genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  223  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69551720--69551840	39	3.1	40	78	3	129	17	14	23	45	1.84
69552424--69552480	16	3.3	16	70	25	53	33	0	10	56	1.34
69552413--69552484	36	2.0	36	97	0	135	33	0	12	54	1.38
69555892--69555975	40	2.1	40	93	0	141	11	16	27	44	1.83
69558014--69558125	27	4.2	26	80	7	125	16	22	23	38	1.93
69558014--69558125	54	2.1	54	88	3	163	16	22	23	38	1.93
69568168--69568343	46	3.8	46	73	12	180	23	20	26	29	1.99
69568165--69568335	93	1.8	93	91	0	279	23	21	26	28	1.99
69571494--69571640	40	3.7	39	78	8	127	21	27	24	26	1.99
69579435--69579559	40	3.3	38	73	8	112	24	28	23	24	1.99
69582312--69582479	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
69582328--69582477	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
69590075--69590242	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
69590091--69590240	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
69593598--69593703	49	2.2	49	100	0	212	33	17	8	40	1.80
69595106--69595171	24	2.8	24	88	4	89	21	15	24	39	1.91
69599089--69599171	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
69599022--69599331	49	6.4	49	96	1	527	30	9	31	29	1.88
69599433--69599517	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
69601575--69601737	29	5.7	29	97	1	301	26	15	32	25	1.95
69605285--69605595	49	6.4	49	97	0	545	29	9	31	29	1.88
69605697--69605818	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69609439--69609541	29	3.6	27	79	10	91	29	33	16	20	1.94
69612351--69612526	87	2.0	87	100	0	352	39	14	14	31	1.87
69614231--69614297	10	6.9	10	73	11	50	53	0	1	44	1.09
69614230--69614367	9	14.8	9	70	13	64	58	0	2	37	1.18
69614229--69614367	29	4.9	29	68	14	92	58	0	2	37	1.18
69614290--69614366	19	4.2	19	77	8	70	63	1	3	31	1.20
69614537--69614585	19	2.5	19	83	3	62	30	6	0	63	1.19
69614646--69614686	8	4.7	9	80	14	50	21	2	0	75	0.92
69629882--69629919	19	2.0	19	85	10	51	76	0	2	21	0.91
69632035--69632070	17	2.1	17	100	0	72	66	0	11	22	1.22
69632956--69632999	22	2.0	21	83	12	54	43	0	9	47	1.35
69638010--69638036	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
69640380--69640549	47	3.7	47	85	7	215	22	27	19	30	1.98
69641773--69642026	53	4.8	54	79	9	249	34	17	24	22	1.96
69641783--69641981	108	1.8	109	88	5	305	33	17	25	24	1.96
69642219--69642249	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
69648905--69649204	95	3.2	94	90	5	437	30	8	32	29	1.87
69648924--69649154	49	5.0	41	82	15	194	30	7	31	30	1.86
69648905--69649204	47	6.3	49	92	3	447	30	8	32	29	1.87
69651327--69651596	40	6.8	40	92	0	418	26	21	26	25	1.99
69651327--69651596	79	3.4	80	91	2	418	26	21	26	25	1.99
69655649--69655847	47	4.2	47	96	1	362	31	8	30	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69658074--69658156	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
69657999--69658300	97	3.2	96	91	4	461	31	8	31	29	1.86
69657999--69658300	49	6.3	49	92	3	458	31	8	31	29	1.86
69660408--69660676	40	6.8	40	90	2	391	27	21	25	25	1.99
69660408--69660676	79	3.4	80	89	2	391	27	21	25	25	1.99
69664728--69664979	49	5.3	47	92	2	364	30	8	31	29	1.87
69664728--69664979	95	2.7	95	89	4	366	30	8	31	29	1.87
69668046--69668081	9	4.1	9	92	7	65	33	0	11	55	1.35
69672002--69672055	6	9.0	6	85	0	54	24	7	0	68	1.15
69672009--69672065	18	3.1	18	73	12	53	19	8	0	71	1.11
69674979--69675014	9	4.1	9	92	7	65	33	0	11	55	1.35
69678312--69678566	55	4.8	53	77	9	227	34	17	25	22	1.96
69678322--69678520	108	1.8	110	85	4	287	33	17	25	24	1.96
69685201--69685345	70	2.1	71	93	1	247	31	29	12	26	1.93
69703528--69703685	24	6.5	24	74	9	104	25	13	29	32	1.93
69709163--69709335	93	1.9	93	97	0	328	27	31	21	19	1.97
69709156--69709331	46	3.8	46	80	12	225	28	31	21	18	1.97
69711532--69711726	39	4.9	39	87	2	212	22	32	20	24	1.98
69711532--69711728	78	2.5	79	85	3	245	22	31	20	25	1.98
69719280--69719474	39	4.9	39	88	2	221	23	32	20	24	1.98
69719280--69719476	78	2.5	79	86	3	254	22	31	20	24	1.98
69719320--69719476	39	4.0	39	90	4	244	21	31	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69728199--69728245	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
69728293--69728388	25	3.8	26	89	5	135	25	23	19	31	1.98
69728293--69728388	51	1.9	50	85	6	131	25	23	19	31	1.98
69728293--69728401	25	4.4	24	87	6	96	27	22	20	30	1.98
69728609--69728668	31	1.9	31	86	0	84	36	16	20	26	1.93
69739230--69739358	46	2.8	46	87	0	177	20	20	28	30	1.98
69745947--69746058	27	4.2	26	83	7	125	38	25	21	15	1.92
69745947--69746058	54	2.1	54	86	3	154	38	25	21	15	1.92
69747462--69747521	24	2.5	24	97	0	111	26	38	0	35	1.57
69753743--69753854	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
69753743--69753854	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
69755794--69755945	40	3.8	39	77	10	128	21	26	24	26	1.99
69762317--69762428	27	4.2	26	83	12	136	39	23	22	15	1.91
69762317--69762428	54	2.1	54	86	3	154	39	23	22	15	1.91
69764375--69764482	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
69767140--69767210	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
69767117--69767210	48	1.9	48	83	10	120	24	37	3	35	1.72
69771720--69771782	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
69779584--69779646	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
69781676--69781710	2	17.5	2	87	0	52	48	0	5	45	1.26
69783067--69783202	48	2.8	48	80	0	146	30	16	22	30	1.96
69790221--69790390	39	4.3	40	86	3	238	22	18	31	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69790221--69790390	79	2.2	79	88	3	254	22	18	31	27	1.98
69798216--69798356	40	3.5	40	87	2	196	24	21	30	24	1.99
69801102--69801146	22	2.0	22	100	0	90	42	8	17	31	1.80
69801379--69801518	57	2.4	58	73	8	133	29	17	22	30	1.96
69810084--69810136	26	2.0	26	82	10	63	30	20	20	28	1.98
69812966--69813111	37	3.9	37	84	3	204	26	28	19	26	1.99
69812984--69813122	74	1.9	74	95	0	251	25	27	18	28	1.98
69813258--69813545	48	6.0	48	90	1	450	31	27	6	35	1.82
69813258--69813544	146	2.0	144	90	1	457	31	27	6	34	1.82
69817318--69817435	55	2.2	55	87	1	166	22	21	27	28	1.99
69822201--69822258	30	2.0	29	96	3	107	25	18	24	31	1.98
69824696--69824846	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
69824733--69824862	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
69832122--69832179	30	2.0	29	93	3	98	27	18	22	31	1.97
69833615--69833822	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
69833615--69833820	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
69841273--69841480	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
69841273--69841478	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
69856260--69856475	40	5.4	40	91	1	337	25	26	22	25	2.00
69862985--69863017	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
69864297--69864474	39	4.6	39	93	0	302	22	21	26	29	1.99
69865371--69865439	27	2.5	28	75	13	72	33	20	13	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69865432--69865519	27	3.3	27	85	0	113	36	22	14	26	1.93
69865645--69865730	27	3.3	26	81	10	95	22	22	19	36	1.96
69868679--69868756	31	2.5	31	87	0	111	14	28	32	25	1.94
69870482--69870617	41	3.3	41	84	7	161	29	17	24	28	1.97
69874487--69874694	40	5.2	40	85	2	258	25	21	26	26	1.99
69885211--69885418	40	5.2	40	83	2	240	25	22	25	26	2.00
69890110--69890274	43	3.9	42	80	4	179	32	22	16	29	1.96
69890111--69890273	86	1.9	85	83	3	211	31	22	16	29	1.96
69899799--69899872	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
69907277--69907388	59	1.9	58	83	7	147	39	17	16	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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