genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  275  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85438446--85438594	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
85438487--85438594	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
85443413--85443561	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
85443454--85443561	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
85449941--85449997	29	1.9	30	85	3	80	61	5	1	31	1.28
85453747--85453786	1	40.0	1	94	0	71	0	2	0	97	0.17
85457810--85457851	22	2.0	22	85	4	59	57	2	0	40	1.12
85458098--85458138	19	2.1	19	86	4	55	56	2	2	39	1.26
85458436--85458484	21	2.3	21	79	10	55	59	4	2	34	1.28
85458936--85458989	18	2.7	20	83	16	60	25	1	3	68	1.16
85458944--85458991	20	2.2	21	79	20	55	25	2	4	68	1.18
85467572--85467633	25	2.5	25	86	0	88	40	24	16	19	1.91
85468178--85468283	52	2.0	52	98	0	203	35	12	20	31	1.90
85476073--85476106	13	2.7	12	86	13	50	14	2	8	73	1.19
85477550--85477645	48	2.0	48	100	0	192	33	8	27	31	1.86
85479554--85479873	46	7.0	46	86	2	410	41	15	24	19	1.89
85479565--85479873	138	2.2	138	88	0	456	41	15	23	19	1.89
85484195--85484832	313	2.0	313	97	0	1213	30	20	18	31	1.96
85490208--85490772	44	12.6	44	74	7	411	30	16	21	30	1.96
85490206--85490727	89	5.8	89	73	10	314	31	16	21	30	1.95
85490211--85490763	133	4.1	133	80	6	596	30	16	21	30	1.96
85490385--85490730	184	1.9	183	80	5	412	31	16	20	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85492298--85492357	3	19.7	3	86	3	66	35	5	0	60	1.19
85492417--85492451	13	2.8	12	87	12	52	20	2	5	71	1.19
85494014--85494060	23	2.0	23	87	0	67	40	2	12	44	1.54
85497189--85497235	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
85501568--85501620	21	2.5	21	90	0	79	32	37	7	22	1.82
85506295--85506359	33	2.0	33	84	6	87	64	3	1	30	1.18
85509658--85509710	21	2.7	20	80	8	54	15	5	7	71	1.27
85509658--85509710	20	2.6	20	77	11	54	15	5	7	71	1.27
85514501--85514586	43	2.0	43	88	0	127	27	26	19	25	1.99
85516712--85516742	4	8.0	4	92	7	55	51	0	0	48	1.00
85521680--85521721	23	1.9	21	90	9	66	0	19	7	73	1.05
85522360--85522554	50	3.9	50	75	4	169	25	21	17	35	1.95
85522355--85522549	100	2.0	100	83	0	246	25	21	17	35	1.95
85522392--85522601	50	4.2	50	76	4	172	24	21	18	35	1.96
85523761--85523836	22	3.2	22	63	20	53	44	7	7	39	1.63
85523739--85523839	50	2.0	50	100	0	202	43	5	8	41	1.60
85528417--85528548	68	2.0	67	95	1	237	46	11	9	32	1.73
85531956--85532023	16	4.3	15	83	7	82	42	5	23	27	1.77
85531952--85532023	32	2.3	32	85	7	94	43	5	23	27	1.76
85532184--85532239	26	2.2	26	80	6	60	62	0	0	37	0.95
85536523--85536555	17	2.0	17	88	5	50	39	9	6	45	1.61
85536595--85536625	16	1.9	16	93	0	53	29	3	0	67	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85539428--85539496	34	2.0	34	97	0	129	20	27	20	31	1.97
85545801--85545905	47	2.3	46	83	1	129	49	8	5	36	1.57
85546172--85546243	33	2.2	33	84	0	99	37	2	4	55	1.34
85547107--85547143	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
85547338--85547376	18	2.0	20	85	9	55	23	28	0	48	1.51
85550334--85550580	40	6.2	40	90	2	365	26	28	21	23	1.99
85550334--85550577	79	3.1	79	90	2	364	27	28	20	23	1.99
85552262--85552345	36	2.3	38	93	6	154	47	19	9	23	1.78
85554999--85555151	40	3.8	40	78	6	141	25	27	23	23	2.00
85562979--85563128	40	3.8	40	77	11	141	24	28	24	22	1.99
85565727--85565871	40	3.7	40	78	6	125	26	27	23	22	2.00
85573667--85573819	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
85578178--85578207	15	2.1	15	93	6	53	43	13	6	36	1.70
85581359--85581595	29	8.2	29	81	5	223	38	21	16	23	1.93
85581402--85581592	58	3.3	58	86	0	256	38	20	16	24	1.92
85581357--85581595	58	4.2	58	83	4	254	38	21	16	23	1.93
85582164--85582227	31	2.1	31	100	0	128	48	14	28	9	1.74
85583047--85583196	57	2.6	57	79	11	164	28	16	21	34	1.94
85585577--85585615	15	2.5	15	91	8	60	28	28	0	43	1.55
85593236--85593526	38	6.9	38	70	19	168	30	15	24	30	1.95
85593263--85593477	48	4.7	48	77	12	229	30	15	22	30	1.95
85593313--85593519	85	2.4	85	90	1	317	30	14	24	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85603834--85603995	42	3.8	42	78	1	162	29	24	15	30	1.96
85611482--85611515	16	2.2	15	89	5	50	41	0	2	55	1.15
85618702--85618819	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
85618670--85618831	71	2.3	71	100	0	324	35	17	27	19	1.94
85625218--85625402	27	6.9	27	85	3	221	29	22	7	40	1.81
85625206--85625402	81	2.4	81	88	2	281	28	22	8	41	1.82
85625433--85625659	54	4.2	54	75	9	176	40	19	9	30	1.83
85625433--85625581	80	1.9	81	85	7	214	41	21	8	28	1.82
85625433--85625582	27	5.6	27	82	7	164	41	22	8	28	1.83
85625430--85625664	109	2.2	108	78	6	244	40	20	9	30	1.84
85625685--85625757	26	2.7	26	77	12	76	38	20	19	21	1.94
85626568--85626637	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
85626567--85626650	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
85626785--85626876	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
85626900--85627040	29	4.7	31	90	8	231	29	16	25	29	1.97
85626900--85627040	60	2.4	60	94	4	243	29	16	25	29	1.97
85629925--85630020	11	9.5	11	73	17	82	33	10	21	34	1.88
85629924--85630020	20	4.8	20	92	0	158	32	10	21	35	1.87
85629924--85630012	9	9.0	9	70	18	52	32	8	22	35	1.85
85630070--85630166	26	3.8	26	87	2	144	27	23	21	26	1.99
85630070--85630179	51	2.2	50	88	8	161	30	21	21	26	1.99
85630070--85630193	26	5.0	24	79	9	108	29	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85632274--85632443	27	6.3	27	86	0	225	27	23	8	40	1.84
85632274--85632443	81	2.1	80	91	1	268	27	23	8	40	1.84
85632475--85632600	27	4.7	27	85	0	171	40	21	8	29	1.83
85632442--85632600	54	2.9	54	76	9	173	39	20	10	29	1.86
85632442--85632600	81	2.0	81	82	5	196	39	20	10	29	1.86
85632475--85632683	54	3.8	54	80	6	181	41	19	8	31	1.81
85632500--85632688	27	6.9	27	77	11	118	40	17	9	31	1.82
85632729--85632802	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
85632742--85632806	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
85634820--85635095	39	7.1	39	92	0	444	23	28	25	22	1.99
85637488--85637552	24	2.6	25	87	4	96	18	29	26	26	1.98
85637699--85637832	42	3.2	42	96	0	241	30	14	20	34	1.93
85637856--85637927	31	2.3	31	95	0	135	29	12	29	29	1.93
85649552--85649637	43	2.0	43	93	0	145	27	30	20	20	1.98
85652751--85652788	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
85661682--85661721	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
85669056--85669097	13	3.2	13	96	0	75	16	30	33	19	1.94
85669185--85669210	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
85671967--85672102	29	4.7	29	88	3	193	25	31	15	27	1.96
85671951--85672102	58	2.6	58	88	2	171	24	32	15	26	1.95
85675760--85675861	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
85683537--85683638	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85691314--85691415	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
85699086--85699178	29	3.2	28	93	1	141	24	29	16	30	1.96
85707873--85707993	58	2.1	57	82	8	147	41	16	16	25	1.89
85715366--85715477	58	1.9	58	83	7	147	38	17	16	27	1.91
85730301--85730333	15	2.1	16	88	5	50	30	30	0	39	1.57
85730302--85730706	49	8.4	49	94	1	658	28	30	8	32	1.87
85734073--85734273	40	5.1	40	95	0	350	23	28	22	24	1.99
85734327--85734401	38	2.0	38	81	5	89	24	24	18	33	1.97
85736565--85736597	15	2.1	16	88	5	50	30	30	0	39	1.57
85736580--85737015	49	9.0	49	93	1	734	28	30	9	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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