genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  198  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62457340--62457490	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
62457324--62457490	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
62460670--62460845	46	3.8	45	78	10	194	21	19	29	28	1.98
62460666--62460837	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
62464636--62464721	24	3.6	24	95	0	145	19	13	32	33	1.91
62464636--62464768	48	2.8	47	86	4	160	21	12	31	33	1.91
62464636--62464768	24	5.5	24	82	5	144	21	12	31	33	1.91
62465767--62465793	14	1.9	14	100	0	54	18	0	37	44	1.50
62473570--62473679	28	4.1	27	83	8	127	36	21	21	20	1.95
62489962--62490033	29	2.5	28	86	6	92	30	15	26	27	1.96
62502700--62502728	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
62502887--62502927	21	1.9	22	85	5	57	41	0	9	48	1.36
62504907--62504985	34	2.3	34	97	0	149	30	6	17	45	1.73
62507751--62507974	40	5.6	39	81	8	231	25	20	27	26	1.99
62507750--62507981	119	1.9	120	80	7	267	26	19	27	26	1.99
62507757--62508007	79	3.2	77	79	11	249	27	19	26	26	1.99
62515865--62516086	40	5.6	40	86	5	265	25	20	26	27	1.99
62515869--62516119	79	3.2	79	79	10	262	27	19	25	27	1.99
62518242--62518409	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
62518258--62518407	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
62526215--62526371	40	3.9	40	78	7	156	22	27	23	26	2.00
62526220--62526369	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62533950--62534147	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
62534016--62534133	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
62533984--62534147	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
62538895--62538954	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
62541647--62541822	46	3.8	45	76	12	169	20	18	30	30	1.96
62541644--62541815	93	1.8	93	89	0	272	20	18	30	29	1.97
62547869--62548052	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
62547909--62548097	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62555986--62556169	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
62556026--62556214	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62561916--62562137	40	5.6	40	93	1	365	27	26	22	23	1.99
62568708--62568888	40	4.6	39	77	9	154	23	27	24	24	2.00
62574435--62574688	40	6.3	40	87	2	341	25	26	22	24	2.00
62576092--62576209	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
62576060--62576223	71	2.3	71	98	0	319	35	17	28	19	1.94
62583741--62583922	40	4.6	40	76	4	127	20	25	24	29	1.99
62591743--62591924	40	4.6	40	76	4	127	20	25	24	29	1.99
62601171--62601209	20	2.0	20	85	5	53	41	5	12	41	1.65
62601238--62601265	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
62605049--62605142	30	3.2	29	86	7	136	34	21	15	28	1.94
62612274--62612363	30	3.0	29	90	4	135	35	21	15	27	1.94
62618128--62618396	49	5.2	49	81	14	333	32	9	27	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62618233--62618331	31	3.2	31	100	0	198	29	12	32	26	1.92
62618295--62618416	51	2.4	51	92	0	199	33	9	27	28	1.89
62618465--62618551	37	2.3	36	90	5	129	21	17	32	28	1.96
62620444--62620644	40	5.0	40	93	0	321	24	21	27	25	1.99
62620804--62620855	25	2.1	25	82	7	61	28	9	32	28	1.89
62621375--62621481	40	2.6	41	86	7	155	25	20	26	28	1.99
62621371--62621551	40	4.5	41	78	12	142	27	23	24	24	2.00
62624232--62624420	49	3.9	49	97	0	351	30	9	29	30	1.89
62624384--62624451	31	2.2	31	100	0	136	29	11	32	26	1.92
62624335--62624500	80	2.1	80	95	0	296	30	9	30	29	1.89
62624286--62624551	129	2.0	131	96	1	491	31	9	29	29	1.89
62624415--62624565	49	3.0	49	89	3	239	33	8	27	30	1.87
62624415--62624585	51	3.4	51	90	1	247	32	9	28	29	1.88
62624634--62624720	37	2.3	36	92	5	138	21	19	32	26	1.97
62627161--62627224	31	2.1	31	100	0	128	37	3	20	39	1.68
62631679--62631827	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
62631720--62631827	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
62647199--62647306	28	3.9	28	84	8	132	35	19	25	20	1.96
62647252--62647303	27	2.0	24	89	10	77	30	23	25	21	1.99
62647199--62647306	55	2.0	55	85	7	148	35	19	25	20	1.96
62650237--62650352	39	3.0	39	93	2	189	25	20	27	25	1.99
62650237--62650380	78	1.8	78	80	5	175	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62650237--62650400	78	2.1	78	80	7	174	25	21	27	25	2.00
62652450--62652745	40	7.5	40	93	1	474	26	28	22	22	1.99
62657832--62658048	40	5.5	40	85	6	257	23	22	28	26	1.99
62659846--62660008	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
62667752--62667904	39	3.9	39	92	0	252	22	33	20	23	1.97
62670612--62670761	71	2.2	68	89	8	225	18	28	19	33	1.96
62678101--62678250	71	2.2	68	89	8	225	18	28	19	33	1.96
62678119--62678279	71	2.3	71	86	2	234	17	26	19	36	1.94
62684274--62684441	47	3.6	49	76	13	165	28	18	32	20	1.96
62684230--62684587	94	3.8	92	77	8	357	29	18	29	22	1.98
62686245--62686286	19	2.2	19	100	0	84	59	19	4	16	1.54
62689954--62690032	31	2.5	31	93	0	131	26	25	17	30	1.97
62690056--62690147	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
62690292--62690440	26	5.8	26	90	0	230	27	23	22	26	2.00
62690292--62690440	52	2.9	52	95	2	266	27	23	22	26	2.00
62691242--62691323	27	3.1	26	82	8	94	23	25	18	32	1.97
62691388--62691473	27	3.1	28	70	18	79	34	8	16	40	1.78
62691392--62691521	56	2.4	55	80	5	129	30	6	18	44	1.74
62691451--62691570	27	4.4	27	85	4	134	26	5	21	45	1.74
62691452--62691607	81	1.9	81	81	5	190	27	8	19	43	1.81
62691597--62691680	26	3.2	26	86	6	107	44	11	16	27	1.83
62691606--62691696	27	3.4	27	83	4	105	43	10	19	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62694424--62694745	48	6.7	48	79	4	319	27	18	28	25	1.98
62694424--62694748	144	2.3	144	84	5	417	28	18	28	25	1.98
62694990--62695024	18	1.9	18	88	0	52	34	8	20	37	1.83
62696148--62696196	25	2.0	25	91	0	80	42	12	24	20	1.86
62701132--62701203	36	2.0	36	97	0	135	22	19	12	45	1.83
62702190--62702217	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
62708410--62708488	29	2.7	29	84	5	97	26	32	15	25	1.95
62710873--62711002	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
62710889--62711039	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
62710873--62711039	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
62719733--62719811	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62722050--62722154	52	2.0	52	100	0	210	32	13	17	37	1.88
62729974--62730064	37	2.4	37	94	1	155	25	31	18	24	1.97
62730104--62730303	48	4.2	48	96	0	364	32	28	6	33	1.81
62730319--62730354	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
62730216--62730461	123	2.0	123	98	0	474	32	26	8	32	1.86
62730418--62730757	96	3.5	97	93	3	556	30	27	9	33	1.88
62730418--62730757	49	6.9	49	94	2	567	30	27	9	33	1.88
62735944--62736112	46	3.7	46	77	12	193	30	30	18	21	1.97
62735952--62736120	93	1.8	93	93	2	295	28	29	19	21	1.98
62739306--62739580	144	1.9	144	84	1	372	27	18	28	25	1.98
62739306--62739579	48	5.7	48	78	5	293	27	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62741806--62741875	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
62741806--62741887	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
62745934--62746158	40	5.6	40	93	1	380	23	22	28	25	2.00
62750870--62750968	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
62756749--62756790	19	2.2	19	100	0	84	16	4	19	59	1.54
62758441--62758804	47	7.8	45	73	12	209	22	29	19	29	1.98
62758441--62758801	94	3.9	94	79	6	376	22	29	18	29	1.98
62764750--62764907	67	2.3	71	79	7	173	36	19	26	17	1.94
62773958--62774109	40	3.8	40	89	1	225	27	28	21	22	1.99
62773958--62774109	81	1.9	79	87	2	223	27	28	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433