2.00
75534496--75534718	40	5.6	39	85	7	265	24	23	28	23	2.00
75534496--75534716	79	2.8	79	83	8	261	24	23	28	23	2.00
75534586--75534751	79	2.1	79	82	6	194	25	22	28	23	1.99
75537902--75538062	52	3.2	50	86	5	225	28	14	29	27	1.95
75537894--75538041	52	2.9	51	90	4	228	27	14	29	28	1.95
75544494--75544633	49	2.8	51	79	5	169	28	16	23	31	1.96
75568208--75568479	29	9.4	29	75	5	201	22	25	12	39	1.89
75568203--75568277	30	2.5	30	82	6	82	22	28	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75572353--75572507	32	4.8	32	83	2	168	29	12	22	35	1.91
75579271--75579418	43	3.5	42	83	5	181	31	23	14	29	1.95
75589450--75589620	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
75589442--75589617	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
75591988--75592076	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
75591988--75592067	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
75591999--75592076	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
75595027--75595197	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
75595019--75595194	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
75601281--75601318	17	2.2	17	95	0	67	42	2	5	50	1.39
75603312--75603454	40	3.6	40	78	7	146	21	27	23	27	1.99
75603343--75603493	40	3.8	40	86	1	178	23	27	22	27	1.99
75603343--75603493	80	1.9	80	84	2	205	23	27	22	27	1.99
75607565--75607741	40	4.5	40	80	9	141	24	27	22	25	1.99
75607595--75607741	40	3.7	40	84	7	165	23	27	23	25	2.00
75615665--75615812	40	3.7	40	84	5	165	23	27	22	25	2.00
75618890--75619086	55	3.6	54	83	7	247	36	17	24	21	1.94
75619199--75619237	16	2.4	16	84	12	53	35	2	23	38	1.68
75627657--75627691	17	2.1	17	89	5	54	77	14	0	8	0.99
75629181--75629348	40	4.2	40	83	3	214	27	27	21	23	1.99
75629177--75629348	80	2.2	79	86	7	242	27	26	22	23	1.99
75632066--75632233	40	4.2	39	79	5	160	26	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75636344--75636473	40	3.2	40	83	4	165	23	29	26	21	1.99
75639053--75639096	22	2.0	22	86	0	61	59	2	0	38	1.10
75640011--75640267	46	5.6	46	84	3	295	20	19	14	45	1.84
75640011--75640409	45	8.8	46	77	5	312	20	18	15	45	1.86
75641010--75641054	23	2.0	24	83	12	60	71	4	4	20	1.21
75647208--75647321	29	4.0	29	84	6	135	28	28	14	27	1.96
75647199--75647309	58	1.9	58	85	1	152	27	28	16	27	1.97
75647381--75647414	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
75654262--75654313	16	3.1	18	81	13	65	75	9	9	5	1.20
75657594--75657731	39	3.5	39	84	0	186	46	21	3	28	1.68
75661588--75661615	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
75667758--75667863	48	2.2	50	81	6	119	32	23	17	26	1.97
75667898--75667990	48	1.9	48	88	0	141	30	25	18	25	1.98
75687810--75687995	47	4.0	47	98	0	363	32	10	31	25	1.90
75688254--75688379	47	2.7	48	90	3	195	35	7	30	26	1.83
75690661--75690966	40	7.7	40	82	5	345	23	23	29	24	1.99
75694468--75694764	47	6.3	47	96	0	522	32	9	30	26	1.88
75699051--75699124	34	2.2	34	87	4	105	29	21	21	27	1.99
75710140--75710496	49	7.4	49	94	1	623	30	29	7	31	1.86
75714029--75714267	40	6.1	40	96	2	430	24	28	22	24	1.99
75714029--75714267	79	3.0	80	96	1	430	24	28	22	24	1.99
75714029--75714267	119	2.0	118	95	2	426	24	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75714321--75714395	38	2.0	38	81	5	89	24	24	18	33	1.97
75716560--75716813	47	5.3	47	92	3	427	29	29	7	32	1.86
75716560--75716816	49	5.4	49	93	2	427	29	29	7	32	1.86
75716560--75716816	96	2.7	96	94	2	437	29	29	7	32	1.86
75724031--75724065	14	2.6	14	86	4	54	80	0	2	17	0.84
75724788--75724916	40	3.2	40	81	6	147	23	24	27	24	2.00
75727307--75727513	40	5.2	40	81	4	240	26	26	22	25	2.00
75727307--75727513	80	2.6	79	85	3	265	26	26	22	25	2.00
75735426--75735629	40	5.2	40	80	7	222	25	26	22	25	2.00
75735449--75735629	79	2.3	79	84	6	244	24	25	22	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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